ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50966

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 6, 3, 1, 8, 8, 3, 6, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.029, 0.042, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.031, 0.044, 0.057, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.030, 0.047, 0.064, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.047 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.027, 0.047, 0.067, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.033, 0.054, 0.075, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.054 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.031, 0.055, 0.080, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.055 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.051, 0.081, 0.112, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.081 std_dev=0.030
C5 B 0, 0.219, 0.415, 0.611, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.415 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.281, 0.489, 0.696, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.489 std_dev=0.208
O4' A 0, 0.872, 1.142, 1.412, 1.469 max_d=1.469 avg_d=1.142 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.499, 0.781, 1.063, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.781 std_dev=0.282
C2' A 0, 1.104, 1.398, 1.693, 1.724 max_d=1.724 avg_d=1.398 std_dev=0.294
N7 B 0, 0.348, 0.671, 0.994, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.671 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.471, 0.818, 1.164, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.818 std_dev=0.346
N6 B 0, 0.472, 0.830, 1.187, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.830 std_dev=0.357
C3' A 0, 1.365, 1.758, 2.152, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.758 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.912, 1.307, 1.701, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.307 std_dev=0.394
N9 B 0, 0.311, 0.713, 1.115, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.713 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.876, 1.281, 1.687, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.281 std_dev=0.405
C4' A 0, 1.451, 1.875, 2.298, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.875 std_dev=0.423
O2' A 0, 1.888, 2.315, 2.742, 2.868 max_d=2.868 avg_d=2.315 std_dev=0.427
O3' A 0, 1.649, 2.077, 2.505, 2.536 max_d=2.536 avg_d=2.077 std_dev=0.428
C8 B 0, 0.497, 0.967, 1.437, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.967 std_dev=0.470
C1' B 0, 0.405, 1.005, 1.605, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.005 std_dev=0.600
O5' A 0, 1.946, 2.586, 3.225, 3.478 max_d=3.478 avg_d=2.586 std_dev=0.639
C5' A 0, 2.101, 2.773, 3.446, 3.626 max_d=3.626 avg_d=2.773 std_dev=0.673
C2' B 0, 0.467, 1.155, 1.843, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.155 std_dev=0.688
O2' B 0, 0.454, 1.188, 1.922, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.188 std_dev=0.734
OP2 A 0, 1.949, 2.711, 3.474, 3.950 max_d=3.950 avg_d=2.711 std_dev=0.762
P A 0, 2.201, 2.996, 3.791, 4.324 max_d=4.324 avg_d=2.996 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.907, 1.756, 2.606, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.756 std_dev=0.849
C3' B 0, 0.988, 1.938, 2.888, 4.413 max_d=4.413 avg_d=1.938 std_dev=0.950
OP1 A 0, 2.745, 3.766, 4.786, 5.549 max_d=5.549 avg_d=3.766 std_dev=1.021
C4' B 0, 1.194, 2.246, 3.298, 4.918 max_d=4.918 avg_d=2.246 std_dev=1.052
O5' B 0, 1.620, 2.720, 3.820, 5.454 max_d=5.454 avg_d=2.720 std_dev=1.100
O3' B 0, 1.363, 2.494, 3.625, 5.445 max_d=5.445 avg_d=2.494 std_dev=1.131
P B 0, 2.133, 3.322, 4.511, 6.578 max_d=6.578 avg_d=3.322 std_dev=1.189
C5' B 0, 1.698, 2.932, 4.165, 6.081 max_d=6.081 avg_d=2.932 std_dev=1.234
OP1 B 0, 2.448, 3.733, 5.017, 7.520 max_d=7.520 avg_d=3.733 std_dev=1.284
OP2 B 0, 1.718, 3.221, 4.723, 6.874 max_d=6.874 avg_d=3.221 std_dev=1.502

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.06
C2 0.04 0.00 0.15 0.19 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.24 0.06 0.16 0.20 0.26 0.18
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.06 0.13 0.15 0.09 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.16 0.08
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.16 0.11 0.19 0.17 0.16 0.12 0.08 0.02 0.01 0.02 0.10 0.15 0.19 0.12
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.04 0.15 0.17 0.22 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.10 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.16 0.03 0.21 0.24 0.30 0.23
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.16 0.12 0.08 0.18 0.18 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.20 0.04 0.22 0.28 0.34 0.26
C8 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.12 0.05 0.18 0.18 0.19 0.17
N1 0.03 0.01 0.13 0.19 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.23 0.05 0.20 0.26 0.32 0.24
N3 0.04 0.01 0.15 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.21 0.06 0.13 0.16 0.21 0.14
N6 0.03 0.01 0.09 0.16 0.02 0.10 0.02 0.18 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.08 0.21 0.05 0.25 0.33 0.40 0.31
N7 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.22 0.26 0.30 0.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.12 0.13 0.15 0.12
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.12 0.08 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.12 0.13 0.06
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.04 0.20 0.12 0.23 0.21 0.21 0.14 0.08 0.04 0.00 0.02 0.13 0.22 0.25 0.17
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.08 0.11 0.13 0.12
O5' 0.06 0.16 0.07 0.10 0.15 0.02 0.21 0.01 0.22 0.18 0.20 0.13 0.25 0.22 0.12 0.06 0.13 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.20 0.12 0.15 0.17 0.08 0.24 0.08 0.28 0.18 0.26 0.16 0.33 0.26 0.13 0.12 0.22 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.26 0.16 0.19 0.22 0.06 0.30 0.03 0.34 0.19 0.32 0.21 0.40 0.30 0.15 0.13 0.25 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.18 0.08 0.12 0.16 0.02 0.23 0.02 0.26 0.17 0.24 0.14 0.31 0.25 0.12 0.06 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.21 0.23 0.17 0.23 0.18 0.29 0.17 0.24 0.21 0.17 0.18 0.24 0.20 0.20 0.26 0.22 0.76 1.01 1.50 1.12
C2 0.27 0.18 0.25 0.29 0.20 0.32 0.19 0.38 0.18 0.29 0.19 0.18 0.23 0.25 0.25 0.25 0.31 0.32 0.80 1.13 1.55 1.19
C2' 0.24 0.23 0.23 0.24 0.22 0.25 0.23 0.31 0.21 0.28 0.22 0.22 0.22 0.29 0.25 0.23 0.26 0.27 0.78 0.97 1.49 1.11
C3' 0.25 0.24 0.23 0.25 0.23 0.26 0.23 0.32 0.20 0.29 0.22 0.22 0.21 0.30 0.25 0.24 0.27 0.28 0.79 1.01 1.53 1.14
C4 0.23 0.19 0.21 0.24 0.18 0.28 0.18 0.35 0.17 0.27 0.20 0.16 0.20 0.25 0.22 0.20 0.26 0.28 0.80 1.14 1.57 1.21
C4' 0.18 0.24 0.23 0.25 0.17 0.21 0.17 0.27 0.16 0.22 0.22 0.20 0.17 0.23 0.18 0.24 0.31 0.19 0.72 0.95 1.47 1.09
C5 0.25 0.18 0.22 0.27 0.18 0.31 0.18 0.39 0.17 0.28 0.20 0.17 0.20 0.25 0.23 0.22 0.28 0.31 0.82 1.24 1.61 1.26
C5' 0.19 0.24 0.26 0.29 0.17 0.24 0.17 0.30 0.16 0.23 0.22 0.20 0.17 0.24 0.18 0.26 0.35 0.21 0.76 1.02 1.53 1.14
C6 0.28 0.18 0.25 0.30 0.19 0.35 0.18 0.43 0.18 0.29 0.20 0.17 0.22 0.24 0.25 0.25 0.33 0.34 0.82 1.29 1.61 1.28
C8 0.22 0.19 0.21 0.25 0.17 0.28 0.18 0.36 0.17 0.27 0.21 0.16 0.19 0.25 0.22 0.20 0.27 0.27 0.81 1.19 1.61 1.24
N1 0.29 0.17 0.27 0.33 0.20 0.36 0.18 0.43 0.18 0.29 0.19 0.18 0.23 0.24 0.26 0.27 0.35 0.35 0.81 1.24 1.60 1.26
N3 0.23 0.18 0.21 0.24 0.18 0.27 0.18 0.33 0.18 0.26 0.20 0.17 0.22 0.25 0.22 0.21 0.26 0.27 0.78 1.06 1.52 1.15
N6 0.29 0.18 0.27 0.33 0.19 0.38 0.18 0.47 0.18 0.29 0.20 0.18 0.23 0.23 0.25 0.27 0.36 0.37 0.81 1.36 1.59 1.29
N7 0.24 0.19 0.22 0.26 0.18 0.31 0.18 0.39 0.17 0.28 0.21 0.16 0.19 0.25 0.23 0.21 0.28 0.30 0.82 1.26 1.63 1.28
N9 0.21 0.19 0.20 0.23 0.17 0.26 0.18 0.33 0.17 0.26 0.21 0.16 0.19 0.25 0.21 0.20 0.25 0.26 0.80 1.12 1.57 1.20
O2' 0.23 0.26 0.24 0.23 0.23 0.22 0.22 0.26 0.21 0.24 0.24 0.24 0.23 0.25 0.23 0.26 0.26 0.24 0.67 0.80 1.34 0.96
O3' 0.34 0.31 0.31 0.31 0.31 0.33 0.30 0.36 0.27 0.36 0.28 0.32 0.26 0.35 0.33 0.32 0.32 0.36 0.79 0.94 1.49 1.10
O4' 0.22 0.24 0.27 0.30 0.20 0.27 0.20 0.33 0.19 0.25 0.23 0.21 0.21 0.26 0.22 0.27 0.35 0.25 0.75 0.99 1.49 1.11
O5' 0.22 0.21 0.25 0.31 0.18 0.30 0.20 0.38 0.17 0.29 0.20 0.18 0.18 0.29 0.23 0.24 0.36 0.27 0.84 1.16 1.61 1.24
OP1 0.23 0.22 0.27 0.33 0.18 0.31 0.20 0.40 0.16 0.30 0.20 0.19 0.17 0.30 0.23 0.27 0.39 0.28 0.84 1.18 1.62 1.25
OP2 0.30 0.22 0.27 0.35 0.24 0.39 0.25 0.50 0.20 0.37 0.22 0.21 0.20 0.35 0.30 0.26 0.37 0.38 0.92 1.35 1.71 1.36
P 0.22 0.21 0.24 0.30 0.17 0.31 0.19 0.40 0.16 0.30 0.21 0.17 0.17 0.29 0.23 0.23 0.34 0.29 0.86 1.23 1.65 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.22 0.29 0.21
C2 0.05 0.00 0.15 0.17 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.21 0.05 0.47 0.43 0.83 0.57
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.04 0.13 0.15 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.24 0.26 0.20
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.13 0.11 0.16 0.16 0.13 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.30 0.29 0.23 0.23
C4 0.02 0.02 0.08 0.11 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.45 0.40 0.78 0.55
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.21 0.16 0.08
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.55 0.56 1.01 0.72
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.14 0.14 0.12 0.16 0.15 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.17 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.16 0.04 0.57 0.62 1.10 0.78
C8 0.02 0.02 0.04 0.11 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.05 0.50 0.49 0.85 0.65
N1 0.04 0.01 0.13 0.16 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.19 0.04 0.54 0.54 1.00 0.70
N3 0.04 0.01 0.15 0.16 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.19 0.05 0.41 0.35 0.69 0.48
N6 0.03 0.01 0.09 0.13 0.02 0.09 0.02 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.09 0.17 0.05 0.62 0.73 1.24 0.88
N7 0.02 0.02 0.04 0.11 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.05 0.57 0.63 1.08 0.79
N9 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.39 0.33 0.63 0.47
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.10 0.02 0.13 0.14 0.09 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.37 0.12 0.12
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.16 0.12 0.19 0.19 0.17 0.13 0.07 0.05 0.00 0.02 0.24 0.39 0.23 0.19
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.11 0.29 0.13 0.13
O5' 0.20 0.47 0.24 0.30 0.45 0.02 0.55 0.01 0.57 0.50 0.54 0.41 0.62 0.57 0.39 0.08 0.24 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.43 0.24 0.29 0.40 0.21 0.56 0.17 0.62 0.49 0.54 0.35 0.73 0.63 0.33 0.37 0.39 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.83 0.26 0.23 0.78 0.16 1.01 0.24 1.10 0.85 1.00 0.69 1.24 1.08 0.63 0.12 0.23 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.57 0.20 0.23 0.55 0.08 0.72 0.02 0.78 0.65 0.70 0.48 0.88 0.79 0.47 0.12 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00