ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50915

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, -0.001, 0.019, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.002, 0.027, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.019, 0.082, 0.145, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.082 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.049, 0.181, 0.313, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.181 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.059, 0.226, 0.393, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.226 std_dev=0.167
C3' A 0, 0.086, 0.310, 0.533, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.310 std_dev=0.223
O2' A 0, 0.084, 0.331, 0.579, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.331 std_dev=0.248
C5' A 0, 0.105, 0.386, 0.668, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.386 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.123, 0.428, 0.734, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.428 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.102, 0.451, 0.800, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.451 std_dev=0.349
C6 B 0, 0.116, 0.498, 0.879, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.498 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.148, 0.538, 0.928, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.538 std_dev=0.390
P A 0, 0.156, 0.547, 0.937, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.547 std_dev=0.390
N4 B 0, 0.059, 0.497, 0.934, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.497 std_dev=0.438
C4 B 0, 0.076, 0.520, 0.964, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.520 std_dev=0.444
OP2 A 0, 0.170, 0.623, 1.077, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.623 std_dev=0.453
OP1 A 0, 0.180, 0.640, 1.100, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.640 std_dev=0.460
N1 B 0, 0.112, 0.604, 1.097, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.604 std_dev=0.493
O5' B 0, 0.158, 0.685, 1.212, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.685 std_dev=0.527
OP2 B 0, 0.155, 0.689, 1.222, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.689 std_dev=0.533
C1' B 0, 0.128, 0.671, 1.214, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.671 std_dev=0.543
P B 0, 0.152, 0.696, 1.239, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.696 std_dev=0.544
O4' B 0, 0.144, 0.695, 1.246, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.695 std_dev=0.551
N3 B 0, 0.061, 0.640, 1.218, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.640 std_dev=0.579
C2' B 0, 0.139, 0.728, 1.317, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.728 std_dev=0.589
C2 B 0, 0.084, 0.685, 1.286, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.685 std_dev=0.601
OP1 B 0, 0.168, 0.773, 1.378, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.773 std_dev=0.605
C3' B 0, 0.160, 0.773, 1.386, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.773 std_dev=0.613
C5' B 0, 0.165, 0.786, 1.407, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.786 std_dev=0.621
C4' B 0, 0.165, 0.802, 1.439, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.802 std_dev=0.637
O3' B 0, 0.172, 0.865, 1.559, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.865 std_dev=0.694
O2 B 0, 0.081, 0.810, 1.538, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.810 std_dev=0.728
O2' B 0, 0.141, 0.884, 1.626, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.884 std_dev=0.742

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02
C2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.11 0.01 0.12 0.13 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.11 0.01 0.13 0.15 0.13
C8 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.09 0.10
N1 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.01 0.10 0.01 0.11 0.14 0.11
N2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.10 0.07
N3 0.03 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.12 0.02 0.14 0.14 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.06 0.06
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.03 0.07 0.03 0.10 0.02 0.12 0.15 0.12 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.03 0.02
O3' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.04 0.08 0.06 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.06 0.06 0.12 0.07 0.02 0.06 0.03 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00
O6 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.06 0.01 0.13 0.00 0.15 0.18 0.15
OP1 0.03 0.08 0.03 0.04 0.08 0.02 0.12 0.02 0.13 0.10 0.11 0.06 0.06 0.14 0.06 0.03 0.08 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.10 0.04 0.05 0.09 0.01 0.13 0.00 0.15 0.09 0.14 0.10 0.08 0.14 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.03 0.04 0.08 0.01 0.12 0.01 0.13 0.10 0.11 0.07 0.06 0.13 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.08 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.09 0.06 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07
C2 0.19 0.20 0.21 0.17 0.21 0.15 0.18 0.10 0.18 0.19 0.21 0.24 0.20 0.27 0.17 0.17 0.06 0.06 0.05 0.08
C2' 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04 0.02 0.06 0.09 0.05 0.07 0.03 0.03 0.10 0.09 0.10 0.08
C3' 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.07 0.10 0.05 0.06 0.00 0.01 0.08 0.07 0.09 0.07
C4 0.12 0.11 0.14 0.10 0.11 0.09 0.12 0.05 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.18 0.10 0.11 0.05 0.04 0.04 0.05
C4' 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.07 0.05
C5 0.13 0.12 0.14 0.10 0.12 0.08 0.12 0.05 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.19 0.09 0.11 0.06 0.05 0.06 0.05
C5' 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03
C6 0.17 0.17 0.18 0.13 0.17 0.11 0.15 0.07 0.15 0.16 0.17 0.18 0.17 0.24 0.13 0.15 0.04 0.05 0.04 0.05
C8 0.07 0.04 0.08 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.04 0.11 0.06 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09
N1 0.19 0.20 0.21 0.16 0.20 0.14 0.18 0.09 0.17 0.19 0.21 0.23 0.21 0.27 0.16 0.17 0.05 0.05 0.03 0.07
N2 0.22 0.24 0.24 0.20 0.25 0.18 0.20 0.13 0.20 0.22 0.26 0.29 0.25 0.31 0.20 0.20 0.08 0.08 0.08 0.10
N3 0.16 0.16 0.18 0.14 0.17 0.12 0.16 0.08 0.15 0.16 0.16 0.19 0.15 0.23 0.14 0.15 0.04 0.05 0.04 0.07
N7 0.09 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.14 0.06 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08
N9 0.08 0.05 0.10 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.04 0.03 0.05 0.12 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.10 0.03 0.00 0.08 0.11 0.06 0.06 0.04 0.03 0.12 0.13 0.12 0.11
O3' 0.07 0.07 0.10 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.06 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07
O4' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08
O5' 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.08 0.02 0.09 0.05
O6 0.17 0.18 0.19 0.14 0.18 0.12 0.16 0.07 0.16 0.17 0.18 0.19 0.18 0.25 0.14 0.15 0.05 0.05 0.05 0.06
OP1 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03
OP2 0.04 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.04
P 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.10 0.14 0.07 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.07 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.07 0.09 0.03 0.00 0.00 0.04 0.11 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.14 0.16 0.12 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.12 0.11 0.05 0.08
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.08 0.12 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.08 0.07 0.02 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.09 0.02 0.03
N3 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.13 0.17 0.12 0.11
N4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.17 0.19 0.17 0.15
O2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.08 0.14 0.07 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.00 0.04 0.06 0.03 0.15 0.04 0.04
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.07 0.10 0.04 0.00 0.01 0.06 0.14 0.06 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
O5' 0.02 0.10 0.03 0.04 0.14 0.00 0.12 0.01 0.08 0.06 0.13 0.17 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.06 0.14 0.10 0.11 0.16 0.08 0.11 0.06 0.07 0.09 0.17 0.19 0.14 0.15 0.14 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.07 0.07 0.06 0.12 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.12 0.17 0.07 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.02 0.02 0.11 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.11 0.15 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00