ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50980

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 21, 21, 24, 14, 8, 5, 8, 2, 5, 14, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.004, 0.039, 0.073, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N1 B 0, 0.174, 0.408, 0.643, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.408 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.124, 0.360, 0.597, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.360 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.173, 0.495, 0.817, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.495 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.129, 0.452, 0.776, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.452 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.134, 0.460, 0.786, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.460 std_dev=0.326
C1' B 0, 0.168, 0.528, 0.888, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.528 std_dev=0.360
O4' B 0, 0.277, 0.734, 1.190, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.734 std_dev=0.456
O4 B 0, 0.080, 0.542, 1.003, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.542 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.102, 0.576, 1.050, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.576 std_dev=0.474
C2' A 0, 0.036, 0.531, 1.026, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.531 std_dev=0.495
O4' A 0, 0.031, 0.553, 1.075, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.553 std_dev=0.522
O2 B 0, 0.068, 0.675, 1.282, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.675 std_dev=0.607
C4' B 0, 0.235, 0.861, 1.487, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.861 std_dev=0.626
C3' B 0, 0.286, 0.943, 1.600, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.943 std_dev=0.657
C2' B 0, 0.201, 0.894, 1.586, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.894 std_dev=0.693
O2' A 0, 0.099, 0.918, 1.738, 2.201 max_d=2.201 avg_d=0.918 std_dev=0.819
O3' B 0, 0.328, 1.218, 2.109, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.218 std_dev=0.891
C4' A 0, 0.044, 0.969, 1.893, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.969 std_dev=0.924
C3' A 0, 0.034, 0.996, 1.959, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.996 std_dev=0.963
O5' A 0, 0.101, 1.125, 2.149, 2.954 max_d=2.954 avg_d=1.125 std_dev=1.024
C5' B 0, 0.317, 1.378, 2.440, 3.851 max_d=3.851 avg_d=1.378 std_dev=1.061
O5' B 0, 0.376, 1.464, 2.552, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.464 std_dev=1.088
C5' A 0, 0.088, 1.247, 2.405, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.247 std_dev=1.159
O2' B 0, 0.134, 1.298, 2.462, 4.209 max_d=4.209 avg_d=1.298 std_dev=1.164
P A 0, 0.145, 1.374, 2.603, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.374 std_dev=1.229
OP2 A 0, 0.174, 1.481, 2.788, 3.573 max_d=3.573 avg_d=1.481 std_dev=1.307
O3' A 0, 0.017, 1.492, 2.967, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.492 std_dev=1.475
OP1 A 0, 0.144, 1.964, 3.784, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.964 std_dev=1.820
P B 0, 0.238, 2.125, 4.013, 5.798 max_d=5.798 avg_d=2.125 std_dev=1.888
OP2 B 0, 0.255, 2.572, 4.889, 6.683 max_d=6.683 avg_d=2.572 std_dev=2.317
OP1 B 0, 0.284, 2.623, 4.961, 6.393 max_d=6.393 avg_d=2.623 std_dev=2.339

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.39 0.01 0.18 0.16 0.20 0.17
C2 0.04 0.00 0.33 0.22 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.43 0.28 0.12 0.13 0.36 0.16
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.19 0.01 0.12 0.23 0.18 0.13 0.27 0.32 0.15 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.48 0.43 0.69 0.54
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.29 0.01 0.43 0.02 0.42 0.48 0.32 0.17 0.49 0.52 0.29 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.09 0.08
C4 0.02 0.01 0.19 0.29 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.22 0.15 0.13 0.14 0.30 0.16
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.04 0.00 0.14 0.01 0.09 0.33 0.06 0.15 0.16 0.29 0.12 0.36 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.12 0.43 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.09 0.07 0.27 0.29 0.54 0.32
C5' 0.07 0.15 0.23 0.02 0.09 0.01 0.18 0.00 0.16 0.33 0.11 0.16 0.23 0.33 0.11 0.12 0.26 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.42 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.11 0.12 0.28 0.32 0.65 0.36
C8 0.02 0.01 0.13 0.48 0.01 0.33 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.25 0.17 0.33 0.31 0.37 0.29
N1 0.04 0.00 0.27 0.32 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.26 0.22 0.19 0.21 0.54 0.26
N3 0.04 0.01 0.32 0.17 0.01 0.15 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.48 0.28 0.11 0.12 0.22 0.12
N6 0.02 0.01 0.15 0.49 0.01 0.16 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.14 0.08 0.38 0.45 0.82 0.48
N7 0.01 0.01 0.06 0.52 0.01 0.29 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.27 0.10 0.40 0.43 0.64 0.43
N9 0.01 0.01 0.03 0.29 0.00 0.12 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.12 0.01 0.11 0.11 0.16 0.12
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.18 0.36 0.32 0.12 0.28 0.44 0.18 0.14 0.35 0.45 0.24 0.00 0.07 0.26 0.34 0.25 0.81 0.45
O3' 0.39 0.43 0.04 0.01 0.22 0.02 0.09 0.26 0.11 0.25 0.26 0.48 0.14 0.27 0.12 0.07 0.00 0.26 0.34 0.57 0.34 0.42
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.15 0.00 0.07 0.01 0.12 0.17 0.22 0.28 0.08 0.10 0.01 0.26 0.26 0.00 0.09 0.10 0.11 0.09
O5' 0.18 0.12 0.48 0.09 0.13 0.02 0.27 0.01 0.28 0.33 0.19 0.11 0.38 0.40 0.11 0.34 0.34 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.13 0.43 0.13 0.14 0.06 0.29 0.08 0.32 0.31 0.21 0.12 0.45 0.43 0.11 0.25 0.57 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.36 0.69 0.09 0.30 0.05 0.54 0.04 0.65 0.37 0.54 0.22 0.82 0.64 0.16 0.81 0.34 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.16 0.54 0.08 0.16 0.02 0.32 0.02 0.36 0.29 0.26 0.12 0.48 0.43 0.12 0.45 0.42 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.61 0.48 0.22 0.19 0.22 0.23 0.21 0.18 0.20 0.14 0.46 0.58 0.24 0.34 0.35 0.48 0.72 0.41
C2 0.15 0.15 0.30 0.48 0.16 0.20 0.17 0.29 0.15 0.14 0.13 0.20 0.29 0.34 0.21 0.17 0.58 1.00 1.11 0.77
C2' 0.19 0.29 0.56 0.35 0.54 0.32 0.53 0.41 0.43 0.30 0.43 0.23 0.65 0.63 0.60 0.54 0.25 0.60 0.51 0.41
C3' 0.82 0.54 1.49 1.24 0.29 0.79 0.38 0.68 0.51 0.61 0.32 0.71 1.62 1.36 0.28 0.53 0.79 0.67 0.98 0.72
C4 0.14 0.14 0.44 0.50 0.14 0.16 0.13 0.22 0.12 0.13 0.13 0.18 0.22 0.44 0.18 0.22 0.50 0.79 0.99 0.63
C4' 0.82 0.62 1.57 1.39 0.48 0.88 0.59 0.85 0.68 0.71 0.48 0.65 1.55 1.49 0.40 0.59 1.02 0.92 1.26 0.98
C5 0.15 0.14 0.43 0.54 0.13 0.18 0.13 0.27 0.12 0.12 0.12 0.22 0.21 0.46 0.18 0.21 0.57 0.89 1.13 0.74
C5' 0.86 0.61 1.65 1.54 0.51 1.02 0.64 1.01 0.74 0.74 0.49 0.59 1.62 1.70 0.43 0.67 1.18 1.13 1.44 1.16
C6 0.14 0.14 0.37 0.54 0.15 0.21 0.17 0.32 0.13 0.12 0.11 0.23 0.25 0.43 0.22 0.16 0.65 1.04 1.26 0.86
C8 0.18 0.17 0.56 0.54 0.16 0.19 0.15 0.24 0.16 0.17 0.17 0.21 0.31 0.57 0.19 0.30 0.47 0.67 0.96 0.59
N1 0.15 0.15 0.31 0.52 0.18 0.22 0.20 0.34 0.16 0.14 0.13 0.21 0.31 0.38 0.24 0.16 0.65 1.10 1.25 0.88
N3 0.13 0.13 0.37 0.46 0.14 0.16 0.13 0.22 0.12 0.12 0.12 0.17 0.23 0.36 0.18 0.19 0.49 0.84 0.96 0.63
N6 0.15 0.14 0.37 0.57 0.17 0.23 0.20 0.36 0.15 0.12 0.11 0.25 0.28 0.45 0.24 0.16 0.70 1.13 1.37 0.95
N7 0.17 0.16 0.50 0.56 0.14 0.19 0.13 0.26 0.13 0.14 0.14 0.23 0.24 0.54 0.18 0.26 0.55 0.82 1.10 0.70
N9 0.16 0.16 0.53 0.50 0.18 0.17 0.17 0.21 0.16 0.16 0.17 0.17 0.31 0.52 0.20 0.29 0.43 0.63 0.88 0.53
O2' 0.80 0.67 0.38 0.59 0.71 1.06 0.86 1.18 0.88 0.80 0.61 0.60 0.42 0.90 0.64 1.23 0.93 1.26 0.89 1.05
O3' 1.57 1.34 2.14 1.81 0.95 1.37 1.08 1.22 1.25 1.39 1.06 1.54 2.28 1.83 0.78 1.17 1.36 1.11 1.47 1.24
O4' 0.51 0.47 1.10 1.01 0.48 0.58 0.52 0.63 0.54 0.52 0.45 0.42 0.87 1.03 0.44 0.42 0.86 0.80 1.21 0.88
O5' 0.71 0.50 1.45 1.36 0.38 0.87 0.49 0.87 0.58 0.60 0.38 0.50 1.38 1.49 0.32 0.55 1.04 1.01 1.35 1.04
OP1 0.96 0.62 1.80 1.75 0.49 1.22 0.65 1.23 0.79 0.80 0.47 0.61 1.81 1.98 0.38 0.80 1.38 1.40 1.64 1.37
OP2 0.63 0.37 1.32 1.25 0.24 0.81 0.30 0.80 0.42 0.47 0.25 0.42 1.28 1.41 0.26 0.49 0.93 0.94 1.24 0.93
P 0.72 0.48 1.46 1.41 0.37 0.93 0.48 0.95 0.59 0.60 0.36 0.48 1.39 1.58 0.30 0.59 1.12 1.12 1.44 1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.24 0.03 0.01 0.10 0.27 0.25 0.13
C2 0.02 0.00 0.21 0.25 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.02 0.14 0.27 0.55 0.52 0.33
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.16 0.19 0.03 0.16 0.37 0.00 0.03 0.07 0.02 0.33 0.43 0.50 0.40
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.35 0.01 0.35 0.02 0.29 0.21 0.31 0.24 0.02 0.01 0.38 0.02 0.09 0.32 0.25 0.18
C4 0.03 0.01 0.06 0.35 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.19 0.00 0.04 0.48 0.93 0.88 0.62
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.23 0.09 0.08 0.13 0.26 0.03 0.16 0.01 0.02 0.21 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.23 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.25 0.01 0.14 0.51 0.95 0.82 0.64
C5' 0.07 0.13 0.16 0.02 0.23 0.01 0.31 0.00 0.27 0.13 0.16 0.17 0.10 0.18 0.25 0.02 0.01 0.28 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.29 0.01 0.23 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.19 0.01 0.18 0.41 0.72 0.54 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.07 0.02 0.02 0.25 0.50 0.40 0.29
N3 0.02 0.00 0.16 0.31 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.13 0.01 0.10 0.37 0.74 0.73 0.48
O2 0.04 0.01 0.37 0.24 0.02 0.13 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.30 0.02 0.25 0.21 0.44 0.44 0.24
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.32 0.26 0.41 0.10 0.37 0.18 0.19 0.23 0.00 0.06 0.33 0.19 0.24 0.41 0.57 0.36
O3' 0.24 0.15 0.03 0.01 0.19 0.03 0.25 0.18 0.19 0.07 0.13 0.30 0.06 0.00 0.22 0.17 0.18 0.43 0.38 0.23
O4 0.03 0.02 0.07 0.38 0.00 0.16 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.22 0.00 0.04 0.52 1.04 1.01 0.70
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.18 0.02 0.10 0.25 0.19 0.17 0.04 0.00 0.14 0.25 0.38 0.20
O5' 0.10 0.27 0.33 0.09 0.48 0.02 0.51 0.01 0.41 0.25 0.37 0.21 0.24 0.18 0.52 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.55 0.43 0.32 0.93 0.21 0.95 0.28 0.72 0.50 0.74 0.44 0.41 0.43 1.04 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.52 0.50 0.25 0.88 0.28 0.82 0.32 0.54 0.40 0.73 0.44 0.57 0.38 1.01 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.33 0.40 0.18 0.62 0.07 0.64 0.02 0.47 0.29 0.48 0.24 0.36 0.23 0.70 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00