ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50974

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 13, 17, 11, 13, 7, 7, 4, 5, 7, 8, 3, 0, 1, 4, 3, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.006, 0.026, 0.047, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.033 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.026, 0.255, 0.483, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.255 std_dev=0.229
C2' A 0, 0.067, 0.305, 0.543, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.305 std_dev=0.238
O2' A 0, 0.133, 0.397, 0.662, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.397 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.410, 0.720, 1.029, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.720 std_dev=0.310
C4 B 0, 0.452, 0.782, 1.111, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.782 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.054, 0.389, 0.725, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.389 std_dev=0.336
C3' A 0, 0.070, 0.448, 0.826, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.448 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.527, 0.919, 1.312, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.919 std_dev=0.392
C2 B 0, 0.392, 0.789, 1.185, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.789 std_dev=0.397
N4 B 0, 0.461, 0.863, 1.264, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.863 std_dev=0.401
C6 B 0, 0.533, 0.950, 1.366, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.950 std_dev=0.417
N1 B 0, 0.431, 0.887, 1.342, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.887 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.127, 0.641, 1.155, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.641 std_dev=0.514
O2 B 0, 0.361, 0.896, 1.431, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.896 std_dev=0.535
C5' A 0, 0.086, 0.700, 1.314, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.700 std_dev=0.614
C1' B 0, 0.415, 1.088, 1.762, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.088 std_dev=0.673
O5' B 0, 0.519, 1.201, 1.882, 3.117 max_d=3.117 avg_d=1.201 std_dev=0.682
C3' B 0, 0.277, 0.977, 1.677, 3.059 max_d=3.059 avg_d=0.977 std_dev=0.700
O4' B 0, 0.571, 1.304, 2.037, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.304 std_dev=0.733
O5' A 0, 0.080, 0.822, 1.563, 3.032 max_d=3.032 avg_d=0.822 std_dev=0.742
C2' B 0, 0.216, 0.985, 1.754, 3.176 max_d=3.176 avg_d=0.985 std_dev=0.769
C4' B 0, 0.465, 1.235, 2.006, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.235 std_dev=0.770
C5' B 0, 0.517, 1.291, 2.065, 3.357 max_d=3.357 avg_d=1.291 std_dev=0.774
P B 0, 0.551, 1.372, 2.192, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.372 std_dev=0.820
OP2 B 0, 0.487, 1.360, 2.233, 3.853 max_d=3.853 avg_d=1.360 std_dev=0.873
P A 0, 0.135, 1.069, 2.004, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.069 std_dev=0.934
O3' B 0, 0.154, 1.149, 2.143, 3.657 max_d=3.657 avg_d=1.149 std_dev=0.994
OP1 B 0, 0.531, 1.527, 2.524, 4.451 max_d=4.451 avg_d=1.527 std_dev=0.997
OP1 A 0, 0.278, 1.304, 2.331, 4.335 max_d=4.335 avg_d=1.304 std_dev=1.027
O2' B 0, 0.279, 1.353, 2.427, 4.262 max_d=4.262 avg_d=1.353 std_dev=1.074
OP2 A 0, 0.164, 1.368, 2.573, 6.805 max_d=6.805 avg_d=1.368 std_dev=1.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.28 0.23 0.20
C2 0.02 0.00 0.14 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.02 0.45 0.62 0.73 0.55
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.11 0.15 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.25 0.20 0.22
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.11 0.12 0.17 0.19 0.10 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.30 0.32 0.17 0.26
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.44 0.60 0.63 0.50
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.14 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.53 0.77 0.81 0.63
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.20 0.15 0.20 0.15 0.22 0.18 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.21 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.56 0.82 0.91 0.68
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.50 0.70 0.62 0.53
N1 0.02 0.00 0.11 0.17 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.02 0.52 0.74 0.86 0.64
N3 0.02 0.00 0.15 0.19 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.02 0.39 0.53 0.60 0.46
N6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.11 0.03 0.61 0.92 1.02 0.76
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.57 0.84 0.82 0.65
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.38 0.52 0.47 0.41
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.10 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.08 0.17 0.13 0.10
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.11 0.02 0.08 0.03 0.12 0.13 0.19 0.21 0.11 0.11 0.04 0.05 0.00 0.02 0.26 0.43 0.23 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.22 0.21 0.13
O5' 0.18 0.45 0.23 0.30 0.44 0.02 0.53 0.01 0.56 0.50 0.52 0.39 0.61 0.57 0.38 0.08 0.26 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.62 0.25 0.32 0.60 0.14 0.77 0.21 0.82 0.70 0.74 0.53 0.92 0.84 0.52 0.17 0.43 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.73 0.20 0.17 0.63 0.21 0.81 0.37 0.91 0.62 0.86 0.60 1.02 0.82 0.47 0.13 0.23 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.55 0.22 0.26 0.50 0.05 0.63 0.01 0.68 0.53 0.64 0.46 0.76 0.65 0.41 0.10 0.24 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.22 0.31 0.29 0.15 0.22 0.17 0.20 0.18 0.21 0.16 0.20 0.28 0.43 0.30 0.22 0.33 0.45 0.46 0.45
C2 0.20 0.19 0.18 0.22 0.16 0.19 0.17 0.28 0.18 0.18 0.18 0.17 0.22 0.26 0.22 0.22 0.36 0.54 0.48 0.42
C2' 0.15 0.13 0.19 0.19 0.16 0.13 0.16 0.19 0.12 0.12 0.12 0.22 0.20 0.31 0.19 0.14 0.34 0.45 0.52 0.45
C3' 0.15 0.14 0.21 0.22 0.19 0.15 0.19 0.20 0.16 0.14 0.16 0.24 0.19 0.30 0.24 0.15 0.35 0.45 0.54 0.46
C4 0.16 0.16 0.20 0.23 0.13 0.13 0.15 0.21 0.14 0.14 0.15 0.15 0.19 0.31 0.23 0.15 0.33 0.50 0.44 0.43
C4' 0.25 0.17 0.33 0.31 0.14 0.24 0.15 0.19 0.15 0.18 0.12 0.21 0.25 0.44 0.35 0.22 0.31 0.42 0.51 0.44
C5 0.16 0.16 0.20 0.22 0.14 0.14 0.15 0.22 0.15 0.15 0.15 0.15 0.19 0.30 0.23 0.15 0.34 0.52 0.46 0.44
C5' 0.25 0.16 0.36 0.35 0.14 0.27 0.14 0.21 0.15 0.17 0.12 0.21 0.23 0.47 0.42 0.23 0.31 0.41 0.51 0.44
C6 0.18 0.17 0.18 0.22 0.15 0.16 0.17 0.27 0.17 0.17 0.16 0.16 0.20 0.27 0.22 0.19 0.36 0.55 0.49 0.44
C8 0.21 0.18 0.27 0.26 0.14 0.17 0.15 0.19 0.15 0.17 0.15 0.17 0.23 0.39 0.29 0.17 0.32 0.48 0.46 0.45
N1 0.21 0.19 0.18 0.23 0.16 0.20 0.18 0.30 0.19 0.19 0.18 0.17 0.22 0.26 0.22 0.23 0.38 0.57 0.50 0.44
N3 0.16 0.17 0.18 0.22 0.14 0.14 0.15 0.23 0.14 0.15 0.16 0.14 0.19 0.28 0.21 0.16 0.34 0.50 0.44 0.41
N6 0.18 0.18 0.18 0.22 0.16 0.17 0.18 0.28 0.18 0.17 0.17 0.16 0.21 0.27 0.22 0.21 0.37 0.58 0.51 0.46
N7 0.17 0.17 0.23 0.24 0.14 0.14 0.15 0.20 0.14 0.15 0.14 0.15 0.21 0.35 0.26 0.15 0.33 0.51 0.46 0.44
N9 0.20 0.18 0.26 0.26 0.14 0.16 0.15 0.19 0.14 0.16 0.14 0.17 0.23 0.37 0.27 0.16 0.32 0.47 0.45 0.44
O2' 0.20 0.17 0.21 0.20 0.17 0.15 0.16 0.17 0.13 0.15 0.13 0.24 0.28 0.35 0.20 0.18 0.33 0.43 0.52 0.44
O3' 0.21 0.22 0.29 0.30 0.26 0.23 0.27 0.28 0.25 0.22 0.24 0.29 0.25 0.33 0.36 0.23 0.42 0.49 0.61 0.50
O4' 0.31 0.24 0.38 0.36 0.17 0.29 0.20 0.24 0.22 0.24 0.17 0.22 0.31 0.50 0.41 0.27 0.36 0.46 0.50 0.48
O5' 0.23 0.20 0.28 0.29 0.20 0.20 0.20 0.18 0.17 0.19 0.19 0.26 0.26 0.38 0.34 0.21 0.32 0.44 0.53 0.46
OP1 0.36 0.25 0.47 0.46 0.25 0.37 0.25 0.30 0.23 0.26 0.21 0.34 0.34 0.58 0.55 0.34 0.33 0.44 0.56 0.44
OP2 0.32 0.26 0.41 0.42 0.34 0.34 0.35 0.35 0.31 0.28 0.26 0.43 0.31 0.49 0.50 0.33 0.45 0.58 0.62 0.57
P 0.24 0.20 0.31 0.32 0.24 0.22 0.24 0.20 0.20 0.19 0.21 0.32 0.25 0.41 0.39 0.23 0.33 0.46 0.55 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.16 0.00 0.17 0.16 0.30 0.19
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.02 0.32 0.36 0.41 0.38
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.13 0.07 0.02 0.07 0.05 0.14 0.00 0.03 0.01 0.28 0.30 0.54 0.38
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.17 0.00 0.22 0.02 0.21 0.11 0.12 0.18 0.13 0.02 0.01 0.01 0.14 0.19 0.33 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.12 0.03 0.30 0.40 0.44 0.34
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.16 0.02 0.00 0.01 0.10 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.04 0.25 0.33 0.53 0.29
C5' 0.07 0.16 0.13 0.02 0.18 0.01 0.16 0.00 0.13 0.12 0.18 0.20 0.16 0.06 0.12 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.22 0.24 0.40 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.23 0.25 0.29 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.12 0.00 0.04 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.10 0.02 0.34 0.42 0.42 0.40
N4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.15 0.03 0.31 0.46 0.50 0.37
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.22 0.05 0.34 0.38 0.54 0.44
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.16 0.16 0.09 0.06 0.05 0.09 0.21 0.17 0.28 0.00 0.07 0.11 0.20 0.23 0.63 0.36
O3' 0.16 0.12 0.03 0.01 0.12 0.02 0.16 0.12 0.13 0.06 0.10 0.15 0.22 0.07 0.00 0.15 0.24 0.37 0.31 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.11 0.15 0.00 0.09 0.07 0.20 0.11
O5' 0.17 0.32 0.28 0.14 0.30 0.01 0.25 0.01 0.22 0.23 0.34 0.31 0.34 0.20 0.24 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.36 0.30 0.19 0.40 0.10 0.33 0.08 0.24 0.25 0.42 0.46 0.38 0.23 0.37 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.41 0.54 0.33 0.44 0.22 0.53 0.18 0.40 0.29 0.42 0.50 0.54 0.63 0.31 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.38 0.15 0.34 0.04 0.29 0.01 0.23 0.24 0.40 0.37 0.44 0.36 0.22 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00