ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50923

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 9, 5, 4, 2, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.007, 0.044, 0.081, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.044 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C2' A 0, -0.034, 0.129, 0.293, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.129 std_dev=0.163
O4' A 0, -0.042, 0.130, 0.302, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.130 std_dev=0.172
N7 B 0, 0.112, 0.292, 0.472, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.292 std_dev=0.180
P B 0, 0.124, 0.305, 0.485, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.305 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.120, 0.309, 0.498, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.309 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.110, 0.307, 0.505, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.307 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.070, 0.319, 0.567, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.319 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.133, 0.381, 0.630, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.381 std_dev=0.248
P A 0, 0.151, 0.408, 0.665, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.408 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.185, 0.456, 0.726, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.456 std_dev=0.270
N9 B 0, 0.131, 0.405, 0.679, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.405 std_dev=0.274
C4' A 0, -0.056, 0.225, 0.506, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.225 std_dev=0.281
N6 B 0, 0.131, 0.413, 0.695, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.413 std_dev=0.282
C3' A 0, -0.054, 0.229, 0.512, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.229 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.158, 0.444, 0.730, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.444 std_dev=0.286
OP1 A 0, 0.187, 0.476, 0.765, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.476 std_dev=0.289
O3' B 0, 0.212, 0.504, 0.796, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.504 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.141, 0.433, 0.726, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.433 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.111, 0.407, 0.703, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.407 std_dev=0.296
OP2 A 0, 0.180, 0.485, 0.789, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.485 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.141, 0.449, 0.756, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.449 std_dev=0.307
O4' B 0, 0.127, 0.447, 0.766, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.447 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.174, 0.508, 0.842, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.508 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.141, 0.477, 0.812, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.477 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.076, 0.438, 0.799, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.438 std_dev=0.361
N1 B 0, 0.161, 0.533, 0.905, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.533 std_dev=0.372
O3' A 0, -0.056, 0.322, 0.701, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.322 std_dev=0.378
OP2 B 0, 0.010, 0.401, 0.793, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.401 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.159, 0.555, 0.951, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.555 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.189, 0.590, 0.992, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.590 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.169, 0.584, 1.000, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.584 std_dev=0.415
C5' A 0, -0.092, 0.392, 0.876, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.392 std_dev=0.484

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.20 0.05
C2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.02 0.14 0.08 0.21 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.18 0.10 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.13 0.17 0.01 0.00 0.10 0.01 0.24 0.27 0.08 0.16
C4 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.22 0.13 0.20 0.13
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.23 0.13 0.20 0.13
C5' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.13 0.10 0.16 0.10 0.03 0.01 0.19 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.20 0.10 0.19 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.13 0.08 0.20 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.01 0.02 0.18 0.11 0.21 0.10
O2 0.01 0.00 0.14 0.17 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02 0.04 0.11 0.07 0.21 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02 0.11 0.16 0.03
O3' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.14 0.18 0.04 0.00 0.12 0.01 0.22 0.32 0.10 0.19
O4 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.02 0.23 0.15 0.20 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.25 0.10
O5' 0.05 0.14 0.15 0.24 0.22 0.01 0.23 0.01 0.20 0.13 0.18 0.11 0.02 0.22 0.23 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.08 0.18 0.27 0.13 0.08 0.13 0.08 0.10 0.08 0.11 0.07 0.11 0.32 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.21 0.10 0.08 0.20 0.21 0.20 0.25 0.19 0.20 0.21 0.21 0.16 0.10 0.20 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.09 0.16 0.13 0.03 0.13 0.01 0.10 0.07 0.10 0.06 0.03 0.19 0.14 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.06 0.10 0.07 0.06 0.09 0.09 0.12 0.06 0.11 0.08 0.14 0.09 0.06 0.05 0.12 0.10 0.18 0.20 0.35 0.13
C2 0.17 0.13 0.10 0.07 0.13 0.09 0.11 0.07 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11 0.11 0.14 0.10 0.09 0.20 0.25 0.19 0.34 0.11
C2' 0.17 0.14 0.15 0.11 0.15 0.14 0.14 0.12 0.13 0.18 0.13 0.14 0.14 0.15 0.17 0.15 0.11 0.17 0.29 0.16 0.30 0.11
C3' 0.25 0.18 0.19 0.12 0.19 0.18 0.16 0.14 0.15 0.21 0.15 0.19 0.14 0.17 0.22 0.22 0.11 0.26 0.37 0.14 0.20 0.12
C4 0.24 0.16 0.17 0.12 0.17 0.18 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.18 0.11 0.11 0.19 0.18 0.11 0.27 0.39 0.16 0.19 0.10
C4' 0.09 0.09 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.09 0.12 0.06 0.12 0.07 0.17 0.07 0.07 0.06 0.13 0.13 0.23 0.18 0.26 0.09
C5 0.20 0.12 0.13 0.09 0.13 0.15 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.10 0.15 0.14 0.10 0.24 0.36 0.16 0.19 0.09
C5' 0.15 0.09 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09 0.12 0.08 0.18 0.07 0.11 0.09 0.11 0.21 0.30 0.14 0.15 0.07
C6 0.15 0.10 0.09 0.07 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.09 0.19 0.30 0.16 0.24 0.08
N1 0.13 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.07 0.09 0.16 0.24 0.18 0.31 0.10
N3 0.23 0.17 0.15 0.11 0.17 0.16 0.14 0.10 0.13 0.15 0.14 0.19 0.12 0.12 0.19 0.16 0.10 0.26 0.35 0.18 0.28 0.09
O2 0.15 0.14 0.08 0.07 0.14 0.06 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.14 0.07 0.10 0.17 0.17 0.21 0.39 0.16
O2' 0.08 0.09 0.10 0.14 0.08 0.13 0.10 0.16 0.11 0.10 0.11 0.08 0.13 0.10 0.08 0.09 0.14 0.10 0.18 0.21 0.41 0.17
O3' 0.27 0.22 0.22 0.16 0.23 0.20 0.20 0.15 0.18 0.23 0.19 0.23 0.17 0.20 0.25 0.26 0.15 0.26 0.39 0.14 0.19 0.14
O4 0.29 0.20 0.21 0.15 0.20 0.22 0.15 0.15 0.14 0.17 0.16 0.23 0.12 0.13 0.22 0.23 0.14 0.32 0.42 0.16 0.15 0.14
O4' 0.07 0.12 0.10 0.15 0.10 0.07 0.12 0.09 0.15 0.08 0.14 0.10 0.17 0.11 0.08 0.09 0.18 0.10 0.14 0.23 0.34 0.15
O5' 0.06 0.10 0.09 0.15 0.07 0.09 0.09 0.13 0.12 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09 0.06 0.08 0.18 0.08 0.13 0.29 0.42 0.21
OP1 0.08 0.17 0.10 0.13 0.12 0.08 0.16 0.10 0.22 0.10 0.22 0.13 0.26 0.14 0.09 0.08 0.16 0.11 0.23 0.17 0.25 0.10
OP2 0.31 0.21 0.23 0.16 0.24 0.26 0.20 0.22 0.18 0.25 0.19 0.24 0.17 0.21 0.27 0.26 0.13 0.35 0.45 0.13 0.12 0.16
P 0.12 0.09 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.12 0.08 0.12 0.07 0.16 0.08 0.09 0.08 0.09 0.16 0.26 0.16 0.23 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.11 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.03 0.08 0.07 0.17 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.06 0.14 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.22 0.07 0.20 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.09 0.06 0.19 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.09
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.09 0.10 0.26 0.07
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.09 0.11 0.26 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.11 0.10 0.28 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.03 0.08 0.08 0.22 0.06
N3 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.08 0.07 0.15 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.10 0.14 0.30 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.11 0.14 0.31 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.06 0.19 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.08 0.11 0.08
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.06 0.08 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.36 0.10 0.17 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.21 0.16 0.11 0.16
O5' 0.10 0.08 0.10 0.22 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.10 0.36 0.21 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.08 0.07 0.14 0.14 0.06 0.08 0.10 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.17 0.14 0.20 0.19 0.15 0.26 0.30 0.26 0.28 0.22 0.15 0.30 0.31 0.19 0.11 0.17 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.07 0.04 0.05 0.06 0.09 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.06 0.08 0.10 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00