ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
P A 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
OP1 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
P B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C5' B 0, 0.000, 0.439, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C4' B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O4' B 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
N3 B 0, 0.000, 0.553, 1.106, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C4 B 0, 0.000, 0.575, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.575 std_dev=0.575
C2 B 0, 0.000, 0.580, 1.160, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.580 std_dev=0.580
C1' B 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
C3' B 0, 0.000, 0.591, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.591 std_dev=0.591
N9 B 0, 0.000, 0.591, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.591 std_dev=0.591
C5 B 0, 0.000, 0.606, 1.211, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.606 std_dev=0.606
C6 B 0, 0.000, 0.614, 1.228, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.614 std_dev=0.614
N1 B 0, 0.000, 0.614, 1.228, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.614 std_dev=0.614
O3' B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
C8 B 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
C2' B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
N6 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
N7 B 0, 0.000, 0.641, 1.281, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.641 std_dev=0.641
O2' B 0, 0.000, 0.707, 1.413, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.707 std_dev=0.707

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.08 0.06
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05
O2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.11 0.09
O3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.09 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
O5' 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.08 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.01 0.04
C2 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01
C2' 0.05 0.10 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03 0.09 0.10 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.06 0.09 0.00 0.05
C3' 0.06 0.11 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.07 0.03 0.10 0.10 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.09 0.00 0.06
C4 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.15 0.13
C4' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.08 0.08 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04
C5 0.09 0.05 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.05 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10
C5' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01
C6 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.09 0.06
N1 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
N3 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.11 0.08
O2 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.09 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.03 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.07 0.01 0.04
O2' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.11 0.02 0.08
O3' 0.07 0.13 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.09 0.05 0.13 0.12 0.09 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.07 0.11 0.00 0.07
O4 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.13 0.14 0.13 0.17 0.16 0.17 0.18
O4' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.06 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03
O5' 0.08 0.02 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.04 0.08 0.12 0.04 0.03 0.10 0.13 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07
OP1 0.19 0.10 0.17 0.16 0.17 0.16 0.20 0.11 0.17 0.24 0.12 0.11 0.19 0.24 0.20 0.17 0.19 0.19 0.14 0.12 0.14 0.12
OP2 0.25 0.18 0.24 0.24 0.24 0.23 0.26 0.19 0.24 0.30 0.20 0.19 0.25 0.30 0.26 0.24 0.26 0.25 0.22 0.21 0.21 0.21
P 0.18 0.10 0.17 0.16 0.16 0.16 0.19 0.12 0.17 0.22 0.12 0.11 0.18 0.23 0.19 0.17 0.19 0.18 0.15 0.13 0.15 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00
C4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00
C5' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C8 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00
N7 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00
O5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00
OP1 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00