ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50946

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O4' A 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O3' A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C2' A 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
P B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
OP1 B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
O5' A 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O2' A 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
O5' B 0, 0.000, 0.467, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C5' B 0, 0.000, 0.567, 1.135, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.567 std_dev=0.567
OP1 A 0, 0.000, 0.575, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.575 std_dev=0.575
P A 0, 0.000, 0.585, 1.169, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.585 std_dev=0.585
O3' B 0, 0.000, 0.641, 1.282, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C4' B 0, 0.000, 0.644, 1.288, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.644 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.000, 0.686, 1.372, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.686 std_dev=0.686
OP2 A 0, 0.000, 0.690, 1.381, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.690 std_dev=0.690
O4' B 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
C2' B 0, 0.000, 0.807, 1.615, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.807 std_dev=0.807
O2' B 0, 0.000, 0.824, 1.648, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.824 std_dev=0.824
C1' B 0, 0.000, 0.864, 1.728, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.864 std_dev=0.864
C8 B 0, 0.000, 0.924, 1.849, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.924 std_dev=0.924
N9 B 0, 0.000, 0.934, 1.868, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.934 std_dev=0.934
N7 B 0, 0.000, 1.036, 2.073, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.036 std_dev=1.036
C4 B 0, 0.000, 1.051, 2.102, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.051 std_dev=1.051
C5 B 0, 0.000, 1.109, 2.217, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.109 std_dev=1.109
N3 B 0, 0.000, 1.124, 2.248, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.124 std_dev=1.124
C6 B 0, 0.000, 1.237, 2.474, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.237 std_dev=1.237
C2 B 0, 0.000, 1.241, 2.483, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.241 std_dev=1.241
N1 B 0, 0.000, 1.298, 2.595, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.298 std_dev=1.298
N6 B 0, 0.000, 1.324, 2.647, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.324 std_dev=1.324

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.08 0.06 0.08 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02
C4 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.09 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.05
C5' 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.04 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.06 0.08 0.08
O2 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.12 0.09 0.13 0.11
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.13 0.06 0.13 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.10 0.06 0.08
O3' 0.06 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01
O4 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
O5' 0.02 0.08 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.08 0.12 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.09 0.10 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.09 0.00 0.08 0.13 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.08 0.07 0.02 0.07 0.07 0.06 0.09 0.02 0.08 0.01 0.13 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.02 0.05
C2 0.02 0.12 0.03 0.03 0.11 0.02 0.14 0.01 0.16 0.11 0.15 0.10 0.19 0.15 0.08 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00
C2' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.05 0.03 0.09 0.03 0.11 0.05 0.10 0.04 0.14 0.09 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02
C3' 0.09 0.03 0.10 0.09 0.01 0.08 0.06 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.12 0.06 0.03 0.09 0.10 0.08 0.05 0.04 0.02 0.04
C4 0.03 0.08 0.04 0.04 0.09 0.03 0.12 0.02 0.12 0.11 0.11 0.07 0.15 0.13 0.07 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00
C4' 0.11 0.02 0.12 0.11 0.00 0.10 0.05 0.08 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.05 0.04 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.01 0.07
C5 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.07 0.02 0.12 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03
C5' 0.08 0.04 0.08 0.07 0.02 0.07 0.07 0.05 0.10 0.02 0.08 0.00 0.13 0.07 0.02 0.09 0.08 0.07 0.05 0.04 0.00 0.05
C6 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.08 0.03 0.09 0.05 0.07 0.01 0.13 0.09 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04
N1 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.12 0.07 0.11 0.05 0.16 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02
N3 0.05 0.13 0.07 0.06 0.12 0.05 0.15 0.04 0.16 0.13 0.15 0.11 0.18 0.16 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.00 0.10 0.02
O2 0.05 0.16 0.05 0.05 0.14 0.04 0.18 0.03 0.20 0.13 0.19 0.14 0.22 0.17 0.10 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.10 0.02
O2' 0.05 0.03 0.06 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.05 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02
O3' 0.11 0.01 0.13 0.12 0.01 0.09 0.04 0.07 0.06 0.01 0.05 0.03 0.11 0.04 0.04 0.12 0.14 0.09 0.04 0.02 0.06 0.02
O4 0.07 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.13 0.05 0.13 0.13 0.12 0.09 0.15 0.15 0.10 0.11 0.10 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03
O4' 0.09 0.04 0.10 0.09 0.02 0.09 0.07 0.07 0.09 0.02 0.08 0.00 0.14 0.07 0.02 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.01 0.07
O5' 0.05 0.15 0.06 0.06 0.14 0.05 0.18 0.06 0.20 0.14 0.19 0.12 0.23 0.18 0.11 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03
OP1 0.10 0.17 0.12 0.12 0.16 0.10 0.19 0.09 0.21 0.17 0.19 0.15 0.23 0.20 0.14 0.13 0.14 0.10 0.07 0.07 0.06 0.04
OP2 0.08 0.18 0.11 0.11 0.16 0.09 0.20 0.08 0.22 0.16 0.21 0.15 0.25 0.20 0.13 0.10 0.13 0.08 0.07 0.05 0.04 0.03
P 0.08 0.17 0.10 0.10 0.16 0.09 0.20 0.08 0.22 0.16 0.20 0.15 0.24 0.20 0.13 0.11 0.12 0.09 0.07 0.06 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.05 0.04 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.07 0.09 0.10
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.05 0.10 0.10 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.06 0.09 0.10
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.08 0.09 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.05 0.07 0.09
N3 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05
N6 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.12 0.07 0.12 0.12
N7 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.11 0.08 0.11 0.12
N9 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.08 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02
O5' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.05 0.12 0.11 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.07 0.03 0.12 0.11 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.05 0.12 0.12 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00