ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50939

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.003, 0.025, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.001, 0.024, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.001, 0.025, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C1' A 0, -0.003, 0.034, 0.072, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.005, 0.046, 0.087, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.046 std_dev=0.041
O5' A 0, 0.096, 0.287, 0.477, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.287 std_dev=0.190
P A 0, 0.058, 0.282, 0.506, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.282 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.096, 0.346, 0.597, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.346 std_dev=0.251
O4' A 0, -0.022, 0.251, 0.523, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.251 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.123, 0.476, 0.829, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.476 std_dev=0.353
C2' A 0, -0.026, 0.361, 0.747, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.361 std_dev=0.386
C4' A 0, -0.008, 0.413, 0.835, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.413 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.054, 0.514, 0.974, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.514 std_dev=0.460
C3' A 0, -0.023, 0.487, 0.996, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.487 std_dev=0.510
OP1 B 0, 0.014, 0.534, 1.054, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.534 std_dev=0.520
P B 0, -0.005, 0.606, 1.216, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.606 std_dev=0.610
OP2 B 0, 0.027, 0.753, 1.479, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.753 std_dev=0.726
O2' A 0, -0.085, 0.701, 1.487, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.701 std_dev=0.786
O3' A 0, -0.076, 0.911, 1.897, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.911 std_dev=0.986
O5' B 0, -0.220, 1.698, 3.615, 4.171 max_d=4.171 avg_d=1.698 std_dev=1.917
C5' B 0, -0.371, 2.470, 5.311, 6.091 max_d=6.091 avg_d=2.470 std_dev=2.841
C4' B 0, -0.611, 3.487, 7.585, 8.599 max_d=8.599 avg_d=3.487 std_dev=4.098
O4' B 0, -0.616, 3.689, 7.993, 9.039 max_d=9.039 avg_d=3.689 std_dev=4.304
C3' B 0, -0.647, 3.876, 8.400, 9.440 max_d=9.440 avg_d=3.876 std_dev=4.523
C8 B 0, -0.552, 3.992, 8.536, 9.620 max_d=9.620 avg_d=3.992 std_dev=4.544
N7 B 0, -0.588, 4.323, 9.235, 10.429 max_d=10.429 avg_d=4.323 std_dev=4.911
N9 B 0, -0.660, 4.394, 9.447, 10.626 max_d=10.626 avg_d=4.394 std_dev=5.053
C1' B 0, -0.705, 4.430, 9.566, 10.765 max_d=10.765 avg_d=4.430 std_dev=5.136
C2' B 0, -0.708, 4.466, 9.639, 10.806 max_d=10.806 avg_d=4.466 std_dev=5.173
O3' B 0, -0.697, 4.522, 9.741, 10.917 max_d=10.917 avg_d=4.522 std_dev=5.219
C5 B 0, -0.679, 4.852, 10.383, 11.672 max_d=11.672 avg_d=4.852 std_dev=5.531
C4 B 0, -0.736, 4.970, 10.675, 12.082 max_d=12.082 avg_d=4.970 std_dev=5.706
O2' B 0, -0.695, 5.208, 11.112, 12.450 max_d=12.450 avg_d=5.208 std_dev=5.903
C6 B 0, -0.743, 5.390, 11.523, 13.011 max_d=13.011 avg_d=5.390 std_dev=6.133
N6 B 0, -0.737, 5.501, 11.739, 13.151 max_d=13.151 avg_d=5.501 std_dev=6.238
N3 B 0, -0.865, 5.652, 12.169, 13.853 max_d=13.853 avg_d=5.652 std_dev=6.517
N1 B 0, -0.842, 5.942, 12.726, 14.506 max_d=14.506 avg_d=5.942 std_dev=6.784
C2 B 0, -0.900, 6.062, 13.024, 14.890 max_d=14.890 avg_d=6.062 std_dev=6.962

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.11 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.29 0.06 0.01 0.10 0.10 0.19 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.04 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.25 0.03 0.09 0.05 0.07 0.15 0.04
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.10 0.01 0.18 0.23 0.20 0.04 0.02 0.18 0.01 0.03 0.11 0.02 0.45 0.52 0.52 0.48
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.17 0.00 0.19 0.02 0.17 0.12 0.14 0.06 0.03 0.01 0.17 0.02 0.09 0.13 0.10 0.10
C4 0.05 0.02 0.10 0.17 0.00 0.06 0.01 0.25 0.02 0.04 0.01 0.02 0.36 0.05 0.01 0.07 0.08 0.12 0.16 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.27 0.04 0.08 0.00 0.03 0.10 0.07 0.02
C5 0.06 0.01 0.18 0.19 0.01 0.04 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.42 0.05 0.02 0.02 0.08 0.12 0.16 0.08
C5' 0.11 0.18 0.23 0.02 0.25 0.01 0.24 0.00 0.20 0.16 0.22 0.15 0.05 0.23 0.28 0.02 0.00 0.21 0.12 0.02
C6 0.05 0.01 0.20 0.17 0.02 0.03 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.03 0.03 0.03 0.06 0.10 0.16 0.06
N1 0.02 0.01 0.04 0.12 0.04 0.01 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.15 0.05 0.03 0.05 0.07 0.16 0.05
N3 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.23 0.17 0.02 0.10 0.06 0.09 0.15 0.05
O2 0.02 0.00 0.18 0.06 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.37 0.03 0.11 0.05 0.06 0.15 0.04
O2' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.36 0.27 0.42 0.05 0.37 0.19 0.23 0.08 0.00 0.02 0.40 0.18 0.36 0.50 0.57 0.44
O3' 0.29 0.25 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.23 0.03 0.15 0.17 0.37 0.02 0.00 0.03 0.21 0.17 0.27 0.24 0.18
O4 0.06 0.03 0.11 0.17 0.01 0.08 0.02 0.28 0.03 0.05 0.02 0.03 0.40 0.03 0.00 0.09 0.10 0.14 0.17 0.10
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.10 0.11 0.18 0.21 0.09 0.00 0.14 0.21 0.14 0.18
O5' 0.10 0.05 0.45 0.09 0.08 0.03 0.08 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.36 0.17 0.10 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.07 0.52 0.13 0.12 0.10 0.12 0.21 0.10 0.07 0.09 0.06 0.50 0.27 0.14 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.15 0.52 0.10 0.16 0.07 0.16 0.12 0.16 0.16 0.15 0.15 0.57 0.24 0.17 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.48 0.10 0.08 0.02 0.08 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.44 0.18 0.10 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.35 0.22 0.13 0.97 0.28 1.10 0.31 0.29 0.22 0.12 0.43 0.39 0.11 0.16 0.86 0.68 0.12 0.06 0.07 0.17
C2 0.48 0.60 1.00 0.44 0.55 0.27 0.53 0.59 0.55 0.47 0.59 0.59 0.53 0.48 0.51 0.83 0.17 0.02 0.29 0.13 0.05 0.07
C2' 0.70 0.46 0.36 0.82 0.38 1.42 0.14 1.32 0.11 0.14 0.27 0.55 0.10 0.08 0.40 0.74 1.61 1.07 0.22 0.15 0.06 0.07
C3' 0.70 0.53 0.31 0.66 0.41 1.34 0.16 1.21 0.15 0.12 0.33 0.60 0.08 0.08 0.40 0.70 1.39 1.09 0.15 0.13 0.06 0.08
C4 1.15 1.02 1.57 1.24 0.89 0.76 0.64 0.46 0.63 0.58 0.81 1.09 0.46 0.46 0.88 1.46 0.68 0.82 0.91 0.37 0.17 0.25
C4' 0.21 0.13 0.32 0.19 0.12 0.97 0.31 1.05 0.33 0.35 0.20 0.15 0.50 0.48 0.11 0.14 0.80 0.73 0.10 0.07 0.08 0.16
C5 0.84 0.73 1.24 0.90 0.66 0.38 0.49 0.15 0.47 0.48 0.59 0.79 0.37 0.39 0.66 1.13 0.31 0.48 0.69 0.34 0.14 0.18
C5' 0.11 0.15 0.44 0.11 0.18 0.82 0.33 0.95 0.34 0.39 0.23 0.14 0.47 0.48 0.18 0.28 0.65 0.59 0.11 0.27 0.20 0.25
C6 0.46 0.45 0.88 0.47 0.42 0.18 0.38 0.37 0.37 0.39 0.40 0.46 0.34 0.36 0.42 0.74 0.19 0.04 0.41 0.25 0.09 0.07
N1 0.26 0.37 0.74 0.24 0.35 0.49 0.38 0.71 0.39 0.37 0.39 0.35 0.41 0.40 0.33 0.56 0.42 0.23 0.21 0.16 0.06 0.09
N3 0.97 0.95 1.46 0.99 0.84 0.43 0.66 0.11 0.67 0.58 0.81 0.99 0.54 0.50 0.82 1.31 0.41 0.58 0.72 0.27 0.11 0.14
O2 0.26 0.53 0.83 0.20 0.48 0.59 0.54 0.93 0.59 0.46 0.58 0.47 0.63 0.54 0.41 0.63 0.37 0.30 0.10 0.05 0.05 0.18
O2' 1.44 1.10 1.16 1.66 0.99 2.22 0.63 2.02 0.58 0.61 0.82 1.23 0.32 0.38 1.02 1.58 2.48 1.80 0.81 0.11 0.31 0.45
O3' 1.43 1.21 0.99 1.29 1.07 2.01 0.76 1.79 0.73 0.69 0.96 1.31 0.48 0.51 1.07 1.45 1.96 1.82 0.66 0.18 0.39 0.48
O4 1.52 1.31 1.88 1.68 1.13 1.34 0.75 1.04 0.73 0.66 1.01 1.43 0.49 0.49 1.11 1.79 1.20 1.29 1.20 0.44 0.24 0.37
O4' 0.18 0.34 0.71 0.21 0.38 0.70 0.53 0.91 0.55 0.55 0.45 0.28 0.66 0.64 0.37 0.56 0.41 0.46 0.10 0.18 0.11 0.21
O5' 0.09 0.14 0.39 0.11 0.12 0.69 0.21 0.76 0.20 0.30 0.14 0.14 0.28 0.34 0.14 0.21 0.66 0.47 0.17 0.21 0.12 0.12
OP1 0.13 0.26 0.21 0.11 0.09 0.72 0.06 0.76 0.03 0.20 0.16 0.25 0.11 0.22 0.03 0.08 0.76 0.53 0.10 0.33 0.20 0.18
OP2 0.41 0.28 0.74 0.44 0.31 0.15 0.29 0.30 0.24 0.37 0.24 0.32 0.23 0.33 0.36 0.65 0.15 0.06 0.35 0.43 0.19 0.12
P 0.28 0.23 0.64 0.30 0.30 0.37 0.36 0.50 0.33 0.46 0.26 0.24 0.38 0.47 0.34 0.52 0.31 0.19 0.29 0.28 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.09 0.32 0.60 0.21
C2 0.04 0.00 0.45 0.24 0.01 0.35 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.18 0.50 0.05 0.62 0.93 0.49
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.25 0.03 0.13 0.08 0.23 0.21 0.36 0.44 0.17 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.26 0.59 0.69 0.46
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.30 0.01 0.42 0.03 0.42 0.42 0.34 0.19 0.48 0.48 0.28 0.03 0.01 0.03 0.06 0.09 0.24 0.07
C4 0.02 0.01 0.25 0.30 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.24 0.31 0.35 0.50 0.12
C4' 0.03 0.35 0.03 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.04 0.46 0.19 0.36 0.13 0.39 0.14 0.35 0.02 0.01 0.04 0.14 0.51 0.10
C5 0.02 0.01 0.13 0.42 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.09 0.08 0.63 0.15 0.05 0.24
C5' 0.02 0.39 0.08 0.03 0.04 0.01 0.29 0.00 0.16 0.73 0.16 0.39 0.32 0.67 0.25 0.23 0.20 0.03 0.01 0.37 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.42 0.02 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.09 0.19 0.54 0.23 0.16 0.13
C8 0.02 0.01 0.21 0.42 0.01 0.46 0.01 0.73 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.66 0.17 0.32 0.98 0.22 0.48 0.67
N1 0.04 0.01 0.36 0.34 0.03 0.19 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.15 0.08 0.38 0.25 0.46 0.59 0.23
N3 0.03 0.01 0.44 0.19 0.00 0.36 0.01 0.39 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.35 0.23 0.51 0.07 0.60 0.97 0.50
N6 0.02 0.01 0.17 0.48 0.02 0.13 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.30 0.18 0.11 0.72 0.13 0.21 0.36
N7 0.02 0.01 0.09 0.48 0.01 0.39 0.00 0.67 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.60 0.21 0.19 0.99 0.23 0.60 0.71
N9 0.01 0.01 0.03 0.28 0.00 0.14 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.26 0.06 0.04 0.45 0.19 0.28 0.09
O2' 0.02 0.33 0.00 0.03 0.07 0.35 0.28 0.23 0.18 0.66 0.15 0.35 0.30 0.60 0.26 0.00 0.07 0.25 0.10 0.41 0.59 0.28
O3' 0.31 0.18 0.03 0.01 0.07 0.02 0.09 0.20 0.09 0.17 0.08 0.23 0.18 0.21 0.06 0.07 0.00 0.15 0.18 0.47 0.07 0.20
O4' 0.01 0.50 0.02 0.03 0.24 0.01 0.08 0.03 0.19 0.32 0.38 0.51 0.11 0.19 0.04 0.25 0.15 0.00 0.12 0.19 0.75 0.22
O5' 0.09 0.05 0.26 0.06 0.31 0.04 0.63 0.01 0.54 0.98 0.25 0.07 0.72 0.99 0.45 0.10 0.18 0.12 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.32 0.62 0.59 0.09 0.35 0.14 0.15 0.37 0.23 0.22 0.46 0.60 0.13 0.23 0.19 0.41 0.47 0.19 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.60 0.93 0.69 0.24 0.50 0.51 0.05 0.34 0.16 0.48 0.59 0.97 0.21 0.60 0.28 0.59 0.07 0.75 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.49 0.46 0.07 0.12 0.10 0.24 0.02 0.13 0.67 0.23 0.50 0.36 0.71 0.09 0.28 0.20 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00