ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50943

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C6 A 0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.024
N1 A 0, -0.006, 0.020, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.026
N3 A 0, -0.005, 0.027, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.003, 0.036, 0.068, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.032
C2 A 0, -0.007, 0.031, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.004, 0.045, 0.086, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.041
C2' A 0, -0.002, 0.075, 0.153, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.075 std_dev=0.078
O2 A 0, -0.018, 0.073, 0.165, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.073 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.008, 0.122, 0.236, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.122 std_dev=0.114
C4' A 0, -0.026, 0.137, 0.300, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.137 std_dev=0.163
C3' A 0, -0.017, 0.153, 0.322, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.153 std_dev=0.169
OP1 B 0, -0.014, 0.166, 0.346, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.166 std_dev=0.180
O4' A 0, -0.019, 0.189, 0.397, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.189 std_dev=0.208
O3' A 0, -0.030, 0.229, 0.488, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.229 std_dev=0.259
C5' A 0, -0.042, 0.278, 0.599, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.278 std_dev=0.320
O5' A 0, -0.040, 0.305, 0.650, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.305 std_dev=0.345
OP2 A 0, -0.035, 0.322, 0.678, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.322 std_dev=0.356
OP1 A 0, -0.015, 0.352, 0.719, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.352 std_dev=0.367
P A 0, -0.039, 0.335, 0.709, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.335 std_dev=0.374
C8 B 0, -0.076, 0.364, 0.803, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.364 std_dev=0.439
N7 B 0, -0.072, 0.378, 0.828, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.378 std_dev=0.450
P B 0, -0.107, 0.399, 0.904, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.399 std_dev=0.506
O4' B 0, -0.103, 0.406, 0.915, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.406 std_dev=0.509
N9 B 0, -0.085, 0.439, 0.963, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.439 std_dev=0.524
C5 B 0, -0.079, 0.467, 1.014, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.467 std_dev=0.546
C5' B 0, -0.143, 0.418, 0.979, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.418 std_dev=0.561
C1' B 0, -0.105, 0.474, 1.054, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.474 std_dev=0.579
C4 B 0, -0.083, 0.497, 1.077, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.497 std_dev=0.580
C6 B 0, -0.076, 0.532, 1.141, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.532 std_dev=0.608
C4' B 0, -0.146, 0.463, 1.072, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.463 std_dev=0.609
N6 B 0, -0.070, 0.542, 1.154, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.542 std_dev=0.612
N3 B 0, -0.082, 0.571, 1.225, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.571 std_dev=0.653
N1 B 0, -0.075, 0.591, 1.258, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.591 std_dev=0.667
C2 B 0, -0.079, 0.606, 1.291, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.606 std_dev=0.685
OP2 B 0, -0.136, 0.554, 1.244, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.554 std_dev=0.690
C2' B 0, -0.152, 0.544, 1.240, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.544 std_dev=0.696
C3' B 0, -0.174, 0.561, 1.296, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.561 std_dev=0.735
O3' B 0, -0.163, 0.644, 1.452, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.644 std_dev=0.807
O2' B 0, -0.189, 0.625, 1.439, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.625 std_dev=0.814
O5' B 0, -0.214, 0.618, 1.450, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.618 std_dev=0.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.12 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04
C2 0.07 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.18 0.18 0.18 0.20
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02
C4 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.20 0.22 0.23 0.23
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.11 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.18 0.21 0.20 0.21
C5' 0.03 0.14 0.01 0.01 0.15 0.01 0.12 0.00 0.11 0.12 0.16 0.16 0.02 0.01 0.15 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.17 0.17 0.14 0.18
N1 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.15 0.14 0.17
N3 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.20 0.21 0.23 0.23
O2 0.12 0.00 0.05 0.08 0.00 0.11 0.00 0.16 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.17 0.19 0.18 0.19 0.20
O2' 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01 0.05
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03
O4 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.20 0.23 0.25 0.24
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.17 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.10 0.06
O5' 0.06 0.18 0.06 0.04 0.20 0.02 0.18 0.01 0.17 0.16 0.20 0.19 0.05 0.03 0.20 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.18 0.04 0.01 0.22 0.02 0.21 0.01 0.17 0.15 0.21 0.18 0.04 0.03 0.23 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.18 0.01 0.02 0.23 0.06 0.20 0.02 0.14 0.14 0.23 0.19 0.01 0.02 0.25 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.20 0.05 0.02 0.23 0.01 0.21 0.01 0.18 0.17 0.23 0.20 0.05 0.03 0.24 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.01 0.25 0.17
C2 0.09 0.14 0.12 0.09 0.14 0.06 0.16 0.10 0.19 0.13 0.17 0.12 0.24 0.15 0.12 0.13 0.04 0.06 0.18 0.04 0.15 0.11
C2' 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.22 0.04 0.30 0.18
C3' 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.19 0.04 0.30 0.17
C4 0.07 0.16 0.08 0.02 0.15 0.05 0.19 0.08 0.23 0.15 0.20 0.13 0.30 0.19 0.12 0.13 0.01 0.01 0.08 0.10 0.13 0.01
C4' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.00 0.24 0.16
C5 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.12 0.07 0.13 0.12 0.02 0.10 0.02 0.21 0.07 0.02 0.01 0.10 0.10 0.11 0.10 0.17 0.00
C5' 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.03 0.13 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.21 0.08 0.29 0.21
C6 0.06 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.06 0.04 0.05 0.03 0.13 0.02 0.04 0.02 0.10 0.10 0.01 0.07 0.20 0.05
N1 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.09 0.03 0.16 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.11 0.04 0.19 0.10
N3 0.13 0.19 0.15 0.10 0.19 0.05 0.22 0.06 0.24 0.19 0.23 0.17 0.30 0.21 0.17 0.18 0.06 0.07 0.10 0.06 0.12 0.06
O2 0.13 0.17 0.16 0.14 0.16 0.13 0.18 0.18 0.21 0.15 0.20 0.15 0.25 0.17 0.15 0.16 0.09 0.11 0.29 0.03 0.10 0.13
O2' 0.03 0.03 0.06 0.09 0.03 0.08 0.03 0.14 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.28 0.06 0.27 0.18
O3' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.06 0.29 0.16
O4 0.12 0.21 0.13 0.04 0.20 0.04 0.24 0.12 0.28 0.21 0.25 0.18 0.34 0.24 0.17 0.20 0.02 0.02 0.18 0.12 0.10 0.06
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.18 0.01 0.22 0.15
O5' 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.08 0.03 0.12 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.19 0.11 0.36 0.23
OP1 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.11 0.38 0.21
OP2 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.12 0.16 0.30 0.21
P 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.13 0.14 0.35 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.29 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.00 0.09 0.28 0.02 0.06
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.37 0.02 0.10
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.33 0.11 0.05
C4 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.28 0.03 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.20 0.19 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.27 0.10 0.12
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.10 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.29 0.13 0.14
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.09 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.06 0.02 0.06 0.28 0.07 0.10
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.00 0.08 0.28 0.05 0.06
N6 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.02 0.01 0.06 0.03 0.31 0.23 0.20
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.24 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.28 0.02 0.09
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.12 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.43 0.01 0.11
O3' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.09 0.31 0.22 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.20 0.16 0.02
O5' 0.04 0.09 0.10 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.03 0.02 0.04 0.11 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.29 0.28 0.37 0.33 0.28 0.20 0.27 0.11 0.29 0.25 0.28 0.28 0.31 0.24 0.28 0.43 0.31 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.02 0.02 0.11 0.03 0.19 0.10 0.10 0.13 0.09 0.07 0.05 0.23 0.14 0.02 0.01 0.22 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.10 0.05 0.09 0.01 0.12 0.02 0.14 0.12 0.10 0.06 0.20 0.13 0.09 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00