ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50922

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 5, 12, 6, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.040 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.021, 0.071, 0.121, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.071 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.021, 0.082, 0.142, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.082 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.029, 0.099, 0.168, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.099 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.057, 0.129, 0.201, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.129 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.065, 0.151, 0.238, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.151 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.058, 0.182, 0.305, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.182 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.073, 0.200, 0.327, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.200 std_dev=0.127
C5' A 0, 0.081, 0.213, 0.345, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.213 std_dev=0.132
OP1 B 0, 0.157, 0.294, 0.431, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.294 std_dev=0.137
P B 0, 0.123, 0.271, 0.420, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.271 std_dev=0.149
O5' B 0, 0.099, 0.251, 0.403, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.251 std_dev=0.152
O5' A 0, 0.096, 0.252, 0.408, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.252 std_dev=0.156
OP2 B 0, 0.138, 0.324, 0.509, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.324 std_dev=0.185
P A 0, 0.083, 0.276, 0.469, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.276 std_dev=0.193
C8 B 0, 0.101, 0.306, 0.511, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.306 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.085, 0.292, 0.500, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.292 std_dev=0.208
N9 B 0, 0.095, 0.303, 0.510, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.303 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.139, 0.347, 0.556, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.347 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.083, 0.295, 0.506, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.295 std_dev=0.212
OP1 A 0, 0.122, 0.344, 0.566, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.344 std_dev=0.222
C4' B 0, 0.090, 0.316, 0.542, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.316 std_dev=0.226
N7 B 0, 0.110, 0.340, 0.570, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.340 std_dev=0.230
C4 B 0, 0.097, 0.337, 0.576, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.337 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.047, 0.294, 0.540, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.294 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.104, 0.353, 0.603, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.353 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.086, 0.339, 0.593, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.339 std_dev=0.254
C3' B 0, 0.064, 0.319, 0.573, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.319 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.093, 0.361, 0.629, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.361 std_dev=0.268
O2' B 0, 0.059, 0.337, 0.615, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.337 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.086, 0.369, 0.652, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.369 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.102, 0.403, 0.703, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.403 std_dev=0.301
C2 B 0, 0.080, 0.409, 0.738, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.409 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.089, 0.427, 0.764, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.427 std_dev=0.337
N6 B 0, 0.105, 0.443, 0.781, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.443 std_dev=0.338

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.13 0.11 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.11 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.08 0.13 0.11 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.09 0.13 0.11 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.13 0.11 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.13 0.11 0.08
O2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.06 0.13 0.12 0.09
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.10 0.12 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.12 0.10 0.09
O4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.09 0.14 0.12 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.10 0.13 0.08
O5' 0.03 0.06 0.04 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.13 0.11 0.10 0.13 0.05 0.13 0.02 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.12 0.14 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.05 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.04 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.15 0.17 0.12 0.17 0.14 0.23 0.15 0.14 0.14 0.12 0.19 0.15 0.13 0.15 0.15 0.13 0.15 0.14 0.12 0.11
C2 0.11 0.11 0.14 0.16 0.11 0.15 0.14 0.21 0.16 0.12 0.14 0.10 0.21 0.15 0.11 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.11 0.09
C2' 0.12 0.12 0.14 0.16 0.11 0.15 0.13 0.21 0.15 0.12 0.14 0.11 0.20 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.16 0.14 0.11 0.10
C3' 0.12 0.12 0.14 0.16 0.11 0.16 0.12 0.22 0.14 0.11 0.14 0.11 0.19 0.11 0.11 0.14 0.15 0.13 0.15 0.13 0.11 0.10
C4 0.12 0.12 0.16 0.20 0.11 0.18 0.14 0.23 0.17 0.11 0.15 0.11 0.21 0.16 0.10 0.16 0.18 0.14 0.12 0.10 0.11 0.07
C4' 0.14 0.13 0.16 0.17 0.12 0.18 0.12 0.24 0.13 0.13 0.13 0.13 0.17 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.12 0.11
C5 0.14 0.15 0.18 0.21 0.13 0.20 0.15 0.24 0.18 0.13 0.17 0.13 0.22 0.16 0.13 0.17 0.19 0.16 0.12 0.10 0.10 0.07
C5' 0.14 0.14 0.16 0.18 0.12 0.18 0.12 0.24 0.13 0.13 0.14 0.13 0.16 0.12 0.13 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.13 0.11
C6 0.14 0.14 0.17 0.19 0.13 0.19 0.15 0.24 0.18 0.14 0.17 0.13 0.22 0.15 0.13 0.16 0.17 0.15 0.13 0.11 0.10 0.07
N1 0.12 0.12 0.15 0.17 0.11 0.17 0.14 0.23 0.16 0.13 0.15 0.11 0.21 0.15 0.11 0.14 0.15 0.13 0.14 0.12 0.10 0.08
N3 0.11 0.11 0.14 0.17 0.11 0.15 0.14 0.21 0.16 0.12 0.14 0.10 0.21 0.16 0.10 0.14 0.16 0.12 0.13 0.11 0.10 0.07
O2 0.12 0.12 0.14 0.16 0.12 0.14 0.15 0.20 0.17 0.13 0.15 0.11 0.21 0.16 0.12 0.14 0.15 0.13 0.16 0.15 0.13 0.12
O2' 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.16 0.15 0.20 0.16 0.16 0.16 0.15 0.19 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.13 0.13
O3' 0.12 0.13 0.15 0.17 0.11 0.17 0.12 0.22 0.14 0.11 0.14 0.12 0.19 0.11 0.11 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.12 0.11
O4 0.15 0.14 0.19 0.23 0.14 0.21 0.16 0.25 0.18 0.15 0.16 0.13 0.22 0.18 0.14 0.19 0.22 0.17 0.14 0.12 0.12 0.10
O4' 0.13 0.12 0.16 0.18 0.12 0.18 0.13 0.24 0.14 0.14 0.13 0.12 0.18 0.14 0.13 0.16 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.11
O5' 0.13 0.14 0.16 0.18 0.12 0.18 0.12 0.24 0.14 0.13 0.15 0.13 0.17 0.12 0.13 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.12 0.11
OP1 0.13 0.15 0.16 0.15 0.12 0.14 0.13 0.18 0.16 0.13 0.18 0.13 0.20 0.12 0.12 0.17 0.15 0.13 0.17 0.15 0.13 0.13
OP2 0.12 0.14 0.15 0.16 0.11 0.15 0.12 0.20 0.14 0.13 0.16 0.12 0.18 0.12 0.12 0.15 0.14 0.13 0.17 0.16 0.15 0.14
P 0.12 0.13 0.15 0.15 0.11 0.15 0.11 0.20 0.13 0.12 0.15 0.11 0.17 0.11 0.11 0.15 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.05 0.12 0.12 0.11 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.12 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.14 0.15 0.11
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03 0.14 0.12 0.11 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.18 0.17 0.14 0.16
C5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.18 0.18 0.15 0.16
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.20 0.17 0.15 0.17
N1 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.15 0.15 0.13 0.14
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.10 0.05 0.11 0.10 0.10 0.09
N6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.08 0.03 0.21 0.22 0.19 0.20
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.21 0.20 0.17 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.15 0.12 0.11 0.12
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.04 0.10 0.06 0.12 0.13 0.10 0.07 0.04 0.00 0.04 0.02 0.11 0.12 0.13 0.10
O3' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.10 0.10 0.08 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.14 0.15 0.15 0.12
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.10 0.08 0.10
O5' 0.09 0.12 0.09 0.13 0.14 0.01 0.18 0.01 0.18 0.20 0.15 0.11 0.21 0.21 0.15 0.11 0.14 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.12 0.10 0.14 0.12 0.08 0.17 0.10 0.18 0.17 0.15 0.10 0.22 0.20 0.12 0.12 0.15 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.12 0.15 0.11 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.10 0.19 0.17 0.11 0.13 0.15 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.08 0.11 0.12 0.02 0.16 0.01 0.16 0.17 0.14 0.09 0.20 0.19 0.12 0.10 0.12 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00