ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50920

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 13, 13, 5, 1, 1, 1, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.015 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.013, 0.048, 0.082, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.048 std_dev=0.034
O2 A 0, -0.003, 0.034, 0.071, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.034 std_dev=0.037
C2' A 0, -0.008, 0.096, 0.200, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.096 std_dev=0.104
O4' A 0, -0.021, 0.084, 0.189, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.084 std_dev=0.105
P B 0, 0.098, 0.280, 0.462, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.280 std_dev=0.182
OP1 B 0, 0.062, 0.283, 0.505, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.283 std_dev=0.221
C4' A 0, -0.052, 0.181, 0.413, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.181 std_dev=0.233
C5' A 0, -0.012, 0.244, 0.500, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.244 std_dev=0.256
O5' A 0, -0.027, 0.266, 0.559, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.266 std_dev=0.293
C3' A 0, -0.140, 0.218, 0.576, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.218 std_dev=0.358
O2' A 0, -0.151, 0.211, 0.574, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.211 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.058, 0.426, 0.794, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.426 std_dev=0.368
P A 0, -0.084, 0.358, 0.800, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.358 std_dev=0.442
OP2 A 0, -0.096, 0.387, 0.870, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.387 std_dev=0.483
O5' B 0, -0.060, 0.443, 0.947, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.443 std_dev=0.503
OP1 A 0, -0.195, 0.462, 1.118, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.462 std_dev=0.656
O3' A 0, -0.322, 0.379, 1.080, 2.984 max_d=2.984 avg_d=0.379 std_dev=0.701
C5' B 0, -0.372, 0.647, 1.666, 4.321 max_d=4.321 avg_d=0.647 std_dev=1.019
O4' B 0, -0.550, 0.733, 2.016, 7.493 max_d=7.493 avg_d=0.733 std_dev=1.283
C8 B 0, -0.573, 0.748, 2.069, 8.438 max_d=8.438 avg_d=0.748 std_dev=1.321
C4' B 0, -0.580, 0.771, 2.123, 6.604 max_d=6.604 avg_d=0.771 std_dev=1.352
N9 B 0, -0.720, 0.800, 2.320, 9.821 max_d=9.821 avg_d=0.800 std_dev=1.520
N7 B 0, -0.666, 0.880, 2.426, 9.363 max_d=9.363 avg_d=0.880 std_dev=1.546
C1' B 0, -0.724, 0.845, 2.415, 9.658 max_d=9.658 avg_d=0.845 std_dev=1.569
C3' B 0, -0.736, 0.915, 2.566, 8.233 max_d=8.233 avg_d=0.915 std_dev=1.651
C4 B 0, -0.868, 0.922, 2.712, 11.589 max_d=11.589 avg_d=0.922 std_dev=1.790
C5 B 0, -0.832, 0.963, 2.759, 11.266 max_d=11.266 avg_d=0.963 std_dev=1.796
C2' B 0, -0.855, 0.987, 2.828, 10.257 max_d=10.257 avg_d=0.987 std_dev=1.842
N3 B 0, -1.027, 1.050, 3.128, 13.446 max_d=13.446 avg_d=1.050 std_dev=2.078
O3' B 0, -1.034, 1.055, 3.143, 9.415 max_d=9.415 avg_d=1.055 std_dev=2.089
C6 B 0, -0.993, 1.121, 3.236, 12.945 max_d=12.945 avg_d=1.121 std_dev=2.114
O2' B 0, -1.099, 1.112, 3.322, 11.758 max_d=11.758 avg_d=1.112 std_dev=2.210
C2 B 0, -1.140, 1.144, 3.428, 14.789 max_d=14.789 avg_d=1.144 std_dev=2.284
N6 B 0, -1.081, 1.232, 3.544, 13.097 max_d=13.097 avg_d=1.232 std_dev=2.312
N1 B 0, -1.122, 1.192, 3.505, 14.655 max_d=14.655 avg_d=1.192 std_dev=2.314

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.17 0.03 0.00 0.08 0.17 0.10 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.13 0.02 0.03 0.07 0.24 0.14 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.10 0.06 0.02 0.03 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.32 0.24 0.25
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.01 0.22 0.13 0.15 0.07 0.02 0.01 0.22 0.01 0.03 0.11 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.21 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.23 0.12 0.01 0.04 0.17 0.35 0.28 0.21
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.05 0.06 0.18 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.24 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.01 0.04 0.19 0.33 0.28 0.22
C5' 0.04 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.05 0.07 0.05 0.09 0.11 0.13 0.01 0.01 0.14 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.22 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.02 0.04 0.14 0.24 0.16 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.07 0.02 0.01 0.07 0.21 0.11 0.08
N3 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.02 0.03 0.11 0.30 0.21 0.15
O2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.24 0.03 0.07 0.06 0.22 0.12 0.07
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.23 0.18 0.19 0.09 0.14 0.13 0.23 0.19 0.00 0.05 0.26 0.13 0.14 0.27 0.24 0.20
O3' 0.17 0.13 0.02 0.01 0.12 0.01 0.19 0.11 0.15 0.07 0.09 0.24 0.05 0.00 0.14 0.11 0.15 0.24 0.18 0.16
O4 0.03 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.03 0.26 0.14 0.00 0.04 0.19 0.39 0.34 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.13 0.11 0.04 0.00 0.05 0.05 0.10 0.05
O5' 0.08 0.07 0.21 0.03 0.17 0.01 0.19 0.01 0.14 0.07 0.11 0.06 0.14 0.15 0.19 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.24 0.32 0.11 0.35 0.09 0.33 0.14 0.24 0.21 0.30 0.22 0.27 0.24 0.39 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.14 0.24 0.06 0.28 0.08 0.28 0.13 0.16 0.11 0.21 0.12 0.24 0.18 0.34 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.09 0.25 0.04 0.21 0.01 0.22 0.01 0.14 0.08 0.15 0.07 0.20 0.16 0.24 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.35 0.83 1.00 0.32 0.83 0.35 0.80 0.40 0.30 0.37 0.37 0.50 0.38 0.32 1.01 1.39 0.48 0.27 0.09 0.13 0.09
C2 0.37 0.24 0.69 0.88 0.23 0.70 0.23 0.72 0.25 0.21 0.23 0.27 0.30 0.24 0.24 0.78 1.21 0.35 0.23 0.09 0.14 0.09
C2' 0.62 0.57 0.91 1.05 0.52 0.90 0.56 0.83 0.61 0.48 0.60 0.57 0.71 0.57 0.50 1.12 1.46 0.60 0.32 0.13 0.12 0.14
C3' 0.60 0.58 0.88 1.00 0.52 0.84 0.55 0.77 0.60 0.47 0.60 0.58 0.69 0.55 0.49 1.10 1.40 0.58 0.26 0.19 0.16 0.16
C4 0.35 0.31 0.68 0.88 0.29 0.60 0.26 0.63 0.26 0.23 0.28 0.32 0.26 0.22 0.29 0.68 1.17 0.27 0.15 0.12 0.17 0.11
C4' 0.51 0.39 0.88 1.04 0.35 0.85 0.38 0.80 0.44 0.32 0.41 0.41 0.56 0.41 0.35 1.08 1.47 0.50 0.25 0.10 0.13 0.09
C5 0.38 0.31 0.76 0.96 0.29 0.67 0.23 0.68 0.23 0.21 0.26 0.33 0.22 0.19 0.29 0.79 1.31 0.30 0.17 0.11 0.16 0.10
C5' 0.53 0.37 0.94 1.10 0.33 0.86 0.31 0.80 0.36 0.27 0.35 0.41 0.46 0.33 0.34 1.13 1.55 0.48 0.24 0.11 0.15 0.08
C6 0.39 0.26 0.80 0.99 0.24 0.73 0.19 0.73 0.20 0.18 0.21 0.30 0.23 0.18 0.26 0.88 1.38 0.33 0.19 0.10 0.15 0.09
N1 0.41 0.27 0.78 0.97 0.25 0.76 0.24 0.76 0.26 0.21 0.25 0.30 0.33 0.25 0.26 0.89 1.35 0.38 0.23 0.09 0.14 0.09
N3 0.29 0.21 0.63 0.83 0.20 0.58 0.17 0.63 0.17 0.16 0.18 0.23 0.18 0.15 0.21 0.65 1.12 0.23 0.16 0.08 0.15 0.08
O2 0.43 0.33 0.67 0.83 0.32 0.73 0.34 0.75 0.37 0.31 0.35 0.34 0.44 0.37 0.32 0.79 1.12 0.46 0.30 0.13 0.14 0.13
O2' 0.87 0.67 1.20 1.33 0.62 1.22 0.55 1.13 0.59 0.50 0.62 0.71 0.66 0.52 0.64 1.44 1.71 0.86 0.59 0.24 0.25 0.28
O3' 0.70 0.61 0.97 1.10 0.54 0.98 0.51 0.92 0.57 0.44 0.59 0.62 0.64 0.48 0.53 1.20 1.49 0.69 0.36 0.11 0.16 0.12
O4 0.44 0.44 0.68 0.84 0.42 0.59 0.40 0.60 0.42 0.36 0.43 0.44 0.43 0.37 0.40 0.65 1.06 0.37 0.19 0.15 0.19 0.14
O4' 0.47 0.27 0.87 1.04 0.25 0.84 0.26 0.80 0.31 0.21 0.27 0.31 0.43 0.30 0.27 1.05 1.46 0.45 0.26 0.09 0.14 0.08
O5' 0.54 0.42 0.97 1.13 0.37 0.85 0.31 0.78 0.33 0.28 0.35 0.46 0.37 0.29 0.38 1.13 1.57 0.46 0.22 0.15 0.19 0.11
OP1 0.81 0.76 1.26 1.41 0.69 1.07 0.60 0.98 0.61 0.56 0.67 0.79 0.58 0.53 0.68 1.40 1.86 0.69 0.49 0.29 0.36 0.31
OP2 0.37 0.33 0.78 0.94 0.28 0.63 0.24 0.59 0.26 0.21 0.29 0.35 0.29 0.23 0.27 0.88 1.35 0.28 0.16 0.27 0.32 0.23
P 0.56 0.48 1.00 1.15 0.42 0.84 0.34 0.76 0.36 0.31 0.40 0.52 0.37 0.30 0.42 1.14 1.59 0.45 0.22 0.17 0.23 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.06 0.10 0.06
C2 0.05 0.00 0.15 0.17 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.03 0.24 0.11 0.33 0.15
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.13 0.15 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.21 0.11 0.11
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.11 0.09 0.15 0.16 0.11 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.22 0.36 0.09 0.17
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.26 0.10 0.32 0.14
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.13 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.35 0.15 0.45 0.22
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.08 0.07 0.12 0.12 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.24 0.23 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.36 0.17 0.50 0.24
C8 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.35 0.13 0.38 0.19
N1 0.04 0.00 0.13 0.15 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.19 0.02 0.30 0.14 0.43 0.20
N3 0.04 0.01 0.15 0.16 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.03 0.20 0.09 0.26 0.11
N6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.14 0.03 0.42 0.22 0.61 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.41 0.17 0.51 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.24 0.08 0.25 0.11
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.13 0.14 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.14 0.06 0.06
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.14 0.09 0.19 0.19 0.14 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.16 0.47 0.09 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.10 0.09 0.11
O5' 0.11 0.24 0.16 0.22 0.26 0.01 0.35 0.01 0.36 0.35 0.30 0.20 0.42 0.41 0.24 0.06 0.16 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.11 0.21 0.36 0.10 0.14 0.15 0.24 0.17 0.13 0.14 0.09 0.22 0.17 0.08 0.14 0.47 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.33 0.11 0.09 0.32 0.13 0.45 0.23 0.50 0.38 0.43 0.26 0.61 0.51 0.25 0.06 0.09 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.15 0.11 0.17 0.14 0.03 0.22 0.01 0.24 0.19 0.20 0.11 0.31 0.26 0.11 0.06 0.19 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00