ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50930

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.002, 0.015, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.009, 0.036, 0.062, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.005, 0.032, 0.060, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.029, 0.064, 0.099, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.064 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.064, 0.115, 0.166, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.115 std_dev=0.051
O4 A 0, 0.056, 0.122, 0.188, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.122 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.104, 0.175, 0.246, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.175 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.144, 0.265, 0.387, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.265 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.065, 0.189, 0.313, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.189 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.196, 0.397, 0.598, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.397 std_dev=0.201
P B 0, 0.268, 0.482, 0.696, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.482 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.103, 0.338, 0.574, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.338 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.245, 0.481, 0.717, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.481 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.370, 0.624, 0.877, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.624 std_dev=0.254
O5' A 0, 0.289, 0.563, 0.837, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.563 std_dev=0.274
O5' B 0, 0.196, 0.472, 0.748, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.472 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.424, 0.743, 1.062, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.743 std_dev=0.319
P A 0, 0.473, 0.907, 1.341, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.907 std_dev=0.434
OP1 A 0, 0.580, 1.067, 1.555, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.067 std_dev=0.487
C5' B 0, 0.294, 0.790, 1.285, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.790 std_dev=0.496
OP2 A 0, 0.477, 1.024, 1.570, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.024 std_dev=0.546
C4' B 0, 0.648, 1.267, 1.886, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.267 std_dev=0.619
O4' B 0, 0.691, 1.696, 2.700, 3.558 max_d=3.558 avg_d=1.696 std_dev=1.004
C3' B 0, 0.904, 1.918, 2.933, 3.316 max_d=3.316 avg_d=1.918 std_dev=1.015
O3' B 0, 1.164, 2.294, 3.424, 3.777 max_d=3.777 avg_d=2.294 std_dev=1.130
C1' B 0, 0.867, 2.369, 3.871, 5.093 max_d=5.093 avg_d=2.369 std_dev=1.502
C8 B 0, 0.690, 2.210, 3.731, 4.248 max_d=4.248 avg_d=2.210 std_dev=1.521
N9 B 0, 0.856, 2.424, 3.991, 4.919 max_d=4.919 avg_d=2.424 std_dev=1.567
C2' B 0, 1.048, 2.632, 4.216, 5.398 max_d=5.398 avg_d=2.632 std_dev=1.584
N7 B 0, 0.735, 2.372, 4.009, 4.228 max_d=4.228 avg_d=2.372 std_dev=1.637
C4 B 0, 1.026, 2.748, 4.471, 5.297 max_d=5.297 avg_d=2.748 std_dev=1.722
C5 B 0, 0.955, 2.724, 4.493, 4.884 max_d=4.884 avg_d=2.724 std_dev=1.769
N3 B 0, 1.235, 3.079, 4.922, 5.940 max_d=5.940 avg_d=3.079 std_dev=1.843
C6 B 0, 1.136, 3.097, 5.058, 5.308 max_d=5.308 avg_d=3.097 std_dev=1.961
O2' B 0, 1.450, 3.415, 5.380, 6.865 max_d=6.865 avg_d=3.415 std_dev=1.965
C2 B 0, 1.395, 3.403, 5.411, 6.182 max_d=6.182 avg_d=3.403 std_dev=2.008
N6 B 0, 1.141, 3.185, 5.229, 5.903 max_d=5.903 avg_d=3.185 std_dev=2.044
N1 B 0, 1.364, 3.439, 5.513, 5.853 max_d=5.853 avg_d=3.439 std_dev=2.075

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.09 0.14 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.04 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.03 0.16 0.18 0.32 0.21
C2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.09 0.10 0.04
C3' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.07 0.03 0.01 0.11 0.01 0.06 0.11 0.13 0.08
C4 0.03 0.05 0.06 0.11 0.00 0.07 0.02 0.16 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.15 0.00 0.05 0.25 0.33 0.47 0.34
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.02 0.12 0.04 0.04
C5 0.02 0.04 0.07 0.13 0.02 0.09 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.17 0.04 0.04 0.27 0.35 0.46 0.35
C5' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.13 0.05 0.10 0.04 0.17 0.01 0.01 0.14 0.03 0.05
C6 0.03 0.03 0.06 0.10 0.01 0.08 0.02 0.16 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.13 0.02 0.05 0.22 0.25 0.33 0.26
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.16 0.16 0.27 0.19
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.06 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.01 0.04 0.22 0.26 0.42 0.29
O2 0.03 0.01 0.07 0.07 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.09 0.03 0.04 0.13 0.13 0.28 0.17
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.07 0.10 0.06 0.10 0.04 0.05 0.10 0.13 0.00 0.06 0.09 0.07 0.07 0.20 0.07 0.10
O3' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.15 0.01 0.17 0.04 0.13 0.07 0.12 0.09 0.06 0.00 0.16 0.02 0.11 0.19 0.21 0.15
O4 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.07 0.04 0.17 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.16 0.00 0.05 0.26 0.36 0.49 0.37
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00 0.06 0.14 0.10 0.10
O5' 0.07 0.16 0.05 0.06 0.25 0.02 0.27 0.01 0.22 0.16 0.22 0.13 0.07 0.11 0.26 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.09 0.18 0.09 0.11 0.33 0.12 0.35 0.14 0.25 0.16 0.26 0.13 0.20 0.19 0.36 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.32 0.10 0.13 0.47 0.04 0.46 0.03 0.33 0.27 0.42 0.28 0.07 0.21 0.49 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.21 0.04 0.08 0.34 0.04 0.35 0.05 0.26 0.19 0.29 0.17 0.10 0.15 0.37 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 0.75 1.06 0.78 0.68 0.60 0.62 0.34 0.63 0.92 0.76 0.69 0.65 0.79 0.78 1.24 0.80 0.73 0.24 0.26 0.32 0.18
C2 0.68 0.72 0.93 0.68 0.54 0.52 0.48 0.31 0.66 0.50 0.75 0.63 0.76 0.30 0.55 1.04 0.67 0.64 0.25 0.28 0.32 0.19
C2' 0.82 0.81 1.00 0.72 0.76 0.57 0.78 0.34 0.75 0.99 0.81 0.77 0.78 0.97 0.83 1.13 0.73 0.72 0.23 0.24 0.28 0.17
C3' 0.80 0.79 1.01 0.71 0.72 0.56 0.71 0.33 0.70 0.92 0.79 0.73 0.71 0.87 0.79 1.17 0.73 0.71 0.23 0.23 0.22 0.13
C4 0.58 0.79 0.87 0.61 0.62 0.39 0.70 0.27 0.87 0.42 0.88 0.68 1.01 0.57 0.52 0.99 0.62 0.51 0.23 0.38 0.23 0.21
C4' 0.85 0.78 1.10 0.80 0.73 0.61 0.71 0.33 0.68 0.96 0.78 0.72 0.68 0.88 0.83 1.33 0.84 0.74 0.23 0.26 0.29 0.17
C5 0.65 0.81 0.96 0.66 0.63 0.44 0.66 0.27 0.84 0.49 0.89 0.69 0.97 0.51 0.57 1.13 0.66 0.56 0.22 0.38 0.24 0.20
C5' 0.85 0.77 1.13 0.82 0.69 0.62 0.65 0.35 0.66 0.90 0.78 0.70 0.67 0.77 0.80 1.40 0.86 0.74 0.25 0.26 0.24 0.15
C6 0.71 0.78 1.01 0.71 0.61 0.51 0.59 0.28 0.75 0.59 0.84 0.68 0.86 0.46 0.62 1.20 0.71 0.63 0.23 0.33 0.26 0.18
N1 0.74 0.75 1.01 0.73 0.59 0.55 0.53 0.31 0.66 0.67 0.77 0.66 0.74 0.46 0.65 1.17 0.73 0.67 0.24 0.30 0.30 0.19
N3 0.57 0.75 0.84 0.60 0.56 0.42 0.61 0.26 0.78 0.33 0.81 0.64 0.91 0.45 0.47 0.93 0.59 0.54 0.23 0.34 0.29 0.21
O2 0.69 0.66 0.91 0.71 0.49 0.57 0.39 0.36 0.55 0.61 0.66 0.59 0.68 0.40 0.56 0.97 0.71 0.68 0.28 0.24 0.34 0.19
O2' 0.90 0.96 1.06 0.77 0.95 0.62 1.06 0.39 1.03 1.18 1.00 0.91 1.13 1.27 0.99 1.17 0.82 0.76 0.26 0.27 0.34 0.22
O3' 0.82 0.89 1.00 0.69 0.82 0.55 0.86 0.33 0.86 1.00 0.90 0.83 0.90 1.01 0.86 1.14 0.70 0.71 0.22 0.21 0.21 0.12
O4 0.56 0.82 0.86 0.61 0.67 0.36 0.79 0.29 0.93 0.52 0.92 0.71 1.08 0.72 0.56 0.95 0.65 0.46 0.25 0.40 0.20 0.21
O4' 0.87 0.78 1.15 0.84 0.71 0.64 0.66 0.35 0.68 0.94 0.80 0.72 0.69 0.80 0.83 1.39 0.89 0.76 0.24 0.28 0.32 0.18
O5' 0.76 0.72 1.07 0.77 0.59 0.57 0.53 0.37 0.62 0.74 0.76 0.62 0.67 0.57 0.68 1.32 0.78 0.68 0.30 0.30 0.24 0.20
OP1 0.71 0.68 1.03 0.75 0.52 0.54 0.46 0.38 0.57 0.68 0.74 0.56 0.64 0.50 0.62 1.32 0.76 0.64 0.31 0.30 0.24 0.22
OP2 0.77 0.79 1.10 0.88 0.64 0.63 0.62 0.53 0.77 0.67 0.86 0.67 0.88 0.55 0.68 1.30 0.87 0.68 0.47 0.34 0.35 0.35
P 0.72 0.72 1.06 0.79 0.55 0.56 0.51 0.41 0.66 0.65 0.80 0.59 0.77 0.48 0.62 1.32 0.79 0.64 0.34 0.31 0.25 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.24 0.02 0.17 0.28 0.36 0.30
C2 0.07 0.00 0.26 0.21 0.06 0.14 0.02 0.20 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.23 0.44 0.26 0.42 0.46 0.78 0.52
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.21 0.02 0.14 0.12 0.18 0.09 0.24 0.25 0.18 0.06 0.07 0.01 0.06 0.04 0.15 0.39 0.26 0.21
C3' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.26 0.01 0.32 0.04 0.33 0.35 0.27 0.18 0.40 0.36 0.22 0.04 0.02 0.03 0.17 0.53 0.27 0.26
C4 0.03 0.06 0.21 0.26 0.00 0.09 0.01 0.23 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.28 0.10 0.47 0.52 0.72 0.54
C4' 0.03 0.14 0.02 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.14 0.32 0.08 0.15 0.23 0.27 0.14 0.23 0.05 0.01 0.03 0.16 0.16 0.16
C5 0.02 0.02 0.14 0.32 0.01 0.16 0.00 0.37 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.27 0.23 0.06 0.62 0.71 0.89 0.69
C5' 0.07 0.20 0.12 0.04 0.23 0.01 0.37 0.00 0.35 0.54 0.24 0.17 0.48 0.53 0.26 0.14 0.19 0.02 0.01 0.11 0.04 0.04
C6 0.02 0.02 0.18 0.33 0.03 0.14 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.27 0.28 0.09 0.63 0.72 0.98 0.72
C8 0.02 0.07 0.09 0.35 0.02 0.32 0.04 0.54 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.33 0.24 0.20 0.69 0.81 0.79 0.75
N1 0.04 0.01 0.24 0.27 0.04 0.08 0.01 0.24 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.24 0.36 0.17 0.53 0.59 0.90 0.63
N3 0.07 0.01 0.25 0.18 0.02 0.15 0.03 0.17 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.21 0.43 0.25 0.36 0.40 0.68 0.46
N6 0.04 0.04 0.18 0.40 0.01 0.23 0.03 0.48 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.09 0.03 0.31 0.32 0.10 0.75 0.88 1.13 0.86
N7 0.01 0.03 0.06 0.36 0.02 0.27 0.01 0.53 0.03 0.04 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.35 0.25 0.11 0.73 0.88 0.97 0.82
N9 0.02 0.06 0.07 0.22 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.18 0.14 0.06 0.43 0.52 0.59 0.50
O2' 0.03 0.23 0.01 0.04 0.20 0.23 0.27 0.14 0.27 0.33 0.24 0.21 0.31 0.35 0.18 0.00 0.15 0.15 0.08 0.40 0.23 0.18
O3' 0.24 0.44 0.06 0.02 0.28 0.05 0.23 0.19 0.28 0.24 0.36 0.43 0.32 0.25 0.14 0.15 0.00 0.13 0.30 0.77 0.43 0.43
O4' 0.02 0.26 0.04 0.03 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.20 0.17 0.25 0.10 0.11 0.06 0.15 0.13 0.00 0.13 0.24 0.38 0.36
O5' 0.17 0.42 0.15 0.17 0.47 0.03 0.62 0.01 0.63 0.69 0.53 0.36 0.75 0.73 0.43 0.08 0.30 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.46 0.39 0.53 0.52 0.16 0.71 0.11 0.72 0.81 0.59 0.40 0.88 0.88 0.52 0.40 0.77 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.78 0.26 0.27 0.72 0.16 0.89 0.04 0.98 0.79 0.90 0.68 1.13 0.97 0.59 0.23 0.43 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.52 0.21 0.26 0.54 0.16 0.69 0.04 0.72 0.75 0.63 0.46 0.86 0.82 0.50 0.18 0.43 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00