ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50931

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.031, 0.065, 0.098, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.065 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.041, 0.092, 0.142, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.092 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.049, 0.118, 0.188, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.118 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.001, 0.071, 0.141, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.071 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.068, 0.144, 0.219, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.013, 0.094, 0.175, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.094 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.095, 0.176, 0.258, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.176 std_dev=0.082
OP1 B 0, 0.164, 0.270, 0.376, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.270 std_dev=0.106
P B 0, 0.136, 0.253, 0.369, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.253 std_dev=0.116
C5' A 0, 0.033, 0.165, 0.297, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.165 std_dev=0.132
OP2 B 0, 0.171, 0.321, 0.470, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.321 std_dev=0.149
O5' B 0, 0.138, 0.291, 0.445, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.291 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.122, 0.296, 0.469, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.296 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.028, 0.202, 0.376, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.202 std_dev=0.174
C4' B 0, 0.150, 0.379, 0.608, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.379 std_dev=0.229
C3' B 0, 0.189, 0.446, 0.702, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.446 std_dev=0.257
P A 0, 0.111, 0.372, 0.632, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.372 std_dev=0.261
O4' B 0, 0.127, 0.391, 0.655, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.391 std_dev=0.264
O3' B 0, 0.258, 0.523, 0.788, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.523 std_dev=0.265
C2' B 0, 0.158, 0.476, 0.794, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.476 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.123, 0.442, 0.761, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.442 std_dev=0.319
OP1 A 0, 0.178, 0.508, 0.838, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.508 std_dev=0.330
O2' B 0, 0.167, 0.503, 0.839, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.503 std_dev=0.336
N3 B 0, 0.166, 0.503, 0.840, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.503 std_dev=0.337
N9 B 0, 0.116, 0.463, 0.810, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.463 std_dev=0.347
C4 B 0, 0.136, 0.490, 0.844, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.490 std_dev=0.354
C2 B 0, 0.184, 0.548, 0.911, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.548 std_dev=0.363
OP2 A 0, 0.390, 0.759, 1.129, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.759 std_dev=0.370
C8 B 0, 0.095, 0.477, 0.859, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.477 std_dev=0.382
C5 B 0, 0.123, 0.518, 0.913, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.518 std_dev=0.395
N1 B 0, 0.180, 0.575, 0.969, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.575 std_dev=0.395
C6 B 0, 0.149, 0.560, 0.970, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.560 std_dev=0.411
N7 B 0, 0.098, 0.510, 0.923, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.510 std_dev=0.412
N6 B 0, 0.148, 0.593, 1.038, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.593 std_dev=0.445

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.12 0.07
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.18 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.13 0.13 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.11 0.07 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.22 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.22 0.11
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.08 0.20 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.17 0.09
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.20 0.10
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.06 0.09 0.17 0.09
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.15 0.15 0.09
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.05 0.03
O4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.22 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.05
O5' 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.08 0.13 0.11 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.15 0.10 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.18 0.13 0.07 0.22 0.04 0.22 0.02 0.20 0.17 0.20 0.17 0.15 0.05 0.22 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.08 0.05 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.03 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.07 0.12 0.08 0.13 0.10 0.13 0.09 0.16 0.12 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08
C2 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.14 0.11 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.11 0.07
C2' 0.08 0.13 0.07 0.07 0.11 0.06 0.13 0.06 0.15 0.11 0.15 0.11 0.17 0.13 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08
C3' 0.08 0.14 0.08 0.08 0.12 0.07 0.14 0.07 0.16 0.11 0.16 0.12 0.19 0.14 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07
C4 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05 0.11 0.10 0.05 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.12 0.08
C4' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.11 0.07 0.13 0.07 0.15 0.11 0.14 0.10 0.18 0.14 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08
C5 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.05 0.11 0.10 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.12 0.08
C5' 0.06 0.11 0.06 0.06 0.09 0.06 0.12 0.06 0.14 0.09 0.13 0.09 0.17 0.12 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07
C6 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.09 0.07 0.13 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.11 0.07
N1 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.09 0.11 0.08 0.14 0.11 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.11 0.07
N3 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.05 0.12 0.11 0.06 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.12 0.07
O2 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.11 0.08 0.15 0.12 0.08 0.08 0.10 0.06 0.07 0.11 0.10 0.07
O2' 0.10 0.14 0.09 0.08 0.13 0.07 0.15 0.07 0.16 0.12 0.16 0.13 0.18 0.14 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08
O3' 0.08 0.14 0.08 0.08 0.12 0.07 0.14 0.07 0.16 0.11 0.16 0.12 0.19 0.14 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07
O4 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.10 0.09 0.05 0.06 0.10 0.05 0.05 0.10 0.13 0.10
O4' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.12 0.09 0.16 0.12 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08
O5' 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.12 0.15 0.12 0.17 0.14 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11
OP1 0.12 0.18 0.12 0.13 0.17 0.11 0.19 0.12 0.21 0.17 0.20 0.16 0.24 0.20 0.15 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.16 0.14
OP2 0.23 0.26 0.23 0.22 0.26 0.22 0.27 0.22 0.28 0.26 0.27 0.25 0.29 0.28 0.25 0.21 0.21 0.23 0.23 0.22 0.25 0.24
P 0.14 0.17 0.13 0.14 0.17 0.12 0.19 0.13 0.20 0.17 0.19 0.16 0.22 0.19 0.16 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.17 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.07 0.12 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.09 0.05 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00