ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50976

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 5, 3, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.017, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.017, 0.027, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.020, 0.030, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.019, 0.031, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.025, 0.037, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.037 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.036, 0.056, 0.075, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.056 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.029, 0.050, 0.071, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.050 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.035, 0.057, 0.078, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.057 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.020, 0.138, 0.255, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.138 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.016, 0.160, 0.303, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.160 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.026, 0.197, 0.368, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.197 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.290, 0.481, 0.672, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.481 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.073, 0.266, 0.459, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.266 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.260, 0.459, 0.657, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.459 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.288, 0.503, 0.719, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.503 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.270, 0.485, 0.701, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.485 std_dev=0.215
C3' A 0, 0.045, 0.264, 0.483, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.264 std_dev=0.219
O4' B 0, 0.334, 0.564, 0.793, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.564 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.269, 0.503, 0.738, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.503 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.233, 0.487, 0.741, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.487 std_dev=0.254
N4 B 0, 0.289, 0.544, 0.799, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.544 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.307, 0.563, 0.818, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.563 std_dev=0.256
C5' B 0, 0.397, 0.660, 0.923, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.660 std_dev=0.263
O5' B 0, 0.512, 0.820, 1.128, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.820 std_dev=0.308
O3' A 0, 0.101, 0.417, 0.732, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.417 std_dev=0.316
C5' A 0, 0.142, 0.477, 0.811, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.477 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.252, 0.597, 0.943, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.597 std_dev=0.345
O2 B 0, 0.220, 0.577, 0.933, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.577 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.348, 0.721, 1.094, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.721 std_dev=0.373
C3' B 0, 0.310, 0.729, 1.147, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.729 std_dev=0.419
O2' B 0, 0.542, 1.037, 1.532, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.037 std_dev=0.495
P B 0, 0.435, 1.049, 1.662, 2.546 max_d=2.546 avg_d=1.049 std_dev=0.614
O5' A 0, 0.124, 0.747, 1.371, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.747 std_dev=0.623
OP1 B 0, 0.630, 1.256, 1.883, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.256 std_dev=0.627
O3' B 0, 0.423, 1.068, 1.713, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.068 std_dev=0.645
OP2 B 0, 0.490, 1.274, 2.058, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.274 std_dev=0.784
P A 0, 0.162, 1.131, 2.099, 4.043 max_d=4.043 avg_d=1.131 std_dev=0.969
OP2 A 0, 0.902, 1.935, 2.967, 4.360 max_d=4.360 avg_d=1.935 std_dev=1.032
OP1 A 0, 1.260, 2.551, 3.843, 4.691 max_d=4.691 avg_d=2.551 std_dev=1.292

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.27 0.27 0.23 0.21
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.13 0.04 0.44 0.44 0.67 0.45
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.11 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.12 0.17 0.13
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.13 0.09 0.09 0.09 0.12 0.06 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.21 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.45 0.44 0.68 0.45
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.05 0.04 0.09 0.11 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.22 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.52 0.60 0.92 0.58
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.13 0.07 0.20 0.21 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.18 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.54 0.64 0.98 0.61
C8 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.04 0.50 0.56 0.85 0.53
N1 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.11 0.04 0.50 0.55 0.85 0.55
N3 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.12 0.04 0.40 0.38 0.55 0.38
N6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.09 0.05 0.58 0.76 1.13 0.70
N7 0.02 0.02 0.04 0.12 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.13 0.04 0.54 0.69 1.04 0.63
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.42 0.39 0.59 0.40
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.12 0.13 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.25 0.27 0.12
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.14 0.11 0.12 0.09 0.13 0.05 0.04 0.00 0.02 0.25 0.37 0.38 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.27 0.34 0.13 0.19
O5' 0.27 0.44 0.16 0.15 0.45 0.01 0.52 0.01 0.54 0.50 0.50 0.40 0.58 0.54 0.42 0.05 0.25 0.27 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.27 0.44 0.12 0.16 0.44 0.22 0.60 0.18 0.64 0.56 0.55 0.38 0.76 0.69 0.39 0.25 0.37 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.67 0.17 0.21 0.68 0.23 0.92 0.34 0.98 0.85 0.85 0.55 1.13 1.04 0.59 0.27 0.38 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.45 0.13 0.13 0.45 0.07 0.58 0.02 0.61 0.53 0.55 0.38 0.70 0.63 0.40 0.12 0.19 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.13 0.13 0.22 0.12 0.22 0.15 0.19 0.15 0.17 0.28 0.19 0.21 0.15 0.15 0.21 0.26 0.39 0.29
C2 0.15 0.19 0.14 0.17 0.16 0.14 0.17 0.17 0.15 0.15 0.20 0.18 0.24 0.17 0.24 0.15 0.22 0.31 0.39 0.29
C2' 0.14 0.12 0.18 0.17 0.21 0.14 0.21 0.14 0.18 0.14 0.14 0.27 0.15 0.25 0.20 0.14 0.16 0.22 0.36 0.24
C3' 0.17 0.12 0.22 0.20 0.20 0.16 0.19 0.13 0.16 0.14 0.14 0.27 0.15 0.32 0.24 0.15 0.13 0.17 0.32 0.20
C4 0.13 0.14 0.13 0.14 0.16 0.12 0.20 0.16 0.17 0.14 0.13 0.21 0.18 0.18 0.19 0.14 0.21 0.28 0.39 0.29
C4' 0.15 0.12 0.18 0.15 0.17 0.12 0.16 0.09 0.13 0.11 0.14 0.24 0.18 0.30 0.19 0.13 0.12 0.15 0.29 0.18
C5 0.14 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.19 0.16 0.17 0.14 0.13 0.20 0.18 0.18 0.21 0.14 0.21 0.29 0.39 0.29
C5' 0.18 0.12 0.22 0.17 0.17 0.15 0.16 0.10 0.13 0.12 0.14 0.25 0.19 0.35 0.22 0.16 0.10 0.13 0.28 0.16
C6 0.14 0.15 0.13 0.16 0.15 0.13 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.18 0.19 0.17 0.23 0.14 0.21 0.30 0.38 0.29
C8 0.14 0.14 0.13 0.15 0.20 0.13 0.22 0.17 0.19 0.15 0.15 0.25 0.18 0.20 0.19 0.15 0.23 0.30 0.41 0.31
N1 0.15 0.18 0.14 0.18 0.16 0.14 0.17 0.17 0.15 0.15 0.19 0.18 0.23 0.17 0.25 0.15 0.22 0.32 0.39 0.30
N3 0.14 0.16 0.13 0.15 0.15 0.12 0.18 0.16 0.16 0.14 0.15 0.19 0.21 0.17 0.21 0.14 0.21 0.28 0.38 0.28
N6 0.14 0.16 0.14 0.16 0.16 0.13 0.18 0.17 0.16 0.14 0.16 0.18 0.20 0.18 0.24 0.15 0.21 0.31 0.38 0.29
N7 0.14 0.14 0.14 0.15 0.18 0.13 0.21 0.17 0.18 0.15 0.14 0.22 0.17 0.19 0.20 0.15 0.22 0.30 0.40 0.30
N9 0.14 0.14 0.13 0.14 0.20 0.13 0.22 0.17 0.19 0.15 0.15 0.26 0.17 0.20 0.17 0.15 0.22 0.29 0.41 0.30
O2' 0.15 0.10 0.20 0.20 0.18 0.15 0.19 0.13 0.16 0.14 0.12 0.22 0.15 0.26 0.23 0.13 0.14 0.18 0.31 0.21
O3' 0.25 0.19 0.34 0.33 0.20 0.26 0.19 0.22 0.19 0.20 0.17 0.25 0.23 0.43 0.38 0.22 0.18 0.19 0.31 0.21
O4' 0.16 0.18 0.14 0.12 0.22 0.12 0.22 0.15 0.19 0.16 0.21 0.28 0.23 0.24 0.15 0.16 0.21 0.26 0.39 0.28
O5' 0.21 0.14 0.23 0.22 0.20 0.20 0.19 0.18 0.16 0.15 0.15 0.29 0.22 0.30 0.26 0.20 0.17 0.23 0.32 0.22
OP1 0.57 0.40 0.68 0.67 0.31 0.61 0.34 0.56 0.40 0.45 0.31 0.33 0.49 0.78 0.77 0.54 0.54 0.64 0.63 0.57
OP2 0.75 0.54 0.87 0.87 0.31 0.82 0.36 0.77 0.49 0.59 0.37 0.30 0.69 0.95 0.97 0.73 0.71 0.79 0.64 0.68
P 0.40 0.28 0.48 0.47 0.20 0.44 0.22 0.41 0.27 0.31 0.20 0.24 0.38 0.53 0.54 0.39 0.38 0.45 0.41 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.16 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.04 0.12 0.12 0.18 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.14 0.01 0.03 0.01 0.05 0.14 0.14 0.07
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.14 0.08 0.15 0.14 0.15 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.13 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.03 0.17 0.16 0.23 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.06 0.08 0.05 0.08 0.02 0.01 0.02 0.13 0.08 0.03
C5 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.19 0.06 0.17 0.16 0.24 0.18
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.08 0.13 0.04 0.08 0.03 0.02 0.00 0.11 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.17 0.06 0.13 0.11 0.21 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.17 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.15 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.17 0.03 0.16 0.15 0.21 0.15
N4 0.02 0.01 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.20 0.04 0.19 0.20 0.27 0.21
O2 0.05 0.01 0.14 0.15 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.18 0.09 0.10 0.13 0.18 0.10
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.08 0.04 0.08 0.05 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.09 0.07 0.06 0.20 0.13 0.09
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.18 0.02 0.19 0.03 0.17 0.08 0.17 0.20 0.18 0.09 0.00 0.02 0.11 0.28 0.29 0.21
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.09 0.07 0.02 0.00 0.07 0.08 0.18 0.09
O5' 0.06 0.12 0.05 0.05 0.17 0.02 0.17 0.00 0.13 0.09 0.16 0.19 0.10 0.06 0.11 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.12 0.14 0.17 0.16 0.13 0.16 0.11 0.11 0.08 0.15 0.20 0.13 0.20 0.28 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.18 0.14 0.13 0.23 0.08 0.24 0.05 0.21 0.17 0.21 0.27 0.18 0.13 0.29 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.07 0.09 0.18 0.03 0.18 0.02 0.13 0.08 0.15 0.21 0.10 0.09 0.21 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00