ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50979

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
N2 B 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O6 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.000, 0.164, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
N1 B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C3' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C1' B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C5' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O3' B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
N9 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
N7 B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C3' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C4' B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C8 B 0, 0.000, 0.195, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O4' B 0, 0.000, 0.195, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.195 std_dev=0.195
OP2 A 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
P A 0, 0.000, 0.259, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O3' A 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
O5' B 0, 0.000, 0.293, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C5' A 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
OP2 B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
P B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01
N6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.08 0.07 0.07
N7 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.10 0.10
O5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.09 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.05 0.06
C2 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.04 0.00 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.03 0.06
C2' 0.02 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03
C3' 0.04 0.09 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.04 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.06 0.11 0.08 0.02 0.04 0.00 0.07 0.03 0.05
C4 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04
C4' 0.07 0.12 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.07 0.09 0.09 0.13 0.11 0.08 0.09 0.15 0.12 0.05 0.07 0.02 0.10 0.06 0.08
C5 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03
C5' 0.11 0.14 0.15 0.14 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.15 0.14 0.11 0.13 0.20 0.18 0.09 0.11 0.05 0.13 0.10 0.12
C6 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
C8 0.02 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04
N1 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04
N3 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.07 0.07 0.02 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.06
N6 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03
N9 0.02 0.07 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04
O2' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01
O3' 0.01 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.06 0.01 0.03 0.09 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02
O4' 0.10 0.15 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.09 0.10 0.13 0.12 0.15 0.14 0.12 0.13 0.16 0.13 0.09 0.10 0.06 0.13 0.10 0.11
O5' 0.07 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.15 0.13 0.06 0.07 0.04 0.10 0.07 0.09
OP1 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.10 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04
OP2 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05
C4 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01
C5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01
C8 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01
N1 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02
N2 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04
N3 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00
N9 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01
O2' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.10 0.08 0.09
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04
O5' 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02
OP1 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00