ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50941

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
O4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.016, 0.077, 0.138, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.077 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.014, 0.083, 0.151, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.083 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.036, 0.121, 0.206, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.121 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.013, 0.101, 0.190, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.101 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.036, 0.135, 0.234, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.135 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.063, 0.201, 0.339, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.201 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.057, 0.210, 0.363, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.210 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.076, 0.262, 0.447, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.262 std_dev=0.185
OP2 B 0, 0.121, 0.308, 0.495, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.308 std_dev=0.187
P B 0, 0.119, 0.312, 0.505, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.312 std_dev=0.193
OP1 B 0, 0.130, 0.340, 0.550, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.340 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.108, 0.348, 0.588, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.348 std_dev=0.240
P A 0, 0.076, 0.344, 0.612, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.344 std_dev=0.268
OP1 A 0, 0.109, 0.383, 0.657, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.383 std_dev=0.274
C5' B 0, 0.089, 0.391, 0.694, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.391 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.177, 0.486, 0.795, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.486 std_dev=0.309
N7 B 0, 0.210, 0.538, 0.866, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.538 std_dev=0.328
O4' B 0, 0.171, 0.507, 0.843, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.507 std_dev=0.336
OP2 A 0, 0.074, 0.411, 0.749, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.411 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.133, 0.483, 0.832, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.483 std_dev=0.349
C3' B 0, 0.142, 0.500, 0.858, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.500 std_dev=0.358
N9 B 0, 0.226, 0.584, 0.942, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.584 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.210, 0.584, 0.958, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.584 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.200, 0.594, 0.987, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.594 std_dev=0.393
C5 B 0, 0.258, 0.677, 1.095, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.677 std_dev=0.418
O3' B 0, 0.184, 0.606, 1.028, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.606 std_dev=0.422
C4 B 0, 0.276, 0.703, 1.129, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.703 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.247, 0.711, 1.175, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.711 std_dev=0.464
N3 B 0, 0.320, 0.828, 1.336, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.828 std_dev=0.508
C6 B 0, 0.278, 0.795, 1.313, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.795 std_dev=0.517
N6 B 0, 0.261, 0.796, 1.330, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.796 std_dev=0.534
C2 B 0, 0.334, 0.928, 1.522, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.928 std_dev=0.594
N1 B 0, 0.313, 0.922, 1.531, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.922 std_dev=0.609

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.09 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.10 0.08
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04
O2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.02 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.02 0.05 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.15 0.05 0.03 0.11 0.04 0.13 0.06 0.17 0.05 0.17 0.12 0.19 0.09 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.11 0.13 0.11
C2 0.09 0.18 0.06 0.03 0.16 0.07 0.17 0.08 0.19 0.12 0.20 0.16 0.20 0.15 0.12 0.05 0.02 0.10 0.08 0.13 0.13 0.11
C2' 0.09 0.19 0.12 0.11 0.14 0.07 0.16 0.07 0.20 0.10 0.21 0.16 0.22 0.12 0.11 0.12 0.11 0.07 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.06 0.15 0.08 0.07 0.10 0.05 0.11 0.05 0.15 0.07 0.17 0.12 0.18 0.08 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.07 0.10 0.06
C4 0.13 0.18 0.10 0.10 0.17 0.11 0.18 0.13 0.19 0.15 0.19 0.17 0.20 0.17 0.15 0.10 0.09 0.13 0.12 0.17 0.13 0.13
C4' 0.07 0.14 0.05 0.05 0.10 0.07 0.11 0.08 0.15 0.07 0.16 0.11 0.17 0.09 0.08 0.05 0.05 0.09 0.07 0.11 0.13 0.11
C5 0.11 0.17 0.09 0.08 0.15 0.09 0.16 0.11 0.18 0.13 0.18 0.15 0.19 0.15 0.13 0.09 0.08 0.11 0.11 0.16 0.14 0.13
C5' 0.11 0.18 0.07 0.07 0.15 0.10 0.16 0.10 0.19 0.11 0.20 0.16 0.21 0.14 0.12 0.07 0.06 0.11 0.09 0.13 0.14 0.12
C6 0.08 0.16 0.06 0.04 0.13 0.06 0.15 0.08 0.17 0.10 0.17 0.14 0.18 0.13 0.10 0.06 0.05 0.08 0.09 0.15 0.14 0.12
N1 0.07 0.17 0.05 0.02 0.13 0.05 0.15 0.07 0.18 0.09 0.18 0.14 0.19 0.13 0.10 0.05 0.02 0.07 0.07 0.13 0.14 0.12
N3 0.12 0.19 0.09 0.07 0.17 0.10 0.18 0.11 0.19 0.15 0.20 0.17 0.20 0.17 0.15 0.08 0.06 0.13 0.11 0.15 0.13 0.12
O2 0.09 0.19 0.04 0.02 0.16 0.06 0.17 0.07 0.20 0.11 0.20 0.17 0.20 0.15 0.12 0.04 0.03 0.09 0.07 0.11 0.12 0.10
O2' 0.15 0.24 0.18 0.16 0.19 0.13 0.22 0.12 0.27 0.18 0.27 0.21 0.29 0.20 0.17 0.17 0.17 0.12 0.09 0.07 0.09 0.07
O3' 0.11 0.18 0.12 0.11 0.14 0.10 0.15 0.09 0.19 0.11 0.20 0.15 0.21 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.06 0.05 0.08 0.03
O4 0.15 0.19 0.13 0.12 0.18 0.14 0.18 0.15 0.19 0.17 0.19 0.18 0.20 0.18 0.16 0.12 0.12 0.15 0.14 0.19 0.12 0.14
O4' 0.09 0.17 0.05 0.05 0.14 0.10 0.15 0.11 0.18 0.10 0.19 0.15 0.20 0.13 0.11 0.05 0.04 0.11 0.11 0.14 0.15 0.14
O5' 0.11 0.19 0.09 0.08 0.16 0.09 0.18 0.09 0.21 0.13 0.21 0.17 0.23 0.16 0.13 0.09 0.07 0.11 0.09 0.14 0.14 0.11
OP1 0.12 0.22 0.09 0.08 0.18 0.10 0.19 0.09 0.23 0.13 0.24 0.19 0.25 0.16 0.14 0.09 0.07 0.11 0.09 0.14 0.13 0.11
OP2 0.14 0.21 0.13 0.11 0.18 0.11 0.20 0.11 0.22 0.15 0.23 0.19 0.24 0.18 0.15 0.13 0.11 0.12 0.11 0.16 0.13 0.12
P 0.12 0.22 0.10 0.09 0.18 0.10 0.19 0.09 0.23 0.14 0.24 0.19 0.25 0.17 0.14 0.10 0.08 0.11 0.09 0.14 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.06 0.09 0.10 0.16 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.07 0.13 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.15 0.11
C5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.10 0.17 0.13
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.09 0.10 0.18 0.14
N3 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.14 0.11
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.11 0.19 0.14
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.15 0.11
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.10 0.07
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.11 0.08
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05
O5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.06 0.07 0.07 0.04 0.08 0.02 0.10 0.06 0.10 0.08 0.11 0.08 0.04 0.07 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.16 0.04 0.06 0.13 0.01 0.15 0.00 0.17 0.11 0.18 0.14 0.19 0.15 0.10 0.04 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.13 0.02 0.04 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.09 0.14 0.11 0.14 0.11 0.07 0.02 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00