ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50949

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O2' A 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4' A 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
OP2 B 0, 0.000, 0.492, 0.984, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C5' A 0, 0.000, 0.580, 1.161, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.580 std_dev=0.580
P B 0, 0.000, 0.657, 1.314, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.657 std_dev=0.657
O5' A 0, 0.000, 0.734, 1.468, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.734 std_dev=0.734
P A 0, 0.000, 0.810, 1.620, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.810 std_dev=0.810
OP2 A 0, 0.000, 0.861, 1.722, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.861 std_dev=0.861
O5' B 0, 0.000, 0.874, 1.748, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.874 std_dev=0.874
OP1 B 0, 0.000, 0.960, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.960 std_dev=0.960
OP1 A 0, 0.000, 1.054, 2.108, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.054 std_dev=1.054
C5' B 0, 0.000, 1.137, 2.275, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.137 std_dev=1.137
C4' B 0, 0.000, 1.780, 3.560, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.780 std_dev=1.780
O4' B 0, 0.000, 2.029, 4.058, 4.058 max_d=4.058 avg_d=2.029 std_dev=2.029
C3' B 0, 0.000, 2.236, 4.472, 4.472 max_d=4.472 avg_d=2.236 std_dev=2.236
C1' B 0, 0.000, 2.627, 5.254, 5.254 max_d=5.254 avg_d=2.627 std_dev=2.627
C2' B 0, 0.000, 2.791, 5.583, 5.583 max_d=5.583 avg_d=2.791 std_dev=2.791
N9 B 0, 0.000, 3.150, 6.300, 6.300 max_d=6.300 avg_d=3.150 std_dev=3.150
O3' B 0, 0.000, 3.232, 6.464, 6.464 max_d=6.464 avg_d=3.232 std_dev=3.232
C8 B 0, 0.000, 3.345, 6.690, 6.690 max_d=6.690 avg_d=3.345 std_dev=3.345
O2' B 0, 0.000, 3.529, 7.059, 7.059 max_d=7.059 avg_d=3.529 std_dev=3.529
C4 B 0, 0.000, 3.672, 7.344, 7.344 max_d=7.344 avg_d=3.672 std_dev=3.672
N3 B 0, 0.000, 3.771, 7.541, 7.541 max_d=7.541 avg_d=3.771 std_dev=3.771
N7 B 0, 0.000, 3.963, 7.926, 7.926 max_d=7.926 avg_d=3.963 std_dev=3.963
C5 B 0, 0.000, 4.149, 8.298, 8.298 max_d=8.298 avg_d=4.149 std_dev=4.149
C2 B 0, 0.000, 4.320, 8.639, 8.639 max_d=8.639 avg_d=4.320 std_dev=4.320
C6 B 0, 0.000, 4.741, 9.482, 9.482 max_d=9.482 avg_d=4.741 std_dev=4.741
N1 B 0, 0.000, 4.791, 9.582, 9.582 max_d=9.582 avg_d=4.791 std_dev=4.791
N6 B 0, 0.000, 5.294, 10.588, 10.588 max_d=10.588 avg_d=5.294 std_dev=5.294

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.24 0.06 0.41 0.22
C2 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.23 0.05 0.43 0.21
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.49 0.38 0.58 0.46
C3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.19 0.41 0.29
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.17 0.00 0.43 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.17 0.23 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.05 0.17 0.02 0.47 0.21
C5' 0.01 0.02 0.04 0.02 0.12 0.00 0.17 0.00 0.14 0.06 0.07 0.06 0.04 0.00 0.13 0.02 0.01 0.28 0.33 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.22 0.07 0.50 0.25
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.24 0.06 0.46 0.24
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.19 0.01 0.42 0.19
O2 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.09 0.25 0.06 0.42 0.22
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.00 0.52 0.50 0.60 0.52
O3' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.09 0.15 0.03 0.00 0.08 0.00 0.20 0.12 0.26 0.17
O4 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.00 0.16 0.02 0.40 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.00 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.20 0.29 0.03
O5' 0.24 0.23 0.49 0.35 0.17 0.02 0.17 0.01 0.22 0.24 0.19 0.25 0.52 0.20 0.16 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.06 0.05 0.38 0.19 0.00 0.17 0.02 0.28 0.07 0.06 0.01 0.06 0.50 0.12 0.02 0.20 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.41 0.43 0.58 0.41 0.43 0.23 0.47 0.33 0.50 0.46 0.42 0.42 0.60 0.26 0.40 0.29 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.22 0.21 0.46 0.29 0.18 0.00 0.21 0.02 0.25 0.24 0.19 0.22 0.52 0.17 0.16 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.23 1.48 1.11 1.26 1.53 1.03 1.73 0.72 1.78 1.68 1.65 1.39 1.92 1.83 1.47 0.90 1.70 1.16 0.61 0.51 0.20 0.42
C2 0.90 1.02 0.67 0.98 1.12 0.84 1.31 0.63 1.32 1.35 1.18 0.97 1.44 1.45 1.11 0.39 1.32 0.96 0.56 0.48 0.20 0.41
C2' 1.41 1.74 1.38 1.38 1.75 1.09 1.94 0.70 2.00 1.82 1.91 1.64 2.14 1.98 1.66 1.26 1.85 1.24 0.56 0.36 0.09 0.31
C3' 1.41 1.77 1.39 1.39 1.76 1.12 1.96 0.74 2.04 1.82 1.95 1.66 2.19 1.99 1.66 1.29 1.89 1.25 0.60 0.47 0.17 0.39
C4 0.73 0.99 0.29 0.53 1.15 0.57 1.48 0.43 1.47 1.55 1.24 0.89 1.67 1.74 1.13 0.19 0.59 0.86 0.41 0.28 0.19 0.29
C4' 1.25 1.61 1.16 1.21 1.64 0.99 1.89 0.68 1.97 1.77 1.83 1.49 2.17 1.97 1.54 0.94 1.64 1.15 0.57 0.52 0.23 0.42
C5 0.99 1.38 0.62 0.71 1.52 0.69 1.89 0.47 1.92 1.86 1.67 1.25 2.16 2.12 1.45 0.11 0.76 1.01 0.43 0.28 0.17 0.29
C5' 1.15 1.63 1.03 1.00 1.64 0.81 1.96 0.50 2.08 1.79 1.91 1.47 2.33 2.05 1.52 0.76 1.34 1.02 0.42 0.37 0.14 0.29
C6 1.14 1.51 0.89 0.97 1.61 0.85 1.92 0.57 1.97 1.86 1.76 1.38 2.17 2.09 1.54 0.48 1.15 1.11 0.50 0.35 0.17 0.33
N1 1.10 1.34 0.91 1.10 1.43 0.92 1.67 0.65 1.69 1.65 1.54 1.25 1.85 1.81 1.39 0.60 1.42 1.09 0.56 0.45 0.19 0.38
N3 0.71 0.85 0.36 0.70 0.97 0.67 1.20 0.52 1.19 1.28 1.02 0.78 1.34 1.39 0.97 0.01 0.91 0.84 0.50 0.40 0.22 0.37
O2 0.81 0.87 0.64 1.01 0.94 0.85 1.07 0.65 1.07 1.11 0.98 0.84 1.16 1.17 0.95 0.46 1.46 0.88 0.56 0.56 0.18 0.42
O2' 1.51 1.77 1.55 1.56 1.76 1.22 1.87 0.78 1.92 1.76 1.88 1.70 2.00 1.87 1.68 1.56 2.14 1.32 0.59 0.33 0.03 0.30
O3' 1.47 1.73 1.47 1.55 1.72 1.27 1.86 0.90 1.92 1.76 1.86 1.64 2.03 1.89 1.65 1.43 2.14 1.34 0.73 0.65 0.27 0.52
O4 0.46 0.74 0.12 0.16 0.91 0.34 1.28 0.28 1.27 1.37 1.01 0.63 1.50 1.60 0.89 0.66 0.14 0.67 0.29 0.20 0.18 0.22
O4' 1.17 1.48 1.02 1.15 1.54 0.96 1.80 0.68 1.86 1.72 1.70 1.37 2.06 1.91 1.47 0.74 1.54 1.12 0.58 0.54 0.25 0.43
O5' 1.72 2.21 1.60 1.55 2.20 1.36 2.47 1.00 2.59 2.28 2.46 2.05 2.80 2.53 2.06 1.30 1.86 1.58 0.85 0.74 0.42 0.64
OP1 1.67 2.28 1.47 1.33 2.26 1.22 2.58 0.86 2.72 2.32 2.57 2.10 2.95 2.62 2.09 1.07 1.48 1.51 0.70 0.54 0.25 0.47
OP2 1.72 2.30 1.49 1.47 2.31 1.37 2.68 1.08 2.83 2.45 2.63 2.11 3.13 2.78 2.15 1.03 1.63 1.64 0.97 0.88 0.64 0.80
P 1.69 2.29 1.51 1.41 2.27 1.28 2.61 0.94 2.76 2.36 2.59 2.10 3.01 2.66 2.10 1.12 1.60 1.55 0.81 0.68 0.41 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.01 0.09 0.07 0.10 0.16
C2 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.29 0.52 0.02 0.02 0.07 0.01 0.12
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.37 0.15 0.44 0.39
C3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.18 0.02 0.13 0.31 0.03 0.09 0.20 0.30 0.13 0.01 0.00 0.02 0.05 0.20 0.02 0.03
C4 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.29 0.02 0.00 0.07 0.01 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.10 0.00 0.04 0.06 0.09 0.03 0.25 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.12 0.00 0.09 0.04 0.13 0.07
C5' 0.06 0.05 0.18 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.07 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.20 0.01 0.09 0.03 0.15 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.19 0.13 0.01 0.11 0.04 0.14 0.08
N1 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.37 0.01 0.04 0.04 0.08 0.08
N3 0.02 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.53 0.03 0.05 0.08 0.06 0.15
N6 0.00 0.02 0.02 0.20 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.35 0.10 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.30 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.10 0.01 0.15 0.02 0.22 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.14
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.26 0.25 0.30 0.07 0.33 0.19 0.32 0.24 0.35 0.27 0.17 0.00 0.04 0.13 0.30 0.01 0.54 0.32
O3' 0.29 0.52 0.01 0.00 0.29 0.02 0.12 0.16 0.20 0.13 0.37 0.53 0.10 0.10 0.14 0.04 0.00 0.19 0.15 0.63 0.29 0.34
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.19 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01
O5' 0.09 0.02 0.37 0.05 0.00 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.04 0.05 0.15 0.15 0.00 0.30 0.15 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.07 0.15 0.20 0.07 0.07 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.07 0.01 0.63 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.10 0.01 0.44 0.02 0.01 0.04 0.13 0.02 0.15 0.14 0.08 0.06 0.24 0.22 0.00 0.54 0.29 0.11 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.16 0.12 0.39 0.03 0.12 0.02 0.07 0.01 0.06 0.08 0.08 0.15 0.01 0.04 0.14 0.32 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00