ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50970

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N9 A 0, -0.005, 0.025, 0.055, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.028, 0.112, 0.196, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.112 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.036, 0.123, 0.210, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.123 std_dev=0.087
N6 B 0, 0.074, 0.254, 0.434, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.254 std_dev=0.180
O2' A 0, 0.018, 0.206, 0.393, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.206 std_dev=0.187
C6 B 0, 0.084, 0.298, 0.512, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.298 std_dev=0.214
C4' A 0, 0.062, 0.289, 0.515, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.289 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.100, 0.355, 0.611, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.355 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.053, 0.331, 0.608, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.331 std_dev=0.278
C3' A 0, 0.050, 0.346, 0.641, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.346 std_dev=0.296
C5' A 0, 0.109, 0.408, 0.708, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.408 std_dev=0.300
N7 B 0, 0.032, 0.333, 0.633, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.333 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.127, 0.433, 0.739, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.433 std_dev=0.306
O5' A 0, 0.114, 0.427, 0.740, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.427 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.083, 0.429, 0.776, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.429 std_dev=0.347
N3 B 0, 0.121, 0.481, 0.841, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.481 std_dev=0.360
C8 B 0, 0.072, 0.439, 0.807, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.439 std_dev=0.368
N9 B 0, 0.087, 0.487, 0.887, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.487 std_dev=0.400
P A 0, 0.164, 0.587, 1.009, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.587 std_dev=0.423
OP2 A 0, 0.170, 0.629, 1.088, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.629 std_dev=0.459
O5' B 0, 0.079, 0.546, 1.014, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.546 std_dev=0.468
C1' B 0, 0.102, 0.579, 1.056, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.579 std_dev=0.477
OP1 A 0, 0.200, 0.713, 1.225, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.713 std_dev=0.512
C2' B 0, -0.034, 0.502, 1.037, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.502 std_dev=0.535
O3' A 0, 0.068, 0.622, 1.176, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.622 std_dev=0.554
O4' B 0, 0.186, 0.755, 1.324, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.755 std_dev=0.569
C3' B 0, 0.099, 0.672, 1.246, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.672 std_dev=0.574
P B 0, 0.162, 0.744, 1.326, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.744 std_dev=0.582
O2' B 0, -0.062, 0.524, 1.109, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.524 std_dev=0.586
OP1 B 0, 0.176, 0.770, 1.364, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.770 std_dev=0.594
C4' B 0, 0.180, 0.794, 1.407, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.794 std_dev=0.614
O3' B 0, 0.151, 0.787, 1.423, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.787 std_dev=0.636
OP2 B 0, 0.236, 0.891, 1.546, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.891 std_dev=0.655
C5' B 0, 0.258, 0.932, 1.606, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.932 std_dev=0.674

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C2 0.01 0.00 0.07 0.18 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.20 0.05 0.17 0.21 0.26 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.25 0.20 0.22 0.15 0.27 0.24 0.15 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.13 0.08
C4 0.00 0.01 0.06 0.18 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.20 0.03 0.16 0.19 0.19 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.10 0.14 0.07 0.02 0.13 0.15 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.06 0.23 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.29 0.02 0.23 0.27 0.29 0.27
C5' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.18 0.19 0.14 0.06 0.22 0.22 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.32 0.03 0.25 0.31 0.35 0.31
C8 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.24 0.03 0.21 0.21 0.15 0.21
N1 0.01 0.00 0.07 0.22 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.27 0.04 0.22 0.27 0.32 0.27
N3 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.05 0.13 0.16 0.18 0.15
N6 0.01 0.00 0.07 0.27 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.37 0.02 0.29 0.37 0.41 0.36
N7 0.01 0.02 0.05 0.24 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.01 0.27 0.30 0.29 0.31
N9 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.12 0.13 0.10 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.05 0.09 0.06 0.06
O3' 0.01 0.20 0.02 0.00 0.20 0.01 0.29 0.04 0.32 0.24 0.27 0.14 0.37 0.32 0.15 0.09 0.00 0.02 0.16 0.18 0.27 0.18
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.06 0.02 0.09 0.06
O5' 0.01 0.17 0.02 0.08 0.16 0.00 0.23 0.01 0.25 0.21 0.22 0.13 0.29 0.27 0.12 0.05 0.16 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.21 0.04 0.08 0.19 0.04 0.27 0.04 0.31 0.21 0.27 0.16 0.37 0.30 0.13 0.09 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.26 0.04 0.13 0.19 0.01 0.29 0.00 0.35 0.15 0.32 0.18 0.41 0.29 0.10 0.06 0.27 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.21 0.03 0.08 0.18 0.00 0.27 0.00 0.31 0.21 0.27 0.15 0.36 0.31 0.12 0.06 0.18 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.22 0.12 0.13 0.18 0.16 0.18 0.18 0.20 0.16 0.22 0.20 0.19 0.16 0.17 0.12 0.10 0.18 0.20 0.25 0.28 0.23
C2 0.10 0.07 0.09 0.13 0.07 0.15 0.07 0.18 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.14 0.18 0.25 0.26 0.22
C2' 0.16 0.16 0.09 0.12 0.16 0.17 0.17 0.21 0.17 0.18 0.16 0.16 0.15 0.17 0.17 0.08 0.09 0.20 0.21 0.26 0.30 0.25
C3' 0.12 0.06 0.05 0.07 0.11 0.15 0.13 0.21 0.11 0.17 0.07 0.08 0.12 0.17 0.13 0.04 0.05 0.18 0.22 0.29 0.34 0.28
C4 0.14 0.15 0.12 0.15 0.13 0.17 0.13 0.20 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.11 0.14 0.17 0.21 0.27 0.28 0.25
C4' 0.09 0.13 0.04 0.04 0.11 0.07 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.10 0.04 0.08 0.13 0.13 0.19 0.24 0.18
C5 0.12 0.14 0.11 0.15 0.11 0.16 0.12 0.20 0.14 0.11 0.15 0.12 0.14 0.11 0.11 0.11 0.15 0.15 0.20 0.27 0.28 0.24
C5' 0.10 0.12 0.04 0.04 0.11 0.09 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.04 0.07 0.14 0.17 0.23 0.28 0.23
C6 0.09 0.09 0.09 0.14 0.07 0.15 0.07 0.19 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.14 0.12 0.18 0.25 0.25 0.22
C8 0.15 0.19 0.13 0.15 0.15 0.17 0.15 0.20 0.18 0.14 0.20 0.17 0.18 0.14 0.14 0.12 0.14 0.17 0.21 0.28 0.29 0.25
N1 0.08 0.07 0.08 0.13 0.05 0.14 0.05 0.18 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.06 0.06 0.08 0.14 0.12 0.17 0.24 0.24 0.22
N3 0.13 0.12 0.11 0.14 0.12 0.16 0.12 0.20 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.17 0.20 0.26 0.28 0.24
N6 0.08 0.09 0.08 0.13 0.06 0.14 0.06 0.18 0.09 0.06 0.10 0.07 0.11 0.06 0.06 0.08 0.15 0.11 0.16 0.24 0.22 0.21
N7 0.13 0.16 0.12 0.16 0.13 0.17 0.13 0.21 0.16 0.13 0.17 0.15 0.16 0.12 0.12 0.12 0.15 0.16 0.21 0.28 0.28 0.25
N9 0.15 0.19 0.12 0.15 0.16 0.17 0.16 0.20 0.18 0.15 0.20 0.18 0.18 0.15 0.15 0.12 0.13 0.18 0.21 0.27 0.29 0.25
O2' 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.11 0.06 0.04 0.08 0.14 0.07
O3' 0.05 0.13 0.17 0.11 0.06 0.05 0.06 0.11 0.07 0.10 0.13 0.09 0.08 0.11 0.06 0.20 0.18 0.09 0.13 0.19 0.28 0.20
O4' 0.14 0.23 0.08 0.08 0.17 0.11 0.16 0.12 0.19 0.13 0.24 0.20 0.17 0.13 0.15 0.09 0.05 0.15 0.15 0.21 0.23 0.19
O5' 0.17 0.16 0.09 0.12 0.17 0.19 0.19 0.24 0.18 0.21 0.17 0.16 0.18 0.21 0.18 0.08 0.08 0.23 0.27 0.34 0.38 0.33
OP1 0.18 0.15 0.09 0.12 0.18 0.20 0.20 0.25 0.19 0.22 0.16 0.16 0.19 0.22 0.19 0.08 0.08 0.24 0.29 0.37 0.41 0.36
OP2 0.25 0.20 0.17 0.22 0.23 0.29 0.24 0.36 0.23 0.28 0.21 0.21 0.23 0.27 0.25 0.16 0.18 0.31 0.38 0.47 0.49 0.45
P 0.18 0.16 0.10 0.13 0.18 0.21 0.19 0.26 0.19 0.22 0.17 0.17 0.19 0.22 0.19 0.09 0.09 0.24 0.30 0.38 0.42 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C2 0.05 0.00 0.14 0.12 0.00 0.08 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.04 0.04 0.04 0.15 0.07
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.03 0.12 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.10 0.10 0.07
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.11 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.12 0.12
C4 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.04 0.14 0.07
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.08 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.09 0.18 0.10
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.05 0.11 0.20 0.11
C8 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03 0.07 0.15 0.09
N1 0.04 0.01 0.12 0.10 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.04 0.08 0.18 0.09
N3 0.05 0.01 0.12 0.11 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.05 0.02 0.12 0.07
N6 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.07 0.16 0.24 0.15
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.12 0.19 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.07
O2' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.03 0.13 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.07 0.04
O3' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.06 0.13 0.13 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.19 0.23 0.17 0.19
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.12 0.08 0.10
O5' 0.04 0.04 0.07 0.13 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.19 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.10 0.14 0.04 0.07 0.09 0.11 0.11 0.07 0.08 0.02 0.16 0.12 0.02 0.09 0.23 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.10 0.12 0.14 0.02 0.18 0.03 0.20 0.15 0.18 0.12 0.24 0.19 0.11 0.07 0.17 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.07 0.12 0.07 0.01 0.10 0.02 0.11 0.09 0.09 0.07 0.15 0.12 0.07 0.04 0.19 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00