ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50961

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C4 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.024
N6 A 0, -0.001, 0.048, 0.098, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.048 std_dev=0.050
O4' A 0, -0.008, 0.072, 0.151, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.072 std_dev=0.079
C4' A 0, -0.012, 0.098, 0.208, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.098 std_dev=0.110
O3' A 0, -0.028, 0.094, 0.217, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.094 std_dev=0.123
C3' A 0, -0.026, 0.109, 0.244, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.109 std_dev=0.135
C2' A 0, -0.036, 0.109, 0.254, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.109 std_dev=0.145
C5 B 0, -0.045, 0.167, 0.378, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.167 std_dev=0.212
O2' A 0, -0.049, 0.176, 0.400, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.176 std_dev=0.224
O5' A 0, -0.022, 0.212, 0.446, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.212 std_dev=0.234
C4 B 0, -0.058, 0.182, 0.423, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.182 std_dev=0.241
OP2 B 0, -0.031, 0.212, 0.455, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.212 std_dev=0.243
C5' A 0, -0.038, 0.209, 0.456, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.209 std_dev=0.247
OP1 A 0, -0.045, 0.213, 0.470, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.213 std_dev=0.258
N4 B 0, -0.074, 0.188, 0.450, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.188 std_dev=0.262
P B 0, -0.046, 0.234, 0.514, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.234 std_dev=0.280
P A 0, -0.051, 0.238, 0.527, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.238 std_dev=0.289
C6 B 0, -0.064, 0.237, 0.539, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.237 std_dev=0.302
N3 B 0, -0.076, 0.246, 0.568, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.246 std_dev=0.322
O3' B 0, -0.051, 0.300, 0.651, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.300 std_dev=0.351
C2 B 0, -0.080, 0.288, 0.655, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.288 std_dev=0.367
N1 B 0, -0.079, 0.292, 0.663, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.292 std_dev=0.371
C3' B 0, -0.070, 0.311, 0.691, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.311 std_dev=0.380
O2 B 0, -0.089, 0.331, 0.752, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.331 std_dev=0.420
C2' B 0, -0.080, 0.340, 0.761, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.340 std_dev=0.420
OP2 A 0, -0.097, 0.337, 0.771, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.337 std_dev=0.434
C1' B 0, -0.107, 0.379, 0.865, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.379 std_dev=0.486
O2' B 0, -0.101, 0.387, 0.875, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.387 std_dev=0.488
C4' B 0, -0.110, 0.383, 0.876, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.383 std_dev=0.493
C5' B 0, -0.113, 0.407, 0.926, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.407 std_dev=0.520
O4' B 0, -0.125, 0.412, 0.948, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.412 std_dev=0.537
OP1 B 0, -0.131, 0.462, 1.055, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.462 std_dev=0.593
O5' B 0, -0.179, 0.549, 1.278, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.549 std_dev=0.729

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.06 0.01
C2 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.07 0.01 0.16 0.10 0.05 0.04
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.15 0.05 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.16 0.09 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.09 0.02 0.03
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.16 0.10 0.02 0.03
C8 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.16 0.07 0.04 0.04
N1 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02 0.15 0.11 0.02 0.02
N3 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.14 0.05 0.01 0.16 0.09 0.07 0.05
N6 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.14 0.11 0.03 0.02
N7 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.08 0.02 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.06 0.04
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.11 0.14 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.05 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.07 0.02
O5' 0.10 0.16 0.03 0.04 0.16 0.01 0.16 0.00 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.02 0.04 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.10 0.15 0.14 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.15 0.13 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.08 0.12 0.03 0.12 0.03 0.17 0.04 0.07 0.06 0.00 0.07 0.06 0.12 0.10 0.41 0.08 0.01 0.07
C2 0.24 0.24 0.20 0.19 0.19 0.20 0.16 0.20 0.18 0.22 0.24 0.14 0.24 0.20 0.19 0.21 0.59 0.01 0.10 0.13
C2' 0.12 0.12 0.13 0.18 0.11 0.16 0.09 0.21 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.20 0.12 0.44 0.06 0.13 0.12
C3' 0.08 0.05 0.09 0.16 0.03 0.16 0.04 0.23 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.07 0.18 0.11 0.37 0.02 0.16 0.13
C4 0.14 0.14 0.12 0.13 0.10 0.13 0.08 0.15 0.09 0.13 0.14 0.08 0.14 0.11 0.13 0.13 0.49 0.08 0.06 0.08
C4' 0.04 0.01 0.04 0.11 0.04 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.12 0.09 0.32 0.02 0.11 0.10
C5 0.16 0.18 0.14 0.14 0.13 0.14 0.09 0.14 0.10 0.15 0.18 0.12 0.18 0.14 0.15 0.13 0.51 0.10 0.05 0.07
C5' 0.04 0.00 0.05 0.14 0.01 0.14 0.01 0.24 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.09 0.33 0.01 0.21 0.14
C6 0.22 0.24 0.19 0.18 0.19 0.18 0.14 0.16 0.15 0.20 0.24 0.17 0.25 0.20 0.18 0.18 0.57 0.06 0.06 0.10
C8 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.04 0.12 0.05 0.09 0.11 0.07 0.11 0.08 0.12 0.08 0.43 0.14 0.01 0.04
N1 0.25 0.26 0.22 0.20 0.20 0.20 0.16 0.18 0.18 0.23 0.27 0.16 0.27 0.23 0.20 0.21 0.60 0.02 0.10 0.12
N3 0.18 0.17 0.14 0.15 0.13 0.16 0.11 0.18 0.13 0.16 0.16 0.09 0.16 0.14 0.15 0.17 0.53 0.02 0.09 0.11
N6 0.24 0.27 0.22 0.20 0.20 0.18 0.15 0.16 0.16 0.22 0.27 0.19 0.29 0.23 0.20 0.19 0.58 0.08 0.05 0.10
N7 0.13 0.15 0.12 0.12 0.11 0.11 0.07 0.12 0.07 0.12 0.16 0.11 0.16 0.12 0.13 0.10 0.47 0.14 0.01 0.05
N9 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.11 0.04 0.14 0.06 0.09 0.10 0.05 0.10 0.08 0.12 0.10 0.44 0.10 0.02 0.06
O2' 0.15 0.19 0.17 0.21 0.20 0.17 0.15 0.20 0.13 0.16 0.21 0.24 0.18 0.16 0.23 0.13 0.49 0.09 0.10 0.11
O3' 0.06 0.01 0.06 0.13 0.02 0.14 0.01 0.22 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.15 0.10 0.32 0.03 0.05 0.08
O4' 0.06 0.01 0.04 0.10 0.03 0.12 0.01 0.19 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.10 0.09 0.36 0.05 0.03 0.08
O5' 0.06 0.08 0.09 0.15 0.08 0.12 0.05 0.19 0.04 0.06 0.09 0.10 0.07 0.06 0.18 0.07 0.33 0.09 0.20 0.09
OP1 0.04 0.06 0.04 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.27 0.18 0.08 0.00
OP2 0.13 0.10 0.15 0.23 0.09 0.23 0.11 0.32 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.26 0.17 0.42 0.08 0.39 0.24
P 0.06 0.05 0.07 0.14 0.04 0.12 0.03 0.20 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.17 0.07 0.35 0.06 0.25 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.57 0.15
C2 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.29 0.02 0.47 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.06 0.52 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01 0.27 0.12 0.44 0.00
C4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.03 0.43 0.02 0.28 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.47 0.08
C5 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.02 0.41 0.03 0.29 0.01
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.07 0.13 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.33 0.04 0.44 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.24 0.03 0.51 0.09
N3 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.38 0.02 0.38 0.02
N4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.04 0.48 0.00 0.16 0.08
O2 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.25 0.01 0.49 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.52 0.09
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.10 0.02 0.12 0.03 0.11 0.05 0.06 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.20 0.35 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.58 0.20
O5' 0.07 0.29 0.18 0.27 0.43 0.00 0.41 0.00 0.33 0.24 0.38 0.48 0.25 0.06 0.26 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.02 0.06 0.12 0.02 0.07 0.03 0.11 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.20 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 0.47 0.52 0.44 0.28 0.47 0.29 0.34 0.44 0.51 0.38 0.16 0.49 0.52 0.35 0.58 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.06 0.07 0.00 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.08 0.07 0.09 0.06 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00