ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50951

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O3' A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O5' A 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
OP2 B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
P B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
OP1 B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
O5' B 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.415
P A 0, 0.000, 0.450, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.450 std_dev=0.450
C5' B 0, 0.000, 0.461, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.461 std_dev=0.461
OP1 A 0, 0.000, 0.596, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.596 std_dev=0.596
OP2 A 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
C4' B 0, 0.000, 0.706, 1.412, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.706 std_dev=0.706
C3' B 0, 0.000, 0.769, 1.538, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.769 std_dev=0.769
O4' B 0, 0.000, 0.822, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.822 std_dev=0.822
O3' B 0, 0.000, 0.878, 1.756, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.878 std_dev=0.878
N9 B 0, 0.000, 0.943, 1.886, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.943 std_dev=0.943
C8 B 0, 0.000, 0.944, 1.888, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.944 std_dev=0.944
C5 B 0, 0.000, 0.953, 1.906, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.953 std_dev=0.953
N7 B 0, 0.000, 0.959, 1.918, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.959 std_dev=0.959
C4 B 0, 0.000, 0.966, 1.933, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.966 std_dev=0.966
C1' B 0, 0.000, 0.972, 1.944, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.972 std_dev=0.972
C2' B 0, 0.000, 0.975, 1.951, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.975 std_dev=0.975
C6 B 0, 0.000, 0.987, 1.974, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.987 std_dev=0.987
N6 B 0, 0.000, 1.016, 2.032, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.016 std_dev=1.016
N1 B 0, 0.000, 1.043, 2.086, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.043 std_dev=1.043
N3 B 0, 0.000, 1.048, 2.095, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.048 std_dev=1.048
C2 B 0, 0.000, 1.082, 2.165, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.082 std_dev=1.082
O2' B 0, 0.000, 1.167, 2.333, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.167 std_dev=1.167

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.05
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.08
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.03
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04
O2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.11 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.01 0.10
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.10
O5' 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.08 0.03 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.12 0.05 0.15 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.10 0.05 0.10 0.02 0.13 0.04 0.12 0.06 0.07 0.01 0.11 0.01 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.36 0.16 0.18 0.17 0.12 0.09 0.09 0.17 0.10 0.30 0.31 0.11 0.08 0.05 0.18 0.26 0.05 0.01 0.04 0.10 0.06
C2 0.11 0.45 0.15 0.17 0.24 0.13 0.16 0.12 0.26 0.05 0.40 0.39 0.20 0.01 0.10 0.15 0.21 0.09 0.03 0.02 0.08 0.03
C2' 0.01 0.30 0.09 0.13 0.09 0.06 0.01 0.04 0.09 0.18 0.23 0.24 0.03 0.16 0.02 0.11 0.22 0.02 0.05 0.04 0.12 0.08
C3' 0.03 0.28 0.12 0.16 0.09 0.08 0.00 0.05 0.08 0.16 0.21 0.23 0.01 0.16 0.01 0.15 0.26 0.00 0.04 0.05 0.12 0.07
C4 0.17 0.52 0.21 0.21 0.29 0.19 0.22 0.17 0.31 0.00 0.45 0.46 0.25 0.04 0.16 0.22 0.26 0.16 0.10 0.14 0.01 0.07
C4' 0.11 0.33 0.21 0.22 0.16 0.15 0.07 0.10 0.14 0.08 0.27 0.30 0.07 0.08 0.07 0.24 0.33 0.07 0.00 0.03 0.10 0.05
C5 0.17 0.49 0.22 0.24 0.27 0.20 0.19 0.17 0.27 0.01 0.42 0.43 0.21 0.02 0.15 0.25 0.30 0.15 0.09 0.12 0.02 0.05
C5' 0.15 0.36 0.24 0.26 0.19 0.19 0.09 0.13 0.16 0.06 0.29 0.33 0.08 0.06 0.10 0.29 0.37 0.11 0.03 0.02 0.08 0.02
C6 0.15 0.44 0.21 0.23 0.24 0.18 0.15 0.15 0.23 0.04 0.38 0.39 0.17 0.02 0.12 0.24 0.31 0.12 0.05 0.07 0.06 0.01
N1 0.12 0.42 0.18 0.20 0.22 0.15 0.14 0.12 0.22 0.06 0.36 0.37 0.16 0.03 0.09 0.19 0.27 0.09 0.03 0.01 0.08 0.03
N3 0.14 0.51 0.17 0.18 0.28 0.16 0.21 0.15 0.30 0.01 0.45 0.44 0.25 0.03 0.14 0.17 0.21 0.13 0.08 0.07 0.02 0.03
O2 0.07 0.43 0.11 0.12 0.22 0.08 0.15 0.07 0.25 0.08 0.38 0.37 0.20 0.02 0.08 0.10 0.15 0.05 0.01 0.11 0.10 0.09
O2' 0.08 0.24 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.26 0.18 0.17 0.03 0.24 0.11 0.01 0.13 0.10 0.10 0.08 0.13 0.10
O3' 0.01 0.24 0.10 0.13 0.06 0.06 0.02 0.03 0.05 0.18 0.18 0.20 0.02 0.18 0.03 0.12 0.23 0.03 0.05 0.07 0.11 0.08
O4 0.19 0.56 0.21 0.21 0.32 0.20 0.25 0.18 0.34 0.03 0.49 0.49 0.29 0.08 0.18 0.22 0.24 0.18 0.13 0.18 0.06 0.11
O4' 0.15 0.38 0.23 0.24 0.21 0.18 0.12 0.12 0.19 0.04 0.32 0.34 0.13 0.03 0.11 0.26 0.34 0.11 0.02 0.02 0.09 0.04
O5' 0.12 0.33 0.22 0.23 0.16 0.16 0.06 0.11 0.12 0.09 0.25 0.29 0.04 0.09 0.07 0.27 0.35 0.08 0.01 0.00 0.08 0.03
OP1 0.07 0.10 0.02 0.03 0.06 0.02 0.18 0.07 0.12 0.31 0.02 0.08 0.21 0.33 0.14 0.08 0.15 0.10 0.13 0.13 0.17 0.14
OP2 0.12 0.34 0.19 0.19 0.15 0.16 0.04 0.10 0.11 0.12 0.26 0.31 0.02 0.13 0.06 0.25 0.29 0.09 0.05 0.04 0.00 0.03
P 0.02 0.21 0.10 0.11 0.04 0.06 0.07 0.00 0.01 0.21 0.13 0.18 0.09 0.22 0.05 0.17 0.23 0.01 0.07 0.07 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04
C2 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.17 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.17 0.40 0.39 0.49 0.44
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.20 0.18 0.21 0.21
C4' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.08 0.14 0.16 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.13 0.10 0.14 0.13
C5' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.14 0.00 0.08 0.00 0.15 0.12 0.25 0.27 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.22 0.19 0.26 0.24
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.13 0.34 0.32 0.42 0.38
N3 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.16 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.18 0.36 0.35 0.41 0.38
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.17 0.14 0.21 0.19
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05
O2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.10 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
O4' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.08 0.13 0.18 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04
O5' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.20 0.00 0.13 0.00 0.22 0.10 0.34 0.36 0.17 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.39 0.05 0.02 0.18 0.05 0.10 0.01 0.19 0.11 0.32 0.35 0.14 0.07 0.04 0.07 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.49 0.01 0.01 0.21 0.01 0.14 0.02 0.26 0.11 0.42 0.41 0.21 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.44 0.02 0.00 0.21 0.02 0.13 0.00 0.24 0.10 0.38 0.38 0.19 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00