ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50977

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.012
C4 A 0, -0.004, 0.011, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.015
N9 A 0, -0.003, 0.014, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C3' A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N7 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.005, 0.017, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.022
O3' A 0, -0.002, 0.021, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.023
N6 A 0, -0.006, 0.019, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.025
N3 A 0, -0.005, 0.020, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.025
C8 A 0, -0.004, 0.023, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.027
C1' A 0, -0.007, 0.019, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.008, 0.019, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.027
O4' A 0, -0.009, 0.028, 0.064, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.037
C4' A 0, -0.015, 0.046, 0.107, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.046 std_dev=0.061
C2' A 0, -0.023, 0.061, 0.144, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.061 std_dev=0.084
N3 B 0, -0.022, 0.074, 0.169, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.074 std_dev=0.095
C2 B 0, -0.029, 0.092, 0.213, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.092 std_dev=0.121
O2' A 0, -0.037, 0.096, 0.229, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.096 std_dev=0.133
C1' B 0, -0.034, 0.119, 0.272, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.119 std_dev=0.153
C5' A 0, -0.042, 0.122, 0.286, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.122 std_dev=0.164
N1 B 0, -0.039, 0.132, 0.302, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.132 std_dev=0.171
C4 B 0, -0.068, 0.200, 0.468, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.200 std_dev=0.268
N4 B 0, -0.084, 0.236, 0.556, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.236 std_dev=0.320
O4' B 0, -0.090, 0.265, 0.621, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.265 std_dev=0.355
O2 B 0, -0.101, 0.258, 0.616, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.258 std_dev=0.358
C2' B 0, -0.118, 0.323, 0.764, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.323 std_dev=0.441
C6 B 0, -0.117, 0.335, 0.788, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.335 std_dev=0.453
O2' B 0, -0.132, 0.355, 0.842, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.355 std_dev=0.487
C5 B 0, -0.136, 0.377, 0.890, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.377 std_dev=0.513
C4' B 0, -0.147, 0.403, 0.954, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.403 std_dev=0.550
C3' B 0, -0.176, 0.472, 1.121, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.472 std_dev=0.648
P A 0, -0.213, 0.538, 1.288, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.538 std_dev=0.750
O5' A 0, -0.219, 0.551, 1.321, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.551 std_dev=0.770
O3' B 0, -0.236, 0.623, 1.482, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.623 std_dev=0.859
C5' B 0, -0.235, 0.628, 1.491, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.628 std_dev=0.863
O5' B 0, -0.312, 0.816, 1.945, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.816 std_dev=1.128
OP2 B 0, -0.347, 0.909, 2.166, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.909 std_dev=1.256
OP1 A 0, -0.361, 0.907, 2.175, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.907 std_dev=1.268
P B 0, -0.356, 0.929, 2.214, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.929 std_dev=1.285
OP1 B 0, -0.399, 1.042, 2.483, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.042 std_dev=1.441
OP2 A 0, -0.579, 1.425, 3.429, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.425 std_dev=2.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.42 0.16
C2 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.04 0.04 0.30 0.05 1.26 0.45
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.17 0.07 0.39 0.19
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.28 0.20 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.22 0.15 1.11 0.39
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.14 0.04
C5 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.21 0.23 1.34 0.44
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.07 0.04 0.11 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.38 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.00 0.27 0.18 1.50 0.49
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.95 0.29
N1 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.04 0.03 0.30 0.10 1.44 0.49
N3 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.04 0.26 0.06 1.06 0.39
N6 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.27 0.21 1.62 0.52
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.11 0.37 1.28 0.39
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.10 0.22 0.83 0.29
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.12 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.20 0.13
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.44 0.00 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.17 0.07 0.03
O5' 0.01 0.30 0.17 0.27 0.22 0.00 0.21 0.00 0.27 0.02 0.30 0.26 0.27 0.11 0.10 0.10 0.29 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.05 0.07 0.28 0.15 0.15 0.23 0.32 0.18 0.38 0.10 0.06 0.21 0.37 0.22 0.07 0.44 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.42 1.26 0.39 0.20 1.11 0.14 1.34 0.38 1.50 0.95 1.44 1.06 1.62 1.28 0.83 0.20 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.45 0.19 0.18 0.39 0.04 0.44 0.01 0.49 0.29 0.49 0.39 0.52 0.39 0.29 0.13 0.14 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.06 0.26 0.31 0.06 0.21 0.11 0.24 0.12 0.10 0.04 0.03 0.01 0.23 0.38 0.11 0.26 0.36 0.49 0.38
C2 0.08 0.11 0.12 0.07 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.10 0.05 0.15 0.14 0.09 0.03 0.05 0.08 0.16 0.07
C2' 0.06 0.03 0.21 0.22 0.03 0.11 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.20 0.29 0.02 0.11 0.18 0.33 0.22
C3' 0.09 0.05 0.29 0.29 0.06 0.15 0.05 0.13 0.01 0.04 0.01 0.11 0.09 0.31 0.39 0.03 0.12 0.17 0.31 0.20
C4 0.09 0.07 0.17 0.17 0.03 0.11 0.03 0.12 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.17 0.22 0.05 0.11 0.23 0.34 0.23
C4' 0.16 0.08 0.38 0.42 0.03 0.27 0.07 0.28 0.11 0.12 0.03 0.02 0.07 0.37 0.53 0.13 0.30 0.35 0.48 0.38
C5 0.09 0.07 0.16 0.16 0.04 0.11 0.03 0.12 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.16 0.21 0.05 0.10 0.24 0.33 0.23
C5' 0.17 0.07 0.41 0.45 0.00 0.28 0.04 0.28 0.08 0.10 0.02 0.07 0.08 0.41 0.58 0.12 0.29 0.34 0.46 0.35
C6 0.07 0.08 0.12 0.10 0.03 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.07 0.00 0.10 0.13 0.13 0.03 0.02 0.16 0.24 0.15
C8 0.11 0.05 0.23 0.27 0.06 0.18 0.09 0.22 0.10 0.09 0.04 0.03 0.02 0.20 0.34 0.09 0.24 0.36 0.47 0.36
N1 0.08 0.11 0.11 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.14 0.13 0.08 0.03 0.05 0.09 0.16 0.07
N3 0.09 0.10 0.15 0.13 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.07 0.08 0.05 0.12 0.16 0.17 0.04 0.03 0.15 0.26 0.16
N6 0.07 0.08 0.11 0.09 0.03 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.01 0.09 0.12 0.12 0.03 0.01 0.16 0.23 0.14
N7 0.09 0.06 0.20 0.22 0.05 0.15 0.07 0.17 0.08 0.08 0.05 0.02 0.04 0.18 0.28 0.07 0.18 0.32 0.41 0.30
N9 0.10 0.05 0.21 0.24 0.05 0.16 0.07 0.19 0.09 0.08 0.04 0.01 0.03 0.19 0.31 0.08 0.20 0.31 0.43 0.32
O2' 0.11 0.06 0.25 0.27 0.05 0.17 0.08 0.19 0.09 0.09 0.04 0.02 0.03 0.21 0.32 0.08 0.20 0.26 0.42 0.31
O3' 0.09 0.05 0.31 0.29 0.08 0.13 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.13 0.12 0.34 0.40 0.01 0.07 0.10 0.25 0.14
O4' 0.16 0.07 0.33 0.40 0.08 0.27 0.14 0.31 0.16 0.13 0.04 0.04 0.02 0.29 0.49 0.15 0.35 0.43 0.55 0.45
O5' 0.02 0.07 0.32 0.37 0.16 0.16 0.13 0.15 0.07 0.05 0.14 0.24 0.06 0.33 0.54 0.04 0.16 0.25 0.33 0.22
OP1 0.03 0.02 0.33 0.43 0.04 0.20 0.07 0.24 0.07 0.03 0.01 0.04 0.08 0.27 0.60 0.02 0.32 0.45 0.58 0.42
OP2 0.02 0.24 0.34 0.31 0.64 0.09 0.59 0.02 0.40 0.23 0.46 0.87 0.06 0.50 0.57 0.14 0.12 0.11 0.17 0.17
P 0.01 0.10 0.29 0.32 0.25 0.13 0.21 0.10 0.14 0.08 0.19 0.34 0.06 0.33 0.50 0.06 0.09 0.17 0.23 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.24 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.10 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.13 0.29 0.17
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.29 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.26 0.16
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.22 0.14
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.27 0.16
N4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.17 0.30 0.17
O2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.23 0.14
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.09 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.10 0.13 0.01 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.10 0.05
O5' 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.10 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.06 0.08 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.09 0.04 0.09 0.17 0.04 0.11 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.24 0.10 0.04 0.29 0.04 0.29 0.00 0.26 0.22 0.27 0.30 0.23 0.09 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.06 0.04 0.17 0.02 0.17 0.00 0.16 0.14 0.16 0.17 0.14 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00