ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50950

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O2' B 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C8 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C4' B 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
N9 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O3' B 0, 0.000, 0.279, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O4' B 0, 0.000, 0.290, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C4 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C5 B 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
P A 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
OP1 B 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
P B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C6 B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
OP2 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
OP1 A 0, 0.000, 0.431, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C2 B 0, 0.000, 0.442, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.442 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.000, 0.460, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.460 std_dev=0.460
N1 B 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
O5' B 0, 0.000, 0.497, 0.994, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.497 std_dev=0.497

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.10 0.05
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.02 0.02 0.07 0.11 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.16 0.16 0.12
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.11 0.10 0.08
C4 0.04 0.02 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.10 0.00 0.03 0.04 0.04 0.12 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C5 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.14 0.04
C5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.05 0.04 0.15 0.06
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.12 0.05
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.11 0.05
O2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02 0.01 0.09 0.10 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.22 0.18 0.15
O3' 0.04 0.09 0.02 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.06 0.06 0.09 0.09 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.12 0.08 0.07
O4 0.05 0.03 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.10 0.00 0.03 0.06 0.02 0.11 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00
O5' 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.08 0.06 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.07 0.16 0.11 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.09 0.22 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.11 0.16 0.10 0.12 0.05 0.14 0.04 0.15 0.12 0.11 0.10 0.18 0.08 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.12 0.08 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.15 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.01 0.11 0.09 0.01 0.06 0.05 0.04 0.19 0.06 0.03 0.03
C2 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.10 0.11 0.18 0.08 0.02 0.00
C2' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.07 0.03 0.11 0.10 0.12 0.08 0.11 0.06 0.15 0.11 0.05 0.10 0.00 0.00 0.14 0.09 0.00 0.01
C3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.08 0.10 0.06 0.09 0.05 0.13 0.09 0.03 0.08 0.01 0.01 0.18 0.07 0.04 0.03
C4 0.11 0.07 0.08 0.12 0.07 0.09 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.04 0.01 0.09 0.03 0.13 0.15 0.18 0.00 0.05 0.03
C4' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.06 0.10 0.06 0.08 0.03 0.13 0.09 0.03 0.07 0.03 0.02 0.22 0.04 0.06 0.06
C5 0.07 0.02 0.05 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.09 0.04 0.05 0.01 0.10 0.11 0.18 0.02 0.04 0.03
C5' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.05 0.11 0.04 0.09 0.04 0.14 0.08 0.02 0.07 0.04 0.04 0.23 0.02 0.06 0.07
C6 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.01 0.12 0.07 0.01 0.04 0.08 0.07 0.18 0.05 0.03 0.02
N1 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.11 0.08 0.00 0.04 0.07 0.06 0.18 0.06 0.00 0.02
N3 0.11 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.10 0.02 0.01 0.09 0.03 0.13 0.15 0.17 0.04 0.04 0.01
O2 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.02 0.06 0.02 0.10 0.10 0.17 0.10 0.00 0.02
O2' 0.06 0.08 0.06 0.04 0.08 0.06 0.11 0.13 0.11 0.08 0.10 0.07 0.12 0.10 0.06 0.13 0.05 0.02 0.07 0.12 0.02 0.05
O3' 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.10 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.21 0.03 0.10 0.07
O4 0.14 0.10 0.10 0.15 0.10 0.13 0.05 0.09 0.04 0.08 0.06 0.13 0.01 0.03 0.12 0.05 0.16 0.19 0.18 0.07 0.04 0.06
O4' 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.01 0.12 0.09 0.01 0.06 0.06 0.04 0.24 0.03 0.06 0.07
O5' 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.16 0.10 0.03 0.01
OP1 0.15 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.11 0.04 0.09 0.15 0.10 0.14 0.05 0.12 0.16 0.05 0.14 0.19 0.24 0.01 0.03 0.07
OP2 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09 0.11 0.06 0.07 0.04 0.10 0.05 0.10 0.00 0.07 0.12 0.02 0.12 0.17 0.31 0.09 0.10 0.15
P 0.09 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.09 0.00 0.09 0.13 0.24 0.00 0.03 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.10 0.00
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.09 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.15 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.06 0.03
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.15 0.00 0.08
C5' 0.03 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.11 0.05 0.01 0.10 0.11 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01
C6 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.15 0.00 0.08
C8 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.15 0.02 0.09
N1 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.05 0.05
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00
N6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.19 0.05 0.12
N7 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.18 0.05 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.05 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.08 0.10 0.01
O3' 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.06 0.17 0.04 0.22 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.10 0.00
O5' 0.04 0.01 0.10 0.16 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.14 0.17 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.07 0.00 0.10 0.03 0.15 0.04 0.15 0.15 0.12 0.06 0.19 0.18 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.10 0.09 0.15 0.06 0.12 0.00 0.13 0.00 0.02 0.05 0.11 0.05 0.05 0.05 0.10 0.22 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.05 0.00 0.12 0.11 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00