ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50937

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.002, 0.024, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.020, 0.054, 0.088, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.054 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.038, 0.114, 0.189, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.114 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.043, 0.127, 0.212, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.110, 0.218, 0.327, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.218 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.117, 0.232, 0.348, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.232 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.048, 0.166, 0.284, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.166 std_dev=0.118
P A 0, 0.030, 0.179, 0.328, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.179 std_dev=0.149
OP2 A 0, 0.070, 0.220, 0.371, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.220 std_dev=0.150
OP1 B 0, 0.156, 0.311, 0.467, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.311 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.057, 0.217, 0.377, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.217 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.023, 0.186, 0.348, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.186 std_dev=0.163
C8 B 0, 0.131, 0.293, 0.456, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.293 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.157, 0.321, 0.484, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.321 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.077, 0.247, 0.418, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.247 std_dev=0.171
N7 B 0, 0.128, 0.304, 0.479, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.304 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.182, 0.364, 0.546, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.364 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.113, 0.297, 0.480, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.297 std_dev=0.184
N9 B 0, 0.162, 0.348, 0.534, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.348 std_dev=0.186
P B 0, 0.088, 0.279, 0.469, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.279 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.186, 0.395, 0.603, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.395 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.144, 0.355, 0.565, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.355 std_dev=0.210
C3' B 0, 0.114, 0.326, 0.537, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.326 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.137, 0.372, 0.608, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.372 std_dev=0.236
C5' B 0, 0.115, 0.353, 0.591, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.353 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.168, 0.433, 0.699, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.433 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.172, 0.439, 0.706, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.439 std_dev=0.267
N6 B 0, 0.188, 0.463, 0.737, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.463 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.156, 0.449, 0.742, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.449 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.185, 0.479, 0.773, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.479 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.099, 0.466, 0.833, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.466 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.140, 0.555, 0.970, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.555 std_dev=0.415
N1 B 0, 0.164, 0.600, 1.037, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.600 std_dev=0.436
C2 B 0, 0.140, 0.632, 1.124, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.632 std_dev=0.492
O5' B 0, 0.041, 0.605, 1.170, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.605 std_dev=0.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.10 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.09 0.07
C3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.09 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.08 0.01 0.08 0.13 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04 0.11 0.08 0.09 0.07
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.04 0.09 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.00 0.05 0.13 0.08 0.08 0.08
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.04 0.09 0.05 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.10 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.08 0.05 0.09 0.05
O2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.02 0.04 0.04 0.10 0.05
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.13 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.15 0.09 0.08
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.10 0.01 0.08 0.21 0.18 0.14
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.13 0.09 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.15 0.09
O5' 0.05 0.05 0.07 0.08 0.11 0.04 0.13 0.02 0.09 0.05 0.08 0.04 0.08 0.08 0.13 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.10 0.13 0.08 0.09 0.08 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.15 0.21 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.04 0.08 0.02 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.18 0.09 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.03 0.08 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.14 0.09 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.16 0.10 0.13 0.14 0.13 0.15 0.16 0.18 0.12 0.18 0.14 0.22 0.13 0.13 0.11 0.16 0.16 0.21 0.04 0.33 0.09
C2 0.15 0.18 0.08 0.11 0.16 0.09 0.17 0.13 0.19 0.14 0.19 0.17 0.21 0.16 0.15 0.08 0.15 0.17 0.27 0.04 0.30 0.06
C2' 0.12 0.17 0.11 0.16 0.12 0.16 0.13 0.23 0.18 0.11 0.19 0.14 0.21 0.10 0.12 0.12 0.17 0.15 0.22 0.04 0.35 0.09
C3' 0.12 0.13 0.11 0.16 0.10 0.15 0.09 0.21 0.13 0.11 0.15 0.11 0.15 0.09 0.11 0.12 0.17 0.15 0.26 0.05 0.29 0.07
C4 0.19 0.24 0.10 0.13 0.21 0.10 0.21 0.14 0.23 0.16 0.24 0.23 0.24 0.18 0.19 0.10 0.19 0.20 0.36 0.12 0.16 0.10
C4' 0.10 0.12 0.09 0.13 0.08 0.12 0.09 0.15 0.14 0.09 0.14 0.09 0.17 0.08 0.09 0.10 0.16 0.14 0.20 0.05 0.29 0.09
C5 0.18 0.25 0.09 0.11 0.21 0.09 0.21 0.13 0.23 0.15 0.25 0.23 0.25 0.17 0.19 0.10 0.17 0.19 0.33 0.11 0.16 0.08
C5' 0.11 0.11 0.09 0.13 0.08 0.12 0.09 0.14 0.13 0.09 0.14 0.09 0.16 0.07 0.09 0.10 0.15 0.15 0.23 0.07 0.25 0.10
C6 0.17 0.23 0.09 0.11 0.19 0.09 0.20 0.13 0.22 0.14 0.23 0.21 0.24 0.16 0.17 0.10 0.16 0.17 0.29 0.07 0.21 0.06
N1 0.15 0.19 0.08 0.11 0.17 0.10 0.18 0.14 0.20 0.13 0.21 0.18 0.22 0.15 0.15 0.09 0.15 0.17 0.26 0.04 0.27 0.06
N3 0.18 0.22 0.10 0.12 0.19 0.09 0.20 0.13 0.21 0.16 0.22 0.21 0.22 0.18 0.18 0.10 0.17 0.19 0.34 0.08 0.23 0.06
O2 0.12 0.14 0.07 0.11 0.13 0.11 0.16 0.15 0.17 0.12 0.16 0.13 0.20 0.17 0.12 0.09 0.14 0.16 0.23 0.08 0.37 0.11
O2' 0.15 0.11 0.15 0.22 0.08 0.23 0.09 0.28 0.14 0.17 0.15 0.08 0.20 0.11 0.13 0.16 0.23 0.21 0.14 0.08 0.44 0.15
O3' 0.11 0.09 0.11 0.18 0.06 0.18 0.06 0.25 0.08 0.14 0.10 0.06 0.10 0.11 0.10 0.12 0.19 0.16 0.24 0.04 0.31 0.07
O4 0.21 0.26 0.12 0.15 0.23 0.12 0.22 0.15 0.24 0.18 0.25 0.25 0.24 0.19 0.21 0.12 0.21 0.21 0.38 0.17 0.16 0.15
O4' 0.13 0.15 0.10 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.18 0.12 0.18 0.13 0.21 0.13 0.13 0.11 0.16 0.16 0.20 0.06 0.29 0.10
O5' 0.11 0.16 0.06 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.17 0.09 0.18 0.13 0.20 0.10 0.11 0.07 0.12 0.13 0.27 0.06 0.20 0.08
OP1 0.16 0.23 0.10 0.09 0.18 0.10 0.18 0.11 0.22 0.14 0.25 0.20 0.25 0.15 0.17 0.11 0.12 0.17 0.26 0.05 0.20 0.05
OP2 0.07 0.18 0.06 0.18 0.11 0.10 0.13 0.19 0.18 0.04 0.20 0.14 0.21 0.08 0.07 0.06 0.25 0.08 0.20 0.17 0.22 0.10
P 0.09 0.16 0.04 0.12 0.11 0.07 0.12 0.12 0.16 0.07 0.18 0.13 0.19 0.08 0.09 0.06 0.17 0.11 0.22 0.07 0.19 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.21 0.22 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.03 0.15 0.20 0.20 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.09 0.30 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.07 0.37 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.16 0.21 0.21 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.19 0.30 0.07
C5 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.17 0.21 0.22 0.10
C5' 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.24 0.41 0.03
C6 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.17 0.21 0.21 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.19 0.22 0.24 0.10
N1 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.03 0.16 0.20 0.20 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.06 0.02 0.15 0.20 0.20 0.13
N6 0.04 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.07 0.03 0.18 0.22 0.21 0.11
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.18 0.22 0.25 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.21 0.22 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.07 0.31 0.08
O3' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.50 0.11 0.39 0.23
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.31 0.29 0.20 0.20
O5' 0.16 0.15 0.13 0.31 0.16 0.01 0.17 0.01 0.17 0.19 0.16 0.15 0.18 0.18 0.17 0.15 0.50 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.20 0.09 0.07 0.21 0.19 0.21 0.24 0.21 0.22 0.20 0.20 0.22 0.22 0.21 0.07 0.11 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.20 0.30 0.37 0.21 0.30 0.22 0.41 0.21 0.24 0.20 0.20 0.21 0.25 0.22 0.31 0.39 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.06 0.13 0.11 0.07 0.10 0.03 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.23 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00