ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50944

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O4 A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
N6 B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
OP2 B 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP1 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
P B 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O5' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O5' A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N7 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C6 B 0, 0.000, 0.146, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
P A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
OP1 A 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
OP2 A 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5' B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N9 B 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C2' B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O3' B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
O2' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
O3' A 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C4 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.06 0.08 0.07 0.07
O4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.10 0.08 0.09
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04
O5' 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.07 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.01 0.08 0.11 0.02 0.12 0.00 0.13 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.12 0.11 0.04 0.07 0.08 0.08
C2 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.07 0.05
C2' 0.11 0.01 0.12 0.15 0.04 0.16 0.00 0.16 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.07 0.11 0.16 0.15 0.06 0.09 0.09 0.09
C3' 0.12 0.03 0.12 0.14 0.05 0.16 0.00 0.14 0.04 0.03 0.02 0.07 0.08 0.01 0.07 0.13 0.15 0.15 0.04 0.07 0.05 0.06
C4 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.07 0.04
C4' 0.13 0.04 0.12 0.13 0.07 0.15 0.01 0.14 0.03 0.05 0.01 0.08 0.06 0.01 0.09 0.12 0.14 0.14 0.05 0.07 0.06 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
C5' 0.11 0.06 0.10 0.11 0.07 0.12 0.01 0.11 0.03 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.08 0.10 0.11 0.12 0.02 0.04 0.03 0.04
C6 0.04 0.01 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.09 0.07 0.03 0.06 0.08 0.06
N1 0.03 0.03 0.05 0.08 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.07 0.02 0.06 0.08 0.06
N3 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04
O2 0.03 0.06 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05
O2' 0.16 0.02 0.17 0.20 0.06 0.21 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.04 0.10 0.16 0.21 0.19 0.10 0.13 0.12 0.13
O3' 0.16 0.05 0.17 0.18 0.07 0.20 0.01 0.18 0.03 0.05 0.01 0.10 0.08 0.00 0.10 0.18 0.19 0.18 0.07 0.10 0.07 0.08
O4 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.03 0.07 0.10 0.06
O4' 0.08 0.00 0.08 0.10 0.04 0.11 0.01 0.11 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.06 0.10 0.11 0.04 0.06 0.06 0.06
O5' 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.04 0.10 0.02 0.05 0.06 0.12 0.04 0.01 0.09 0.11 0.11 0.12 0.02 0.04 0.03 0.03
OP1 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.08 0.04 0.07 0.04 0.02 0.08 0.11 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.15 0.11 0.11 0.11 0.12 0.07 0.10 0.05 0.06 0.11 0.15 0.02 0.03 0.10 0.12 0.11 0.12 0.02 0.03 0.02 0.03
P 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.05 0.09 0.04 0.04 0.09 0.13 0.02 0.02 0.09 0.11 0.11 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
N7 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03
O5' 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00