ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50926

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 4, 1, 6, 3, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O4 A 0, -0.002, 0.028, 0.057, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.028 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.105, 0.231, 0.357, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.231 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.087, 0.219, 0.352, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.219 std_dev=0.132
O4' A 0, 0.079, 0.218, 0.356, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.218 std_dev=0.139
C4' A 0, 0.124, 0.335, 0.546, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.136, 0.358, 0.580, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.358 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.291, 0.526, 0.762, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.526 std_dev=0.235
P B 0, 0.435, 0.724, 1.013, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.724 std_dev=0.289
O3' A 0, 0.208, 0.519, 0.829, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.519 std_dev=0.310
O5' A 0, 0.210, 0.521, 0.832, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.521 std_dev=0.311
OP1 B 0, 0.398, 0.719, 1.039, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.719 std_dev=0.321
C5' A 0, 0.217, 0.544, 0.871, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.544 std_dev=0.327
N7 B 0, 0.425, 0.829, 1.233, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.829 std_dev=0.404
C8 B 0, 0.505, 0.915, 1.325, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.915 std_dev=0.410
C5 B 0, 0.441, 0.865, 1.290, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.865 std_dev=0.425
C4 B 0, 0.523, 0.963, 1.403, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.963 std_dev=0.440
N9 B 0, 0.571, 1.016, 1.460, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.016 std_dev=0.445
P A 0, 0.306, 0.753, 1.199, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.753 std_dev=0.447
C6 B 0, 0.425, 0.892, 1.359, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.892 std_dev=0.467
N3 B 0, 0.563, 1.043, 1.523, 2.210 max_d=2.210 avg_d=1.043 std_dev=0.480
C2 B 0, 0.526, 1.009, 1.492, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.009 std_dev=0.483
N1 B 0, 0.473, 0.960, 1.448, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.960 std_dev=0.487
O4' B 0, 0.651, 1.160, 1.669, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.160 std_dev=0.509
OP1 A 0, 0.355, 0.867, 1.378, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.867 std_dev=0.512
C1' B 0, 0.681, 1.194, 1.706, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.194 std_dev=0.512
N6 B 0, 0.415, 0.929, 1.443, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.929 std_dev=0.514
O5' B 0, 0.478, 1.003, 1.528, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.003 std_dev=0.525
OP2 A 0, 0.255, 0.805, 1.354, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.805 std_dev=0.550
C3' B 0, 0.734, 1.292, 1.850, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.292 std_dev=0.558
C4' B 0, 0.729, 1.301, 1.873, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.301 std_dev=0.572
C2' B 0, 0.755, 1.328, 1.901, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.328 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.839, 1.467, 2.095, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.467 std_dev=0.628
C5' B 0, 0.650, 1.301, 1.953, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.301 std_dev=0.652
O2' B 0, 0.865, 1.545, 2.225, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.545 std_dev=0.680

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.05 0.05 0.16 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.09 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.08 0.10 0.18 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.09 0.10 0.17 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.07 0.07 0.15 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.14 0.07
N3 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.07 0.08 0.18 0.10
O2 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.01 0.07 0.05 0.05 0.16 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.10 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.13 0.15 0.09
O4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.09 0.12 0.19 0.11
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.11 0.06
O5' 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.09 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.07 0.04 0.08 0.05 0.10 0.13 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.16 0.06 0.09 0.18 0.03 0.17 0.03 0.15 0.14 0.18 0.16 0.06 0.15 0.19 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.05 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.10 0.09 0.04 0.09 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.34 0.20 0.20 0.30 0.32 0.31 0.43 0.36 0.25 0.36 0.32 0.38 0.27 0.27 0.22 0.19 0.32 0.36 0.20 0.23 0.21
C2 0.20 0.28 0.15 0.13 0.26 0.25 0.29 0.38 0.31 0.23 0.31 0.26 0.33 0.28 0.23 0.16 0.14 0.25 0.29 0.18 0.20 0.18
C2' 0.31 0.40 0.23 0.21 0.34 0.32 0.34 0.39 0.40 0.27 0.42 0.36 0.44 0.29 0.30 0.27 0.21 0.33 0.36 0.16 0.18 0.15
C3' 0.30 0.38 0.22 0.20 0.32 0.32 0.32 0.40 0.37 0.26 0.40 0.35 0.40 0.27 0.29 0.25 0.19 0.33 0.35 0.15 0.17 0.15
C4 0.22 0.29 0.22 0.16 0.27 0.21 0.30 0.32 0.32 0.27 0.31 0.27 0.34 0.30 0.25 0.19 0.16 0.23 0.18 0.19 0.16 0.17
C4' 0.30 0.38 0.23 0.23 0.33 0.34 0.33 0.44 0.37 0.28 0.39 0.35 0.39 0.29 0.30 0.25 0.22 0.34 0.37 0.19 0.21 0.20
C5 0.22 0.31 0.21 0.14 0.28 0.22 0.31 0.34 0.34 0.26 0.33 0.28 0.36 0.30 0.26 0.20 0.14 0.24 0.21 0.19 0.17 0.17
C5' 0.31 0.40 0.25 0.24 0.35 0.34 0.36 0.44 0.40 0.30 0.41 0.37 0.42 0.32 0.32 0.27 0.22 0.34 0.35 0.20 0.21 0.20
C6 0.23 0.33 0.19 0.13 0.29 0.25 0.32 0.37 0.35 0.26 0.35 0.30 0.38 0.30 0.26 0.20 0.12 0.26 0.26 0.19 0.19 0.18
N1 0.23 0.32 0.17 0.14 0.28 0.27 0.31 0.39 0.34 0.24 0.34 0.29 0.36 0.29 0.25 0.19 0.14 0.27 0.30 0.19 0.21 0.19
N3 0.20 0.28 0.19 0.13 0.26 0.21 0.29 0.34 0.30 0.25 0.30 0.26 0.32 0.29 0.24 0.16 0.15 0.23 0.21 0.18 0.16 0.16
O2 0.19 0.27 0.13 0.16 0.24 0.27 0.27 0.40 0.30 0.20 0.29 0.24 0.32 0.26 0.20 0.15 0.19 0.26 0.34 0.19 0.23 0.18
O2' 0.34 0.43 0.27 0.26 0.35 0.35 0.34 0.42 0.42 0.27 0.45 0.39 0.48 0.27 0.31 0.31 0.26 0.35 0.42 0.18 0.22 0.19
O3' 0.31 0.40 0.23 0.22 0.32 0.32 0.31 0.39 0.37 0.25 0.41 0.36 0.40 0.25 0.29 0.27 0.21 0.33 0.36 0.15 0.15 0.13
O4 0.24 0.29 0.26 0.21 0.28 0.20 0.30 0.30 0.31 0.28 0.30 0.27 0.33 0.31 0.27 0.22 0.21 0.24 0.17 0.21 0.17 0.18
O4' 0.29 0.36 0.23 0.23 0.33 0.34 0.34 0.46 0.37 0.29 0.37 0.34 0.38 0.31 0.30 0.24 0.22 0.34 0.37 0.24 0.25 0.24
O5' 0.28 0.37 0.24 0.19 0.33 0.29 0.35 0.39 0.39 0.29 0.39 0.34 0.42 0.32 0.30 0.26 0.17 0.31 0.28 0.19 0.19 0.18
OP1 0.29 0.41 0.24 0.20 0.35 0.30 0.37 0.41 0.43 0.30 0.44 0.37 0.46 0.33 0.31 0.26 0.18 0.31 0.30 0.20 0.19 0.20
OP2 0.25 0.30 0.22 0.24 0.27 0.34 0.29 0.48 0.33 0.26 0.33 0.28 0.36 0.28 0.26 0.22 0.28 0.32 0.36 0.26 0.26 0.28
P 0.26 0.35 0.22 0.20 0.30 0.31 0.32 0.44 0.36 0.27 0.37 0.32 0.40 0.30 0.28 0.23 0.20 0.31 0.32 0.22 0.20 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.23 0.18
C2 0.02 0.00 0.14 0.15 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.18 0.08 0.12 0.13 0.32 0.25
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.20 0.12
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.13 0.07 0.15 0.13 0.13 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.19 0.16 0.13
C4 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 0.11 0.11 0.31 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.03 0.07 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.07
C5 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.14 0.14 0.34 0.25
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.16 0.09 0.05 0.15 0.17 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.04 0.15 0.16 0.35 0.26
C8 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.06 0.15 0.12 0.32 0.22
N1 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.17 0.07 0.14 0.15 0.34 0.26
N3 0.02 0.00 0.14 0.13 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.15 0.08 0.10 0.11 0.30 0.24
N6 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.14 0.03 0.17 0.18 0.36 0.26
N7 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.16 0.15 0.34 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.09 0.29 0.21
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.06 0.10 0.12 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.22 0.11 0.07
O3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.02 0.14 0.08 0.17 0.15 0.14 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.32 0.12 0.12
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.11 0.21 0.19
O5' 0.05 0.12 0.10 0.16 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.15 0.14 0.10 0.17 0.16 0.10 0.02 0.15 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.13 0.12 0.19 0.11 0.11 0.14 0.08 0.16 0.12 0.15 0.11 0.18 0.15 0.09 0.22 0.32 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.32 0.20 0.16 0.31 0.09 0.34 0.10 0.35 0.32 0.34 0.30 0.36 0.34 0.29 0.11 0.12 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.25 0.12 0.13 0.23 0.07 0.25 0.01 0.26 0.22 0.26 0.24 0.26 0.24 0.21 0.07 0.12 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00