ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.001, 0.024, 0.046, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.011, 0.057, 0.102, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.057 std_dev=0.045
O2 A 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.059 std_dev=0.059
OP1 B 0, 0.239, 0.470, 0.701, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.470 std_dev=0.231
O4' A 0, 0.089, 0.344, 0.599, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.255
P B 0, 0.360, 0.619, 0.879, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.619 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.088, 0.355, 0.621, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.355 std_dev=0.267
OP2 B 0, 0.319, 0.588, 0.856, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.588 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.147, 0.467, 0.788, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.467 std_dev=0.321
O2' A 0, 0.181, 0.575, 0.970, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.575 std_dev=0.394
C3' A 0, 0.189, 0.652, 1.115, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.652 std_dev=0.463
O5' B 0, 0.407, 0.943, 1.479, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.943 std_dev=0.536
C5' A 0, 0.320, 0.918, 1.516, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.918 std_dev=0.598
O5' A 0, -0.043, 0.743, 1.529, 2.740 max_d=2.740 avg_d=0.743 std_dev=0.786
O3' A 0, 0.168, 1.014, 1.859, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.014 std_dev=0.846
C5' B 0, 0.334, 1.454, 2.573, 4.137 max_d=4.137 avg_d=1.454 std_dev=1.119
O3' B 0, 1.356, 2.485, 3.615, 4.324 max_d=4.324 avg_d=2.485 std_dev=1.129
P A 0, 0.330, 1.594, 2.857, 4.637 max_d=4.637 avg_d=1.594 std_dev=1.263
OP1 A 0, 0.862, 2.211, 3.561, 4.897 max_d=4.897 avg_d=2.211 std_dev=1.350
OP2 A 0, 0.404, 1.977, 3.550, 5.629 max_d=5.629 avg_d=1.977 std_dev=1.573
C3' B 0, 0.092, 1.720, 3.348, 5.803 max_d=5.803 avg_d=1.720 std_dev=1.628
C4' B 0, 0.020, 1.725, 3.429, 6.034 max_d=6.034 avg_d=1.725 std_dev=1.705
O4' B 0, -0.356, 2.067, 4.489, 8.314 max_d=8.314 avg_d=2.067 std_dev=2.423
C2' B 0, -0.155, 2.361, 4.878, 8.813 max_d=8.813 avg_d=2.361 std_dev=2.516
O2' B 0, 0.284, 3.040, 5.795, 9.981 max_d=9.981 avg_d=3.040 std_dev=2.756
C1' B 0, -0.404, 2.484, 5.372, 9.939 max_d=9.939 avg_d=2.484 std_dev=2.888
C8 B 0, -0.589, 2.488, 5.566, 10.477 max_d=10.477 avg_d=2.488 std_dev=3.077
N9 B 0, -0.636, 2.645, 5.927, 11.162 max_d=11.162 avg_d=2.645 std_dev=3.282
N7 B 0, -0.841, 2.806, 6.454, 12.310 max_d=12.310 avg_d=2.806 std_dev=3.647
C4 B 0, -0.887, 3.110, 7.107, 13.509 max_d=13.509 avg_d=3.110 std_dev=3.997
C5 B 0, -1.058, 3.165, 7.388, 14.180 max_d=14.180 avg_d=3.165 std_dev=4.223
N3 B 0, -0.915, 3.498, 7.911, 14.974 max_d=14.974 avg_d=3.498 std_dev=4.413
C6 B 0, -1.330, 3.635, 8.600, 16.604 max_d=16.604 avg_d=3.635 std_dev=4.965
C2 B 0, -1.126, 3.938, 9.002, 17.126 max_d=17.126 avg_d=3.938 std_dev=5.064
N6 B 0, -1.518, 3.785, 9.087, 17.655 max_d=17.655 avg_d=3.785 std_dev=5.303
N1 B 0, -1.351, 4.015, 9.380, 18.016 max_d=18.016 avg_d=4.015 std_dev=5.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.22 0.06 0.01 0.28 0.30 0.78 0.41
C2 0.05 0.00 0.11 0.10 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.19 0.22 0.03 0.07 0.43 0.48 1.12 0.66
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09 0.03 0.09 0.18 0.01 0.02 0.09 0.02 0.19 0.11 0.52 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.19 0.01 0.22 0.03 0.21 0.11 0.13 0.13 0.02 0.01 0.20 0.03 0.34 0.15 0.43 0.19
C4 0.04 0.03 0.07 0.19 0.00 0.07 0.02 0.09 0.03 0.03 0.01 0.03 0.22 0.06 0.01 0.03 0.65 0.74 1.47 0.96
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.11 0.19 0.02 0.08 0.01 0.01 0.30 0.37 0.11
C5 0.01 0.02 0.08 0.22 0.02 0.07 0.00 0.11 0.01 0.02 0.02 0.04 0.20 0.10 0.04 0.02 0.70 0.78 1.50 1.02
C5' 0.02 0.05 0.10 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.09 0.17 0.10 0.02 0.01 0.40 0.31 0.02
C6 0.01 0.03 0.09 0.21 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.05 0.17 0.10 0.05 0.04 0.64 0.65 1.34 0.90
N1 0.01 0.02 0.03 0.11 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.13 0.12 0.05 0.02 0.47 0.48 1.10 0.68
N3 0.05 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.22 0.15 0.03 0.06 0.53 0.60 1.30 0.80
O2 0.10 0.01 0.18 0.13 0.03 0.11 0.04 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.20 0.35 0.03 0.12 0.32 0.38 0.98 0.52
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.22 0.19 0.20 0.09 0.17 0.13 0.22 0.20 0.00 0.03 0.24 0.10 0.17 0.13 0.54 0.17
O3' 0.22 0.22 0.02 0.01 0.06 0.02 0.10 0.17 0.10 0.12 0.15 0.35 0.03 0.00 0.08 0.13 0.43 0.24 0.37 0.22
O4 0.06 0.03 0.09 0.20 0.01 0.08 0.04 0.10 0.05 0.05 0.03 0.03 0.24 0.08 0.00 0.05 0.68 0.81 1.55 1.03
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.12 0.10 0.13 0.05 0.00 0.40 0.40 0.74 0.47
O5' 0.28 0.43 0.19 0.34 0.65 0.01 0.70 0.01 0.64 0.47 0.53 0.32 0.17 0.43 0.68 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.48 0.11 0.15 0.74 0.30 0.78 0.40 0.65 0.48 0.60 0.38 0.13 0.24 0.81 0.40 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.78 1.12 0.52 0.43 1.47 0.37 1.50 0.31 1.34 1.10 1.30 0.98 0.54 0.37 1.55 0.74 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.41 0.66 0.17 0.19 0.96 0.11 1.02 0.02 0.90 0.68 0.80 0.52 0.17 0.22 1.03 0.47 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.47 1.50 1.36 0.95 1.47 1.23 1.36 1.06 1.33 1.36 1.41 1.53 1.20 1.28 1.46 1.37 0.86 1.48 0.39 0.20 0.12 0.13
C2 1.09 0.96 1.10 0.75 0.97 0.99 0.83 0.92 0.77 0.92 0.85 1.02 0.63 0.77 1.03 1.06 0.62 1.12 0.33 0.21 0.08 0.12
C2' 1.17 1.13 1.14 0.80 1.11 1.05 1.00 0.95 0.96 1.03 1.03 1.17 0.84 0.93 1.13 1.15 0.73 1.19 0.34 0.18 0.16 0.17
C3' 1.35 1.43 1.29 0.88 1.38 1.14 1.31 1.02 1.31 1.28 1.37 1.44 1.22 1.24 1.36 1.33 0.81 1.34 0.36 0.14 0.15 0.13
C4 1.40 1.51 1.51 1.01 1.50 1.04 1.48 0.93 1.46 1.50 1.49 1.51 1.40 1.46 1.50 1.45 0.74 1.23 0.48 0.14 0.16 0.07
C4' 1.72 2.00 1.56 1.08 1.88 1.35 1.84 1.13 1.88 1.69 1.96 1.95 1.81 1.72 1.78 1.61 1.00 1.67 0.43 0.17 0.12 0.11
C5 1.78 2.07 1.81 1.22 2.04 1.25 2.09 1.05 2.09 2.03 2.09 2.02 2.06 2.08 1.97 1.79 0.96 1.55 0.54 0.14 0.14 0.08
C5' 1.98 2.52 1.81 1.26 2.31 1.46 2.34 1.19 2.47 2.05 2.55 2.40 2.47 2.18 2.12 1.89 1.16 1.84 0.51 0.18 0.10 0.12
C6 1.78 2.05 1.74 1.18 2.01 1.30 2.03 1.09 2.04 1.96 2.05 2.01 1.99 2.01 1.94 1.74 0.98 1.62 0.50 0.16 0.11 0.08
N1 1.48 1.53 1.42 0.98 1.51 1.20 1.44 1.04 1.40 1.45 1.46 1.55 1.30 1.39 1.51 1.41 0.83 1.44 0.42 0.19 0.09 0.10
N3 1.06 0.97 1.14 0.76 0.98 0.92 0.87 0.87 0.83 0.94 0.89 1.02 0.72 0.82 1.02 1.08 0.57 1.02 0.37 0.19 0.10 0.09
O2 0.75 0.45 0.75 0.52 0.48 0.83 0.29 0.81 0.22 0.41 0.30 0.56 0.21 0.24 0.57 0.73 0.45 0.87 0.21 0.26 0.14 0.18
O2' 0.69 0.50 0.67 0.43 0.50 0.70 0.32 0.64 0.26 0.43 0.36 0.58 0.17 0.27 0.57 0.67 0.44 0.78 0.16 0.42 0.34 0.41
O3' 0.85 0.84 0.77 0.41 0.80 0.72 0.71 0.65 0.71 0.72 0.78 0.86 0.64 0.65 0.81 0.83 0.36 0.90 0.14 0.34 0.43 0.40
O4 1.28 1.43 1.48 0.98 1.41 0.90 1.40 0.80 1.40 1.39 1.42 1.42 1.36 1.37 1.39 1.42 0.66 1.04 0.49 0.12 0.21 0.10
O4' 1.83 2.10 1.65 1.15 2.00 1.42 1.96 1.17 1.98 1.83 2.06 2.07 1.90 1.85 1.91 1.69 1.04 1.77 0.47 0.20 0.12 0.12
O5' 2.54 3.04 2.39 1.81 2.87 1.99 2.91 1.71 3.01 2.64 3.07 2.93 3.01 2.78 2.70 2.51 1.72 2.37 1.02 0.47 0.40 0.50
OP1 2.59 3.27 2.56 1.94 3.04 1.99 3.17 1.73 3.35 2.80 3.38 3.10 3.46 3.04 2.82 2.70 1.80 2.32 1.07 0.61 0.52 0.57
OP2 3.67 4.35 3.56 2.88 4.16 2.97 4.27 2.64 4.41 3.89 4.43 4.21 4.46 4.14 3.92 3.72 2.73 3.39 1.93 1.32 1.22 1.35
P 2.98 3.64 2.88 2.24 3.42 2.34 3.52 2.04 3.69 3.15 3.72 3.48 3.75 3.38 3.19 3.03 2.12 2.72 1.34 0.78 0.68 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.09 0.04 0.03 0.07 0.09 0.03 0.03 0.01 0.02 0.26 0.01 0.21 0.17 0.16 0.21
C2 0.09 0.00 0.15 0.15 0.03 0.08 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.29 0.36 0.11 0.38 0.21 0.53 0.43
C2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.07 0.03 0.04 0.20 0.07 0.10 0.12 0.16 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.21 0.41 0.16 0.20
C3' 0.02 0.15 0.02 0.00 0.13 0.01 0.18 0.03 0.18 0.21 0.15 0.13 0.20 0.23 0.13 0.03 0.01 0.02 0.10 0.20 0.10 0.07
C4 0.04 0.03 0.07 0.13 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.22 0.05 0.43 0.20 0.54 0.47
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.12 0.06 0.09 0.07 0.13 0.04 0.19 0.03 0.01 0.02 0.18 0.21 0.02
C5 0.03 0.02 0.04 0.18 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.15 0.03 0.57 0.26 0.77 0.64
C5' 0.09 0.13 0.20 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.16 0.10 0.10 0.15 0.02 0.01 0.22 0.31 0.03
C6 0.04 0.01 0.07 0.18 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.33 0.19 0.04 0.57 0.27 0.83 0.66
C8 0.03 0.03 0.10 0.21 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.12 0.07 0.61 0.28 0.70 0.65
N1 0.07 0.01 0.12 0.15 0.03 0.06 0.02 0.12 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.33 0.29 0.08 0.48 0.24 0.71 0.55
N3 0.09 0.01 0.16 0.13 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.25 0.37 0.11 0.33 0.19 0.42 0.36
N6 0.03 0.01 0.05 0.20 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.16 0.04 0.64 0.32 0.98 0.76
N7 0.03 0.03 0.07 0.23 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.13 0.07 0.67 0.33 0.89 0.76
N9 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.16 0.15 0.01 0.42 0.19 0.45 0.44
O2' 0.02 0.29 0.01 0.03 0.24 0.19 0.30 0.10 0.33 0.24 0.33 0.25 0.36 0.29 0.16 0.00 0.04 0.13 0.21 0.38 0.16 0.19
O3' 0.26 0.36 0.04 0.01 0.22 0.03 0.15 0.15 0.19 0.12 0.29 0.37 0.16 0.13 0.15 0.04 0.00 0.19 0.14 0.25 0.16 0.14
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.08 0.11 0.04 0.07 0.01 0.13 0.19 0.00 0.23 0.22 0.08 0.26
O5' 0.21 0.38 0.21 0.10 0.43 0.02 0.57 0.01 0.57 0.61 0.48 0.33 0.64 0.67 0.42 0.21 0.14 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.21 0.41 0.20 0.20 0.18 0.26 0.22 0.27 0.28 0.24 0.19 0.32 0.33 0.19 0.38 0.25 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.53 0.16 0.10 0.54 0.21 0.77 0.31 0.83 0.70 0.71 0.42 0.98 0.89 0.45 0.16 0.16 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.43 0.20 0.07 0.47 0.02 0.64 0.03 0.66 0.65 0.55 0.36 0.76 0.76 0.44 0.19 0.14 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00