ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50928

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 5, 3, 3, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.016, 0.050, 0.084, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.050 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.047, 0.116, 0.185, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.116 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.019, 0.088, 0.158, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.088 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.010, 0.098, 0.187, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.098 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.064, 0.181, 0.297, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.181 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.042, 0.187, 0.332, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.187 std_dev=0.145
P B 0, 0.211, 0.359, 0.508, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.359 std_dev=0.148
O3' A 0, 0.068, 0.243, 0.418, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.243 std_dev=0.175
C4' A 0, 0.036, 0.239, 0.442, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.239 std_dev=0.203
OP1 B 0, 0.317, 0.581, 0.845, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.581 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.169, 0.470, 0.772, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.470 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.185, 0.574, 0.964, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.574 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.087, 0.499, 0.911, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.499 std_dev=0.412
C5' A 0, 0.040, 0.518, 0.997, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.518 std_dev=0.478
C5' B 0, 0.189, 0.819, 1.449, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.819 std_dev=0.630
C4' B 0, 0.211, 0.914, 1.617, 2.823 max_d=2.823 avg_d=0.914 std_dev=0.703
O4' B 0, 0.212, 0.965, 1.719, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.965 std_dev=0.754
C4 B 0, 0.096, 0.945, 1.794, 3.481 max_d=3.481 avg_d=0.945 std_dev=0.849
C3' B 0, 0.122, 0.978, 1.834, 3.422 max_d=3.422 avg_d=0.978 std_dev=0.856
OP1 A 0, 0.138, 1.006, 1.873, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.006 std_dev=0.867
P A 0, 0.074, 0.952, 1.829, 2.788 max_d=2.788 avg_d=0.952 std_dev=0.878
N3 B 0, 0.183, 1.082, 1.980, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.082 std_dev=0.898
C1' B 0, 0.172, 1.095, 2.019, 3.412 max_d=3.412 avg_d=1.095 std_dev=0.924
N9 B 0, 0.039, 0.998, 1.957, 3.674 max_d=3.674 avg_d=0.998 std_dev=0.959
C5 B 0, 0.116, 1.131, 2.145, 4.008 max_d=4.008 avg_d=1.131 std_dev=1.014
O3' B 0, 0.186, 1.229, 2.272, 3.604 max_d=3.604 avg_d=1.229 std_dev=1.043
C6 B 0, 0.275, 1.429, 2.583, 4.073 max_d=4.073 avg_d=1.429 std_dev=1.154
OP2 A 0, 0.135, 1.299, 2.462, 3.730 max_d=3.730 avg_d=1.299 std_dev=1.163
C2' B 0, 0.152, 1.369, 2.586, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.369 std_dev=1.217
N7 B 0, 0.035, 1.280, 2.524, 4.459 max_d=4.459 avg_d=1.280 std_dev=1.244
C2 B 0, 0.176, 1.421, 2.667, 5.217 max_d=5.217 avg_d=1.421 std_dev=1.246
C8 B 0, -0.036, 1.256, 2.549, 4.247 max_d=4.247 avg_d=1.256 std_dev=1.292
N1 B 0, 0.259, 1.598, 2.936, 5.105 max_d=5.105 avg_d=1.598 std_dev=1.339
N6 B 0, 0.302, 1.677, 3.051, 4.632 max_d=4.632 avg_d=1.677 std_dev=1.374
O2' B 0, 0.151, 2.079, 4.007, 4.977 max_d=4.977 avg_d=2.079 std_dev=1.928

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.11 0.17 0.35 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.06 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.27 0.28 0.49 0.27
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.19 0.37 0.42 0.24
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.10 0.07 0.09 0.11 0.02 0.01 0.09 0.03 0.25 0.45 0.43 0.32
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.11 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.37 0.38 0.55 0.39
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.11 0.00 0.01 0.21 0.30 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.14 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.05 0.38 0.37 0.52 0.38
C5' 0.04 0.17 0.03 0.04 0.29 0.01 0.32 0.00 0.28 0.17 0.23 0.12 0.06 0.05 0.31 0.02 0.01 0.16 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.05 0.33 0.30 0.46 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.24 0.24 0.43 0.22
N3 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.32 0.33 0.54 0.33
O2 0.05 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.06 0.23 0.28 0.49 0.24
O2' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.09 0.00 0.05 0.08 0.03 0.07 0.34 0.41 0.19
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.05 0.10 0.06 0.08 0.10 0.05 0.00 0.10 0.02 0.21 0.60 0.58 0.43
O4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.10 0.00 0.04 0.39 0.42 0.58 0.42
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.08 0.07 0.36 0.17
O5' 0.11 0.27 0.19 0.25 0.37 0.01 0.38 0.01 0.33 0.24 0.32 0.23 0.07 0.21 0.39 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.28 0.37 0.45 0.38 0.21 0.37 0.16 0.30 0.24 0.33 0.28 0.34 0.60 0.42 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.49 0.42 0.43 0.55 0.30 0.52 0.31 0.46 0.43 0.54 0.49 0.41 0.58 0.58 0.36 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.27 0.24 0.32 0.39 0.07 0.38 0.02 0.29 0.22 0.33 0.24 0.19 0.43 0.42 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.75 0.87 1.08 0.71 0.51 0.76 0.52 0.70 0.84 0.64 1.02 0.64 1.01 0.48 0.58 1.33 0.69 0.81 0.37 0.30 0.16 0.11
C2 0.60 1.03 0.99 0.60 0.50 0.67 0.59 0.66 0.95 0.47 1.16 0.72 1.10 0.51 0.39 1.22 0.57 0.67 0.35 0.26 0.14 0.09
C2' 0.73 0.81 1.01 0.67 0.55 0.71 0.54 0.63 0.77 0.61 0.91 0.65 0.88 0.47 0.60 1.20 0.64 0.78 0.37 0.35 0.14 0.09
C3' 0.70 0.84 1.01 0.63 0.53 0.68 0.51 0.61 0.76 0.59 0.94 0.66 0.88 0.45 0.57 1.26 0.59 0.76 0.30 0.40 0.12 0.09
C4 0.47 1.25 0.98 0.45 0.54 0.46 0.76 0.53 1.11 0.69 1.35 0.84 1.31 0.84 0.36 1.38 0.36 0.42 0.18 0.29 0.09 0.12
C4' 0.80 0.83 1.11 0.71 0.55 0.75 0.54 0.68 0.76 0.74 0.94 0.64 0.90 0.58 0.66 1.43 0.68 0.82 0.34 0.35 0.15 0.09
C5 0.55 1.22 1.04 0.50 0.51 0.53 0.70 0.57 1.10 0.67 1.36 0.81 1.32 0.76 0.38 1.50 0.42 0.51 0.20 0.31 0.10 0.11
C5' 0.74 0.88 1.05 0.65 0.51 0.70 0.52 0.66 0.79 0.69 1.00 0.64 0.96 0.56 0.59 1.44 0.61 0.77 0.21 0.46 0.25 0.20
C6 0.63 1.12 1.07 0.59 0.49 0.63 0.61 0.64 1.02 0.61 1.28 0.75 1.23 0.61 0.43 1.48 0.52 0.64 0.26 0.30 0.11 0.09
N1 0.66 1.02 1.05 0.64 0.49 0.69 0.56 0.68 0.95 0.55 1.18 0.71 1.13 0.50 0.46 1.36 0.59 0.71 0.33 0.29 0.14 0.09
N3 0.46 1.16 0.94 0.48 0.52 0.53 0.69 0.58 1.03 0.56 1.25 0.80 1.20 0.72 0.31 1.23 0.42 0.49 0.25 0.28 0.12 0.10
O2 0.66 0.87 0.97 0.68 0.52 0.75 0.56 0.70 0.84 0.44 0.98 0.67 0.95 0.40 0.48 1.09 0.67 0.76 0.45 0.22 0.15 0.10
O2' 0.86 0.68 1.09 0.78 0.66 0.81 0.65 0.71 0.71 0.85 0.76 0.64 0.80 0.72 0.78 1.23 0.78 0.88 0.50 0.32 0.19 0.18
O3' 0.74 0.78 1.01 0.64 0.58 0.68 0.55 0.59 0.71 0.66 0.85 0.65 0.79 0.53 0.64 1.23 0.60 0.78 0.33 0.41 0.12 0.08
O4 0.43 1.28 0.95 0.40 0.60 0.36 0.84 0.45 1.15 0.83 1.36 0.88 1.35 1.00 0.42 1.37 0.31 0.30 0.18 0.29 0.09 0.14
O4' 0.79 0.87 1.13 0.74 0.50 0.78 0.52 0.72 0.82 0.74 1.02 0.63 1.01 0.57 0.63 1.47 0.72 0.83 0.35 0.29 0.17 0.11
O5' 0.71 0.94 1.05 0.64 0.45 0.73 0.50 0.75 0.86 0.63 1.09 0.63 1.08 0.51 0.52 1.47 0.58 0.77 0.31 0.63 0.38 0.38
OP1 0.68 0.96 1.02 0.58 0.47 0.66 0.55 0.69 0.87 0.68 1.09 0.65 1.06 0.60 0.53 1.50 0.52 0.70 0.21 0.73 0.39 0.42
OP2 0.56 1.28 0.92 0.55 0.63 0.65 0.73 0.78 1.14 0.56 1.41 0.91 1.34 0.63 0.45 1.41 0.53 0.65 0.38 0.94 0.61 0.65
P 0.68 1.07 1.04 0.59 0.54 0.66 0.62 0.71 0.98 0.67 1.22 0.74 1.19 0.63 0.53 1.53 0.53 0.70 0.20 0.72 0.40 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.20 0.34 0.21 0.20
C2 0.04 0.00 0.37 0.57 0.01 0.38 0.01 0.57 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.69 0.33 0.77 0.87 1.21 0.92
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.09 0.16 0.17 0.19 0.29 0.37 0.12 0.10 0.02 0.00 0.04 0.04 0.43 0.72 0.48 0.47
C3' 0.02 0.57 0.01 0.00 0.32 0.01 0.30 0.03 0.36 0.42 0.48 0.55 0.35 0.37 0.20 0.04 0.01 0.02 0.14 0.60 0.20 0.27
C4 0.02 0.01 0.19 0.32 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.32 0.18 0.50 0.55 0.81 0.62
C4' 0.04 0.38 0.02 0.01 0.16 0.00 0.10 0.01 0.15 0.30 0.28 0.37 0.13 0.23 0.08 0.26 0.05 0.00 0.02 0.28 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.30 0.01 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.09 0.59 0.72 1.02 0.77
C5' 0.04 0.57 0.16 0.03 0.27 0.01 0.25 0.00 0.32 0.41 0.47 0.52 0.32 0.37 0.15 0.11 0.18 0.02 0.00 0.20 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.36 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.30 0.16 0.64 0.79 1.17 0.85
C8 0.01 0.02 0.19 0.42 0.01 0.30 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.49 0.29 0.16 0.74 0.88 0.96 0.85
N1 0.03 0.00 0.29 0.48 0.01 0.28 0.01 0.47 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.54 0.26 0.70 0.84 1.25 0.91
N3 0.04 0.00 0.37 0.55 0.01 0.37 0.01 0.52 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.65 0.33 0.69 0.71 0.97 0.77
N6 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.32 0.22 0.12 0.69 0.91 1.29 0.94
N7 0.01 0.02 0.10 0.37 0.01 0.23 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.45 0.21 0.08 0.75 0.95 1.15 0.93
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.42 0.51 0.59 0.50
O2' 0.02 0.39 0.00 0.04 0.22 0.26 0.28 0.11 0.28 0.49 0.32 0.37 0.32 0.45 0.21 0.00 0.08 0.19 0.35 0.71 0.58 0.45
O3' 0.30 0.69 0.04 0.01 0.32 0.05 0.16 0.18 0.30 0.29 0.54 0.65 0.22 0.21 0.11 0.08 0.00 0.20 0.20 0.63 0.32 0.34
O4' 0.01 0.33 0.04 0.02 0.18 0.00 0.09 0.02 0.16 0.16 0.26 0.33 0.12 0.08 0.02 0.19 0.20 0.00 0.14 0.20 0.22 0.19
O5' 0.20 0.77 0.43 0.14 0.50 0.02 0.59 0.00 0.64 0.74 0.70 0.69 0.69 0.75 0.42 0.35 0.20 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.34 0.87 0.72 0.60 0.55 0.28 0.72 0.20 0.79 0.88 0.84 0.71 0.91 0.95 0.51 0.71 0.63 0.20 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 1.21 0.48 0.20 0.81 0.13 1.02 0.23 1.17 0.96 1.25 0.97 1.29 1.15 0.59 0.58 0.32 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.92 0.47 0.27 0.62 0.04 0.77 0.02 0.85 0.85 0.91 0.77 0.94 0.93 0.50 0.45 0.34 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00