ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.023, 0.052, 0.081, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.052 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.005, 0.068, 0.131, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.068 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.047, 0.155, 0.264, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.155 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.007, 0.130, 0.253, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.130 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.078, 0.235, 0.392, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.235 std_dev=0.157
C3' A 0, 0.062, 0.261, 0.461, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.261 std_dev=0.200
C4' A 0, 0.064, 0.284, 0.504, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.284 std_dev=0.220
P B 0, 0.018, 0.249, 0.480, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.249 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.072, 0.333, 0.593, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.333 std_dev=0.261
OP2 B 0, 0.175, 0.538, 0.902, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.538 std_dev=0.363
C5' A 0, 0.124, 0.537, 0.950, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.537 std_dev=0.413
OP1 B 0, 0.281, 0.731, 1.180, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.731 std_dev=0.450
C1' B 0, 0.249, 0.715, 1.181, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.715 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.299, 0.789, 1.279, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.789 std_dev=0.490
N9 B 0, 0.260, 0.795, 1.329, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.795 std_dev=0.535
O4' B 0, 0.350, 0.920, 1.490, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.920 std_dev=0.570
C3' B 0, 0.336, 0.944, 1.552, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.944 std_dev=0.608
C4' B 0, 0.386, 1.033, 1.681, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.033 std_dev=0.648
O3' B 0, 0.391, 1.070, 1.748, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.070 std_dev=0.679
C2' B 0, 0.555, 1.241, 1.927, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.241 std_dev=0.686
C4 B 0, 0.202, 0.939, 1.676, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.939 std_dev=0.737
C8 B 0, 0.132, 0.913, 1.694, 2.271 max_d=2.271 avg_d=0.913 std_dev=0.781
N3 B 0, 0.268, 1.067, 1.867, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.067 std_dev=0.799
OP2 A 0, 0.292, 1.247, 2.202, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.247 std_dev=0.955
P A 0, 0.166, 1.136, 2.106, 2.798 max_d=2.798 avg_d=1.136 std_dev=0.970
O5' A 0, 0.020, 0.997, 1.975, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.997 std_dev=0.978
OP1 A 0, 0.248, 1.273, 2.297, 2.996 max_d=2.996 avg_d=1.273 std_dev=1.024
C5 B 0, 0.050, 1.098, 2.147, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.098 std_dev=1.048
N7 B 0, 0.038, 1.098, 2.159, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.098 std_dev=1.061
C2 B 0, 0.143, 1.300, 2.458, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.300 std_dev=1.158
C5' B 0, 0.618, 1.805, 2.992, 3.275 max_d=3.275 avg_d=1.805 std_dev=1.187
O2' B 0, 0.813, 2.004, 3.196, 3.261 max_d=3.261 avg_d=2.004 std_dev=1.192
C6 B 0, -0.042, 1.339, 2.719, 3.768 max_d=3.768 avg_d=1.339 std_dev=1.381
N1 B 0, -0.024, 1.410, 2.844, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.410 std_dev=1.434
N6 B 0, -0.075, 1.587, 3.249, 4.517 max_d=4.517 avg_d=1.587 std_dev=1.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.15 0.26 0.10
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.06 0.02 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.38 0.29 0.27 0.27
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.02 0.06 0.15 0.01 0.01 0.06 0.01 0.29 0.32 0.07 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.04 0.10 0.06 0.10 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.39 0.44 0.07 0.27
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.13 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.65 0.54 0.50 0.55
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.08 0.02 0.04 0.14 0.01 0.02 0.15 0.34 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.16 0.00 0.35 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.11 0.01 0.06 0.71 0.57 0.50 0.59
C5' 0.06 0.19 0.04 0.04 0.33 0.01 0.35 0.00 0.30 0.19 0.26 0.15 0.03 0.05 0.35 0.01 0.01 0.22 0.43 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.14 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.01 0.06 0.61 0.45 0.33 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.41 0.29 0.24 0.26
N3 0.03 0.00 0.06 0.10 0.00 0.09 0.02 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.01 0.03 0.51 0.41 0.37 0.41
O2 0.07 0.01 0.15 0.15 0.01 0.08 0.03 0.15 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.16 0.01 0.07 0.26 0.19 0.25 0.17
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.10 0.17 0.00 0.02 0.09 0.05 0.05 0.18 0.20 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.04 0.11 0.05 0.10 0.05 0.09 0.16 0.02 0.00 0.09 0.03 0.29 0.48 0.15 0.28
O4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.14 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.04 0.70 0.61 0.58 0.62
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03 0.04 0.00 0.07 0.04 0.42 0.14
O5' 0.19 0.38 0.29 0.39 0.65 0.02 0.71 0.01 0.61 0.41 0.51 0.26 0.05 0.29 0.70 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.29 0.32 0.44 0.54 0.15 0.57 0.22 0.45 0.29 0.41 0.19 0.18 0.48 0.61 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.27 0.07 0.07 0.50 0.34 0.50 0.43 0.33 0.24 0.37 0.25 0.20 0.15 0.58 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.27 0.17 0.27 0.55 0.07 0.59 0.02 0.45 0.26 0.41 0.17 0.06 0.28 0.62 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.98 0.53 0.44 0.63 0.26 0.72 0.36 1.01 0.29 1.11 0.76 1.11 0.48 0.35 0.73 0.49 0.29 0.26 0.36 0.22 0.18
C2 0.27 0.88 0.57 0.43 0.67 0.24 0.83 0.29 1.00 0.46 1.01 0.71 1.09 0.71 0.45 0.76 0.49 0.35 0.23 0.37 0.22 0.18
C2' 0.14 0.76 0.55 0.44 0.44 0.24 0.51 0.42 0.74 0.21 0.85 0.57 0.82 0.32 0.22 0.68 0.49 0.20 0.26 0.37 0.25 0.18
C3' 0.18 0.85 0.55 0.43 0.52 0.22 0.60 0.35 0.85 0.26 0.95 0.64 0.95 0.42 0.29 0.71 0.48 0.23 0.21 0.38 0.23 0.14
C4 0.33 0.90 0.69 0.43 0.76 0.22 1.00 0.32 1.15 0.72 1.08 0.72 1.32 1.00 0.58 1.01 0.54 0.38 0.23 0.37 0.29 0.17
C4' 0.25 1.02 0.54 0.45 0.62 0.26 0.70 0.34 1.00 0.31 1.14 0.78 1.11 0.46 0.36 0.76 0.50 0.29 0.22 0.35 0.20 0.12
C5 0.33 1.01 0.67 0.45 0.80 0.24 1.04 0.31 1.25 0.67 1.21 0.80 1.45 0.98 0.57 1.02 0.55 0.37 0.23 0.37 0.29 0.17
C5' 0.31 1.14 0.54 0.43 0.73 0.26 0.83 0.28 1.15 0.40 1.28 0.88 1.29 0.59 0.45 0.81 0.48 0.34 0.18 0.40 0.18 0.15
C6 0.31 1.06 0.62 0.46 0.79 0.25 0.99 0.28 1.24 0.56 1.25 0.84 1.43 0.86 0.53 0.93 0.54 0.36 0.23 0.38 0.26 0.17
N1 0.28 1.00 0.57 0.45 0.72 0.25 0.88 0.29 1.12 0.45 1.15 0.79 1.26 0.72 0.46 0.81 0.51 0.35 0.23 0.37 0.23 0.17
N3 0.30 0.83 0.64 0.42 0.70 0.21 0.90 0.26 1.03 0.62 0.98 0.68 1.15 0.88 0.52 0.88 0.51 0.38 0.22 0.38 0.27 0.18
O2 0.25 0.79 0.49 0.41 0.58 0.26 0.66 0.38 0.81 0.31 0.86 0.65 0.83 0.49 0.37 0.60 0.46 0.35 0.24 0.34 0.16 0.18
O2' 0.19 0.61 0.57 0.49 0.28 0.34 0.28 0.57 0.48 0.27 0.65 0.45 0.51 0.24 0.17 0.65 0.53 0.20 0.37 0.38 0.30 0.27
O3' 0.13 0.72 0.55 0.44 0.40 0.23 0.46 0.42 0.68 0.21 0.80 0.53 0.76 0.31 0.21 0.68 0.48 0.17 0.23 0.39 0.25 0.17
O4 0.37 0.83 0.75 0.39 0.75 0.23 1.00 0.40 1.12 0.79 1.03 0.68 1.29 1.06 0.61 1.11 0.52 0.40 0.25 0.34 0.29 0.16
O4' 0.31 1.15 0.53 0.46 0.74 0.30 0.85 0.34 1.17 0.37 1.29 0.89 1.32 0.57 0.44 0.78 0.50 0.36 0.25 0.36 0.22 0.17
O5' 0.37 0.97 0.51 0.49 0.66 0.45 0.73 0.48 0.97 0.41 1.07 0.78 1.08 0.54 0.46 0.83 0.56 0.49 0.45 0.80 0.40 0.51
OP1 0.30 1.07 0.47 0.35 0.69 0.36 0.78 0.42 1.07 0.37 1.20 0.84 1.19 0.56 0.43 0.87 0.43 0.44 0.34 0.73 0.25 0.40
OP2 0.30 0.94 0.58 0.19 0.64 0.31 0.77 0.44 1.03 0.42 1.09 0.72 1.18 0.62 0.43 1.05 0.30 0.43 0.33 0.70 0.14 0.35
P 0.26 1.00 0.48 0.30 0.65 0.31 0.76 0.41 1.04 0.35 1.14 0.77 1.18 0.56 0.40 0.91 0.38 0.40 0.32 0.71 0.20 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.37 0.01 0.16 0.39 0.52 0.32
C2 0.03 0.00 0.24 0.07 0.01 0.32 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.38 0.48 0.41 0.19 0.34 0.58 0.25
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.13 0.03 0.08 0.19 0.12 0.13 0.19 0.23 0.10 0.08 0.03 0.01 0.07 0.03 0.60 0.87 0.59 0.64
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.16 0.01 0.29 0.03 0.25 0.42 0.15 0.06 0.32 0.42 0.22 0.02 0.01 0.01 0.44 0.55 0.20 0.35
C4 0.02 0.01 0.13 0.16 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.20 0.29 0.22 0.10 0.42 0.60 0.32
C4' 0.02 0.32 0.03 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.12 0.35 0.22 0.31 0.13 0.28 0.11 0.23 0.06 0.01 0.02 0.06 0.30 0.13
C5 0.02 0.01 0.08 0.29 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.25 0.17 0.12 0.18 0.57 0.65 0.42
C5' 0.06 0.35 0.19 0.03 0.17 0.01 0.24 0.00 0.22 0.48 0.27 0.33 0.27 0.44 0.18 0.07 0.20 0.03 0.01 0.12 0.12 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.25 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.21 0.20 0.17 0.57 0.65 0.41
C8 0.01 0.02 0.13 0.42 0.01 0.35 0.01 0.48 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.48 0.27 0.19 0.29 0.63 0.64 0.49
N1 0.03 0.00 0.19 0.15 0.01 0.22 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.34 0.32 0.15 0.46 0.62 0.32
N3 0.03 0.00 0.23 0.06 0.01 0.31 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.37 0.51 0.40 0.20 0.32 0.56 0.24
N6 0.05 0.01 0.10 0.32 0.03 0.13 0.03 0.27 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.30 0.18 0.16 0.24 0.67 0.65 0.47
N7 0.01 0.02 0.08 0.42 0.01 0.28 0.01 0.44 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.43 0.26 0.09 0.32 0.71 0.68 0.53
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.20 0.19 0.02 0.09 0.45 0.59 0.36
O2' 0.03 0.38 0.01 0.02 0.20 0.23 0.25 0.07 0.25 0.48 0.30 0.37 0.30 0.43 0.20 0.00 0.08 0.20 0.52 0.98 0.63 0.62
O3' 0.37 0.48 0.07 0.01 0.29 0.06 0.17 0.20 0.21 0.27 0.34 0.51 0.18 0.26 0.19 0.08 0.00 0.26 0.37 0.57 0.27 0.37
O4' 0.01 0.41 0.03 0.01 0.22 0.01 0.12 0.03 0.20 0.19 0.32 0.40 0.16 0.09 0.02 0.20 0.26 0.00 0.20 0.41 0.68 0.48
O5' 0.16 0.19 0.60 0.44 0.10 0.02 0.18 0.01 0.17 0.29 0.15 0.20 0.24 0.32 0.09 0.52 0.37 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.39 0.34 0.87 0.55 0.42 0.06 0.57 0.12 0.57 0.63 0.46 0.32 0.67 0.71 0.45 0.98 0.57 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.58 0.59 0.20 0.60 0.30 0.65 0.12 0.65 0.64 0.62 0.56 0.65 0.68 0.59 0.63 0.27 0.68 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.25 0.64 0.35 0.32 0.13 0.42 0.02 0.41 0.49 0.32 0.24 0.47 0.53 0.36 0.62 0.37 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00