ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50932

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.013, 0.059, 0.105, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.059 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.022, 0.113, 0.204, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.113 std_dev=0.091
OP2 B 0, 0.239, 0.500, 0.762, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.500 std_dev=0.262
P B 0, 0.275, 0.636, 0.998, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.636 std_dev=0.362
O5' B 0, 0.338, 0.710, 1.083, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.710 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.384, 0.832, 1.281, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.832 std_dev=0.448
O4' A 0, -0.196, 0.439, 1.073, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.439 std_dev=0.634
O4' B 0, 0.420, 1.070, 1.720, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.070 std_dev=0.650
C4' B 0, 0.493, 1.146, 1.798, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.146 std_dev=0.652
C3' B 0, 0.557, 1.215, 1.872, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.215 std_dev=0.658
C5' B 0, 0.438, 1.102, 1.766, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.102 std_dev=0.664
C1' B 0, 0.436, 1.100, 1.764, 2.130 max_d=2.130 avg_d=1.100 std_dev=0.664
C2' B 0, 0.545, 1.227, 1.909, 2.110 max_d=2.110 avg_d=1.227 std_dev=0.682
C2' A 0, -0.209, 0.483, 1.175, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.483 std_dev=0.692
N9 B 0, 0.334, 1.143, 1.952, 2.694 max_d=2.694 avg_d=1.143 std_dev=0.809
O3' B 0, 0.627, 1.440, 2.253, 2.733 max_d=2.733 avg_d=1.440 std_dev=0.813
C3' A 0, -0.195, 0.687, 1.568, 3.043 max_d=3.043 avg_d=0.687 std_dev=0.881
O3' A 0, -0.051, 0.844, 1.738, 3.058 max_d=3.058 avg_d=0.844 std_dev=0.895
O2' B 0, 0.623, 1.523, 2.424, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.523 std_dev=0.900
C4' A 0, -0.243, 0.672, 1.586, 3.154 max_d=3.154 avg_d=0.672 std_dev=0.914
O2' A 0, -0.361, 0.624, 1.608, 3.313 max_d=3.313 avg_d=0.624 std_dev=0.984
C8 B 0, 0.122, 1.210, 2.298, 3.808 max_d=3.808 avg_d=1.210 std_dev=1.088
C4 B 0, 0.061, 1.296, 2.531, 4.376 max_d=4.376 avg_d=1.296 std_dev=1.235
N3 B 0, 0.012, 1.449, 2.887, 5.131 max_d=5.131 avg_d=1.449 std_dev=1.438
C5' A 0, -0.395, 1.076, 2.548, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.076 std_dev=1.471
N7 B 0, -0.257, 1.339, 2.936, 5.536 max_d=5.536 avg_d=1.339 std_dev=1.596
C5 B 0, -0.280, 1.386, 3.052, 5.801 max_d=5.801 avg_d=1.386 std_dev=1.666
C2 B 0, -0.313, 1.662, 3.636, 6.988 max_d=6.988 avg_d=1.662 std_dev=1.975
O5' A 0, -0.734, 1.260, 3.254, 6.789 max_d=6.789 avg_d=1.260 std_dev=1.994
C6 B 0, -0.610, 1.604, 3.818, 7.643 max_d=7.643 avg_d=1.604 std_dev=2.214
OP2 A 0, -0.671, 1.652, 3.975, 8.073 max_d=8.073 avg_d=1.652 std_dev=2.323
N1 B 0, -0.596, 1.734, 4.064, 8.121 max_d=8.121 avg_d=1.734 std_dev=2.330
P A 0, -0.975, 1.465, 3.905, 8.276 max_d=8.276 avg_d=1.465 std_dev=2.440
N6 B 0, -0.906, 1.786, 4.479, 9.211 max_d=9.211 avg_d=1.786 std_dev=2.692
OP1 A 0, -1.035, 1.664, 4.364, 9.181 max_d=9.181 avg_d=1.664 std_dev=2.699

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.20 0.02 0.01 0.24 0.25 0.33 0.15
C2 0.04 0.00 0.18 0.16 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.02 0.26 0.18 0.18 0.23 0.19
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.16 0.15 0.02 0.13 0.32 0.01 0.02 0.04 0.01 0.15 0.37 0.59 0.23
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.30 0.01 0.35 0.03 0.32 0.19 0.22 0.14 0.04 0.01 0.32 0.02 0.23 0.44 0.51 0.23
C4 0.02 0.01 0.03 0.30 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.19 0.01 0.03 0.68 0.69 0.65 0.69
C4' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.13 0.00 0.31 0.01 0.34 0.08 0.09 0.35 0.22 0.01 0.13 0.01 0.05 0.31 0.40 0.10
C5 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.31 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.23 0.01 0.22 0.99 0.95 0.82 0.94
C5' 0.08 0.35 0.16 0.03 0.16 0.01 0.37 0.00 0.39 0.10 0.27 0.59 0.08 0.17 0.17 0.03 0.01 0.32 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.32 0.01 0.34 0.00 0.39 0.00 0.00 0.01 0.02 0.47 0.17 0.01 0.28 0.94 0.83 0.60 0.81
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.05 0.02 0.01 0.45 0.40 0.27 0.36
N3 0.03 0.01 0.13 0.22 0.01 0.09 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.17 0.33 0.35 0.36 0.36
O2 0.08 0.01 0.32 0.14 0.01 0.35 0.02 0.59 0.02 0.03 0.01 0.00 0.44 0.18 0.02 0.46 0.24 0.17 0.30 0.24
O2' 0.02 0.15 0.01 0.04 0.24 0.22 0.46 0.08 0.47 0.13 0.07 0.44 0.00 0.05 0.25 0.16 0.19 0.45 0.66 0.22
O3' 0.20 0.09 0.02 0.01 0.19 0.01 0.23 0.17 0.17 0.05 0.12 0.18 0.05 0.00 0.22 0.16 0.32 0.71 0.51 0.39
O4 0.02 0.02 0.04 0.32 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.22 0.00 0.03 0.70 0.76 0.77 0.75
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.03 0.28 0.01 0.17 0.46 0.16 0.16 0.03 0.00 0.25 0.25 0.31 0.21
O5' 0.24 0.18 0.15 0.23 0.68 0.05 0.99 0.01 0.94 0.45 0.33 0.24 0.19 0.32 0.70 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.25 0.18 0.37 0.44 0.69 0.31 0.95 0.32 0.83 0.40 0.35 0.17 0.45 0.71 0.76 0.25 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.33 0.23 0.59 0.51 0.65 0.40 0.82 0.32 0.60 0.27 0.36 0.30 0.66 0.51 0.77 0.31 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.15 0.19 0.23 0.23 0.69 0.10 0.94 0.02 0.81 0.36 0.36 0.24 0.22 0.39 0.75 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 1.70 0.20 0.21 1.20 0.17 1.48 0.36 1.92 0.75 1.99 1.32 2.23 1.22 0.75 0.32 0.24 0.35 0.13 0.28 0.17 0.17
C2 0.33 1.43 0.20 0.22 1.08 0.20 1.38 0.39 1.71 0.79 1.69 1.13 1.97 1.24 0.71 0.29 0.25 0.31 0.13 0.23 0.12 0.14
C2' 0.46 1.77 0.21 0.21 1.24 0.16 1.49 0.19 1.92 0.78 2.02 1.39 2.19 1.21 0.80 0.35 0.26 0.49 0.32 0.55 0.37 0.45
C3' 0.21 1.42 0.39 0.29 0.92 0.18 1.14 0.29 1.56 0.47 1.66 1.07 1.82 0.87 0.50 0.58 0.30 0.28 0.20 0.52 0.31 0.36
C4 0.38 1.28 0.27 0.32 1.09 0.32 1.47 0.43 1.72 1.06 1.59 1.01 2.04 1.50 0.81 0.32 0.37 0.32 0.25 0.25 0.20 0.19
C4' 0.33 1.06 0.83 0.71 0.52 0.64 0.76 0.80 1.21 0.16 1.33 0.68 1.52 0.47 0.15 1.02 0.68 0.36 0.32 0.20 0.16 0.16
C5 0.40 1.43 0.29 0.34 1.17 0.32 1.57 0.44 1.88 1.07 1.77 1.11 2.25 1.55 0.85 0.36 0.39 0.32 0.24 0.26 0.19 0.18
C5' 0.78 0.64 1.30 1.15 0.22 1.05 0.39 1.18 0.83 0.46 0.92 0.31 1.17 0.22 0.44 1.55 1.12 0.75 0.62 0.29 0.37 0.39
C6 0.38 1.55 0.25 0.30 1.20 0.27 1.58 0.42 1.94 0.97 1.89 1.20 2.31 1.47 0.82 0.34 0.34 0.32 0.20 0.24 0.14 0.15
N1 0.36 1.57 0.21 0.24 1.17 0.21 1.49 0.39 1.87 0.84 1.87 1.22 2.19 1.32 0.76 0.31 0.27 0.32 0.15 0.24 0.12 0.14
N3 0.34 1.29 0.21 0.24 1.05 0.25 1.38 0.41 1.64 0.92 1.56 1.02 1.91 1.35 0.75 0.27 0.29 0.30 0.19 0.23 0.13 0.16
O2 0.31 1.40 0.26 0.21 1.00 0.19 1.23 0.39 1.56 0.62 1.61 1.10 1.76 1.02 0.61 0.32 0.22 0.31 0.08 0.22 0.17 0.12
O2' 0.71 2.14 0.25 0.27 1.54 0.30 1.78 0.22 2.25 1.01 2.40 1.72 2.52 1.45 1.06 0.28 0.31 0.70 0.39 0.51 0.38 0.46
O3' 0.19 1.29 0.46 0.34 0.78 0.26 0.96 0.36 1.37 0.34 1.50 0.95 1.60 0.69 0.39 0.62 0.34 0.27 0.10 0.44 0.19 0.24
O4 0.41 1.13 0.33 0.37 1.04 0.36 1.42 0.44 1.61 1.14 1.44 0.90 1.92 1.53 0.83 0.36 0.42 0.33 0.29 0.29 0.26 0.21
O4' 0.23 1.23 0.67 0.61 0.69 0.60 0.97 0.82 1.44 0.25 1.52 0.83 1.77 0.69 0.26 0.82 0.59 0.32 0.37 0.29 0.28 0.29
O5' 0.53 0.69 1.01 0.78 0.28 0.67 0.46 0.74 0.85 0.25 0.93 0.39 1.14 0.24 0.26 1.31 0.74 0.47 0.21 0.43 0.20 0.19
OP1 0.59 0.64 1.08 0.82 0.26 0.67 0.38 0.69 0.75 0.33 0.85 0.37 1.01 0.17 0.33 1.42 0.78 0.51 0.20 0.52 0.29 0.27
OP2 0.42 0.85 0.83 0.60 0.48 0.52 0.68 0.55 1.02 0.21 1.08 0.58 1.30 0.49 0.26 1.13 0.52 0.44 0.31 0.72 0.46 0.48
P 0.56 0.69 1.03 0.79 0.32 0.67 0.49 0.69 0.85 0.26 0.92 0.42 1.14 0.29 0.30 1.36 0.75 0.51 0.20 0.53 0.30 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.15 0.16 0.27 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.37 0.09 0.25 0.26 0.69 0.40
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.13 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.11 0.10 0.13 0.11
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.16 0.29 0.08 0.05 0.21 0.28 0.14 0.03 0.01 0.02 0.27 0.19 0.15 0.21
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.19 0.04 0.28 0.30 0.68 0.44
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.16 0.05 0.08 0.11 0.15 0.07 0.21 0.03 0.00 0.02 0.13 0.14 0.05
C5 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.23 0.07 0.02 0.39 0.47 0.91 0.60
C5' 0.04 0.11 0.13 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.13 0.10 0.20 0.20 0.09 0.08 0.16 0.02 0.01 0.21 0.27 0.02
C6 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.23 0.12 0.03 0.37 0.46 0.98 0.61
C8 0.02 0.02 0.07 0.29 0.00 0.16 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.26 0.17 0.07 0.50 0.59 0.81 0.64
N1 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.26 0.07 0.30 0.34 0.86 0.51
N3 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.38 0.10 0.22 0.24 0.56 0.34
N6 0.03 0.02 0.06 0.21 0.02 0.11 0.03 0.20 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.27 0.07 0.04 0.44 0.60 1.13 0.71
N7 0.01 0.02 0.06 0.28 0.01 0.15 0.01 0.20 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.28 0.15 0.05 0.51 0.66 1.01 0.72
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.15 0.08 0.01 0.30 0.32 0.57 0.42
O2' 0.03 0.16 0.00 0.03 0.16 0.21 0.23 0.08 0.23 0.26 0.19 0.13 0.27 0.28 0.15 0.00 0.09 0.16 0.22 0.22 0.14 0.20
O3' 0.21 0.37 0.04 0.01 0.19 0.03 0.07 0.16 0.12 0.17 0.26 0.38 0.07 0.15 0.08 0.09 0.00 0.14 0.33 0.28 0.23 0.28
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.07 0.10 0.04 0.05 0.01 0.16 0.14 0.00 0.13 0.19 0.21 0.18
O5' 0.15 0.25 0.11 0.27 0.28 0.02 0.39 0.01 0.37 0.50 0.30 0.22 0.44 0.51 0.30 0.22 0.33 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.16 0.26 0.10 0.19 0.30 0.13 0.47 0.21 0.46 0.59 0.34 0.24 0.60 0.66 0.32 0.22 0.28 0.19 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.27 0.69 0.13 0.15 0.68 0.14 0.91 0.27 0.98 0.81 0.86 0.56 1.13 1.01 0.57 0.14 0.23 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.40 0.11 0.21 0.44 0.05 0.60 0.02 0.61 0.64 0.51 0.34 0.71 0.72 0.42 0.20 0.28 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00