ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50975

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 13, 24, 11, 2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.005, 0.007, 0.020, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.007 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.001, 0.015, 0.030, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.040, 0.094, 0.147, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.094 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.045, 0.112, 0.179, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.112 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.092, 0.171, 0.250, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.171 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.086, 0.172, 0.258, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.172 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.095, 0.186, 0.277, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.186 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.141, 0.264, 0.387, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.264 std_dev=0.123
O5' A 0, 0.120, 0.248, 0.376, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.248 std_dev=0.128
N3 B 0, 0.093, 0.222, 0.350, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.222 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.107, 0.239, 0.371, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.239 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.058, 0.218, 0.378, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.218 std_dev=0.160
P A 0, 0.187, 0.350, 0.512, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.350 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.302, 0.465, 0.627, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.465 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.074, 0.243, 0.411, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.243 std_dev=0.169
N4 B 0, 0.072, 0.254, 0.437, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.254 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.090, 0.288, 0.486, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.288 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.078, 0.277, 0.475, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.277 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.111, 0.315, 0.518, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.315 std_dev=0.203
O2 B 0, 0.095, 0.309, 0.523, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.309 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.092, 0.349, 0.606, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.349 std_dev=0.257
O4' B 0, 0.112, 0.399, 0.685, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.399 std_dev=0.286
C2' B 0, 0.117, 0.407, 0.696, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.407 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.184, 0.503, 0.823, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.503 std_dev=0.320
C3' B 0, 0.144, 0.464, 0.783, 2.430 max_d=2.430 avg_d=0.464 std_dev=0.320
O5' B 0, 0.200, 0.520, 0.840, 2.273 max_d=2.273 avg_d=0.520 std_dev=0.320
C4' B 0, 0.159, 0.488, 0.817, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.488 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.128, 0.460, 0.792, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.460 std_dev=0.332
C5' B 0, 0.201, 0.547, 0.893, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.547 std_dev=0.346
P B 0, 0.209, 0.563, 0.917, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.563 std_dev=0.354
OP2 B 0, 0.264, 0.622, 0.979, 2.321 max_d=2.321 avg_d=0.622 std_dev=0.357
O3' B 0, 0.167, 0.535, 0.903, 2.871 max_d=2.871 avg_d=0.535 std_dev=0.368
OP1 B 0, 0.121, 0.587, 1.052, 3.444 max_d=3.444 avg_d=0.587 std_dev=0.465

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.18 0.06
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.10 0.08 0.18 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.20 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.20 0.06
C4 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.07 0.17 0.07
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.07 0.16 0.07
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.07 0.16 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.07 0.16 0.07
N1 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.10 0.07 0.17 0.08
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.09 0.08 0.18 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.11 0.08 0.16 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.08 0.16 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.17 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.19 0.05
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.07 0.19 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.18 0.07
O5' 0.04 0.10 0.04 0.06 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.18 0.20 0.20 0.17 0.15 0.16 0.08 0.16 0.16 0.17 0.18 0.16 0.16 0.17 0.19 0.19 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.19 0.21 0.08
C2 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.10 0.13 0.31 0.23 0.14
C2' 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.22 0.21 0.09
C3' 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.12 0.07 0.11 0.10 0.07 0.07 0.20 0.20 0.08
C4 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.09 0.24 0.22 0.10
C4' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.15 0.20 0.07
C5 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.08 0.11 0.26 0.20 0.12
C5' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.14 0.21 0.07
C6 0.09 0.08 0.11 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09 0.13 0.30 0.20 0.14
C8 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.10 0.10 0.10 0.07 0.09 0.20 0.20 0.09
N1 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.10 0.14 0.33 0.21 0.15
N3 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.27 0.24 0.11
N6 0.09 0.08 0.11 0.13 0.08 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.14 0.09 0.15 0.31 0.18 0.16
N7 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.11 0.11 0.08 0.10 0.23 0.20 0.11
N9 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.12 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.21 0.21 0.08
O2' 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.14 0.14 0.09 0.09 0.21 0.21 0.10
O3' 0.09 0.08 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.09 0.14 0.07 0.13 0.12 0.08 0.07 0.20 0.20 0.08
O4' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.13 0.13 0.12 0.10 0.09 0.09 0.16 0.21 0.08
O5' 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.12 0.11 0.12 0.11 0.08 0.09 0.16 0.20 0.09
OP1 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.12 0.14 0.15 0.13 0.09 0.10 0.17 0.17 0.10
OP2 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16 0.20 0.17 0.15 0.18 0.17 0.19 0.30 0.17
P 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.12 0.11 0.09 0.09 0.08 0.13 0.22 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.14 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.19 0.15 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.22 0.26 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.09 0.22 0.28 0.08
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.20 0.21 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.18 0.14 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.21 0.21 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.08 0.23 0.30 0.08
O2 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.03 0.06 0.18 0.12 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.10 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.05 0.10 0.04 0.00 0.01 0.05 0.11 0.17 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.15 0.05 0.04
O5' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.19 0.08 0.06 0.22 0.06 0.22 0.04 0.20 0.18 0.21 0.23 0.18 0.07 0.11 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.15 0.08 0.11 0.26 0.09 0.28 0.13 0.21 0.14 0.21 0.30 0.12 0.10 0.17 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00