ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50940

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.023, 0.055, 0.087, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.055 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.022, 0.063, 0.104, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.063 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.074, 0.151, 0.228, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.151 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.097, 0.199, 0.301, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.199 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.087, 0.200, 0.312, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.200 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.151, 0.308, 0.464, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.308 std_dev=0.157
C3' A 0, 0.156, 0.318, 0.480, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.318 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.188, 0.397, 0.605, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.397 std_dev=0.208
P B 0, 0.041, 0.267, 0.493, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.267 std_dev=0.226
O3' A 0, 0.219, 0.447, 0.675, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.447 std_dev=0.228
O5' A 0, 0.271, 0.580, 0.888, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.580 std_dev=0.308
OP1 B 0, 0.071, 0.536, 1.002, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.536 std_dev=0.465
P A 0, 0.649, 1.372, 2.094, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.372 std_dev=0.723
OP2 B 0, -0.098, 0.700, 1.498, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.700 std_dev=0.798
OP2 A 0, 0.757, 1.620, 2.483, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.620 std_dev=0.863
OP1 A 0, 0.811, 1.721, 2.631, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.721 std_dev=0.910
O5' B 0, -0.269, 0.680, 1.629, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.680 std_dev=0.949
C5' B 0, 0.469, 1.459, 2.449, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.459 std_dev=0.990
C4' B 0, -0.908, 1.412, 3.732, 6.040 max_d=6.040 avg_d=1.412 std_dev=2.320
C3' B 0, -0.057, 2.475, 5.008, 7.372 max_d=7.372 avg_d=2.475 std_dev=2.532
O4' B 0, -0.486, 2.077, 4.640, 7.126 max_d=7.126 avg_d=2.077 std_dev=2.563
O3' B 0, -0.231, 2.721, 5.672, 8.466 max_d=8.466 avg_d=2.721 std_dev=2.952
C8 B 0, -0.259, 2.823, 5.905, 8.833 max_d=8.833 avg_d=2.823 std_dev=3.082
C2' B 0, 0.556, 3.709, 6.861, 9.571 max_d=9.571 avg_d=3.709 std_dev=3.153
C1' B 0, -0.028, 3.191, 6.409, 9.397 max_d=9.397 avg_d=3.191 std_dev=3.218
N9 B 0, -0.312, 3.088, 6.488, 9.722 max_d=9.722 avg_d=3.088 std_dev=3.400
N7 B 0, -0.534, 3.050, 6.634, 10.090 max_d=10.090 avg_d=3.050 std_dev=3.584
O2' B 0, 1.556, 5.252, 8.947, 11.594 max_d=11.594 avg_d=5.252 std_dev=3.696
C4 B 0, -0.616, 3.487, 7.589, 11.544 max_d=11.544 avg_d=3.487 std_dev=4.102
C5 B 0, -0.851, 3.341, 7.533, 11.616 max_d=11.616 avg_d=3.341 std_dev=4.192
N3 B 0, -0.602, 4.075, 8.752, 13.238 max_d=13.238 avg_d=4.075 std_dev=4.677
C6 B 0, -1.229, 3.687, 8.603, 13.429 max_d=13.429 avg_d=3.687 std_dev=4.916
N6 B 0, -1.431, 3.755, 8.940, 14.049 max_d=14.049 avg_d=3.755 std_dev=5.186
C2 B 0, -0.906, 4.356, 9.618, 14.712 max_d=14.712 avg_d=4.356 std_dev=5.262
N1 B 0, -1.265, 4.145, 9.555, 14.851 max_d=14.851 avg_d=4.145 std_dev=5.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.14 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.09 0.07 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.12 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.12 0.12 0.15 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.13 0.12 0.16 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.10 0.09 0.15 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.09 0.14 0.10
O2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.14 0.09
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.07 0.04
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.19 0.08 0.08
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.14 0.14 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.15 0.11
O5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.10 0.06 0.10 0.05 0.02 0.05 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.09 0.12 0.12 0.06 0.12 0.04 0.09 0.06 0.09 0.04 0.09 0.19 0.14 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.14 0.07 0.05 0.15 0.05 0.16 0.02 0.15 0.14 0.14 0.14 0.07 0.08 0.16 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.03 0.04 0.11 0.03 0.12 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.04 0.08 0.13 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 2.30 0.91 0.54 1.80 0.37 2.11 0.35 2.56 1.31 2.60 1.90 2.85 1.83 1.30 0.74 0.39 0.48 0.05 0.29 0.70 0.16
C2 0.77 1.92 0.85 0.49 1.60 0.34 1.89 0.34 2.18 1.30 2.16 1.63 2.38 1.74 1.22 0.65 0.33 0.45 0.04 0.29 0.71 0.16
C2' 0.39 1.76 0.49 0.22 1.26 0.09 1.54 0.13 1.96 0.80 2.03 1.38 2.22 1.26 0.80 0.34 0.16 0.14 0.18 0.32 0.63 0.12
C3' 0.32 1.75 0.44 0.18 1.26 0.03 1.60 0.11 2.06 0.86 2.09 1.34 2.41 1.37 0.80 0.32 0.14 0.07 0.21 0.32 0.64 0.12
C4 0.63 1.62 0.79 0.44 1.43 0.20 1.81 0.35 2.05 1.39 1.93 1.34 2.34 1.83 1.13 0.63 0.23 0.29 0.05 0.35 0.69 0.20
C4' 0.73 2.35 0.83 0.47 1.77 0.27 2.13 0.31 2.66 1.28 2.72 1.88 3.05 1.84 1.24 0.65 0.33 0.37 0.09 0.29 0.70 0.14
C5 0.66 1.81 0.81 0.46 1.56 0.20 1.99 0.36 2.30 1.47 2.18 1.48 2.67 1.98 1.21 0.65 0.26 0.29 0.05 0.34 0.71 0.19
C5' 0.74 2.42 0.87 0.49 1.84 0.25 2.27 0.32 2.82 1.40 2.84 1.93 3.27 2.00 1.30 0.66 0.32 0.35 0.11 0.27 0.69 0.12
C6 0.72 2.02 0.85 0.49 1.68 0.25 2.10 0.36 2.47 1.46 2.38 1.65 2.84 2.00 1.26 0.66 0.30 0.35 0.05 0.33 0.73 0.18
N1 0.77 2.09 0.87 0.51 1.71 0.32 2.06 0.35 2.43 1.37 2.40 1.73 2.73 1.89 1.27 0.67 0.34 0.42 0.05 0.31 0.72 0.16
N3 0.69 1.67 0.80 0.46 1.46 0.28 1.76 0.35 1.99 1.32 1.92 1.42 2.20 1.72 1.15 0.61 0.27 0.38 0.04 0.33 0.71 0.19
O2 0.82 1.95 0.86 0.50 1.60 0.40 1.79 0.31 2.06 1.15 2.12 1.69 2.17 1.53 1.20 0.69 0.36 0.53 0.05 0.24 0.66 0.13
O2' 0.46 1.87 0.53 0.26 1.29 0.17 1.47 0.15 1.91 0.69 2.08 1.49 2.11 1.10 0.80 0.40 0.21 0.23 0.16 0.31 0.60 0.14
O3' 0.12 1.48 0.26 0.11 0.98 0.14 1.30 0.04 1.74 0.59 1.80 1.08 2.07 1.06 0.54 0.30 0.21 0.12 0.28 0.34 0.60 0.10
O4 0.56 1.40 0.74 0.41 1.28 0.15 1.65 0.34 1.84 1.33 1.70 1.15 2.13 1.72 1.04 0.65 0.21 0.23 0.07 0.34 0.62 0.21
O4' 0.99 2.61 1.09 0.68 2.05 0.46 2.42 0.44 2.94 1.54 2.97 2.15 3.32 2.12 1.51 0.92 0.50 0.59 0.04 0.29 0.73 0.17
O5' 0.60 2.18 0.74 0.37 1.69 0.13 2.16 0.26 2.67 1.37 2.63 1.71 3.15 1.98 1.19 0.53 0.20 0.22 0.16 0.25 0.67 0.10
OP1 0.54 2.19 0.70 0.36 1.69 0.11 2.21 0.30 2.75 1.41 2.69 1.68 3.29 2.05 1.18 0.44 0.14 0.15 0.17 0.27 0.70 0.11
OP2 0.62 2.13 0.77 0.44 1.74 0.23 2.29 0.44 2.76 1.58 2.63 1.67 3.30 2.22 1.29 0.47 0.18 0.25 0.13 0.33 0.78 0.22
P 0.71 2.34 0.86 0.50 1.86 0.25 2.38 0.42 2.91 1.59 2.83 1.85 3.44 2.24 1.36 0.57 0.25 0.31 0.10 0.30 0.76 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.13 0.32 0.64 0.30
C2 0.01 0.00 0.31 0.35 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.44 0.15 0.18 0.74 0.98 0.61
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.15 0.04 0.06 0.14 0.12 0.17 0.23 0.31 0.08 0.11 0.02 0.00 0.08 0.02 0.29 0.41 0.53 0.36
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.25 0.00 0.25 0.01 0.30 0.10 0.34 0.31 0.29 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.15 0.13
C4 0.00 0.00 0.15 0.25 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.30 0.08 0.15 0.66 0.86 0.51
C4' 0.01 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.11 0.06 0.08 0.05 0.09 0.04 0.23 0.06 0.00 0.00 0.06 0.28 0.13
C5 0.01 0.00 0.06 0.25 0.00 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.28 0.02 0.15 0.78 0.80 0.51
C5' 0.10 0.10 0.14 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.18 0.29 0.13 0.10 0.21 0.28 0.17 0.09 0.14 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.30 0.01 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.35 0.06 0.17 0.86 0.85 0.57
C8 0.00 0.00 0.17 0.10 0.00 0.11 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.07 0.11 0.09 0.61 0.57 0.34
N1 0.01 0.00 0.23 0.34 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.43 0.11 0.18 0.83 0.94 0.62
N3 0.01 0.00 0.31 0.31 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.40 0.15 0.16 0.64 0.94 0.56
N6 0.01 0.00 0.08 0.29 0.01 0.05 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.34 0.03 0.18 0.93 0.77 0.56
N7 0.00 0.00 0.11 0.16 0.00 0.09 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.16 0.07 0.13 0.76 0.62 0.41
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.16 0.01 0.12 0.54 0.73 0.40
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.07 0.23 0.15 0.09 0.12 0.26 0.09 0.15 0.16 0.25 0.12 0.00 0.09 0.12 0.35 0.40 0.45 0.27
O3' 0.14 0.44 0.08 0.01 0.30 0.06 0.28 0.14 0.35 0.07 0.43 0.40 0.34 0.16 0.16 0.09 0.00 0.09 0.07 0.22 0.07 0.08
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.11 0.15 0.03 0.07 0.01 0.12 0.09 0.00 0.10 0.16 0.54 0.21
O5' 0.13 0.18 0.29 0.15 0.15 0.00 0.15 0.00 0.17 0.09 0.18 0.16 0.18 0.13 0.12 0.35 0.07 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.32 0.74 0.41 0.16 0.66 0.06 0.78 0.09 0.86 0.61 0.83 0.64 0.93 0.76 0.54 0.40 0.22 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 0.98 0.53 0.15 0.86 0.28 0.80 0.07 0.85 0.57 0.94 0.94 0.77 0.62 0.73 0.45 0.07 0.54 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.61 0.36 0.13 0.51 0.13 0.51 0.01 0.57 0.34 0.62 0.56 0.56 0.41 0.40 0.27 0.08 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00