ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50945

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O4' A 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C4' A 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C3' A 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
O3' A 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
P B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
OP2 B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C5' A 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
P A 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
O5' A 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
OP2 A 0, 0.000, 0.642, 1.283, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.642 std_dev=0.642
OP1 A 0, 0.000, 0.642, 1.285, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.642 std_dev=0.642
O5' B 0, 0.000, 1.017, 2.033, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.017 std_dev=1.017
C3' B 0, 0.000, 1.034, 2.068, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.034 std_dev=1.034
N7 B 0, 0.000, 1.040, 2.080, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.040 std_dev=1.040
O3' B 0, 0.000, 1.041, 2.082, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.041 std_dev=1.041
C8 B 0, 0.000, 1.085, 2.170, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.085 std_dev=1.085
N9 B 0, 0.000, 1.212, 2.423, 2.423 max_d=2.423 avg_d=1.212 std_dev=1.212
C2' B 0, 0.000, 1.218, 2.435, 2.435 max_d=2.435 avg_d=1.218 std_dev=1.218
C5 B 0, 0.000, 1.224, 2.448, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.224 std_dev=1.224
C4' B 0, 0.000, 1.280, 2.560, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.280 std_dev=1.280
C1' B 0, 0.000, 1.312, 2.625, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.312 std_dev=1.312
N6 B 0, 0.000, 1.324, 2.649, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.324 std_dev=1.324
O4' B 0, 0.000, 1.347, 2.693, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.347 std_dev=1.347
C4 B 0, 0.000, 1.398, 2.796, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.398 std_dev=1.398
C6 B 0, 0.000, 1.432, 2.865, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.432 std_dev=1.432
O2' B 0, 0.000, 1.468, 2.937, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.468 std_dev=1.468
C5' B 0, 0.000, 1.681, 3.362, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.681 std_dev=1.681
N3 B 0, 0.000, 1.796, 3.593, 3.593 max_d=3.593 avg_d=1.796 std_dev=1.796
N1 B 0, 0.000, 1.862, 3.724, 3.724 max_d=3.724 avg_d=1.862 std_dev=1.862
C2 B 0, 0.000, 2.015, 4.029, 4.029 max_d=4.029 avg_d=2.015 std_dev=2.015

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.11 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.23 0.21 0.09 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00 0.17 0.19 0.00 0.14
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.26 0.00 0.19
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.35 0.32 0.23 0.30
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.20 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.36 0.32 0.22 0.31
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.06 0.05 0.09 0.06 0.01 0.03 0.11 0.00 0.00 0.12 0.29 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.31 0.27 0.12 0.24
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.20 0.05 0.17
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.29 0.27 0.16 0.25
O2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.03 0.17 0.17 0.05 0.15
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.08 0.03
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.17 0.22 0.06 0.13
O4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.37 0.35 0.28 0.33
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.17 0.02
O5' 0.09 0.23 0.17 0.24 0.35 0.01 0.36 0.00 0.31 0.22 0.29 0.17 0.03 0.17 0.37 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.21 0.19 0.26 0.32 0.06 0.32 0.12 0.27 0.20 0.27 0.17 0.08 0.22 0.35 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.00 0.00 0.23 0.20 0.22 0.29 0.12 0.05 0.16 0.05 0.08 0.06 0.28 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.19 0.14 0.19 0.30 0.01 0.31 0.00 0.24 0.17 0.25 0.15 0.03 0.13 0.33 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 0.05 0.52 0.61 0.30 0.91 0.15 1.13 0.11 0.58 0.11 0.24 0.33 0.31 0.53 0.57 0.57 0.86 0.36 0.07 0.17 0.02
C2 0.64 0.04 0.48 0.50 0.21 0.88 0.01 1.04 0.20 0.35 0.14 0.22 0.41 0.02 0.42 0.59 0.47 0.88 0.33 0.08 0.16 0.01
C2' 0.64 0.19 0.51 0.55 0.38 0.77 0.24 0.92 0.02 0.57 0.04 0.34 0.20 0.36 0.54 0.56 0.51 0.77 0.11 0.19 0.28 0.13
C3' 0.63 0.25 0.51 0.54 0.41 0.75 0.31 0.90 0.12 0.56 0.12 0.38 0.06 0.41 0.55 0.56 0.50 0.75 0.12 0.18 0.28 0.14
C4 0.61 0.07 0.41 0.36 0.20 0.78 0.01 0.85 0.17 0.27 0.11 0.23 0.38 0.00 0.38 0.57 0.33 0.83 0.37 0.02 0.05 0.07
C4' 0.67 0.17 0.56 0.65 0.41 0.88 0.31 1.09 0.09 0.64 0.05 0.33 0.09 0.48 0.58 0.59 0.61 0.83 0.32 0.06 0.19 0.01
C5 0.64 0.07 0.43 0.42 0.25 0.83 0.05 0.96 0.14 0.38 0.11 0.24 0.34 0.11 0.44 0.57 0.38 0.87 0.42 0.03 0.02 0.09
C5' 0.65 0.18 0.54 0.62 0.40 0.86 0.32 1.06 0.12 0.61 0.07 0.33 0.04 0.46 0.56 0.57 0.59 0.81 0.34 0.06 0.21 0.03
C6 0.65 0.06 0.46 0.50 0.27 0.88 0.09 1.06 0.12 0.46 0.11 0.24 0.33 0.19 0.48 0.57 0.45 0.89 0.43 0.00 0.05 0.07
N1 0.66 0.05 0.49 0.54 0.26 0.89 0.07 1.09 0.15 0.47 0.12 0.23 0.36 0.17 0.48 0.58 0.50 0.88 0.38 0.05 0.13 0.03
N3 0.61 0.06 0.43 0.40 0.18 0.81 0.04 0.89 0.20 0.24 0.13 0.22 0.41 0.06 0.36 0.59 0.38 0.84 0.33 0.05 0.06 0.03
O2 0.64 0.03 0.51 0.55 0.18 0.89 0.06 1.06 0.24 0.32 0.16 0.20 0.45 0.07 0.41 0.61 0.53 0.87 0.24 0.14 0.25 0.04
O2' 0.64 0.21 0.55 0.61 0.43 0.77 0.33 0.92 0.08 0.65 0.07 0.36 0.16 0.51 0.58 0.57 0.57 0.74 0.09 0.20 0.28 0.11
O3' 0.63 0.39 0.54 0.55 0.51 0.70 0.43 0.82 0.30 0.59 0.29 0.48 0.14 0.50 0.59 0.58 0.52 0.70 0.03 0.22 0.31 0.18
O4 0.57 0.08 0.37 0.29 0.18 0.70 0.03 0.69 0.18 0.20 0.10 0.23 0.38 0.06 0.33 0.56 0.26 0.78 0.34 0.05 0.15 0.09
O4' 0.66 0.05 0.54 0.66 0.32 0.94 0.20 1.19 0.06 0.61 0.11 0.24 0.27 0.39 0.54 0.58 0.62 0.87 0.45 0.01 0.12 0.08
O5' 0.76 0.05 0.58 0.69 0.38 1.04 0.25 1.29 0.04 0.69 0.11 0.28 0.25 0.45 0.62 0.64 0.64 1.01 0.60 0.23 0.17 0.29
OP1 0.78 0.13 0.60 0.71 0.44 1.04 0.34 1.28 0.07 0.73 0.01 0.33 0.10 0.53 0.66 0.65 0.66 1.01 0.60 0.25 0.16 0.29
OP2 0.69 0.01 0.50 0.58 0.29 0.95 0.15 1.17 0.11 0.55 0.16 0.22 0.32 0.31 0.52 0.59 0.54 0.94 0.56 0.24 0.15 0.25
P 0.75 0.05 0.56 0.67 0.37 1.03 0.25 1.28 0.03 0.67 0.11 0.27 0.22 0.44 0.61 0.63 0.62 1.00 0.63 0.26 0.18 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.22 0.14 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.45 0.57 0.35 0.32
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.21 0.30 0.04 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.39 0.02 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.47 0.54 0.32 0.33
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.39 0.23
C5 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.55 0.69 0.56 0.51
C5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.08 0.19 0.17 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.21 0.31 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.55 0.74 0.64 0.55
C8 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.59 0.42 0.46
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.51 0.68 0.53 0.46
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.42 0.47 0.22 0.23
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.58 0.83 0.80 0.66
N7 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.59 0.72 0.65 0.60
N9 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.45 0.45 0.19 0.26
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.30 0.24
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.29 0.08 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.06 0.36 0.15
O5' 0.28 0.45 0.21 0.16 0.47 0.00 0.55 0.01 0.55 0.55 0.51 0.42 0.58 0.59 0.45 0.05 0.05 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.22 0.57 0.30 0.39 0.54 0.05 0.69 0.21 0.74 0.59 0.68 0.47 0.83 0.72 0.45 0.06 0.29 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.35 0.04 0.02 0.32 0.39 0.56 0.31 0.64 0.42 0.53 0.22 0.80 0.65 0.19 0.30 0.08 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.32 0.01 0.08 0.33 0.23 0.51 0.01 0.55 0.46 0.46 0.23 0.66 0.60 0.26 0.24 0.06 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00