ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50959

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 3, 5, 3, 5, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.011, 0.016, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.013, 0.019, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.013, 0.021, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.023, 0.038, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C3' A 0, 0.049, 0.099, 0.150, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.099 std_dev=0.050
O3' A 0, 0.066, 0.120, 0.173, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.120 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.056, 0.125, 0.194, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.125 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.025, 0.097, 0.169, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.097 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.036, 0.123, 0.211, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.123 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.041, 0.174, 0.306, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.174 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.103, 0.244, 0.384, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.244 std_dev=0.140
P A 0, 0.068, 0.225, 0.382, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.225 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.069, 0.229, 0.388, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.229 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.127, 0.292, 0.457, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.292 std_dev=0.165
OP2 B 0, 0.179, 0.383, 0.587, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.383 std_dev=0.204
C5 B 0, 0.213, 0.429, 0.644, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.429 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.237, 0.453, 0.670, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.453 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.098, 0.315, 0.532, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.315 std_dev=0.217
N1 B 0, 0.284, 0.501, 0.718, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.501 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.220, 0.439, 0.657, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.439 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.260, 0.483, 0.705, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.483 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.294, 0.517, 0.741, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.517 std_dev=0.224
P B 0, 0.189, 0.413, 0.636, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.413 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.287, 0.513, 0.740, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.513 std_dev=0.227
O4' B 0, 0.330, 0.558, 0.786, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.558 std_dev=0.228
C1' B 0, 0.322, 0.552, 0.783, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.552 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.310, 0.544, 0.778, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.544 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.294, 0.529, 0.764, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.529 std_dev=0.235
N4 B 0, 0.186, 0.422, 0.657, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.422 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.207, 0.444, 0.681, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.444 std_dev=0.237
C2' B 0, 0.315, 0.556, 0.797, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.556 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.208, 0.452, 0.696, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.452 std_dev=0.244
O2 B 0, 0.327, 0.572, 0.817, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.572 std_dev=0.245
O3' B 0, 0.310, 0.566, 0.822, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.566 std_dev=0.256
O2' B 0, 0.350, 0.621, 0.891, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.621 std_dev=0.271

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.10 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.11 0.03 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.11 0.03 0.03
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.11 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.11 0.03 0.02
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.11 0.05 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.10 0.05 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.05
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.12 0.08 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.03 0.05
O5' 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.11 0.06 0.07 0.10 0.10 0.10 0.03 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.06 0.12 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.08 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.10 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.23 0.21 0.17 0.20 0.18 0.18 0.15 0.19 0.21 0.23 0.18 0.25 0.22 0.17 0.20 0.11 0.07 0.08 0.07
C2 0.22 0.23 0.22 0.18 0.14 0.19 0.13 0.15 0.16 0.20 0.20 0.11 0.27 0.26 0.19 0.20 0.11 0.07 0.08 0.07
C2' 0.18 0.19 0.17 0.14 0.18 0.15 0.17 0.12 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.17 0.13 0.17 0.10 0.10 0.11 0.09
C3' 0.19 0.20 0.17 0.14 0.18 0.16 0.17 0.13 0.18 0.19 0.20 0.17 0.21 0.18 0.14 0.18 0.10 0.08 0.09 0.07
C4 0.22 0.23 0.21 0.18 0.17 0.18 0.16 0.14 0.17 0.21 0.22 0.14 0.26 0.24 0.17 0.20 0.10 0.07 0.08 0.06
C4' 0.26 0.27 0.24 0.21 0.22 0.23 0.21 0.20 0.23 0.25 0.25 0.19 0.29 0.26 0.21 0.25 0.15 0.08 0.09 0.09
C5 0.22 0.23 0.21 0.18 0.17 0.18 0.16 0.14 0.17 0.21 0.22 0.15 0.27 0.24 0.18 0.20 0.10 0.07 0.08 0.07
C5' 0.27 0.27 0.25 0.21 0.22 0.24 0.21 0.20 0.23 0.26 0.25 0.18 0.30 0.27 0.20 0.26 0.15 0.09 0.09 0.09
C6 0.22 0.23 0.22 0.18 0.16 0.18 0.14 0.15 0.17 0.20 0.21 0.13 0.27 0.25 0.18 0.20 0.11 0.07 0.08 0.07
C8 0.22 0.23 0.21 0.17 0.19 0.18 0.17 0.14 0.18 0.21 0.23 0.17 0.26 0.23 0.16 0.20 0.10 0.07 0.09 0.07
N1 0.22 0.22 0.22 0.18 0.14 0.19 0.13 0.15 0.16 0.20 0.20 0.11 0.27 0.26 0.19 0.20 0.11 0.07 0.08 0.07
N3 0.22 0.23 0.22 0.18 0.16 0.18 0.14 0.15 0.17 0.21 0.22 0.11 0.27 0.24 0.18 0.20 0.10 0.07 0.08 0.07
N6 0.22 0.22 0.22 0.18 0.16 0.18 0.14 0.14 0.16 0.20 0.20 0.13 0.26 0.26 0.18 0.20 0.11 0.07 0.08 0.07
N7 0.22 0.23 0.21 0.17 0.18 0.18 0.17 0.14 0.18 0.21 0.22 0.17 0.26 0.24 0.17 0.20 0.10 0.07 0.09 0.07
N9 0.22 0.23 0.21 0.17 0.19 0.18 0.17 0.14 0.18 0.21 0.23 0.17 0.26 0.23 0.17 0.20 0.10 0.07 0.08 0.07
O2' 0.18 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.18 0.15 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.15 0.18 0.15 0.16 0.16 0.15
O3' 0.16 0.17 0.16 0.14 0.16 0.14 0.16 0.12 0.16 0.16 0.17 0.15 0.17 0.16 0.14 0.16 0.10 0.08 0.09 0.07
O4' 0.27 0.28 0.26 0.23 0.22 0.23 0.21 0.20 0.23 0.26 0.27 0.18 0.31 0.28 0.22 0.26 0.15 0.08 0.08 0.09
O5' 0.25 0.26 0.23 0.20 0.22 0.22 0.21 0.19 0.22 0.24 0.24 0.19 0.28 0.24 0.19 0.24 0.15 0.10 0.09 0.10
OP1 0.20 0.19 0.19 0.17 0.15 0.20 0.16 0.18 0.18 0.19 0.17 0.13 0.21 0.20 0.17 0.21 0.14 0.09 0.11 0.09
OP2 0.23 0.23 0.21 0.20 0.21 0.21 0.21 0.19 0.22 0.23 0.23 0.20 0.25 0.22 0.19 0.22 0.17 0.11 0.11 0.12
P 0.22 0.22 0.21 0.18 0.19 0.20 0.19 0.18 0.20 0.21 0.21 0.17 0.25 0.22 0.18 0.22 0.14 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.05 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00