ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50936

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.011, 0.046, 0.082, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.046 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.030, 0.075, 0.120, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.075 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.014, 0.110, 0.207, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.110 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.047, 0.146, 0.244, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.146 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.100, 0.233, 0.366, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.233 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.085, 0.219, 0.353, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.219 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.094, 0.265, 0.436, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.265 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.175, 0.426, 0.676, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.426 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.107, 0.401, 0.695, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.401 std_dev=0.294
P B 0, 0.251, 0.560, 0.870, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.560 std_dev=0.310
O5' A 0, 0.150, 0.657, 1.163, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.657 std_dev=0.507
OP1 B 0, 0.498, 1.038, 1.579, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.038 std_dev=0.541
O5' B 0, 0.830, 1.445, 2.061, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.445 std_dev=0.615
P A 0, 0.271, 0.895, 1.520, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.895 std_dev=0.624
OP2 B 0, 0.984, 1.689, 2.393, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.689 std_dev=0.705
OP2 A 0, 0.359, 1.073, 1.787, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.073 std_dev=0.714
C4' B 0, 0.710, 1.451, 2.192, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.451 std_dev=0.741
C5' B 0, 0.679, 1.454, 2.228, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.454 std_dev=0.775
OP1 A 0, 0.121, 0.937, 1.754, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.937 std_dev=0.817
O3' B 0, 1.050, 1.938, 2.825, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.938 std_dev=0.888
C3' B 0, 1.232, 2.153, 3.074, 2.880 max_d=2.880 avg_d=2.153 std_dev=0.921
O4' B 0, 1.244, 2.171, 3.098, 2.824 max_d=2.824 avg_d=2.171 std_dev=0.927
C4 B 0, 1.269, 2.332, 3.395, 3.078 max_d=3.078 avg_d=2.332 std_dev=1.063
N9 B 0, 1.337, 2.422, 3.506, 3.148 max_d=3.148 avg_d=2.422 std_dev=1.085
N3 B 0, 1.447, 2.553, 3.658, 3.590 max_d=3.590 avg_d=2.553 std_dev=1.105
C1' B 0, 1.593, 2.741, 3.888, 3.478 max_d=3.478 avg_d=2.741 std_dev=1.147
C5 B 0, 0.936, 2.158, 3.380, 3.299 max_d=3.299 avg_d=2.158 std_dev=1.222
C2' B 0, 1.740, 2.965, 4.189, 3.765 max_d=3.765 avg_d=2.965 std_dev=1.224
C2 B 0, 1.355, 2.581, 3.807, 4.007 max_d=4.007 avg_d=2.581 std_dev=1.226
C8 B 0, 1.064, 2.301, 3.537, 3.285 max_d=3.285 avg_d=2.301 std_dev=1.237
N7 B 0, 0.932, 2.185, 3.439, 3.426 max_d=3.426 avg_d=2.185 std_dev=1.253
N6 B 0, 1.171, 2.496, 3.821, 3.824 max_d=3.824 avg_d=2.496 std_dev=1.325
C6 B 0, 0.873, 2.243, 3.613, 3.523 max_d=3.523 avg_d=2.243 std_dev=1.370
N1 B 0, 1.075, 2.451, 3.828, 4.035 max_d=4.035 avg_d=2.451 std_dev=1.376
O2' B 0, 2.342, 4.316, 6.289, 6.199 max_d=6.199 avg_d=4.316 std_dev=1.973

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.15 0.34 0.19
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.02 0.31 0.34 0.51 0.38
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.24 0.24 0.25 0.21
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.11 0.11 0.02 0.01 0.14 0.01 0.33 0.33 0.18 0.25
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.12 0.01 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.05 0.56 0.63 0.73 0.65
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.12 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.12 0.25 0.04
C5 0.03 0.01 0.04 0.11 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.06 0.60 0.66 0.73 0.67
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.24 0.01 0.26 0.00 0.20 0.11 0.16 0.05 0.04 0.02 0.27 0.01 0.01 0.13 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.05 0.50 0.51 0.58 0.53
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.33 0.33 0.47 0.37
N3 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.01 0.43 0.48 0.63 0.52
O2 0.05 0.00 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.05 0.21 0.22 0.45 0.29
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.04 0.05 0.04 0.07 0.14 0.21 0.08
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.12 0.01 0.11 0.02 0.09 0.06 0.11 0.12 0.04 0.00 0.15 0.01 0.27 0.39 0.12 0.24
O4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.13 0.02 0.27 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.15 0.00 0.06 0.61 0.72 0.81 0.73
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.37 0.17
O5' 0.14 0.31 0.24 0.33 0.56 0.01 0.60 0.01 0.50 0.33 0.43 0.21 0.07 0.27 0.61 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.34 0.24 0.33 0.63 0.12 0.66 0.13 0.51 0.33 0.48 0.22 0.14 0.39 0.72 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.51 0.25 0.18 0.73 0.25 0.73 0.31 0.58 0.47 0.63 0.45 0.21 0.12 0.81 0.37 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.38 0.21 0.25 0.65 0.04 0.67 0.02 0.53 0.37 0.52 0.29 0.08 0.24 0.73 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 0.75 1.13 0.82 0.75 0.66 0.77 0.65 0.81 0.86 0.81 0.72 0.89 0.81 0.81 1.45 0.80 0.63 0.27 0.19 0.14 0.02
C2 0.69 0.51 1.05 0.75 0.54 0.58 0.62 0.57 0.68 0.70 0.61 0.49 0.82 0.68 0.62 1.31 0.71 0.54 0.27 0.18 0.13 0.03
C2' 0.74 0.65 1.01 0.72 0.70 0.57 0.77 0.59 0.76 0.90 0.71 0.63 0.83 0.89 0.77 1.27 0.69 0.56 0.26 0.22 0.17 0.07
C3' 0.79 0.75 1.06 0.73 0.77 0.56 0.83 0.53 0.84 0.90 0.81 0.72 0.91 0.90 0.81 1.38 0.71 0.58 0.25 0.29 0.16 0.11
C4 0.54 0.47 1.01 0.68 0.44 0.44 0.61 0.37 0.73 0.50 0.63 0.40 0.95 0.67 0.44 1.36 0.62 0.38 0.18 0.34 0.12 0.14
C4' 0.92 0.91 1.21 0.87 0.89 0.69 0.89 0.64 0.92 0.93 0.94 0.88 0.96 0.90 0.91 1.59 0.86 0.68 0.26 0.23 0.12 0.04
C5 0.64 0.59 1.09 0.73 0.53 0.50 0.64 0.43 0.80 0.51 0.74 0.52 1.01 0.64 0.52 1.50 0.69 0.45 0.18 0.34 0.09 0.12
C5' 0.94 0.99 1.23 0.88 0.91 0.68 0.90 0.59 0.97 0.88 1.01 0.95 1.01 0.85 0.91 1.67 0.87 0.69 0.28 0.28 0.14 0.12
C6 0.73 0.68 1.13 0.79 0.62 0.58 0.68 0.52 0.82 0.62 0.80 0.62 1.00 0.65 0.63 1.54 0.75 0.53 0.22 0.28 0.06 0.07
N1 0.76 0.66 1.12 0.80 0.65 0.62 0.69 0.59 0.78 0.73 0.75 0.62 0.92 0.70 0.70 1.46 0.76 0.57 0.25 0.22 0.10 0.03
N3 0.56 0.42 0.99 0.69 0.44 0.48 0.58 0.44 0.67 0.56 0.57 0.37 0.85 0.66 0.48 1.26 0.63 0.43 0.22 0.24 0.09 0.07
O2 0.71 0.46 1.00 0.75 0.55 0.62 0.59 0.64 0.59 0.80 0.53 0.46 0.68 0.71 0.67 1.16 0.71 0.58 0.31 0.13 0.19 0.07
O2' 0.79 0.65 1.02 0.76 0.75 0.65 0.82 0.71 0.76 1.00 0.69 0.66 0.80 1.00 0.84 1.23 0.75 0.62 0.31 0.14 0.19 0.07
O3' 0.78 0.74 1.03 0.71 0.79 0.53 0.87 0.53 0.86 0.95 0.80 0.72 0.93 0.97 0.83 1.33 0.68 0.56 0.24 0.32 0.18 0.13
O4 0.47 0.42 0.93 0.61 0.41 0.35 0.62 0.26 0.73 0.50 0.61 0.34 0.96 0.71 0.38 1.28 0.55 0.32 0.19 0.42 0.21 0.21
O4' 0.94 0.92 1.24 0.91 0.87 0.73 0.85 0.68 0.91 0.88 0.96 0.88 0.98 0.81 0.89 1.64 0.90 0.71 0.28 0.20 0.11 0.02
O5' 0.90 0.80 1.24 0.97 0.73 0.78 0.67 0.71 0.76 0.73 0.83 0.77 0.84 0.61 0.78 1.68 0.96 0.72 0.47 0.26 0.37 0.34
OP1 0.86 0.92 1.13 0.88 0.78 0.69 0.74 0.57 0.87 0.68 0.95 0.86 0.95 0.63 0.77 1.63 0.89 0.69 0.52 0.41 0.43 0.41
OP2 0.70 0.93 0.94 0.75 0.75 0.59 0.81 0.45 1.00 0.59 1.03 0.81 1.17 0.69 0.66 1.41 0.80 0.64 0.65 0.61 0.61 0.59
P 0.80 0.89 1.09 0.85 0.72 0.65 0.71 0.52 0.87 0.59 0.95 0.81 1.00 0.57 0.69 1.58 0.87 0.65 0.53 0.44 0.47 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.21 0.19 0.27 0.24
C2 0.05 0.00 0.25 0.13 0.00 0.33 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.32 0.42 0.30 0.34 0.51 0.41
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.13 0.01 0.06 0.20 0.12 0.13 0.20 0.24 0.08 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.25 0.38 0.66 0.40
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.23 0.02 0.22 0.29 0.17 0.12 0.26 0.30 0.17 0.03 0.00 0.01 0.17 0.20 0.42 0.23
C4 0.03 0.00 0.13 0.15 0.00 0.13 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.18 0.22 0.38 0.40 0.48 0.44
C4' 0.01 0.33 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.01 0.12 0.24 0.24 0.31 0.07 0.17 0.05 0.22 0.08 0.01 0.02 0.15 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.10 0.11 0.55 0.59 0.67 0.60
C5' 0.09 0.47 0.20 0.02 0.24 0.01 0.15 0.00 0.24 0.23 0.38 0.43 0.18 0.17 0.08 0.05 0.18 0.02 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.22 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.20 0.51 0.60 0.71 0.60
C8 0.01 0.01 0.13 0.29 0.00 0.24 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.40 0.16 0.20 0.74 0.66 0.62 0.70
N1 0.04 0.01 0.20 0.17 0.01 0.24 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.33 0.39 0.47 0.63 0.50
N3 0.05 0.01 0.24 0.12 0.00 0.31 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.34 0.42 0.27 0.28 0.43 0.35
N6 0.03 0.02 0.08 0.26 0.02 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.12 0.14 0.60 0.73 0.83 0.70
N7 0.01 0.01 0.07 0.30 0.00 0.17 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.17 0.10 0.75 0.76 0.78 0.77
N9 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.11 0.02 0.44 0.40 0.41 0.44
O2' 0.02 0.27 0.01 0.03 0.07 0.22 0.15 0.05 0.10 0.40 0.16 0.28 0.16 0.35 0.15 0.00 0.16 0.16 0.24 0.45 0.74 0.41
O3' 0.27 0.32 0.08 0.00 0.18 0.08 0.10 0.18 0.13 0.16 0.22 0.34 0.12 0.17 0.11 0.16 0.00 0.22 0.13 0.20 0.33 0.17
O4' 0.01 0.42 0.01 0.01 0.22 0.01 0.11 0.02 0.20 0.20 0.33 0.42 0.14 0.10 0.02 0.16 0.22 0.00 0.29 0.38 0.21 0.35
O5' 0.21 0.30 0.25 0.17 0.38 0.02 0.55 0.01 0.51 0.74 0.39 0.27 0.60 0.75 0.44 0.24 0.13 0.29 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.19 0.34 0.38 0.20 0.40 0.15 0.59 0.22 0.60 0.66 0.47 0.28 0.73 0.76 0.40 0.45 0.20 0.38 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.51 0.66 0.42 0.48 0.20 0.67 0.29 0.71 0.62 0.63 0.43 0.83 0.78 0.41 0.74 0.33 0.21 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.41 0.40 0.23 0.44 0.04 0.60 0.02 0.60 0.70 0.50 0.35 0.70 0.77 0.44 0.41 0.17 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00