ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50965

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 15, 4, 10, 3, 5, 5, 1, 0, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.017, 0.026, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.016, 0.028, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.016, 0.029, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.044 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.034, 0.062, 0.090, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.062 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.090, 0.280, 0.471, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.280 std_dev=0.190
C2' A 0, 0.069, 0.266, 0.463, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.266 std_dev=0.197
N7 B 0, 0.355, 0.601, 0.847, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.601 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.329, 0.579, 0.830, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.579 std_dev=0.251
N6 B 0, 0.416, 0.667, 0.919, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.667 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.344, 0.615, 0.886, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.615 std_dev=0.271
C3' A 0, 0.238, 0.510, 0.782, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.510 std_dev=0.272
O2' A 0, 0.074, 0.347, 0.621, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.347 std_dev=0.274
C8 B 0, 0.350, 0.625, 0.900, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.625 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.209, 0.493, 0.777, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.493 std_dev=0.284
N9 B 0, 0.345, 0.630, 0.915, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.630 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.317, 0.606, 0.895, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.606 std_dev=0.289
C1' B 0, 0.407, 0.737, 1.066, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.737 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.345, 0.682, 1.019, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.682 std_dev=0.337
O4' B 0, 0.527, 0.865, 1.203, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.865 std_dev=0.338
O5' A 0, 0.283, 0.628, 0.973, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.628 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.414, 0.777, 1.139, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.777 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.305, 0.667, 1.029, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.667 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.328, 0.700, 1.072, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.700 std_dev=0.372
OP2 A 0, 0.453, 0.829, 1.206, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.829 std_dev=0.377
O3' A 0, 0.420, 0.801, 1.182, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.801 std_dev=0.381
P A 0, 0.300, 0.729, 1.159, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.729 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.412, 0.849, 1.286, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.849 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.468, 0.916, 1.364, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.916 std_dev=0.448
O2' B 0, 0.503, 0.959, 1.415, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.959 std_dev=0.456
C5' A 0, 0.283, 0.786, 1.289, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.786 std_dev=0.503
OP1 A 0, 0.420, 0.950, 1.479, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.950 std_dev=0.529
O3' B 0, 0.505, 1.038, 1.570, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.038 std_dev=0.533
C5' B 0, 0.495, 1.074, 1.653, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.074 std_dev=0.579
O5' B 0, 0.485, 1.348, 2.212, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.348 std_dev=0.863
P B 0, 0.447, 1.479, 2.510, 3.842 max_d=3.842 avg_d=1.479 std_dev=1.032
OP2 B 0, 0.650, 1.733, 2.816, 4.045 max_d=4.045 avg_d=1.733 std_dev=1.083
OP1 B 0, 1.145, 2.268, 3.391, 4.671 max_d=4.671 avg_d=2.268 std_dev=1.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.08 0.40 0.11
C2 0.05 0.00 0.22 0.30 0.02 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.36 0.08 0.26 0.17 0.42 0.17
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.09 0.05 0.13 0.11 0.18 0.21 0.12 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.24 0.23 0.33 0.15
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.20 0.01 0.18 0.03 0.23 0.11 0.29 0.27 0.23 0.12 0.09 0.03 0.01 0.01 0.29 0.30 0.24 0.17
C4 0.03 0.02 0.12 0.20 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.21 0.04 0.27 0.16 0.41 0.16
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.12 0.08 0.13 0.11 0.13 0.10 0.05 0.11 0.03 0.01 0.02 0.13 0.34 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.21 0.04 0.34 0.22 0.41 0.22
C5' 0.05 0.17 0.05 0.03 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.15 0.19 0.14 0.23 0.18 0.11 0.09 0.06 0.03 0.01 0.16 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.23 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.28 0.05 0.35 0.25 0.42 0.24
C8 0.02 0.02 0.11 0.11 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.12 0.07 0.35 0.18 0.39 0.18
N1 0.05 0.01 0.18 0.29 0.02 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.16 0.35 0.07 0.31 0.22 0.42 0.21
N3 0.05 0.01 0.21 0.27 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.30 0.08 0.23 0.13 0.41 0.15
N6 0.03 0.02 0.12 0.23 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.15 0.29 0.06 0.39 0.31 0.43 0.28
N7 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.15 0.06 0.39 0.24 0.40 0.24
N9 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.25 0.12 0.40 0.14
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.10 0.11 0.12 0.09 0.14 0.11 0.16 0.15 0.15 0.12 0.07 0.00 0.06 0.08 0.10 0.17 0.34 0.10
O3' 0.05 0.36 0.02 0.01 0.21 0.03 0.21 0.06 0.28 0.12 0.35 0.30 0.29 0.15 0.08 0.06 0.00 0.06 0.24 0.36 0.20 0.19
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.02 0.08 0.06 0.00 0.10 0.10 0.45 0.19
O5' 0.12 0.26 0.24 0.29 0.27 0.02 0.34 0.01 0.35 0.35 0.31 0.23 0.39 0.39 0.25 0.10 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.17 0.23 0.30 0.16 0.13 0.22 0.16 0.25 0.18 0.22 0.13 0.31 0.24 0.12 0.17 0.36 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.42 0.33 0.24 0.41 0.34 0.41 0.31 0.42 0.39 0.42 0.41 0.43 0.40 0.40 0.34 0.20 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.15 0.17 0.16 0.06 0.22 0.02 0.24 0.18 0.21 0.15 0.28 0.24 0.14 0.10 0.19 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.23 0.21 0.27 0.20 0.23 0.19 0.32 0.20 0.20 0.23 0.22 0.19 0.20 0.20 0.22 0.32 0.20 0.74 1.18 0.94 0.84
C2 0.19 0.15 0.19 0.26 0.15 0.24 0.14 0.34 0.15 0.20 0.16 0.15 0.19 0.17 0.18 0.18 0.31 0.22 0.74 1.07 0.90 0.82
C2' 0.33 0.37 0.37 0.43 0.35 0.37 0.35 0.43 0.36 0.35 0.38 0.36 0.38 0.35 0.34 0.35 0.47 0.32 0.80 1.19 0.98 0.87
C3' 0.39 0.37 0.40 0.46 0.38 0.42 0.38 0.50 0.37 0.40 0.36 0.38 0.37 0.40 0.39 0.38 0.49 0.39 0.85 1.24 1.06 0.93
C4 0.17 0.16 0.19 0.26 0.15 0.24 0.14 0.35 0.14 0.19 0.16 0.15 0.16 0.17 0.17 0.17 0.32 0.20 0.76 1.17 0.94 0.86
C4' 0.22 0.23 0.22 0.28 0.21 0.25 0.21 0.35 0.20 0.23 0.22 0.22 0.20 0.23 0.22 0.23 0.32 0.23 0.76 1.18 0.98 0.86
C5 0.18 0.15 0.19 0.27 0.14 0.25 0.13 0.36 0.14 0.19 0.16 0.14 0.16 0.17 0.17 0.17 0.33 0.22 0.76 1.18 0.93 0.88
C5' 0.22 0.21 0.20 0.26 0.21 0.25 0.20 0.36 0.19 0.23 0.20 0.21 0.18 0.22 0.22 0.20 0.30 0.23 0.77 1.20 1.00 0.87
C6 0.22 0.15 0.21 0.28 0.16 0.27 0.14 0.37 0.14 0.21 0.15 0.15 0.17 0.17 0.20 0.20 0.35 0.26 0.75 1.13 0.91 0.86
C8 0.17 0.19 0.19 0.28 0.16 0.24 0.15 0.36 0.16 0.19 0.19 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.34 0.20 0.77 1.23 0.96 0.89
N1 0.22 0.16 0.21 0.28 0.17 0.27 0.16 0.36 0.16 0.22 0.16 0.17 0.19 0.18 0.20 0.21 0.34 0.26 0.74 1.08 0.90 0.84
N3 0.17 0.15 0.18 0.26 0.15 0.23 0.14 0.34 0.14 0.19 0.15 0.14 0.16 0.17 0.17 0.18 0.30 0.20 0.74 1.11 0.92 0.82
N6 0.25 0.16 0.24 0.31 0.18 0.30 0.16 0.39 0.15 0.24 0.16 0.17 0.17 0.19 0.23 0.23 0.38 0.31 0.74 1.10 0.87 0.85
N7 0.18 0.16 0.19 0.27 0.14 0.25 0.14 0.37 0.14 0.19 0.17 0.14 0.16 0.17 0.17 0.17 0.34 0.22 0.77 1.22 0.95 0.89
N9 0.17 0.19 0.20 0.27 0.17 0.23 0.16 0.35 0.17 0.19 0.20 0.18 0.17 0.18 0.17 0.19 0.33 0.19 0.76 1.20 0.96 0.87
O2' 0.28 0.36 0.31 0.35 0.31 0.27 0.31 0.32 0.33 0.30 0.37 0.33 0.36 0.31 0.29 0.32 0.40 0.27 0.70 1.07 0.87 0.76
O3' 0.48 0.45 0.48 0.53 0.47 0.50 0.46 0.55 0.45 0.49 0.44 0.46 0.45 0.48 0.48 0.46 0.54 0.48 0.87 1.24 1.09 0.95
O4' 0.19 0.23 0.21 0.25 0.20 0.21 0.19 0.31 0.20 0.19 0.23 0.22 0.19 0.19 0.19 0.23 0.29 0.20 0.73 1.17 0.95 0.83
O5' 0.26 0.24 0.26 0.32 0.24 0.30 0.25 0.38 0.23 0.28 0.23 0.24 0.23 0.27 0.26 0.26 0.35 0.28 0.72 1.07 0.91 0.80
OP1 0.22 0.27 0.22 0.29 0.23 0.27 0.22 0.38 0.23 0.23 0.26 0.25 0.23 0.23 0.22 0.23 0.33 0.23 0.75 1.19 0.96 0.84
OP2 0.41 0.39 0.40 0.49 0.40 0.47 0.40 0.57 0.39 0.42 0.39 0.39 0.39 0.42 0.41 0.38 0.54 0.42 0.87 1.36 1.07 0.96
P 0.18 0.20 0.19 0.28 0.18 0.25 0.17 0.37 0.18 0.20 0.20 0.19 0.18 0.19 0.18 0.17 0.34 0.19 0.75 1.21 0.96 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.16 0.25 0.40 0.17
C2 0.05 0.00 0.19 0.23 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.27 0.06 0.42 0.59 0.62 0.43
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.02 0.10 0.10 0.15 0.19 0.09 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.19 0.28 0.27 0.18
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.17 0.18 0.21 0.21 0.17 0.16 0.08 0.02 0.01 0.02 0.26 0.35 0.19 0.22
C4 0.02 0.02 0.10 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.40 0.52 0.57 0.39
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.13 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.23 0.28 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.03 0.50 0.69 0.68 0.51
C5' 0.03 0.16 0.02 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.19 0.13 0.24 0.24 0.12 0.06 0.03 0.01 0.01 0.30 0.27 0.02
C6 0.03 0.02 0.10 0.17 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.19 0.04 0.53 0.77 0.73 0.56
C8 0.02 0.02 0.10 0.18 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.19 0.06 0.48 0.55 0.61 0.44
N1 0.04 0.01 0.15 0.21 0.02 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.24 0.04 0.49 0.71 0.69 0.51
N3 0.04 0.01 0.19 0.21 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.17 0.24 0.05 0.36 0.48 0.55 0.36
N6 0.03 0.02 0.09 0.17 0.01 0.13 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.09 0.20 0.04 0.58 0.89 0.79 0.63
N7 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.19 0.05 0.55 0.72 0.71 0.55
N9 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.08 0.02 0.35 0.41 0.51 0.32
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.14 0.17 0.09 0.06 0.04 0.00 0.06 0.07 0.08 0.24 0.27 0.10
O3' 0.02 0.27 0.03 0.01 0.14 0.02 0.15 0.03 0.19 0.19 0.24 0.24 0.20 0.19 0.08 0.06 0.00 0.02 0.24 0.44 0.21 0.24
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.12 0.32 0.44 0.19
O5' 0.16 0.42 0.19 0.26 0.40 0.02 0.50 0.01 0.53 0.48 0.49 0.36 0.58 0.55 0.35 0.08 0.24 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.25 0.59 0.28 0.35 0.52 0.23 0.69 0.30 0.77 0.55 0.71 0.48 0.89 0.72 0.41 0.24 0.44 0.32 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.62 0.27 0.19 0.57 0.28 0.68 0.27 0.73 0.61 0.69 0.55 0.79 0.71 0.51 0.27 0.21 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.43 0.18 0.22 0.39 0.05 0.51 0.02 0.56 0.44 0.51 0.36 0.63 0.55 0.32 0.10 0.24 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00