ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50925

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 7, 8, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.024, 0.047, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.025, 0.073, 0.122, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.073 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.014, 0.063, 0.112, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.063 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.029, 0.088, 0.147, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.088 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.035, 0.095, 0.155, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.095 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.042, 0.115, 0.188, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.115 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.005, 0.093, 0.180, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.093 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.105, 0.223, 0.341, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.223 std_dev=0.118
P A 0, 0.153, 0.301, 0.450, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.301 std_dev=0.149
OP1 B 0, 0.154, 0.313, 0.473, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.313 std_dev=0.160
OP2 B 0, 0.154, 0.322, 0.490, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.322 std_dev=0.168
P B 0, 0.142, 0.310, 0.479, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.310 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.005, 0.174, 0.343, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.174 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.122, 0.305, 0.488, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.305 std_dev=0.183
O5' B 0, 0.137, 0.344, 0.551, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.344 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.179, 0.396, 0.612, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.396 std_dev=0.217
C5' B 0, 0.128, 0.345, 0.562, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.345 std_dev=0.217
C4' B 0, 0.153, 0.406, 0.658, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.406 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.170, 0.429, 0.688, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.429 std_dev=0.259
C8 B 0, 0.247, 0.521, 0.796, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.521 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.167, 0.448, 0.729, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.448 std_dev=0.281
N7 B 0, 0.245, 0.539, 0.833, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.539 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.168, 0.465, 0.762, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.465 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.184, 0.483, 0.782, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.483 std_dev=0.299
N9 B 0, 0.206, 0.508, 0.811, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.508 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.180, 0.494, 0.808, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.494 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.164, 0.498, 0.831, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.498 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.207, 0.545, 0.884, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.545 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.182, 0.528, 0.875, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.528 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.190, 0.573, 0.956, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.573 std_dev=0.383
N6 B 0, 0.208, 0.595, 0.982, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.595 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.143, 0.536, 0.930, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.536 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.158, 0.585, 1.013, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.585 std_dev=0.428
C2 B 0, 0.137, 0.567, 0.997, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.567 std_dev=0.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.11 0.16 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.10 0.12 0.23 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.18 0.17 0.13
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.15 0.09 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.14 0.29 0.17
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.13 0.14 0.29 0.17
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.12 0.12 0.25 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.22 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.13 0.27 0.15
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.08 0.12 0.21 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.20 0.19 0.14
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.07 0.06
O4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.15 0.30 0.18
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.10 0.05
O5' 0.07 0.10 0.08 0.03 0.13 0.01 0.13 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.08 0.02 0.13 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.12 0.18 0.15 0.14 0.06 0.14 0.04 0.12 0.11 0.13 0.12 0.20 0.14 0.15 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.23 0.17 0.09 0.29 0.05 0.29 0.02 0.25 0.22 0.27 0.21 0.19 0.07 0.30 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.13 0.08 0.17 0.02 0.17 0.01 0.15 0.13 0.15 0.12 0.14 0.06 0.18 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07
C2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.07
C2' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.15 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09
C3' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.14 0.11 0.13 0.11 0.15 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
C4 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.13 0.15 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15
C4' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.09 0.12 0.09 0.14 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07
C5 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13
C5' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.14 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08
C6 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10
N1 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08
N3 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11 0.14 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.15 0.12
O2 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.10 0.07
O2' 0.11 0.14 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.15 0.12 0.14 0.13 0.16 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10
O3' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.11 0.15 0.12 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06
O4 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.19 0.18 0.18
O4' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.13 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07
O5' 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.14 0.11
OP1 0.12 0.14 0.10 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10 0.15 0.14 0.15 0.13 0.17 0.15 0.13 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.17 0.13
OP2 0.23 0.23 0.22 0.21 0.23 0.22 0.23 0.22 0.23 0.23 0.23 0.23 0.23 0.23 0.23 0.21 0.20 0.23 0.23 0.23 0.25 0.24
P 0.12 0.14 0.12 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.14 0.14 0.13 0.16 0.14 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00