ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50967

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 3, 0, 0, 5, 2, 1, 1, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.028, 0.053, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.053 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.032, 0.068, 0.104, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.068 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.021, 0.063, 0.105, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.063 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.035, 0.083, 0.131, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.083 std_dev=0.048
C5 B 0, 0.679, 1.033, 1.387, 1.433 max_d=1.433 avg_d=1.033 std_dev=0.354
N7 B 0, 0.746, 1.125, 1.505, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.125 std_dev=0.379
C6 B 0, 0.608, 0.996, 1.384, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.996 std_dev=0.388
N6 B 0, 0.599, 0.992, 1.385, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.992 std_dev=0.393
C4 B 0, 0.714, 1.107, 1.500, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.107 std_dev=0.393
N9 B 0, 0.806, 1.222, 1.638, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.222 std_dev=0.416
N1 B 0, 0.651, 1.095, 1.539, 1.664 max_d=1.664 avg_d=1.095 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.772, 1.232, 1.693, 1.916 max_d=1.916 avg_d=1.232 std_dev=0.461
N3 B 0, 0.648, 1.145, 1.641, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.145 std_dev=0.496
C2 B 0, 0.650, 1.154, 1.658, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.154 std_dev=0.504
C1' B 0, 0.857, 1.379, 1.901, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.379 std_dev=0.522
C2' A 0, 0.246, 0.826, 1.407, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.826 std_dev=0.581
O5' A 0, 0.793, 1.387, 1.981, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.387 std_dev=0.594
C2' B 0, 0.898, 1.502, 2.105, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.502 std_dev=0.603
O4' A 0, 0.246, 0.859, 1.472, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.859 std_dev=0.613
O2' A 0, 0.571, 1.276, 1.981, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.276 std_dev=0.705
OP2 A 0, 0.885, 1.593, 2.301, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.593 std_dev=0.708
P A 0, 0.994, 1.710, 2.425, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.710 std_dev=0.715
O4' B 0, 0.985, 1.734, 2.483, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.734 std_dev=0.749
C3' B 0, 0.932, 1.743, 2.554, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.743 std_dev=0.811
C4' A 0, 0.434, 1.283, 2.132, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.283 std_dev=0.849
C3' A 0, 0.308, 1.224, 2.141, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.224 std_dev=0.917
C4' B 0, 0.954, 1.891, 2.827, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.891 std_dev=0.937
O2' B 0, 0.719, 1.676, 2.633, 4.813 max_d=4.813 avg_d=1.676 std_dev=0.957
OP1 A 0, 1.087, 2.048, 3.009, 3.535 max_d=3.535 avg_d=2.048 std_dev=0.961
OP2 B 0, 0.711, 1.691, 2.672, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.691 std_dev=0.980
O3' B 0, 1.094, 2.142, 3.190, 3.418 max_d=3.418 avg_d=2.142 std_dev=1.048
O5' B 0, 0.782, 1.837, 2.892, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.837 std_dev=1.055
C5' A 0, 0.780, 1.871, 2.961, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.871 std_dev=1.090
O3' A 0, 0.639, 1.738, 2.836, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.738 std_dev=1.098
P B 0, 0.549, 1.787, 3.025, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.787 std_dev=1.238
C5' B 0, 0.862, 2.163, 3.464, 4.103 max_d=4.103 avg_d=2.163 std_dev=1.301
OP1 B 0, 0.770, 2.370, 3.969, 5.072 max_d=5.072 avg_d=2.370 std_dev=1.600

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.14 0.14 0.28 0.15
C2 0.04 0.00 0.45 0.44 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.18 0.26 0.17 0.25 0.29 0.46 0.28
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.02 0.10 0.17 0.18 0.23 0.34 0.46 0.12 0.14 0.02 0.01 0.03 0.03 0.46 0.46 0.53 0.46
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.36 0.01 0.40 0.03 0.45 0.27 0.47 0.39 0.45 0.35 0.24 0.03 0.01 0.03 0.24 0.23 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.23 0.36 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.15 0.09 0.26 0.27 0.40 0.27
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.16 0.22 0.13 0.10 0.19 0.23 0.11 0.31 0.03 0.01 0.03 0.11 0.21 0.05
C5 0.02 0.02 0.10 0.40 0.00 0.17 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.35 0.19 0.03 0.38 0.40 0.50 0.41
C5' 0.06 0.17 0.17 0.03 0.17 0.01 0.27 0.00 0.27 0.30 0.22 0.13 0.33 0.34 0.15 0.15 0.18 0.03 0.01 0.12 0.20 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.45 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.24 0.07 0.39 0.45 0.57 0.45
C8 0.02 0.02 0.23 0.27 0.02 0.22 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.46 0.14 0.15 0.37 0.34 0.36 0.36
N1 0.03 0.01 0.34 0.47 0.01 0.13 0.02 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.19 0.26 0.13 0.33 0.39 0.54 0.38
N3 0.04 0.01 0.46 0.39 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.21 0.24 0.18 0.20 0.22 0.38 0.22
N6 0.02 0.03 0.12 0.45 0.02 0.19 0.02 0.33 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.42 0.27 0.06 0.45 0.54 0.65 0.54
N7 0.01 0.03 0.14 0.35 0.01 0.23 0.01 0.34 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.50 0.20 0.10 0.45 0.45 0.51 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.24 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.09 0.02 0.23 0.21 0.31 0.22
O2' 0.02 0.18 0.01 0.03 0.17 0.31 0.35 0.15 0.32 0.46 0.19 0.21 0.42 0.50 0.24 0.00 0.05 0.22 0.28 0.34 0.54 0.33
O3' 0.28 0.26 0.03 0.01 0.15 0.03 0.19 0.18 0.24 0.14 0.26 0.24 0.27 0.20 0.09 0.05 0.00 0.17 0.22 0.34 0.33 0.24
O4' 0.01 0.17 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.03 0.07 0.15 0.13 0.18 0.06 0.10 0.02 0.22 0.17 0.00 0.15 0.15 0.32 0.19
O5' 0.14 0.25 0.46 0.24 0.26 0.03 0.38 0.01 0.39 0.37 0.33 0.20 0.45 0.45 0.23 0.28 0.22 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.29 0.46 0.23 0.27 0.11 0.40 0.12 0.45 0.34 0.39 0.22 0.54 0.45 0.21 0.34 0.34 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.46 0.53 0.20 0.40 0.21 0.50 0.20 0.57 0.36 0.54 0.38 0.65 0.51 0.31 0.54 0.33 0.32 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.46 0.16 0.27 0.05 0.41 0.02 0.45 0.36 0.38 0.22 0.54 0.48 0.22 0.33 0.24 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.33 0.32 0.49 0.25 0.23 0.23 0.25 0.26 0.21 0.33 0.30 0.23 0.21 0.23 0.53 0.44 0.16 0.63 1.02 0.95 0.60
C2 0.22 0.22 0.34 0.34 0.20 0.23 0.16 0.23 0.17 0.18 0.20 0.22 0.17 0.14 0.20 0.62 0.33 0.20 0.55 0.91 0.85 0.51
C2' 0.68 0.80 0.81 0.89 0.74 0.63 0.73 0.58 0.79 0.64 0.82 0.77 0.80 0.66 0.69 0.84 0.87 0.54 0.80 1.11 1.05 0.72
C3' 0.40 0.40 0.49 0.64 0.40 0.40 0.40 0.41 0.40 0.41 0.40 0.40 0.39 0.42 0.41 0.50 0.55 0.32 0.71 1.04 1.05 0.67
C4 0.21 0.25 0.31 0.39 0.20 0.23 0.16 0.25 0.18 0.18 0.24 0.24 0.16 0.16 0.19 0.61 0.37 0.18 0.58 0.95 0.91 0.56
C4' 0.33 0.46 0.35 0.53 0.36 0.31 0.33 0.29 0.38 0.28 0.45 0.41 0.35 0.28 0.32 0.47 0.42 0.28 0.66 1.00 0.96 0.60
C5 0.23 0.24 0.36 0.36 0.20 0.26 0.15 0.28 0.17 0.20 0.23 0.23 0.16 0.15 0.20 0.67 0.37 0.23 0.55 0.91 0.89 0.55
C5' 0.33 0.52 0.37 0.52 0.38 0.31 0.35 0.30 0.42 0.27 0.51 0.46 0.39 0.27 0.32 0.53 0.44 0.27 0.66 0.98 0.95 0.59
C6 0.27 0.24 0.42 0.35 0.21 0.29 0.17 0.30 0.17 0.22 0.21 0.24 0.16 0.17 0.23 0.72 0.38 0.29 0.51 0.86 0.83 0.51
C8 0.21 0.29 0.32 0.41 0.20 0.24 0.17 0.28 0.21 0.18 0.28 0.26 0.19 0.16 0.19 0.64 0.39 0.18 0.59 0.97 0.94 0.59
N1 0.27 0.24 0.42 0.34 0.23 0.28 0.18 0.28 0.18 0.22 0.21 0.25 0.18 0.17 0.24 0.70 0.37 0.29 0.51 0.87 0.83 0.50
N3 0.21 0.23 0.30 0.38 0.20 0.21 0.16 0.23 0.17 0.18 0.21 0.23 0.13 0.16 0.19 0.57 0.34 0.17 0.59 0.95 0.89 0.54
N6 0.31 0.25 0.49 0.36 0.24 0.34 0.19 0.35 0.18 0.25 0.22 0.26 0.17 0.19 0.27 0.77 0.41 0.36 0.47 0.80 0.77 0.49
N7 0.22 0.26 0.35 0.37 0.20 0.26 0.15 0.30 0.18 0.19 0.25 0.24 0.17 0.15 0.20 0.68 0.38 0.23 0.55 0.92 0.90 0.56
N9 0.21 0.29 0.30 0.42 0.21 0.22 0.18 0.26 0.22 0.18 0.29 0.26 0.19 0.17 0.20 0.59 0.39 0.15 0.60 0.99 0.94 0.58
O2' 0.66 1.12 0.89 0.89 0.84 0.54 0.80 0.43 1.02 0.53 1.19 0.98 1.04 0.57 0.68 0.91 0.92 0.45 0.67 1.04 0.91 0.58
O3' 0.46 0.52 0.46 0.56 0.45 0.42 0.40 0.39 0.42 0.37 0.49 0.51 0.36 0.35 0.43 0.45 0.42 0.43 0.66 0.91 0.98 0.57
O4' 0.38 0.52 0.37 0.50 0.42 0.34 0.40 0.33 0.45 0.34 0.52 0.47 0.44 0.35 0.37 0.60 0.42 0.35 0.68 1.01 0.96 0.63
O5' 0.27 0.43 0.35 0.41 0.31 0.18 0.28 0.21 0.34 0.22 0.43 0.37 0.33 0.22 0.26 0.62 0.37 0.18 0.56 0.92 0.85 0.50
OP1 0.27 0.44 0.35 0.43 0.31 0.22 0.29 0.27 0.35 0.24 0.44 0.38 0.33 0.24 0.27 0.59 0.39 0.19 0.59 0.94 0.88 0.53
OP2 0.41 0.48 0.47 0.51 0.41 0.39 0.40 0.45 0.43 0.40 0.48 0.44 0.43 0.39 0.41 0.70 0.50 0.37 0.68 1.00 0.95 0.64
P 0.27 0.46 0.36 0.42 0.32 0.22 0.29 0.26 0.37 0.23 0.46 0.39 0.36 0.23 0.27 0.63 0.40 0.18 0.58 0.96 0.86 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.21 0.36 0.30 0.16
C2 0.05 0.00 0.34 0.39 0.01 0.15 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.19 0.28 0.08 0.39 0.59 0.42 0.25
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.19 0.01 0.12 0.19 0.18 0.13 0.28 0.34 0.16 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.44 0.56 0.64 0.50
C3' 0.01 0.39 0.01 0.00 0.31 0.00 0.34 0.02 0.39 0.22 0.41 0.34 0.41 0.28 0.20 0.01 0.01 0.02 0.25 0.39 0.29 0.22
C4 0.03 0.01 0.19 0.31 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.15 0.05 0.37 0.57 0.39 0.22
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.13 0.10 0.14 0.13 0.15 0.11 0.07 0.25 0.02 0.01 0.02 0.19 0.29 0.10
C5 0.02 0.02 0.12 0.34 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.17 0.05 0.44 0.70 0.53 0.30
C5' 0.08 0.17 0.19 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.17 0.14 0.17 0.14 0.19 0.16 0.08 0.07 0.17 0.02 0.01 0.28 0.29 0.03
C6 0.03 0.01 0.18 0.39 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.24 0.05 0.47 0.75 0.58 0.34
C8 0.03 0.02 0.13 0.22 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.25 0.12 0.06 0.42 0.64 0.47 0.26
N1 0.04 0.01 0.28 0.41 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.27 0.07 0.44 0.69 0.52 0.31
N3 0.05 0.00 0.34 0.34 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.25 0.08 0.34 0.52 0.35 0.20
N6 0.03 0.02 0.16 0.41 0.02 0.15 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.25 0.28 0.05 0.51 0.83 0.70 0.41
N7 0.02 0.03 0.07 0.28 0.02 0.11 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.27 0.16 0.06 0.47 0.76 0.61 0.34
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.07 0.02 0.32 0.50 0.33 0.17
O2' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.16 0.25 0.22 0.07 0.22 0.25 0.20 0.17 0.25 0.27 0.16 0.00 0.06 0.18 0.30 0.49 0.76 0.47
O3' 0.26 0.28 0.03 0.01 0.15 0.02 0.17 0.17 0.24 0.12 0.27 0.25 0.28 0.16 0.07 0.06 0.00 0.19 0.27 0.37 0.24 0.20
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06 0.02 0.18 0.19 0.00 0.15 0.27 0.40 0.22
O5' 0.21 0.39 0.44 0.25 0.37 0.02 0.44 0.01 0.47 0.42 0.44 0.34 0.51 0.47 0.32 0.30 0.27 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.59 0.56 0.39 0.57 0.19 0.70 0.28 0.75 0.64 0.69 0.52 0.83 0.76 0.50 0.49 0.37 0.27 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.30 0.42 0.64 0.29 0.39 0.29 0.53 0.29 0.58 0.47 0.52 0.35 0.70 0.61 0.33 0.76 0.24 0.40 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.16 0.25 0.50 0.22 0.22 0.10 0.30 0.03 0.34 0.26 0.31 0.20 0.41 0.34 0.17 0.47 0.20 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00