ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50968

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O2' A 0, 0.038, 0.071, 0.103, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.071 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.028, 0.062, 0.096, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.062 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.017, 0.058, 0.099, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.058 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.035, 0.099, 0.164, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.099 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.027, 0.093, 0.160, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.093 std_dev=0.066
O3' A 0, 0.054, 0.151, 0.248, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.151 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.056, 0.162, 0.267, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.162 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.022, 0.138, 0.255, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.138 std_dev=0.116
P A 0, 0.040, 0.201, 0.361, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.201 std_dev=0.161
C8 B 0, 0.170, 0.354, 0.537, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.354 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.142, 0.327, 0.511, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.327 std_dev=0.184
OP2 A 0, 0.003, 0.194, 0.386, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.194 std_dev=0.191
N9 B 0, 0.142, 0.342, 0.542, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.342 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.154, 0.361, 0.568, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.361 std_dev=0.207
OP1 A 0, 0.051, 0.268, 0.484, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.268 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.098, 0.316, 0.534, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.316 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.174, 0.393, 0.611, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.393 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.113, 0.335, 0.558, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.335 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.162, 0.386, 0.609, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.386 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.161, 0.386, 0.610, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.386 std_dev=0.225
C3' B 0, 0.192, 0.427, 0.661, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.427 std_dev=0.235
C4' B 0, 0.180, 0.414, 0.649, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.414 std_dev=0.235
C6 B 0, 0.087, 0.338, 0.588, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.338 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.127, 0.378, 0.629, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.378 std_dev=0.251
N6 B 0, 0.078, 0.331, 0.583, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.331 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.204, 0.461, 0.718, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.461 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.182, 0.460, 0.738, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.460 std_dev=0.278
C2 B 0, 0.126, 0.411, 0.697, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.411 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.114, 0.400, 0.686, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.400 std_dev=0.286
P B 0, 0.162, 0.475, 0.788, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.475 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.161, 0.488, 0.814, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.488 std_dev=0.326
OP2 B 0, 0.153, 0.617, 1.081, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.617 std_dev=0.464
OP1 B 0, 0.104, 0.637, 1.171, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.637 std_dev=0.534

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.09 0.16 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.09 0.15 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.12 0.18 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.13 0.19 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.14 0.12
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.11 0.18 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.14 0.10
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.15 0.21 0.15
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.13 0.18 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.12 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.07 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.09 0.02 0.04 0.09 0.02 0.12 0.02 0.13 0.10 0.11 0.07 0.15 0.13 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.16 0.04 0.03 0.15 0.01 0.18 0.00 0.19 0.14 0.18 0.14 0.21 0.18 0.12 0.03 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.03 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.13 0.10 0.15 0.14 0.09 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.10 0.10 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.10 0.13 0.05 0.09 0.34 0.23 0.09
C2 0.10 0.10 0.15 0.15 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.06 0.09 0.16 0.18 0.07 0.12 0.41 0.17 0.11
C2' 0.06 0.07 0.10 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.13 0.05 0.09 0.33 0.23 0.09
C3' 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.15 0.10 0.09 0.27 0.29 0.09
C4 0.08 0.08 0.12 0.12 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.05 0.07 0.13 0.16 0.05 0.10 0.37 0.22 0.09
C4' 0.09 0.07 0.10 0.12 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.14 0.11 0.11 0.25 0.32 0.10
C5 0.08 0.10 0.12 0.13 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.11 0.09 0.12 0.06 0.07 0.14 0.16 0.06 0.10 0.35 0.24 0.09
C5' 0.11 0.10 0.12 0.15 0.10 0.14 0.09 0.17 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.11 0.12 0.17 0.14 0.15 0.20 0.38 0.14
C6 0.09 0.11 0.14 0.14 0.08 0.09 0.08 0.10 0.11 0.06 0.12 0.10 0.14 0.06 0.08 0.15 0.18 0.07 0.11 0.37 0.23 0.10
C8 0.07 0.09 0.11 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.12 0.13 0.06 0.08 0.31 0.27 0.08
N1 0.10 0.10 0.15 0.15 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.07 0.10 0.10 0.12 0.06 0.08 0.16 0.19 0.07 0.12 0.39 0.19 0.10
N3 0.09 0.09 0.14 0.14 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.05 0.08 0.14 0.17 0.06 0.12 0.40 0.18 0.11
N6 0.10 0.13 0.14 0.14 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.07 0.14 0.11 0.15 0.07 0.08 0.16 0.18 0.07 0.11 0.36 0.24 0.10
N7 0.08 0.10 0.11 0.11 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.07 0.11 0.09 0.12 0.07 0.07 0.13 0.15 0.06 0.09 0.32 0.27 0.09
N9 0.07 0.08 0.11 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.12 0.14 0.05 0.09 0.34 0.24 0.09
O2' 0.05 0.07 0.10 0.10 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.12 0.05 0.10 0.36 0.19 0.10
O3' 0.12 0.16 0.12 0.13 0.15 0.12 0.14 0.12 0.14 0.11 0.15 0.16 0.12 0.12 0.13 0.12 0.15 0.13 0.11 0.24 0.30 0.09
O4' 0.06 0.07 0.10 0.11 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.13 0.07 0.09 0.29 0.28 0.09
O5' 0.09 0.11 0.12 0.13 0.10 0.11 0.09 0.14 0.10 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.09 0.13 0.16 0.11 0.12 0.21 0.37 0.12
OP1 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.14 0.09 0.20 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.16 0.19 0.17 0.48 0.20
OP2 0.08 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11 0.08 0.13 0.12 0.11 0.08 0.08 0.13 0.13 0.11 0.13 0.19 0.41 0.13
P 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.16 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.08 0.09 0.12 0.14 0.12 0.14 0.18 0.42 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.25 0.11 0.04
C2 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.05 0.14 0.49 0.06 0.16
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.11 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.19 0.11 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.11 0.03
C4 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.10 0.42 0.09 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.11 0.44 0.10 0.12
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.13 0.49 0.08 0.15
C8 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.07 0.32 0.17 0.06
N1 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.04 0.14 0.51 0.07 0.17
N3 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.05 0.12 0.44 0.06 0.14
N6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.13 0.50 0.09 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.38 0.15 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.34 0.12 0.07
O2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.11 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.10 0.04
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.10 0.11 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.10 0.01
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.23 0.11 0.03
O5' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.13 0.07 0.14 0.12 0.13 0.09 0.07 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.25 0.49 0.19 0.14 0.42 0.11 0.44 0.05 0.49 0.32 0.51 0.44 0.50 0.38 0.34 0.14 0.06 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.06 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.17 0.07 0.06 0.09 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.16 0.03 0.03 0.11 0.02 0.12 0.00 0.15 0.06 0.17 0.14 0.16 0.09 0.07 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00