ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 10, 7, 5, 4, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.003, 0.007, 0.017, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.007 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O4' A 0, -0.025, 0.094, 0.213, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.094 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.035, 0.161, 0.287, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.161 std_dev=0.126
C2' A 0, -0.030, 0.098, 0.225, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.098 std_dev=0.128
C4' A 0, -0.018, 0.171, 0.360, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.171 std_dev=0.189
C3' A 0, -0.007, 0.187, 0.382, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.187 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.174, 0.395, 0.617, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.395 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.196, 0.418, 0.641, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.418 std_dev=0.223
O2 B 0, 0.226, 0.456, 0.687, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.456 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.279, 0.509, 0.740, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.509 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.104, 0.345, 0.586, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.345 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.341, 0.585, 0.829, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.585 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.055, 0.316, 0.577, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.316 std_dev=0.261
C6 B 0, 0.138, 0.402, 0.666, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.402 std_dev=0.264
O5' A 0, -0.006, 0.260, 0.525, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.260 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.244, 0.513, 0.781, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.513 std_dev=0.268
OP2 A 0, 0.153, 0.426, 0.699, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.426 std_dev=0.273
O2' B 0, 0.374, 0.648, 0.922, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.648 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.078, 0.355, 0.632, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.355 std_dev=0.277
O4 B 0, 0.027, 0.309, 0.592, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.309 std_dev=0.282
C5' A 0, -0.017, 0.267, 0.551, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.267 std_dev=0.284
O3' A 0, 0.008, 0.294, 0.581, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.294 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.291, 0.582, 0.873, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.582 std_dev=0.291
P A 0, 0.042, 0.359, 0.675, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.359 std_dev=0.317
O3' B 0, 0.290, 0.624, 0.958, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.624 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.240, 0.587, 0.933, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.587 std_dev=0.346
OP1 A 0, 0.064, 0.460, 0.856, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.460 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.161, 0.620, 1.079, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.620 std_dev=0.459
O5' B 0, -0.191, 0.719, 1.629, 3.893 max_d=3.893 avg_d=0.719 std_dev=0.910
P B 0, -0.447, 0.896, 2.240, 5.531 max_d=5.531 avg_d=0.896 std_dev=1.343
OP2 B 0, -0.620, 0.946, 2.512, 6.171 max_d=6.171 avg_d=0.946 std_dev=1.566
OP1 B 0, -0.460, 1.114, 2.688, 6.633 max_d=6.633 avg_d=1.114 std_dev=1.574

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.11 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.05 0.11 0.10 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.06 0.07 0.08 0.06
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.06 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.11 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05
N6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.04 0.07 0.08 0.10 0.08
N7 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.11 0.06 0.13 0.12 0.11 0.06 0.03 0.05 0.00 0.02 0.06 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
O5' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.07 0.08 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.10 0.13 0.19 0.17 0.22 0.24 0.34 0.22 0.15 0.10 0.09 0.11 0.20 0.17 0.18 0.84 1.19 1.48 1.18
C2 0.15 0.10 0.15 0.22 0.10 0.26 0.19 0.38 0.20 0.14 0.09 0.10 0.14 0.23 0.09 0.20 0.85 1.25 1.50 1.23
C2' 0.25 0.23 0.25 0.29 0.30 0.31 0.33 0.42 0.31 0.26 0.24 0.22 0.23 0.29 0.31 0.28 0.89 1.20 1.52 1.22
C3' 0.26 0.24 0.24 0.27 0.29 0.30 0.33 0.41 0.31 0.26 0.25 0.23 0.22 0.27 0.30 0.28 0.89 1.22 1.54 1.23
C4 0.14 0.09 0.14 0.21 0.12 0.25 0.21 0.37 0.20 0.14 0.08 0.09 0.12 0.22 0.10 0.19 0.86 1.28 1.52 1.24
C4' 0.15 0.13 0.13 0.17 0.19 0.20 0.24 0.31 0.22 0.16 0.14 0.13 0.13 0.17 0.20 0.18 0.83 1.17 1.47 1.17
C5 0.15 0.09 0.14 0.22 0.10 0.26 0.18 0.39 0.19 0.14 0.09 0.10 0.13 0.22 0.08 0.20 0.87 1.35 1.53 1.28
C5' 0.14 0.12 0.12 0.15 0.17 0.19 0.22 0.30 0.20 0.15 0.13 0.13 0.12 0.15 0.17 0.17 0.82 1.20 1.47 1.18
C6 0.16 0.11 0.16 0.23 0.10 0.28 0.16 0.40 0.18 0.14 0.11 0.12 0.15 0.24 0.10 0.21 0.86 1.38 1.53 1.28
C8 0.14 0.09 0.13 0.20 0.12 0.24 0.20 0.37 0.20 0.14 0.08 0.09 0.11 0.21 0.11 0.19 0.87 1.33 1.53 1.26
N1 0.16 0.11 0.16 0.23 0.10 0.28 0.16 0.40 0.18 0.14 0.12 0.12 0.15 0.24 0.12 0.21 0.86 1.33 1.52 1.27
N3 0.14 0.09 0.14 0.21 0.13 0.24 0.22 0.36 0.21 0.14 0.08 0.09 0.12 0.21 0.10 0.19 0.85 1.22 1.49 1.20
N6 0.16 0.12 0.17 0.23 0.11 0.29 0.14 0.42 0.17 0.14 0.13 0.13 0.16 0.25 0.13 0.22 0.84 1.42 1.50 1.29
N7 0.14 0.09 0.14 0.21 0.11 0.26 0.18 0.39 0.19 0.13 0.09 0.10 0.12 0.22 0.09 0.20 0.87 1.37 1.53 1.28
N9 0.14 0.09 0.13 0.20 0.14 0.24 0.22 0.36 0.21 0.14 0.08 0.08 0.11 0.21 0.13 0.19 0.86 1.27 1.51 1.23
O2' 0.24 0.23 0.24 0.28 0.30 0.29 0.34 0.39 0.31 0.26 0.24 0.20 0.22 0.28 0.32 0.27 0.85 1.10 1.46 1.15
O3' 0.29 0.28 0.26 0.28 0.33 0.32 0.35 0.41 0.33 0.30 0.29 0.28 0.25 0.27 0.34 0.31 0.88 1.16 1.52 1.20
O4' 0.11 0.08 0.09 0.14 0.13 0.17 0.20 0.29 0.18 0.12 0.08 0.10 0.09 0.14 0.14 0.15 0.80 1.17 1.43 1.15
O5' 0.15 0.13 0.13 0.17 0.16 0.21 0.21 0.32 0.20 0.15 0.13 0.14 0.12 0.16 0.16 0.18 0.84 1.26 1.50 1.22
OP1 0.16 0.15 0.13 0.17 0.17 0.21 0.22 0.33 0.20 0.16 0.15 0.16 0.13 0.16 0.17 0.18 0.85 1.29 1.51 1.24
OP2 0.17 0.14 0.15 0.20 0.16 0.24 0.21 0.36 0.21 0.16 0.14 0.15 0.14 0.19 0.15 0.21 0.86 1.36 1.52 1.27
P 0.15 0.13 0.13 0.17 0.16 0.22 0.21 0.34 0.20 0.15 0.13 0.14 0.12 0.17 0.15 0.19 0.86 1.32 1.52 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.05 0.24 0.15
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.30 0.27 0.58 0.40
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.11 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.06 0.19 0.12
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.05 0.10 0.02 0.01 0.05 0.02 0.21 0.10 0.16 0.17
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.48 0.60 0.91 0.69
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.11 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.03 0.52 0.65 0.91 0.72
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.12 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.44 0.49 0.69 0.58
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.30 0.27 0.51 0.39
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.01 0.39 0.43 0.76 0.55
O2 0.03 0.01 0.11 0.10 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.03 0.03 0.21 0.14 0.47 0.29
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.25 0.06 0.09
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.05 0.10 0.04 0.06 0.11 0.04 0.00 0.07 0.01 0.15 0.13 0.14 0.11
O4 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.00 0.02 0.51 0.69 1.00 0.76
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.12 0.08
O5' 0.11 0.30 0.14 0.21 0.48 0.03 0.52 0.01 0.44 0.30 0.39 0.21 0.07 0.15 0.51 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.27 0.06 0.10 0.60 0.11 0.65 0.06 0.49 0.27 0.43 0.14 0.25 0.13 0.69 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.58 0.19 0.16 0.91 0.07 0.91 0.18 0.69 0.51 0.76 0.47 0.06 0.14 1.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.40 0.12 0.17 0.69 0.03 0.72 0.01 0.58 0.39 0.55 0.29 0.09 0.11 0.76 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00