ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50942

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.008, 0.033, 0.059, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.016, 0.065, 0.113, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.065 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.016, 0.065, 0.114, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.065 std_dev=0.049
P B 0, 0.103, 0.371, 0.639, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.371 std_dev=0.268
OP1 B 0, 0.117, 0.409, 0.701, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.409 std_dev=0.292
O4' A 0, 0.096, 0.407, 0.719, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.407 std_dev=0.312
C2' A 0, 0.096, 0.448, 0.800, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.448 std_dev=0.352
C4' A 0, 0.098, 0.632, 1.166, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.632 std_dev=0.534
C5' A 0, 0.217, 0.804, 1.391, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.804 std_dev=0.587
O5' A 0, 0.244, 0.888, 1.532, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.888 std_dev=0.644
C3' A 0, -0.018, 0.632, 1.281, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.632 std_dev=0.649
O2' A 0, 0.130, 0.929, 1.728, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.929 std_dev=0.799
OP2 B 0, 0.288, 1.114, 1.940, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.114 std_dev=0.826
C5' B 0, 0.332, 1.163, 1.994, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.163 std_dev=0.831
O5' B 0, 0.006, 1.038, 2.070, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.038 std_dev=1.032
OP2 A 0, 0.456, 1.685, 2.913, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.685 std_dev=1.229
O3' A 0, -0.271, 1.006, 2.282, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.006 std_dev=1.277
P A 0, 0.328, 1.644, 2.961, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.644 std_dev=1.317
C4' B 0, 0.305, 1.788, 3.271, 3.631 max_d=3.631 avg_d=1.788 std_dev=1.483
OP1 A 0, 0.763, 2.718, 4.673, 4.514 max_d=4.514 avg_d=2.718 std_dev=1.955
C3' B 0, 0.492, 2.578, 4.663, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.578 std_dev=2.086
O4' B 0, -0.241, 2.373, 4.987, 6.014 max_d=6.014 avg_d=2.373 std_dev=2.614
O3' B 0, 0.950, 3.607, 6.265, 6.323 max_d=6.323 avg_d=3.607 std_dev=2.657
C2' B 0, 0.506, 3.558, 6.609, 7.451 max_d=7.451 avg_d=3.558 std_dev=3.051
C1' B 0, -0.661, 2.887, 6.436, 7.886 max_d=7.886 avg_d=2.887 std_dev=3.549
O2' B 0, 1.053, 4.644, 8.234, 8.745 max_d=8.745 avg_d=4.644 std_dev=3.591
C8 B 0, 0.905, 4.764, 8.623, 9.452 max_d=9.452 avg_d=4.764 std_dev=3.859
N9 B 0, 0.202, 4.237, 8.272, 9.666 max_d=9.666 avg_d=4.237 std_dev=4.035
N7 B 0, 1.468, 6.181, 10.894, 11.431 max_d=11.431 avg_d=6.181 std_dev=4.713
C4 B 0, 0.482, 5.470, 10.459, 12.063 max_d=12.063 avg_d=5.470 std_dev=4.988
C5 B 0, 1.284, 6.637, 11.990, 13.108 max_d=13.108 avg_d=6.637 std_dev=5.353
N3 B 0, 0.010, 5.606, 11.201, 13.246 max_d=13.246 avg_d=5.606 std_dev=5.596
C6 B 0, 1.663, 8.035, 14.406, 15.585 max_d=15.585 avg_d=8.035 std_dev=6.372
C2 B 0, 0.498, 6.949, 13.399, 15.542 max_d=15.542 avg_d=6.949 std_dev=6.450
N1 B 0, 1.288, 8.143, 14.999, 16.772 max_d=16.772 avg_d=8.143 std_dev=6.856
N6 B 0, 2.294, 9.278, 16.261, 16.849 max_d=16.849 avg_d=9.278 std_dev=6.984

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.35 0.03 0.00 0.14 0.52 0.34 0.31
C2 0.03 0.00 0.20 0.29 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.11 0.01 0.05 0.19 0.62 0.58 0.43
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.24 0.16 0.01 0.14 0.36 0.00 0.02 0.03 0.03 0.26 0.69 0.46 0.44
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.33 0.00 0.25 0.02 0.18 0.20 0.34 0.27 0.03 0.00 0.35 0.02 0.03 0.18 0.09 0.12
C4 0.02 0.00 0.02 0.33 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.04 0.01 0.02 0.24 0.86 0.78 0.59
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.08 0.07 0.12 0.07 0.30 0.02 0.14 0.00 0.00 0.22 0.09 0.18
C5 0.01 0.01 0.13 0.25 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.02 0.01 0.05 0.26 0.95 0.78 0.64
C5' 0.08 0.07 0.24 0.02 0.11 0.00 0.07 0.00 0.03 0.03 0.11 0.06 0.04 0.20 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.18 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.33 0.07 0.01 0.07 0.26 0.88 0.67 0.58
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.14 0.01 0.02 0.21 0.68 0.54 0.45
N3 0.03 0.00 0.14 0.34 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.03 0.01 0.03 0.22 0.72 0.69 0.50
O2 0.05 0.01 0.36 0.27 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.18 0.02 0.09 0.17 0.50 0.50 0.36
O2' 0.02 0.24 0.00 0.03 0.41 0.30 0.40 0.04 0.33 0.22 0.34 0.18 0.00 0.03 0.46 0.20 0.13 0.46 0.18 0.09
O3' 0.35 0.11 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.20 0.07 0.14 0.03 0.18 0.03 0.00 0.07 0.23 0.15 0.37 0.15 0.30
O4 0.03 0.01 0.03 0.35 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.07 0.00 0.03 0.24 0.90 0.82 0.62
O4' 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.03 0.09 0.20 0.23 0.03 0.00 0.08 0.32 0.21 0.22
O5' 0.14 0.19 0.26 0.03 0.24 0.00 0.26 0.00 0.26 0.21 0.22 0.17 0.13 0.15 0.24 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.52 0.62 0.69 0.18 0.86 0.22 0.95 0.01 0.88 0.68 0.72 0.50 0.46 0.37 0.90 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.58 0.46 0.09 0.78 0.09 0.78 0.03 0.67 0.54 0.69 0.50 0.18 0.15 0.82 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.43 0.44 0.12 0.59 0.18 0.64 0.01 0.58 0.45 0.50 0.36 0.09 0.30 0.62 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.68 2.97 1.73 1.37 2.61 0.82 3.00 0.26 3.36 2.31 3.29 2.62 3.69 2.88 2.18 1.53 1.31 1.10 0.42 0.18 0.69 0.13
C2 1.44 2.28 1.52 1.28 2.12 0.74 2.41 0.23 2.57 2.06 2.49 2.07 2.74 2.43 1.86 1.32 1.28 0.95 0.36 0.15 0.67 0.13
C2' 1.98 3.33 1.99 1.62 2.95 1.12 3.36 0.59 3.74 2.60 3.66 2.97 4.09 3.21 2.49 1.80 1.50 1.43 0.79 0.24 1.05 0.45
C3' 2.01 3.33 1.98 1.66 2.94 1.24 3.33 0.79 3.73 2.60 3.67 2.97 4.11 3.17 2.49 1.81 1.54 1.54 1.01 0.42 1.27 0.72
C4 0.70 1.36 0.89 0.81 1.26 0.22 1.54 0.25 1.68 1.29 1.58 1.18 1.88 1.59 1.07 0.66 1.05 0.24 0.06 0.11 0.63 0.07
C4' 1.85 3.32 1.83 1.47 2.85 0.99 3.27 0.50 3.73 2.47 3.70 2.90 4.16 3.07 2.36 1.63 1.36 1.31 0.72 0.17 1.04 0.45
C5 0.80 1.65 1.00 0.87 1.48 0.24 1.81 0.25 2.03 1.45 1.92 1.41 2.29 1.84 1.23 0.73 1.07 0.30 0.07 0.11 0.73 0.10
C5' 1.64 3.08 1.68 1.35 2.62 0.84 3.04 0.40 3.50 2.28 3.46 2.66 3.93 2.86 2.15 1.46 1.26 1.12 0.68 0.21 1.12 0.50
C6 1.12 2.13 1.28 1.07 1.90 0.44 2.25 0.12 2.51 1.78 2.42 1.85 2.81 2.23 1.58 1.03 1.18 0.58 0.19 0.13 0.78 0.13
N1 1.41 2.45 1.52 1.24 2.21 0.66 2.56 0.16 2.82 2.06 2.73 2.18 3.08 2.53 1.87 1.29 1.26 0.88 0.33 0.15 0.75 0.14
N3 1.04 1.68 1.18 1.05 1.58 0.49 1.82 0.07 1.94 1.59 1.86 1.51 2.09 1.87 1.39 0.98 1.17 0.60 0.17 0.14 0.62 0.09
O2 1.78 2.61 1.78 1.47 2.48 1.01 2.76 0.46 2.88 2.41 2.80 2.43 2.99 2.79 2.21 1.60 1.37 1.30 0.55 0.15 0.55 0.16
O2' 1.58 3.20 1.63 1.17 2.68 0.63 3.12 0.04 3.64 2.14 3.59 2.76 4.09 2.83 2.10 1.51 1.04 0.96 0.17 0.53 0.31 0.29
O3' 1.85 3.32 1.71 1.35 2.83 1.05 3.23 0.63 3.70 2.40 3.68 2.91 4.12 2.99 2.33 1.59 1.17 1.44 0.82 0.16 0.90 0.45
O4 0.33 0.87 0.55 0.56 0.82 0.19 1.08 0.45 1.20 0.90 1.08 0.71 1.39 1.16 0.67 0.32 0.92 0.09 0.22 0.09 0.50 0.02
O4' 1.63 3.02 1.66 1.30 2.60 0.76 3.01 0.24 3.43 2.27 3.38 2.63 3.82 2.86 2.14 1.45 1.25 1.06 0.43 0.15 0.78 0.19
O5' 1.38 2.95 1.41 1.06 2.45 0.51 2.89 0.11 3.40 2.07 3.38 2.49 3.87 2.69 1.94 1.16 1.00 0.82 0.32 0.23 0.82 0.16
OP1 0.88 2.45 0.74 0.59 1.96 0.54 2.46 0.72 2.99 1.67 2.93 1.96 3.52 2.30 1.46 0.39 0.71 0.66 0.44 0.62 0.74 0.41
OP2 0.82 2.46 0.78 0.58 1.94 0.44 2.43 0.71 2.97 1.61 2.93 1.96 3.49 2.26 1.42 0.44 0.77 0.45 0.33 0.71 0.59 0.38
P 1.05 2.73 1.04 0.73 2.19 0.28 2.68 0.39 3.23 1.82 3.20 2.23 3.76 2.48 1.65 0.74 0.74 0.54 0.15 0.47 0.69 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.09 0.33 0.33 0.21
C2 0.03 0.00 0.16 0.12 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.30 0.07 0.17 0.48 0.53 0.33
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.13 0.08 0.10 0.13 0.16 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.42 0.60 0.43
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.23 0.35 0.17 0.10 0.29 0.35 0.17 0.01 0.01 0.01 0.06 0.45 0.40 0.21
C4 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.12 0.03 0.14 0.49 0.52 0.32
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.10 0.15 0.07 0.02 0.13 0.15 0.07 0.21 0.01 0.00 0.01 0.22 0.27 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.06 0.01 0.21 0.58 0.73 0.42
C5' 0.04 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.13 0.12 0.06 0.16 0.15 0.05 0.07 0.13 0.00 0.01 0.06 0.18 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.03 0.03 0.24 0.60 0.78 0.45
C8 0.01 0.01 0.10 0.35 0.01 0.15 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.14 0.28 0.08 0.19 0.58 0.67 0.39
N1 0.04 0.00 0.13 0.17 0.03 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.29 0.16 0.06 0.22 0.55 0.67 0.40
N3 0.02 0.01 0.16 0.10 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.28 0.32 0.07 0.14 0.44 0.45 0.29
N6 0.03 0.01 0.07 0.29 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.26 0.11 0.02 0.28 0.65 0.93 0.52
N7 0.01 0.01 0.07 0.35 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.27 0.05 0.24 0.64 0.87 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.05 0.01 0.10 0.46 0.43 0.27
O2' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.22 0.21 0.23 0.07 0.26 0.14 0.29 0.28 0.26 0.19 0.14 0.00 0.03 0.15 0.20 0.35 0.71 0.41
O3' 0.21 0.30 0.02 0.01 0.12 0.01 0.06 0.13 0.03 0.28 0.16 0.32 0.11 0.27 0.05 0.03 0.00 0.13 0.15 0.69 0.23 0.23
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.15 0.13 0.00 0.07 0.20 0.21 0.11
O5' 0.09 0.17 0.28 0.06 0.14 0.01 0.21 0.01 0.24 0.19 0.22 0.14 0.28 0.24 0.10 0.20 0.15 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.33 0.48 0.42 0.45 0.49 0.22 0.58 0.06 0.60 0.58 0.55 0.44 0.65 0.64 0.46 0.35 0.69 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.53 0.60 0.40 0.52 0.27 0.73 0.18 0.78 0.67 0.67 0.45 0.93 0.87 0.43 0.71 0.23 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.33 0.43 0.21 0.32 0.10 0.42 0.01 0.45 0.39 0.40 0.29 0.52 0.48 0.27 0.41 0.23 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00