ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50919

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 11, 9, 11, 6, 9, 9, 13, 12, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.019, 0.026, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.022, 0.035, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.020, 0.034, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.054, 0.092, 0.130, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.092 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.064, 0.117, 0.170, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.117 std_dev=0.053
O4' A 0, -0.007, 0.161, 0.329, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.161 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.001, 0.216, 0.431, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.216 std_dev=0.215
P B 0, 0.198, 0.431, 0.663, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.431 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.039, 0.331, 0.623, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.331 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.233, 0.571, 0.908, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.571 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.086, 0.426, 0.765, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.426 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.182, 0.588, 0.993, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.588 std_dev=0.405
C3' A 0, -0.012, 0.399, 0.810, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.399 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.100, 0.613, 1.125, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.613 std_dev=0.513
O2' A 0, -0.090, 0.439, 0.967, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.439 std_dev=0.528
P A 0, 0.156, 0.733, 1.311, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.733 std_dev=0.577
O3' A 0, -0.132, 0.637, 1.406, 2.988 max_d=2.988 avg_d=0.637 std_dev=0.769
OP1 A 0, 0.166, 0.965, 1.765, 3.486 max_d=3.486 avg_d=0.965 std_dev=0.800
O5' B 0, 0.202, 1.062, 1.922, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.062 std_dev=0.860
OP2 A 0, -0.014, 1.046, 2.105, 3.896 max_d=3.896 avg_d=1.046 std_dev=1.059
C5' B 0, 0.279, 1.449, 2.619, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.449 std_dev=1.170
C8 B 0, 0.080, 1.968, 3.855, 5.649 max_d=5.649 avg_d=1.968 std_dev=1.887
N7 B 0, 0.131, 2.051, 3.971, 5.675 max_d=5.675 avg_d=2.051 std_dev=1.920
C4' B 0, -0.170, 1.788, 3.745, 6.296 max_d=6.296 avg_d=1.788 std_dev=1.957
O4' B 0, -0.228, 2.093, 4.413, 7.487 max_d=7.487 avg_d=2.093 std_dev=2.321
C3' B 0, -0.237, 2.321, 4.879, 8.160 max_d=8.160 avg_d=2.321 std_dev=2.558
N9 B 0, -0.306, 2.270, 4.846, 8.056 max_d=8.056 avg_d=2.270 std_dev=2.576
C5 B 0, -0.117, 2.464, 5.045, 8.315 max_d=8.315 avg_d=2.464 std_dev=2.581
N6 B 0, 0.026, 2.715, 5.404, 9.053 max_d=9.053 avg_d=2.715 std_dev=2.689
C1' B 0, -0.418, 2.415, 5.247, 8.851 max_d=8.851 avg_d=2.415 std_dev=2.833
C2' B 0, -0.226, 2.609, 5.444, 8.918 max_d=8.918 avg_d=2.609 std_dev=2.835
C6 B 0, -0.129, 2.876, 5.881, 9.902 max_d=9.902 avg_d=2.876 std_dev=3.005
C4 B 0, -0.366, 2.743, 5.852, 9.627 max_d=9.627 avg_d=2.743 std_dev=3.109
O3' B 0, -0.132, 3.202, 6.537, 10.335 max_d=10.335 avg_d=3.202 std_dev=3.335
O2' B 0, -0.147, 3.573, 7.294, 11.598 max_d=11.598 avg_d=3.573 std_dev=3.720
N1 B 0, -0.254, 3.639, 7.533, 12.504 max_d=12.504 avg_d=3.639 std_dev=3.893
N3 B 0, -0.435, 3.575, 7.586, 12.239 max_d=12.239 avg_d=3.575 std_dev=4.010
C2 B 0, -0.371, 3.972, 8.316, 13.456 max_d=13.456 avg_d=3.972 std_dev=4.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.19 0.40 0.29 0.22
C2 0.02 0.00 0.09 0.18 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.02 0.05 0.31 0.50 0.41 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.03 0.09 0.17 0.10 0.03 0.07 0.16 0.01 0.05 0.07 0.01 0.40 0.50 0.63 0.50
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.03 0.28 0.18 0.24 0.13 0.02 0.01 0.32 0.02 0.25 0.32 0.32 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.00 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.23 0.01 0.04 0.46 0.58 0.65 0.39
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.05 0.26 0.05 0.14 0.01 0.02 0.17 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.32 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.27 0.01 0.07 0.49 0.58 0.67 0.40
C5' 0.09 0.14 0.17 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.23 0.15 0.19 0.12 0.11 0.18 0.25 0.02 0.01 0.16 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.21 0.01 0.07 0.42 0.54 0.49 0.32
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.01 0.02 0.30 0.48 0.37 0.26
N3 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.17 0.01 0.04 0.38 0.54 0.52 0.33
O2 0.04 0.01 0.16 0.13 0.02 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 0.26 0.03 0.08 0.26 0.46 0.37 0.26
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.30 0.26 0.27 0.11 0.21 0.16 0.27 0.19 0.00 0.06 0.33 0.18 0.26 0.38 0.67 0.41
O3' 0.18 0.16 0.05 0.01 0.23 0.05 0.27 0.18 0.21 0.11 0.17 0.26 0.06 0.00 0.26 0.12 0.22 0.43 0.31 0.23
O4 0.02 0.02 0.07 0.32 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.26 0.00 0.04 0.48 0.60 0.73 0.42
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.04 0.08 0.18 0.12 0.04 0.00 0.18 0.35 0.26 0.18
O5' 0.19 0.31 0.40 0.25 0.46 0.02 0.49 0.01 0.42 0.30 0.38 0.26 0.26 0.22 0.48 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.50 0.50 0.32 0.58 0.17 0.58 0.16 0.54 0.48 0.54 0.46 0.38 0.43 0.60 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.41 0.63 0.32 0.65 0.20 0.67 0.24 0.49 0.37 0.52 0.37 0.67 0.31 0.73 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.28 0.50 0.24 0.39 0.06 0.40 0.02 0.32 0.26 0.33 0.26 0.41 0.23 0.42 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.26 1.63 1.14 0.90 1.36 1.07 1.29 0.86 1.39 1.16 1.60 1.51 1.25 1.11 1.25 1.40 1.06 1.32 0.74 0.21 0.18 0.21
C2 0.89 1.20 0.91 0.65 0.80 0.90 0.70 0.76 0.86 0.84 1.17 1.01 0.81 0.71 0.80 1.14 0.73 1.11 0.71 0.19 0.18 0.21
C2' 1.34 1.86 1.10 0.90 1.49 1.14 1.32 0.83 1.46 1.14 1.76 1.73 1.24 1.06 1.31 1.31 1.10 1.46 0.74 0.17 0.15 0.24
C3' 1.27 1.80 1.11 0.88 1.42 1.09 1.31 0.84 1.50 1.13 1.76 1.64 1.38 1.09 1.25 1.36 1.06 1.37 0.78 0.20 0.21 0.28
C4 0.95 1.63 1.26 0.81 1.19 0.70 1.29 0.73 1.45 1.19 1.65 1.36 1.48 1.29 1.05 1.65 0.78 0.83 0.68 0.22 0.14 0.24
C4' 1.22 1.70 1.16 0.90 1.37 1.02 1.35 0.83 1.55 1.15 1.74 1.53 1.54 1.16 1.23 1.48 1.06 1.24 0.72 0.20 0.15 0.21
C5 0.97 1.68 1.23 0.79 1.24 0.74 1.36 0.78 1.59 1.18 1.76 1.39 1.66 1.32 1.06 1.68 0.80 0.87 0.70 0.22 0.13 0.23
C5' 1.08 1.48 1.12 0.81 1.19 0.92 1.23 0.83 1.44 1.09 1.57 1.29 1.54 1.13 1.09 1.52 0.94 1.08 0.70 0.26 0.22 0.27
C6 0.84 1.32 1.03 0.66 0.93 0.77 1.05 0.79 1.24 1.02 1.41 1.05 1.34 1.09 0.86 1.44 0.69 0.91 0.70 0.21 0.13 0.23
N1 0.93 1.23 0.97 0.69 0.91 0.89 0.90 0.80 1.03 0.97 1.25 1.04 1.01 0.92 0.89 1.28 0.77 1.08 0.71 0.20 0.16 0.21
N3 0.65 1.21 0.93 0.55 0.68 0.68 0.75 0.69 0.95 0.85 1.21 0.91 0.99 0.86 0.63 1.22 0.52 0.82 0.67 0.20 0.13 0.22
O2 1.24 1.49 1.05 0.88 1.18 1.12 0.92 0.80 1.02 0.94 1.36 1.42 0.81 0.71 1.12 1.16 1.04 1.44 0.74 0.21 0.24 0.20
O2' 1.55 2.41 1.20 0.97 1.86 1.15 1.66 0.71 1.88 1.29 2.29 2.21 1.60 1.29 1.55 1.41 1.25 1.55 0.58 0.40 0.40 0.24
O3' 1.31 2.02 1.09 0.87 1.52 1.06 1.40 0.74 1.62 1.14 1.96 1.82 1.48 1.13 1.30 1.33 1.09 1.37 0.70 0.30 0.23 0.29
O4 1.32 2.02 1.64 1.13 1.62 0.83 1.63 0.76 1.76 1.45 1.98 1.80 1.71 1.54 1.44 2.04 1.12 0.98 0.72 0.26 0.20 0.25
O4' 1.18 1.52 1.16 0.90 1.28 1.00 1.31 0.86 1.46 1.17 1.58 1.38 1.47 1.20 1.19 1.50 1.04 1.19 0.72 0.24 0.20 0.24
O5' 1.07 1.39 1.13 0.83 1.12 1.02 1.17 1.01 1.36 1.11 1.49 1.21 1.47 1.12 1.06 1.55 0.93 1.17 0.93 0.43 0.35 0.46
OP1 1.15 1.60 1.28 0.99 1.26 1.04 1.30 1.03 1.53 1.15 1.70 1.39 1.63 1.19 1.15 1.74 1.07 1.16 0.96 0.62 0.56 0.65
OP2 1.00 1.47 1.16 0.81 1.07 0.99 1.16 1.10 1.41 1.11 1.60 1.20 1.55 1.16 0.99 1.67 0.87 1.10 1.00 0.62 0.55 0.62
P 1.00 1.43 1.16 0.81 1.08 0.91 1.15 0.95 1.40 1.05 1.56 1.20 1.54 1.10 0.99 1.67 0.90 1.03 0.85 0.41 0.34 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.22 0.32 0.33 0.19
C2 0.05 0.00 0.36 0.59 0.01 0.43 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.53 0.31 0.90 1.00 1.31 1.03
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.19 0.17 0.19 0.28 0.35 0.12 0.11 0.03 0.01 0.05 0.03 0.53 0.62 0.85 0.55
C3' 0.02 0.59 0.01 0.00 0.34 0.01 0.28 0.02 0.37 0.24 0.51 0.56 0.34 0.23 0.15 0.02 0.01 0.02 0.45 0.47 0.60 0.33
C4 0.02 0.01 0.18 0.34 0.00 0.20 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.26 0.16 0.48 0.53 0.75 0.55
C4' 0.01 0.43 0.02 0.01 0.20 0.00 0.11 0.01 0.18 0.27 0.32 0.42 0.13 0.20 0.06 0.23 0.03 0.01 0.02 0.29 0.15 0.25
C5 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.07 0.44 0.55 0.80 0.56
C5' 0.09 0.59 0.19 0.02 0.25 0.01 0.24 0.00 0.27 0.54 0.45 0.55 0.27 0.46 0.20 0.09 0.19 0.02 0.01 0.13 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.18 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.29 0.13 0.55 0.67 0.98 0.71
C8 0.02 0.01 0.19 0.24 0.01 0.27 0.01 0.54 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.22 0.19 0.56 0.67 0.77 0.62
N1 0.04 0.01 0.28 0.51 0.02 0.32 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.44 0.23 0.75 0.89 1.22 0.93
N3 0.04 0.01 0.35 0.56 0.00 0.42 0.01 0.55 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.42 0.48 0.31 0.81 0.84 1.07 0.87
N6 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.31 0.26 0.09 0.52 0.68 0.99 0.70
N7 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.20 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.17 0.11 0.52 0.65 0.83 0.63
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.14 0.02 0.32 0.41 0.52 0.35
O2' 0.02 0.44 0.01 0.02 0.26 0.23 0.26 0.09 0.31 0.34 0.38 0.42 0.31 0.32 0.17 0.00 0.08 0.15 0.54 0.66 1.01 0.58
O3' 0.26 0.53 0.05 0.01 0.26 0.03 0.19 0.19 0.29 0.22 0.44 0.48 0.26 0.17 0.14 0.08 0.00 0.20 0.40 0.45 0.44 0.25
O4' 0.01 0.31 0.03 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.19 0.23 0.31 0.09 0.11 0.02 0.15 0.20 0.00 0.18 0.31 0.30 0.34
O5' 0.22 0.90 0.53 0.45 0.48 0.02 0.44 0.01 0.55 0.56 0.75 0.81 0.52 0.52 0.32 0.54 0.40 0.18 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.32 1.00 0.62 0.47 0.53 0.29 0.55 0.13 0.67 0.67 0.89 0.84 0.68 0.65 0.41 0.66 0.45 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 1.31 0.85 0.60 0.75 0.15 0.80 0.15 0.98 0.77 1.22 1.07 0.99 0.83 0.52 1.01 0.44 0.30 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 1.03 0.55 0.33 0.55 0.25 0.56 0.02 0.71 0.62 0.93 0.87 0.70 0.63 0.35 0.58 0.25 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00