ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50924

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 11, 2, 2, 2, 1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.005, 0.036, 0.068, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.036 std_dev=0.031
O4' A 0, -0.080, 0.104, 0.288, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.104 std_dev=0.184
C2' A 0, -0.077, 0.125, 0.328, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.125 std_dev=0.203
P B 0, 0.077, 0.350, 0.623, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.350 std_dev=0.273
OP1 B 0, 0.123, 0.399, 0.674, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.399 std_dev=0.275
OP2 B 0, 0.055, 0.340, 0.625, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.340 std_dev=0.285
C3' A 0, -0.079, 0.213, 0.504, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.213 std_dev=0.292
C4' A 0, -0.098, 0.204, 0.506, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.204 std_dev=0.302
O2' A 0, -0.170, 0.196, 0.563, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.196 std_dev=0.366
O5' A 0, -0.032, 0.356, 0.744, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.356 std_dev=0.388
C5' A 0, -0.089, 0.328, 0.745, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.328 std_dev=0.417
O5' B 0, -0.003, 0.421, 0.845, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.421 std_dev=0.424
O3' A 0, -0.109, 0.317, 0.743, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.317 std_dev=0.426
P A 0, -0.058, 0.464, 0.986, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.464 std_dev=0.522
C5' B 0, -0.057, 0.531, 1.120, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.531 std_dev=0.589
C4' B 0, -0.083, 0.615, 1.313, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.615 std_dev=0.698
OP1 A 0, -0.162, 0.557, 1.276, 3.613 max_d=3.613 avg_d=0.557 std_dev=0.719
OP2 A 0, -0.265, 0.576, 1.417, 4.604 max_d=4.604 avg_d=0.576 std_dev=0.841
O4' B 0, -0.167, 0.708, 1.584, 3.141 max_d=3.141 avg_d=0.708 std_dev=0.875
C3' B 0, -0.287, 0.760, 1.808, 4.188 max_d=4.188 avg_d=0.760 std_dev=1.047
O3' B 0, -0.351, 0.873, 2.097, 5.579 max_d=5.579 avg_d=0.873 std_dev=1.224
C1' B 0, -0.373, 0.851, 2.075, 4.653 max_d=4.653 avg_d=0.851 std_dev=1.224
C2' B 0, -0.424, 0.922, 2.267, 5.395 max_d=5.395 avg_d=0.922 std_dev=1.345
O2' B 0, -0.435, 1.082, 2.599, 6.324 max_d=6.324 avg_d=1.082 std_dev=1.517
N9 B 0, -0.646, 0.964, 2.574, 6.777 max_d=6.777 avg_d=0.964 std_dev=1.610
C8 B 0, -0.798, 1.043, 2.883, 7.938 max_d=7.938 avg_d=1.043 std_dev=1.840
C4 B 0, -0.855, 1.102, 3.059, 8.760 max_d=8.760 avg_d=1.102 std_dev=1.957
N3 B 0, -0.873, 1.193, 3.260, 8.645 max_d=8.645 avg_d=1.193 std_dev=2.067
N7 B 0, -1.060, 1.188, 3.436, 10.501 max_d=10.501 avg_d=1.188 std_dev=2.248
C5 B 0, -1.104, 1.208, 3.520, 11.011 max_d=11.011 avg_d=1.208 std_dev=2.312
C2 B 0, -1.132, 1.378, 3.889, 10.937 max_d=10.937 avg_d=1.378 std_dev=2.510
C6 B 0, -1.350, 1.388, 4.126, 13.343 max_d=13.343 avg_d=1.388 std_dev=2.738
N1 B 0, -1.354, 1.467, 4.288, 13.249 max_d=13.249 avg_d=1.467 std_dev=2.821
N6 B 0, -1.591, 1.536, 4.662, 15.683 max_d=15.683 avg_d=1.536 std_dev=3.126

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.02 0.00 0.11 0.24 0.16 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.06 0.19 0.40 0.27 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.10 0.02 0.06 0.14 0.00 0.02 0.04 0.02 0.21 0.30 0.18 0.23
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.15 0.00 0.15 0.01 0.13 0.09 0.13 0.09 0.01 0.01 0.16 0.01 0.16 0.17 0.09 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.15 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.00 0.02 0.28 0.56 0.40 0.34
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.09 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.01 0.04 0.29 0.55 0.38 0.34
C5' 0.04 0.10 0.08 0.01 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.14 0.08 0.05 0.08 0.20 0.01 0.01 0.17 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.10 0.01 0.06 0.24 0.45 0.27 0.26
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.01 0.18 0.37 0.22 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.01 0.05 0.24 0.49 0.34 0.30
O2 0.02 0.00 0.14 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.16 0.02 0.10 0.17 0.36 0.26 0.22
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.17 0.12 0.20 0.05 0.18 0.09 0.12 0.14 0.00 0.04 0.18 0.09 0.14 0.26 0.14 0.17
O3' 0.12 0.10 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.08 0.10 0.07 0.10 0.16 0.04 0.00 0.13 0.09 0.16 0.28 0.14 0.17
O4 0.02 0.02 0.04 0.16 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.13 0.00 0.02 0.30 0.60 0.45 0.38
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.09 0.09 0.02 0.00 0.08 0.12 0.18 0.10
O5' 0.11 0.19 0.21 0.16 0.28 0.01 0.29 0.01 0.24 0.18 0.24 0.17 0.14 0.16 0.30 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.40 0.30 0.17 0.56 0.09 0.55 0.17 0.45 0.37 0.49 0.36 0.26 0.28 0.60 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.27 0.18 0.09 0.40 0.15 0.38 0.22 0.27 0.22 0.34 0.26 0.14 0.14 0.45 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.23 0.14 0.34 0.02 0.34 0.02 0.26 0.22 0.30 0.22 0.17 0.17 0.38 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 1.23 0.57 0.49 1.09 0.41 1.43 0.44 1.58 1.33 1.49 0.98 1.82 1.63 0.97 0.52 0.55 0.53 0.37 0.24 0.25 0.25
C2 0.41 1.10 0.34 0.34 0.78 0.35 1.02 0.43 1.17 1.04 1.23 0.83 1.31 1.20 0.68 0.32 0.38 0.40 0.33 0.23 0.25 0.25
C2' 0.76 1.36 0.64 0.51 1.29 0.39 1.68 0.36 1.82 1.54 1.65 1.14 2.10 1.89 1.16 0.57 0.52 0.62 0.43 0.28 0.28 0.31
C3' 0.65 1.27 0.57 0.48 1.19 0.38 1.60 0.39 1.78 1.41 1.60 1.02 2.13 1.78 1.04 0.53 0.57 0.51 0.34 0.23 0.26 0.26
C4 0.32 1.18 0.22 0.19 0.72 0.29 0.91 0.41 1.10 0.86 1.24 0.88 1.24 1.03 0.55 0.22 0.20 0.33 0.28 0.23 0.27 0.26
C4' 0.66 1.29 0.64 0.55 1.17 0.46 1.57 0.47 1.77 1.35 1.62 1.03 2.12 1.71 1.02 0.61 0.63 0.52 0.33 0.19 0.22 0.21
C5 0.40 1.24 0.29 0.24 0.83 0.32 1.08 0.43 1.28 0.97 1.37 0.94 1.47 1.20 0.67 0.28 0.26 0.38 0.30 0.23 0.26 0.26
C5' 0.63 1.32 0.60 0.50 1.14 0.45 1.53 0.49 1.76 1.28 1.64 1.03 2.12 1.63 0.97 0.58 0.57 0.50 0.28 0.14 0.19 0.16
C6 0.47 1.25 0.38 0.33 0.92 0.35 1.21 0.44 1.41 1.09 1.44 0.95 1.63 1.34 0.77 0.35 0.35 0.44 0.32 0.23 0.26 0.25
N1 0.50 1.19 0.42 0.38 0.92 0.37 1.21 0.44 1.38 1.15 1.38 0.91 1.58 1.39 0.80 0.39 0.42 0.46 0.34 0.23 0.25 0.25
N3 0.30 1.11 0.21 0.22 0.68 0.30 0.86 0.41 1.04 0.87 1.17 0.84 1.15 1.01 0.53 0.22 0.25 0.33 0.29 0.22 0.26 0.25
O2 0.45 1.01 0.42 0.43 0.77 0.38 1.00 0.43 1.11 1.11 1.13 0.78 1.23 1.22 0.71 0.38 0.47 0.43 0.36 0.23 0.25 0.25
O2' 0.91 1.52 0.80 0.65 1.49 0.49 1.91 0.40 2.05 1.68 1.83 1.31 2.35 2.09 1.33 0.73 0.66 0.73 0.45 0.27 0.25 0.28
O3' 0.63 1.17 0.63 0.62 1.12 0.51 1.57 0.49 1.76 1.34 1.54 0.92 2.17 1.73 0.98 0.64 0.81 0.48 0.27 0.13 0.19 0.14
O4 0.29 1.17 0.22 0.16 0.67 0.28 0.82 0.39 1.02 0.77 1.19 0.89 1.13 0.93 0.49 0.23 0.17 0.29 0.25 0.24 0.28 0.27
O4' 0.61 1.23 0.60 0.53 1.07 0.48 1.43 0.52 1.62 1.25 1.52 0.97 1.90 1.56 0.93 0.57 0.61 0.51 0.33 0.22 0.24 0.23
O5' 0.57 1.26 0.52 0.46 1.06 0.48 1.42 0.57 1.65 1.20 1.57 0.97 1.99 1.53 0.89 0.50 0.51 0.52 0.39 0.29 0.31 0.32
OP1 0.50 1.15 0.50 0.52 0.90 0.61 1.25 0.75 1.52 0.99 1.46 0.85 1.86 1.30 0.73 0.52 0.59 0.51 0.42 0.45 0.45 0.42
OP2 0.46 1.10 0.46 0.42 0.83 0.56 1.16 0.68 1.40 1.00 1.37 0.80 1.72 1.27 0.69 0.48 0.44 0.50 0.38 0.36 0.38 0.36
P 0.54 1.22 0.50 0.45 0.98 0.53 1.33 0.64 1.58 1.10 1.52 0.92 1.91 1.41 0.81 0.50 0.49 0.52 0.38 0.31 0.34 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.16 0.26 0.17 0.19
C2 0.03 0.00 0.24 0.36 0.01 0.30 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.38 0.24 0.67 0.80 0.99 0.80
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.08 0.13 0.10 0.20 0.23 0.11 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.18 0.31 0.22 0.24
C3' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.19 0.01 0.17 0.02 0.22 0.23 0.30 0.34 0.20 0.21 0.11 0.02 0.01 0.03 0.15 0.32 0.17 0.18
C4 0.02 0.01 0.13 0.19 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.12 0.39 0.52 0.54 0.46
C4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.14 0.00 0.09 0.01 0.14 0.20 0.23 0.29 0.11 0.15 0.05 0.16 0.02 0.00 0.01 0.17 0.14 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.10 0.06 0.42 0.60 0.56 0.49
C5' 0.05 0.49 0.08 0.02 0.25 0.01 0.22 0.00 0.28 0.30 0.40 0.44 0.27 0.27 0.13 0.09 0.09 0.02 0.01 0.21 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.22 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.11 0.46 0.67 0.70 0.57
C8 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.19 0.15 0.57 0.69 0.58 0.59
N1 0.02 0.00 0.20 0.30 0.01 0.23 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.18 0.57 0.75 0.89 0.71
N3 0.03 0.00 0.23 0.34 0.00 0.29 0.01 0.44 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.34 0.24 0.60 0.68 0.83 0.69
N6 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.11 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.15 0.08 0.48 0.73 0.71 0.59
N7 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.14 0.09 0.54 0.73 0.64 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.31 0.44 0.34 0.34
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.12 0.16 0.15 0.09 0.16 0.25 0.18 0.23 0.18 0.23 0.11 0.00 0.04 0.10 0.10 0.26 0.16 0.17
O3' 0.12 0.38 0.03 0.01 0.16 0.02 0.10 0.09 0.18 0.19 0.30 0.34 0.15 0.14 0.06 0.04 0.00 0.07 0.22 0.45 0.20 0.24
O4' 0.00 0.24 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.15 0.18 0.24 0.08 0.09 0.02 0.10 0.07 0.00 0.16 0.21 0.12 0.16
O5' 0.16 0.67 0.18 0.15 0.39 0.01 0.42 0.01 0.46 0.57 0.57 0.60 0.48 0.54 0.31 0.10 0.22 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.80 0.31 0.32 0.52 0.17 0.60 0.21 0.67 0.69 0.75 0.68 0.73 0.73 0.44 0.26 0.45 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.99 0.22 0.17 0.54 0.14 0.56 0.24 0.70 0.58 0.89 0.83 0.71 0.64 0.34 0.16 0.20 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.80 0.24 0.18 0.46 0.05 0.49 0.02 0.57 0.59 0.71 0.69 0.59 0.60 0.34 0.17 0.24 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00