ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50912

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N9 A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O6 A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N2 A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.000, 0.186, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O4' A 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C4' A 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
O5' A 0, 0.000, 0.414, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C3' A 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
N7 B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C8 B 0, 0.000, 0.480, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.480 std_dev=0.480
OP2 B 0, 0.000, 0.510, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C5 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
P B 0, 0.000, 0.527, 1.054, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C4 B 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
N9 B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
N3 B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C2 B 0, 0.000, 0.601, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.601 std_dev=0.601
O5' B 0, 0.000, 0.603, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C6 B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C5' A 0, 0.000, 0.627, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.627 std_dev=0.627
N1 B 0, 0.000, 0.627, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.627 std_dev=0.627
O4' B 0, 0.000, 0.653, 1.306, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.653 std_dev=0.653
C1' B 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C5' B 0, 0.000, 0.665, 1.330, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.665 std_dev=0.665
O2' A 0, 0.000, 0.670, 1.340, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.670 std_dev=0.670
C3' B 0, 0.000, 0.695, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.695 std_dev=0.695
OP1 B 0, 0.000, 0.707, 1.413, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.707 std_dev=0.707
C4' B 0, 0.000, 0.710, 1.419, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.710 std_dev=0.710
N6 B 0, 0.000, 0.717, 1.435, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.717 std_dev=0.717
C2' B 0, 0.000, 0.725, 1.450, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.725 std_dev=0.725
O3' B 0, 0.000, 0.781, 1.562, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.781 std_dev=0.781
O2' B 0, 0.000, 0.824, 1.648, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.824 std_dev=0.824
P A 0, 0.000, 0.892, 1.784, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.892 std_dev=0.892
O3' A 0, 0.000, 0.905, 1.809, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.905 std_dev=0.905
OP1 A 0, 0.000, 1.110, 2.221, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.110 std_dev=1.110
OP2 A 0, 0.000, 1.160, 2.319, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.160 std_dev=1.160

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.04 0.01 0.05 0.16 0.04
C2 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.29 0.12 0.06 0.00 0.18 0.40 0.23
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.10 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.11 0.17 0.05 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.16 0.02 0.03 0.01 0.14 0.08 0.02 0.02 0.00 0.13 0.06 0.03 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.18 0.06 0.04 0.01 0.15 0.35 0.19
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.09 0.08 0.06 0.05 0.17 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.10 0.02
C5 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.10 0.03 0.05 0.01 0.22 0.39 0.21
C5' 0.00 0.13 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.06 0.13 0.13 0.11 0.09 0.06 0.07 0.14 0.01 0.00 0.11 0.15 0.05 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.31 0.15 0.05 0.05 0.00 0.25 0.41 0.24
C8 0.02 0.00 0.05 0.16 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.06 0.02 0.02 0.16 0.29 0.14
N1 0.03 0.00 0.08 0.02 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.31 0.23 0.09 0.06 0.00 0.23 0.42 0.24
N2 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.24 0.35 0.15 0.06 0.00 0.17 0.40 0.23
N3 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.29 0.12 0.05 0.01 0.13 0.36 0.20
N7 0.01 0.00 0.07 0.14 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.02 0.03 0.04 0.03 0.24 0.36 0.19
N9 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.10 0.00 0.02 0.02 0.09 0.28 0.13
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.24 0.17 0.27 0.07 0.31 0.15 0.31 0.24 0.23 0.22 0.14 0.00 0.06 0.13 0.01 0.33 0.12 0.05 0.04
O3' 0.18 0.29 0.07 0.02 0.18 0.02 0.10 0.14 0.15 0.05 0.23 0.35 0.29 0.02 0.10 0.06 0.00 0.09 0.25 0.12 0.15 0.22 0.22
O4' 0.00 0.12 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.15 0.12 0.03 0.00 0.13 0.09 0.00 0.11 0.02 0.11 0.12 0.00
O5' 0.04 0.06 0.09 0.13 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.25 0.11 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.33 0.12 0.02 0.04 0.00 0.28 0.40 0.23
OP1 0.05 0.18 0.17 0.03 0.15 0.12 0.22 0.15 0.25 0.16 0.23 0.17 0.13 0.24 0.09 0.12 0.15 0.11 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.40 0.05 0.14 0.35 0.10 0.39 0.05 0.41 0.29 0.42 0.40 0.36 0.36 0.28 0.05 0.22 0.12 0.02 0.40 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.23 0.09 0.09 0.19 0.02 0.21 0.00 0.24 0.14 0.24 0.23 0.20 0.19 0.13 0.04 0.22 0.00 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.18 0.07 0.07 0.13 0.06 0.16 0.08 0.21 0.07 0.21 0.14 0.26 0.13 0.08 0.06 0.05 0.02 0.21 0.16 0.27 0.06
C2 0.15 0.08 0.12 0.09 0.12 0.08 0.11 0.02 0.07 0.14 0.05 0.10 0.03 0.13 0.14 0.13 0.10 0.14 0.09 0.10 0.29 0.03
C2' 0.19 0.18 0.20 0.21 0.19 0.22 0.16 0.24 0.15 0.17 0.16 0.19 0.12 0.15 0.19 0.20 0.18 0.18 0.32 0.03 0.34 0.20
C3' 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.20 0.03 0.03
C4 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.09 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.16 0.08 0.32 0.08
C4' 0.12 0.24 0.10 0.05 0.20 0.06 0.24 0.05 0.28 0.17 0.27 0.21 0.32 0.23 0.16 0.09 0.02 0.09 0.17 0.37 0.03 0.05
C5 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.00 0.06 0.18 0.05 0.33 0.11
C5' 0.15 0.27 0.11 0.04 0.23 0.07 0.26 0.03 0.30 0.19 0.30 0.24 0.35 0.24 0.19 0.11 0.00 0.12 0.13 0.45 0.11 0.11
C6 0.10 0.05 0.07 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.04 0.09 0.03 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08 0.04 0.09 0.15 0.05 0.31 0.09
C8 0.03 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.15 0.10 0.04 0.10 0.06 0.14 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.26 0.01 0.35 0.18
N1 0.14 0.08 0.11 0.07 0.11 0.06 0.11 0.00 0.08 0.13 0.06 0.10 0.04 0.12 0.13 0.12 0.08 0.13 0.11 0.08 0.30 0.05
N2 0.19 0.12 0.17 0.13 0.16 0.12 0.16 0.06 0.13 0.18 0.10 0.14 0.09 0.16 0.18 0.17 0.14 0.18 0.05 0.11 0.27 0.00
N3 0.12 0.02 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.01 0.00 0.12 0.01 0.05 0.07 0.10 0.11 0.09 0.07 0.12 0.11 0.11 0.29 0.03
N7 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.13 0.05 0.00 0.05 0.02 0.09 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.24 0.00 0.35 0.17
N9 0.00 0.08 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.09 0.11 0.00 0.11 0.06 0.16 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.21 0.07 0.33 0.12
O2' 0.43 0.23 0.41 0.41 0.32 0.46 0.22 0.47 0.10 0.39 0.14 0.31 0.02 0.25 0.40 0.42 0.35 0.45 0.51 0.23 0.39 0.32
O3' 0.24 0.34 0.25 0.21 0.33 0.11 0.35 0.01 0.34 0.31 0.35 0.33 0.31 0.34 0.30 0.22 0.20 0.17 0.02 0.03 0.03 0.01
O4' 0.15 0.32 0.14 0.10 0.26 0.09 0.32 0.07 0.38 0.19 0.37 0.28 0.44 0.29 0.19 0.13 0.08 0.09 0.22 0.30 0.16 0.00
O5' 0.14 0.20 0.12 0.10 0.17 0.13 0.19 0.13 0.22 0.15 0.21 0.18 0.25 0.18 0.15 0.12 0.07 0.13 0.22 0.20 0.07 0.07
O6 0.10 0.06 0.07 0.03 0.08 0.02 0.08 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08 0.04 0.09 0.15 0.04 0.31 0.10
OP1 0.01 0.13 0.06 0.12 0.07 0.09 0.12 0.11 0.18 0.03 0.17 0.08 0.24 0.09 0.03 0.06 0.17 0.04 0.03 0.49 0.26 0.19
OP2 0.23 0.39 0.18 0.11 0.32 0.14 0.35 0.11 0.42 0.25 0.43 0.34 0.48 0.32 0.26 0.18 0.05 0.19 0.20 0.26 0.00 0.02
P 0.16 0.29 0.11 0.06 0.23 0.09 0.27 0.07 0.32 0.18 0.32 0.25 0.38 0.24 0.19 0.12 0.01 0.13 0.16 0.33 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.13 0.02
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.03 0.20 0.01
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.11 0.02
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.05 0.19 0.01
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
C5 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.09 0.06 0.20 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.08 0.05 0.20 0.00
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.14 0.08 0.18 0.00
N1 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.05 0.04 0.20 0.01
N3 0.03 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.04 0.04 0.19 0.01
N6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.13 0.03 0.09 0.04 0.20 0.01
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.08 0.19 0.00
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.05 0.18 0.01
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.03
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.12 0.03 0.13 0.08 0.13 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.13 0.03 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.08 0.03
O5' 0.06 0.04 0.02 0.08 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.14 0.05 0.04 0.09 0.12 0.09 0.04 0.15 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.02 0.13 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.20 0.11 0.06 0.19 0.05 0.20 0.02 0.20 0.18 0.20 0.19 0.20 0.19 0.18 0.07 0.03 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00