ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.018, 0.029, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.024, 0.037, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.037 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.028, 0.043, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.043 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.031, 0.046, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.046 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.016, 0.043, 0.071, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.043 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.050 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.169, 0.352, 0.535, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.352 std_dev=0.183
O4' A 0, 0.101, 0.297, 0.493, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.297 std_dev=0.196
O2' A 0, 0.212, 0.415, 0.619, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.415 std_dev=0.203
P B 0, 0.322, 0.560, 0.799, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.560 std_dev=0.239
C4' A 0, 0.279, 0.524, 0.768, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.524 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.335, 0.598, 0.862, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.598 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.483, 0.766, 1.049, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.766 std_dev=0.283
O5' A 0, 0.257, 0.596, 0.936, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.596 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.900, 1.267, 1.635, 1.548 max_d=1.548 avg_d=1.267 std_dev=0.368
O3' A 0, 0.552, 0.930, 1.308, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.930 std_dev=0.378
C5' A 0, 0.384, 0.833, 1.281, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.833 std_dev=0.448
C5' B 0, 1.147, 1.697, 2.248, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.697 std_dev=0.551
P A 0, 0.516, 1.075, 1.634, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.075 std_dev=0.559
O5' B 0, 0.626, 1.233, 1.840, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.233 std_dev=0.607
C4' B 0, 0.837, 1.469, 2.101, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.469 std_dev=0.632
OP1 A 0, 0.636, 1.334, 2.032, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.334 std_dev=0.698
OP2 A 0, 0.639, 1.376, 2.113, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.376 std_dev=0.737
O4' B 0, 1.370, 2.122, 2.874, 3.339 max_d=3.339 avg_d=2.122 std_dev=0.752
C3' B 0, 1.332, 2.170, 3.009, 3.667 max_d=3.667 avg_d=2.170 std_dev=0.839
O3' B 0, 0.749, 1.624, 2.500, 3.277 max_d=3.277 avg_d=1.624 std_dev=0.875
C1' B 0, 1.846, 2.973, 4.101, 4.968 max_d=4.968 avg_d=2.973 std_dev=1.128
C2' B 0, 2.428, 3.573, 4.718, 5.249 max_d=5.249 avg_d=3.573 std_dev=1.145
N3 B 0, 1.667, 2.978, 4.289, 5.393 max_d=5.393 avg_d=2.978 std_dev=1.311
N9 B 0, 1.326, 2.804, 4.282, 5.214 max_d=5.214 avg_d=2.804 std_dev=1.478
C4 B 0, 1.296, 2.822, 4.349, 5.376 max_d=5.376 avg_d=2.822 std_dev=1.527
C2 B 0, 1.607, 3.150, 4.693, 5.957 max_d=5.957 avg_d=3.150 std_dev=1.543
O2' B 0, 3.588, 5.167, 6.745, 6.934 max_d=6.934 avg_d=5.167 std_dev=1.579
N1 B 0, 1.149, 3.104, 5.060, 6.242 max_d=6.242 avg_d=3.104 std_dev=1.955
C5 B 0, 0.856, 2.835, 4.813, 5.665 max_d=5.665 avg_d=2.835 std_dev=1.978
C8 B 0, 0.845, 2.827, 4.809, 5.431 max_d=5.431 avg_d=2.827 std_dev=1.982
N7 B 0, 0.845, 2.963, 5.081, 5.699 max_d=5.699 avg_d=2.963 std_dev=2.118
C6 B 0, 0.853, 2.990, 5.128, 5.983 max_d=5.983 avg_d=2.990 std_dev=2.137
N6 B 0, 1.233, 3.435, 5.636, 6.361 max_d=6.361 avg_d=3.435 std_dev=2.202

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.12 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.11 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.09 0.02 0.04 0.18 0.16 0.10 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.09 0.21 0.00 0.01 0.04 0.01 0.16 0.18 0.09 0.12
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.18 0.06 0.05 0.16 0.01 0.00 0.10 0.01 0.23 0.23 0.11 0.18
C4 0.02 0.02 0.04 0.10 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.00 0.02 0.22 0.17 0.15 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.04 0.09 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.17 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.21 0.01 0.04 0.24 0.18 0.16 0.17
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.12 0.02 0.00 0.11 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.21 0.02 0.05 0.22 0.16 0.12 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.18 0.15 0.11 0.12
N3 0.03 0.01 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.02 0.03 0.19 0.16 0.12 0.13
O2 0.07 0.00 0.21 0.16 0.02 0.09 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.27 0.22 0.02 0.06 0.17 0.17 0.10 0.11
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.14 0.27 0.00 0.03 0.09 0.04 0.06 0.10 0.10 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.11 0.02 0.21 0.02 0.21 0.05 0.06 0.22 0.03 0.00 0.12 0.02 0.24 0.26 0.18 0.21
O4 0.03 0.02 0.04 0.10 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.12 0.00 0.02 0.23 0.18 0.18 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.13 0.12 0.19 0.10
O5' 0.11 0.18 0.16 0.23 0.22 0.01 0.24 0.00 0.22 0.18 0.19 0.17 0.06 0.24 0.23 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.16 0.18 0.23 0.17 0.08 0.18 0.11 0.16 0.15 0.16 0.17 0.10 0.26 0.18 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.10 0.09 0.11 0.15 0.17 0.16 0.23 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.18 0.18 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.12 0.18 0.16 0.02 0.17 0.01 0.15 0.12 0.13 0.11 0.06 0.21 0.18 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.69 1.35 1.28 1.11 0.77 0.56 0.85 0.53 1.35 0.61 1.55 1.00 1.49 0.43 0.58 1.69 1.08 0.47 0.48 0.24 0.18 0.25
C2 0.45 1.32 1.08 0.99 0.88 0.42 1.03 0.43 1.36 0.25 1.47 1.04 1.44 0.63 0.47 1.40 0.90 0.49 0.43 0.24 0.18 0.23
C2' 0.72 1.53 1.19 0.97 0.85 0.48 0.77 0.52 1.19 0.86 1.59 1.17 1.14 0.64 0.69 1.53 0.90 0.53 0.45 0.19 0.21 0.20
C3' 0.70 1.48 1.23 1.03 0.80 0.49 0.75 0.51 1.21 0.76 1.59 1.11 1.24 0.54 0.64 1.63 0.98 0.51 0.45 0.17 0.18 0.20
C4 0.36 1.32 0.67 0.71 1.04 0.31 1.30 0.19 1.54 0.75 1.53 1.06 1.72 1.18 0.70 1.07 0.71 0.74 0.19 0.14 0.16 0.11
C4' 0.76 1.31 1.34 1.17 0.72 0.59 0.74 0.53 1.23 0.70 1.51 0.95 1.42 0.47 0.64 1.81 1.19 0.49 0.47 0.21 0.16 0.23
C5 0.34 1.34 0.79 0.80 0.99 0.32 1.27 0.19 1.59 0.63 1.58 1.04 1.83 1.11 0.61 1.24 0.83 0.66 0.19 0.14 0.16 0.12
C5' 0.72 1.20 1.34 1.21 0.65 0.58 0.72 0.47 1.22 0.54 1.44 0.85 1.49 0.39 0.55 1.87 1.27 0.46 0.42 0.19 0.14 0.21
C6 0.39 1.32 0.98 0.94 0.88 0.37 1.14 0.25 1.53 0.38 1.57 0.99 1.77 0.85 0.48 1.43 0.95 0.53 0.25 0.17 0.17 0.18
N1 0.49 1.33 1.13 1.03 0.83 0.44 1.02 0.40 1.43 0.29 1.54 1.00 1.60 0.61 0.45 1.53 0.99 0.47 0.38 0.22 0.17 0.22
N3 0.35 1.30 0.80 0.81 0.98 0.31 1.17 0.22 1.42 0.54 1.46 1.06 1.53 0.96 0.61 1.13 0.75 0.66 0.24 0.19 0.17 0.17
O2 0.59 1.33 1.23 1.07 0.82 0.53 0.84 0.66 1.19 0.44 1.39 1.06 1.15 0.30 0.48 1.45 0.92 0.42 0.63 0.30 0.18 0.29
O2' 0.84 1.63 1.20 0.94 0.93 0.50 0.84 0.55 1.13 1.16 1.63 1.27 0.97 1.05 0.86 1.51 0.91 0.56 0.45 0.21 0.26 0.20
O3' 0.74 1.59 1.19 0.96 0.85 0.47 0.76 0.52 1.15 0.91 1.62 1.21 1.09 0.75 0.72 1.57 0.91 0.53 0.45 0.18 0.21 0.20
O4 0.45 1.30 0.48 0.54 1.10 0.37 1.36 0.35 1.56 0.96 1.51 1.08 1.74 1.32 0.83 0.89 0.57 0.86 0.33 0.12 0.14 0.10
O4' 0.72 1.20 1.36 1.23 0.67 0.62 0.80 0.52 1.33 0.53 1.47 0.84 1.64 0.42 0.55 1.86 1.27 0.46 0.48 0.26 0.18 0.25
O5' 0.58 1.24 1.21 1.14 0.69 0.53 0.86 0.40 1.36 0.37 1.51 0.87 1.67 0.50 0.45 1.74 1.20 0.51 0.38 0.31 0.30 0.29
OP1 0.56 1.14 1.22 1.15 0.60 0.51 0.76 0.36 1.24 0.30 1.40 0.77 1.55 0.42 0.39 1.79 1.25 0.47 0.33 0.27 0.26 0.25
OP2 0.32 1.20 1.04 1.03 0.73 0.35 1.04 0.21 1.50 0.32 1.53 0.82 1.88 0.81 0.33 1.63 1.14 0.45 0.21 0.22 0.22 0.19
P 0.48 1.13 1.18 1.15 0.62 0.48 0.87 0.33 1.37 0.22 1.45 0.75 1.74 0.57 0.32 1.76 1.25 0.43 0.32 0.25 0.23 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.17 0.33 0.42 0.38
C2 0.05 0.00 0.15 0.11 0.01 0.14 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.29 0.22 0.18 0.40 0.60 1.12 0.80
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06 0.13 0.15 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.64 0.52 0.38
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.43 0.54 0.42 0.28
C4 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.13 0.09 0.38 0.52 0.89 0.64
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.08 0.11 0.13 0.07 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.26 0.30
C5 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.11 0.05 0.45 0.59 0.95 0.65
C5' 0.04 0.23 0.07 0.01 0.16 0.00 0.16 0.00 0.20 0.12 0.23 0.21 0.20 0.14 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.08 0.08 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.15 0.09 0.47 0.63 1.09 0.73
C8 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.04 0.10 0.38 0.53 0.65 0.46
N1 0.04 0.01 0.13 0.10 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.20 0.14 0.45 0.64 1.17 0.80
N3 0.05 0.00 0.15 0.11 0.01 0.13 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.27 0.20 0.17 0.34 0.53 0.98 0.72
N6 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.07 0.02 0.20 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.15 0.14 0.07 0.50 0.66 1.11 0.72
N7 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.05 0.05 0.45 0.60 0.83 0.56
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.32 0.46 0.65 0.49
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.05 0.12 0.05 0.17 0.13 0.25 0.27 0.15 0.10 0.05 0.00 0.03 0.03 0.52 0.81 0.71 0.49
O3' 0.08 0.22 0.01 0.01 0.13 0.01 0.11 0.04 0.15 0.04 0.20 0.20 0.14 0.05 0.07 0.03 0.00 0.05 0.31 0.37 0.20 0.07
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.10 0.14 0.17 0.07 0.05 0.01 0.03 0.05 0.00 0.32 0.48 0.79 0.70
O5' 0.17 0.40 0.45 0.43 0.38 0.01 0.45 0.01 0.47 0.38 0.45 0.34 0.50 0.45 0.32 0.52 0.31 0.32 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.33 0.60 0.64 0.54 0.52 0.16 0.59 0.04 0.63 0.53 0.64 0.53 0.66 0.60 0.46 0.81 0.37 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 1.12 0.52 0.42 0.89 0.26 0.95 0.02 1.09 0.65 1.17 0.98 1.11 0.83 0.65 0.71 0.20 0.79 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.80 0.38 0.28 0.64 0.30 0.65 0.01 0.73 0.46 0.80 0.72 0.72 0.56 0.49 0.49 0.07 0.70 0.01 0.01 0.01 0.00