ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50927

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 5, 7, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.032, 0.054, 0.077, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.054 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.047, 0.091, 0.135, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.091 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.028, 0.134, 0.240, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.134 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.028, 0.144, 0.259, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.144 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.047, 0.166, 0.284, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.166 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.029, 0.207, 0.385, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.207 std_dev=0.178
C3' A 0, 0.057, 0.238, 0.418, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.238 std_dev=0.181
O5' A 0, 0.094, 0.291, 0.488, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.291 std_dev=0.197
P B 0, 0.549, 0.757, 0.965, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.757 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.540, 0.798, 1.056, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.798 std_dev=0.258
OP1 B 0, 0.490, 0.755, 1.019, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.755 std_dev=0.265
O3' A 0, 0.139, 0.418, 0.698, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.418 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.037, 0.332, 0.626, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.332 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.530, 0.838, 1.145, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.838 std_dev=0.308
P A 0, 0.056, 0.375, 0.694, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.375 std_dev=0.319
OP2 A 0, 0.135, 0.496, 0.858, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.496 std_dev=0.362
OP1 A 0, 0.016, 0.403, 0.791, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.403 std_dev=0.388
C4' B 0, 0.649, 1.254, 1.860, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.254 std_dev=0.606
C5' B 0, 0.602, 1.238, 1.874, 2.295 max_d=2.295 avg_d=1.238 std_dev=0.636
O4' B 0, 0.572, 1.283, 1.993, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.283 std_dev=0.710
O3' B 0, 0.477, 1.359, 2.241, 4.096 max_d=4.096 avg_d=1.359 std_dev=0.882
C3' B 0, 0.442, 1.370, 2.298, 3.695 max_d=3.695 avg_d=1.370 std_dev=0.928
C1' B 0, 0.440, 1.459, 2.479, 3.433 max_d=3.433 avg_d=1.459 std_dev=1.019
C8 B 0, 0.295, 1.357, 2.420, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.357 std_dev=1.062
N9 B 0, 0.354, 1.486, 2.617, 3.541 max_d=3.541 avg_d=1.486 std_dev=1.132
C2' B 0, 0.353, 1.487, 2.620, 4.158 max_d=4.158 avg_d=1.487 std_dev=1.133
N7 B 0, 0.232, 1.469, 2.706, 3.791 max_d=3.791 avg_d=1.469 std_dev=1.237
O2' B 0, 0.353, 1.619, 2.886, 5.260 max_d=5.260 avg_d=1.619 std_dev=1.267
C4 B 0, 0.308, 1.700, 3.092, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.700 std_dev=1.392
C5 B 0, 0.214, 1.681, 3.148, 4.026 max_d=4.026 avg_d=1.681 std_dev=1.467
N3 B 0, 0.356, 1.928, 3.500, 4.674 max_d=4.674 avg_d=1.928 std_dev=1.572
C6 B 0, 0.143, 1.919, 3.696, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.919 std_dev=1.776
C2 B 0, 0.307, 2.146, 3.984, 5.327 max_d=5.327 avg_d=2.146 std_dev=1.838
N6 B 0, 0.047, 1.966, 3.884, 5.053 max_d=5.053 avg_d=1.966 std_dev=1.919
N1 B 0, 0.203, 2.158, 4.114, 5.437 max_d=5.437 avg_d=2.158 std_dev=1.956

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.08 0.08 0.14 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.13 0.15 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.18 0.18 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.14 0.19 0.15
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.13 0.15 0.18 0.15
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.11 0.11 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.02 0.10 0.11 0.16 0.12
O2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.05 0.06 0.07 0.13 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.11 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.12 0.12 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.03 0.11 0.04 0.07 0.10 0.04 0.00 0.12 0.02 0.14 0.26 0.22 0.19
O4 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.00 0.03 0.14 0.16 0.21 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.09 0.09 0.10
O5' 0.04 0.08 0.07 0.11 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.07 0.10 0.06 0.05 0.14 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.08 0.13 0.18 0.14 0.06 0.15 0.06 0.11 0.08 0.11 0.07 0.12 0.26 0.16 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.15 0.18 0.19 0.04 0.18 0.01 0.13 0.12 0.16 0.13 0.12 0.22 0.21 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.09 0.13 0.15 0.01 0.15 0.01 0.11 0.07 0.12 0.07 0.06 0.19 0.17 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.48 0.45 0.56 0.53 0.41 0.59 0.39 0.54 0.68 0.49 0.48 0.55 0.71 0.57 0.42 0.60 0.47 0.31 0.13 0.15 0.12
C2 0.35 0.37 0.24 0.39 0.35 0.38 0.39 0.45 0.40 0.46 0.39 0.34 0.42 0.45 0.37 0.25 0.47 0.44 0.27 0.14 0.14 0.12
C2' 0.59 0.52 0.53 0.60 0.62 0.41 0.73 0.30 0.69 0.81 0.58 0.53 0.77 0.88 0.66 0.51 0.62 0.49 0.33 0.16 0.18 0.14
C3' 0.56 0.55 0.50 0.57 0.61 0.40 0.70 0.32 0.69 0.73 0.61 0.54 0.77 0.80 0.62 0.47 0.60 0.47 0.31 0.17 0.17 0.13
C4 0.38 0.59 0.31 0.32 0.53 0.45 0.61 0.61 0.68 0.49 0.66 0.52 0.74 0.60 0.45 0.38 0.41 0.46 0.20 0.18 0.13 0.14
C4' 0.58 0.63 0.54 0.63 0.64 0.44 0.70 0.42 0.71 0.71 0.67 0.61 0.76 0.76 0.63 0.50 0.65 0.48 0.30 0.13 0.15 0.12
C5 0.43 0.67 0.31 0.40 0.58 0.48 0.67 0.62 0.75 0.54 0.74 0.59 0.83 0.65 0.50 0.36 0.47 0.49 0.21 0.17 0.12 0.13
C5' 0.56 0.73 0.52 0.62 0.66 0.47 0.72 0.49 0.79 0.64 0.78 0.67 0.86 0.71 0.61 0.48 0.65 0.49 0.29 0.13 0.12 0.10
C6 0.45 0.63 0.31 0.45 0.57 0.47 0.64 0.56 0.70 0.56 0.68 0.56 0.76 0.65 0.51 0.32 0.52 0.50 0.24 0.16 0.12 0.13
N1 0.44 0.48 0.31 0.46 0.48 0.42 0.53 0.48 0.54 0.56 0.52 0.45 0.56 0.60 0.48 0.31 0.52 0.48 0.27 0.14 0.14 0.12
N3 0.32 0.45 0.24 0.29 0.41 0.40 0.47 0.53 0.51 0.41 0.50 0.40 0.56 0.48 0.36 0.29 0.39 0.43 0.22 0.15 0.11 0.13
O2 0.34 0.21 0.30 0.46 0.24 0.33 0.25 0.32 0.23 0.46 0.22 0.20 0.25 0.39 0.33 0.28 0.51 0.41 0.31 0.12 0.17 0.12
O2' 0.76 0.76 0.74 0.75 0.87 0.48 1.05 0.30 1.04 1.04 0.86 0.75 1.18 1.20 0.87 0.72 0.73 0.57 0.37 0.17 0.20 0.16
O3' 0.68 0.74 0.62 0.65 0.78 0.45 0.90 0.30 0.93 0.87 0.83 0.71 1.07 0.98 0.76 0.60 0.66 0.54 0.34 0.19 0.19 0.16
O4 0.40 0.64 0.41 0.31 0.57 0.46 0.66 0.64 0.73 0.53 0.71 0.57 0.81 0.65 0.49 0.49 0.38 0.45 0.19 0.19 0.17 0.15
O4' 0.57 0.68 0.52 0.62 0.66 0.47 0.73 0.49 0.75 0.70 0.72 0.64 0.80 0.77 0.63 0.48 0.65 0.52 0.31 0.13 0.14 0.13
O5' 0.48 0.72 0.39 0.53 0.61 0.44 0.68 0.50 0.77 0.56 0.78 0.63 0.86 0.64 0.54 0.36 0.57 0.46 0.28 0.16 0.14 0.12
OP1 0.54 0.87 0.46 0.58 0.71 0.48 0.77 0.53 0.90 0.60 0.95 0.76 1.00 0.69 0.60 0.42 0.62 0.49 0.27 0.15 0.13 0.12
OP2 0.46 0.80 0.37 0.49 0.65 0.46 0.72 0.56 0.87 0.52 0.89 0.69 0.98 0.64 0.53 0.38 0.54 0.47 0.29 0.19 0.16 0.16
P 0.55 0.89 0.45 0.58 0.73 0.52 0.80 0.59 0.94 0.61 0.97 0.77 1.05 0.71 0.62 0.42 0.62 0.53 0.25 0.17 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.21 0.34 0.32 0.17
C2 0.03 0.00 0.30 0.27 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.25 0.41 0.40 0.41 0.30
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.16 0.02 0.09 0.09 0.16 0.14 0.25 0.29 0.13 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.38 0.67 0.35 0.42
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.21 0.00 0.23 0.03 0.27 0.16 0.29 0.23 0.28 0.20 0.13 0.02 0.01 0.02 0.36 0.61 0.11 0.35
C4 0.02 0.01 0.16 0.21 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.17 0.14 0.36 0.36 0.38 0.24
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.20 0.10 0.13 0.13 0.18 0.08 0.15 0.03 0.00 0.02 0.21 0.30 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.23 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.17 0.07 0.37 0.35 0.40 0.25
C5' 0.06 0.24 0.09 0.03 0.20 0.00 0.28 0.00 0.28 0.35 0.25 0.21 0.34 0.36 0.18 0.07 0.10 0.02 0.01 0.22 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.27 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.23 0.12 0.40 0.37 0.43 0.28
C8 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01 0.20 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.10 0.15 0.31 0.32 0.37 0.19
N1 0.03 0.00 0.25 0.29 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.26 0.20 0.42 0.38 0.43 0.30
N3 0.03 0.00 0.29 0.23 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.25 0.38 0.39 0.39 0.28
N6 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.13 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.24 0.09 0.41 0.37 0.44 0.29
N7 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.18 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.14 0.08 0.35 0.34 0.40 0.23
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.30 0.34 0.35 0.19
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.10 0.15 0.13 0.07 0.13 0.27 0.18 0.24 0.14 0.24 0.10 0.00 0.04 0.11 0.16 0.53 0.36 0.29
O3' 0.15 0.26 0.02 0.01 0.17 0.03 0.17 0.10 0.23 0.10 0.26 0.23 0.24 0.14 0.09 0.04 0.00 0.10 0.28 0.53 0.16 0.29
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.02 0.12 0.15 0.20 0.25 0.09 0.08 0.01 0.11 0.10 0.00 0.11 0.12 0.40 0.13
O5' 0.21 0.41 0.38 0.36 0.36 0.02 0.37 0.01 0.40 0.31 0.42 0.38 0.41 0.35 0.30 0.16 0.28 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.34 0.40 0.67 0.61 0.36 0.21 0.35 0.22 0.37 0.32 0.38 0.39 0.37 0.34 0.34 0.53 0.53 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.41 0.35 0.11 0.38 0.30 0.40 0.40 0.43 0.37 0.43 0.39 0.44 0.40 0.35 0.36 0.16 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.30 0.42 0.35 0.24 0.05 0.25 0.01 0.28 0.19 0.30 0.28 0.29 0.23 0.19 0.29 0.29 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00