ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50947

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C2' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.000, 0.279, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O2' A 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
OP1 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C3' A 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
P B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
OP2 B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C5' A 0, 0.000, 0.495, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.495 std_dev=0.495
O3' A 0, 0.000, 0.537, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.537 std_dev=0.537
O5' A 0, 0.000, 0.610, 1.220, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.610 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.000, 0.742, 1.485, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.742 std_dev=0.742
OP2 A 0, 0.000, 0.820, 1.639, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.820 std_dev=0.820
P A 0, 0.000, 0.843, 1.686, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.843 std_dev=0.843
OP1 A 0, 0.000, 0.964, 1.929, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.964 std_dev=0.964
C5' B 0, 0.000, 1.226, 2.451, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.226 std_dev=1.226
O5' B 0, 0.000, 1.242, 2.484, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.242 std_dev=1.242
C4' B 0, 0.000, 1.287, 2.574, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.287 std_dev=1.287
C3' B 0, 0.000, 1.482, 2.965, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.482 std_dev=1.482
O4' B 0, 0.000, 1.504, 3.008, 3.008 max_d=3.008 avg_d=1.504 std_dev=1.504
N3 B 0, 0.000, 1.812, 3.624, 3.624 max_d=3.624 avg_d=1.812 std_dev=1.812
C2 B 0, 0.000, 1.884, 3.768, 3.768 max_d=3.768 avg_d=1.884 std_dev=1.884
C1' B 0, 0.000, 1.926, 3.853, 3.853 max_d=3.853 avg_d=1.926 std_dev=1.926
C4 B 0, 0.000, 1.937, 3.874, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.937 std_dev=1.937
N9 B 0, 0.000, 1.990, 3.979, 3.979 max_d=3.979 avg_d=1.990 std_dev=1.990
N1 B 0, 0.000, 2.033, 4.065, 4.065 max_d=4.065 avg_d=2.033 std_dev=2.033
C5 B 0, 0.000, 2.093, 4.185, 4.185 max_d=4.185 avg_d=2.093 std_dev=2.093
C6 B 0, 0.000, 2.132, 4.263, 4.263 max_d=4.263 avg_d=2.132 std_dev=2.132
C2' B 0, 0.000, 2.156, 4.313, 4.313 max_d=4.313 avg_d=2.156 std_dev=2.156
C8 B 0, 0.000, 2.173, 4.345, 4.345 max_d=4.345 avg_d=2.173 std_dev=2.173
N7 B 0, 0.000, 2.231, 4.462, 4.462 max_d=4.462 avg_d=2.231 std_dev=2.231
N6 B 0, 0.000, 2.299, 4.599, 4.599 max_d=4.599 avg_d=2.299 std_dev=2.299
O2' B 0, 0.000, 2.613, 5.226, 5.226 max_d=5.226 avg_d=2.613 std_dev=2.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.18 0.18 0.19 0.20
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C4 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.29 0.33 0.36 0.36
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00
C5 0.00 0.01 0.05 0.15 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.00 0.00 0.32 0.34 0.35 0.36
C5' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.20 0.00 0.22 0.00 0.19 0.11 0.15 0.05 0.00 0.01 0.21 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.00 0.00 0.26 0.27 0.22 0.27
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.17 0.17 0.14 0.18
N3 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.02 0.24 0.26 0.28 0.29
O2 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.01 0.03 0.13 0.13 0.15 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.14 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.16 0.06 0.04 0.07 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
O4 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.01 0.31 0.36 0.41 0.39
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
O5' 0.05 0.18 0.03 0.01 0.29 0.00 0.32 0.00 0.26 0.17 0.24 0.13 0.01 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.18 0.03 0.02 0.33 0.04 0.34 0.05 0.27 0.17 0.26 0.13 0.02 0.02 0.36 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.19 0.02 0.02 0.36 0.02 0.35 0.02 0.22 0.14 0.28 0.15 0.01 0.04 0.41 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.20 0.03 0.02 0.36 0.00 0.36 0.00 0.27 0.18 0.29 0.15 0.01 0.01 0.39 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.89 0.00 0.40 0.48 0.18 0.42 0.33 0.70 0.16 0.91 0.70 0.64 0.04 0.15 0.18 0.25 0.03 0.12 0.05 0.03 0.06
C2 0.29 0.88 0.16 0.27 0.65 0.07 0.62 0.27 0.75 0.15 0.88 0.78 0.67 0.31 0.39 0.24 0.20 0.20 0.20 0.06 0.07 0.08
C2' 0.08 0.76 0.16 0.45 0.24 0.24 0.10 0.38 0.40 0.47 0.72 0.55 0.29 0.41 0.10 0.00 0.22 0.11 0.01 0.06 0.07 0.06
C3' 0.04 0.83 0.11 0.43 0.30 0.24 0.20 0.39 0.51 0.36 0.83 0.60 0.44 0.27 0.03 0.06 0.23 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
C4 0.47 0.90 0.43 0.00 0.75 0.16 0.77 0.01 0.86 0.51 0.92 0.81 0.85 0.63 0.58 0.39 0.08 0.38 0.42 0.08 0.06 0.08
C4' 0.11 0.96 0.02 0.38 0.46 0.17 0.40 0.32 0.73 0.15 1.00 0.73 0.71 0.04 0.14 0.25 0.23 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02
C5 0.42 0.94 0.40 0.05 0.74 0.12 0.78 0.02 0.91 0.45 0.98 0.82 0.92 0.61 0.54 0.41 0.10 0.32 0.38 0.07 0.02 0.06
C5' 0.14 1.00 0.06 0.39 0.52 0.18 0.50 0.34 0.83 0.04 1.06 0.76 0.86 0.11 0.20 0.30 0.28 0.03 0.09 0.08 0.15 0.07
C6 0.33 0.94 0.28 0.17 0.68 0.02 0.71 0.13 0.89 0.28 0.99 0.80 0.89 0.46 0.43 0.35 0.15 0.22 0.29 0.06 0.02 0.06
N1 0.25 0.92 0.15 0.28 0.62 0.08 0.62 0.24 0.81 0.11 0.94 0.77 0.77 0.29 0.34 0.27 0.20 0.15 0.20 0.05 0.04 0.06
N3 0.42 0.87 0.32 0.11 0.71 0.07 0.69 0.13 0.78 0.39 0.87 0.79 0.73 0.51 0.52 0.31 0.13 0.34 0.33 0.08 0.09 0.09
O2 0.20 0.85 0.01 0.40 0.58 0.18 0.48 0.39 0.62 0.11 0.79 0.76 0.49 0.05 0.26 0.14 0.25 0.11 0.08 0.05 0.09 0.08
O2' 0.14 0.69 0.24 0.45 0.10 0.24 0.14 0.37 0.16 0.66 0.59 0.49 0.04 0.70 0.23 0.04 0.15 0.14 0.01 0.14 0.14 0.14
O3' 0.11 0.78 0.17 0.44 0.20 0.25 0.05 0.40 0.36 0.49 0.74 0.55 0.24 0.44 0.13 0.01 0.18 0.14 0.03 0.01 0.05 0.01
O4 0.52 0.87 0.51 0.12 0.75 0.25 0.78 0.13 0.85 0.58 0.89 0.79 0.85 0.68 0.62 0.40 0.03 0.44 0.48 0.09 0.06 0.07
O4' 0.18 0.94 0.07 0.37 0.54 0.14 0.54 0.28 0.82 0.00 1.00 0.74 0.84 0.15 0.24 0.30 0.27 0.08 0.18 0.04 0.07 0.05
O5' 0.09 0.94 0.03 0.43 0.50 0.24 0.51 0.39 0.82 0.03 1.02 0.70 0.88 0.16 0.18 0.21 0.36 0.03 0.02 0.18 0.23 0.18
OP1 0.09 0.94 0.04 0.43 0.48 0.24 0.48 0.39 0.79 0.03 1.01 0.70 0.85 0.14 0.17 0.23 0.37 0.04 0.01 0.22 0.24 0.21
OP2 0.15 0.96 0.13 0.37 0.57 0.21 0.64 0.36 0.92 0.15 1.06 0.73 1.02 0.36 0.28 0.25 0.39 0.00 0.02 0.29 0.32 0.29
P 0.13 0.97 0.09 0.41 0.55 0.23 0.59 0.39 0.89 0.07 1.07 0.73 0.98 0.27 0.24 0.26 0.39 0.01 0.02 0.26 0.31 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.00 0.14 0.29 0.14 0.29
C2 0.02 0.00 0.34 0.31 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.12 0.34 0.47 0.50 0.56
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.18 0.01 0.08 0.16 0.15 0.15 0.26 0.34 0.09 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.29 0.05 0.27
C3' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.25 0.00 0.26 0.01 0.30 0.13 0.32 0.27 0.30 0.20 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.20 0.15
C4 0.01 0.00 0.18 0.25 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.32 0.40 0.34 0.45
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.21 0.01 0.00 0.00 0.28 0.05 0.21
C5 0.00 0.01 0.08 0.26 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.05 0.37 0.40 0.32 0.42
C5' 0.07 0.03 0.16 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.14 0.01 0.00 0.18 0.28 0.01
C6 0.00 0.01 0.15 0.30 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.07 0.40 0.44 0.41 0.48
C8 0.02 0.01 0.15 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.28 0.02 0.04 0.30 0.30 0.10 0.25
N1 0.01 0.00 0.26 0.32 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.38 0.47 0.49 0.55
N3 0.02 0.00 0.34 0.27 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.01 0.11 0.30 0.44 0.43 0.52
N6 0.01 0.01 0.09 0.30 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.06 0.42 0.43 0.39 0.46
N7 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.08 0.01 0.36 0.34 0.18 0.31
N9 0.00 0.00 0.01 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.04 0.02 0.26 0.33 0.20 0.34
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.21 0.16 0.06 0.13 0.28 0.00 0.15 0.20 0.28 0.13 0.00 0.02 0.14 0.13 0.05 0.16 0.01
O3' 0.20 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.14 0.12 0.02 0.11 0.01 0.15 0.08 0.04 0.02 0.00 0.14 0.11 0.10 0.28 0.07
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.11 0.06 0.01 0.02 0.14 0.14 0.00 0.10 0.29 0.14 0.29
O5' 0.14 0.34 0.18 0.02 0.32 0.00 0.37 0.00 0.40 0.30 0.38 0.30 0.42 0.36 0.26 0.13 0.11 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.29 0.47 0.29 0.26 0.40 0.28 0.40 0.18 0.44 0.30 0.47 0.44 0.43 0.34 0.33 0.05 0.10 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.50 0.05 0.20 0.34 0.05 0.32 0.28 0.41 0.10 0.49 0.43 0.39 0.18 0.20 0.16 0.28 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.29 0.56 0.27 0.15 0.45 0.21 0.42 0.01 0.48 0.25 0.55 0.52 0.46 0.31 0.34 0.01 0.07 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00