ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50981

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 16, 30, 30, 18, 9, 4, 2, 6, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.023, 0.040, 0.057, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.040 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.026, 0.043, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.029, 0.052, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.052 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.022, 0.050, 0.077, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.050 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.037, 0.074, 0.112, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.074 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.027, 0.067, 0.107, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.067 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.039, 0.085, 0.131, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.085 std_dev=0.046
N3 B 0, 0.117, 0.254, 0.390, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.254 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.099, 0.284, 0.468, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.284 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.149, 0.336, 0.523, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.336 std_dev=0.187
O4 B 0, 0.125, 0.346, 0.566, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.346 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.157, 0.388, 0.618, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.388 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.172, 0.421, 0.670, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.421 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.139, 0.389, 0.639, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.389 std_dev=0.250
O2 B 0, 0.154, 0.427, 0.700, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.427 std_dev=0.273
O4' A 0, -0.133, 0.161, 0.454, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.161 std_dev=0.293
C2' A 0, -0.108, 0.205, 0.518, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.205 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.151, 0.480, 0.810, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.480 std_dev=0.330
C3' A 0, -0.143, 0.278, 0.700, 2.809 max_d=2.809 avg_d=0.278 std_dev=0.421
O4' B 0, 0.206, 0.647, 1.088, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.647 std_dev=0.441
O2' A 0, -0.056, 0.390, 0.836, 3.204 max_d=3.204 avg_d=0.390 std_dev=0.446
C4' A 0, -0.210, 0.240, 0.691, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.240 std_dev=0.450
C2' B 0, 0.296, 0.786, 1.276, 3.590 max_d=3.590 avg_d=0.786 std_dev=0.490
O3' A 0, 1.296, 1.814, 2.332, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.814 std_dev=0.518
C4' B 0, 0.368, 0.950, 1.531, 3.943 max_d=3.943 avg_d=0.950 std_dev=0.582
C3' B 0, 0.406, 1.060, 1.715, 4.568 max_d=4.568 avg_d=1.060 std_dev=0.654
C5' A 0, -0.259, 0.397, 1.054, 4.587 max_d=4.587 avg_d=0.397 std_dev=0.656
O2' B 0, 0.306, 0.984, 1.662, 4.974 max_d=4.974 avg_d=0.984 std_dev=0.678
O5' A 0, -0.370, 0.476, 1.321, 6.721 max_d=6.721 avg_d=0.476 std_dev=0.845
C5' B 0, 0.424, 1.271, 2.118, 6.832 max_d=6.832 avg_d=1.271 std_dev=0.847
O3' B 0, 0.543, 1.427, 2.312, 5.054 max_d=5.054 avg_d=1.427 std_dev=0.884
O5' B 0, 0.612, 1.576, 2.540, 7.581 max_d=7.581 avg_d=1.576 std_dev=0.964
P A 0, -0.528, 0.560, 1.648, 8.745 max_d=8.745 avg_d=0.560 std_dev=1.088
P B 0, 0.424, 1.582, 2.739, 9.826 max_d=9.826 avg_d=1.582 std_dev=1.158
OP1 A 0, -0.436, 0.751, 1.939, 9.101 max_d=9.101 avg_d=0.751 std_dev=1.188
OP2 A 0, -0.618, 0.599, 1.817, 9.762 max_d=9.762 avg_d=0.599 std_dev=1.218
OP2 B 0, 0.452, 1.678, 2.903, 10.392 max_d=10.392 avg_d=1.678 std_dev=1.226
OP1 B 0, 0.774, 2.538, 4.301, 9.763 max_d=9.763 avg_d=2.538 std_dev=1.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01 0.11 0.09 0.15 0.12
C2 0.03 0.00 0.17 0.12 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.18 0.13 0.18 0.30 0.18
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.09 0.09 0.10 0.14 0.17 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.14 0.23 0.16
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.02 0.17 0.17 0.15 0.11 0.19 0.19 0.11 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.18 0.11
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.09 0.16 0.11 0.21 0.13
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.14 0.08 0.12 0.06 0.12 0.04 0.14 0.02 0.01 0.02 0.11 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.12 0.04 0.25 0.17 0.30 0.22
C5' 0.04 0.18 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.15 0.14 0.18 0.10 0.13 0.05 0.07 0.11 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.08 0.22 0.16 0.29 0.19
C8 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.14 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.15 0.11 0.40 0.28 0.40 0.37
N1 0.03 0.01 0.14 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.14 0.15 0.16 0.28 0.15
N3 0.03 0.01 0.17 0.11 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.18 0.12 0.16 0.27 0.16
N6 0.03 0.01 0.08 0.19 0.02 0.06 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.12 0.16 0.07 0.28 0.21 0.36 0.26
N7 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.21 0.17 0.07 0.39 0.29 0.45 0.38
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.21 0.13 0.21 0.18
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.06 0.14 0.11 0.07 0.09 0.23 0.09 0.15 0.12 0.21 0.09 0.00 0.09 0.10 0.12 0.13 0.25 0.14
O3' 0.13 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.16 0.16 0.17 0.08 0.09 0.00 0.09 0.16 0.32 0.29 0.22
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.11 0.14 0.18 0.07 0.07 0.01 0.10 0.09 0.00 0.12 0.12 0.17 0.13
O5' 0.11 0.13 0.13 0.10 0.16 0.02 0.25 0.01 0.22 0.40 0.15 0.12 0.28 0.39 0.21 0.12 0.16 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.18 0.14 0.15 0.11 0.11 0.17 0.12 0.16 0.28 0.16 0.16 0.21 0.29 0.13 0.13 0.32 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.30 0.23 0.18 0.21 0.10 0.30 0.10 0.29 0.40 0.28 0.27 0.36 0.45 0.21 0.25 0.29 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.16 0.11 0.13 0.03 0.22 0.01 0.19 0.37 0.15 0.16 0.26 0.38 0.18 0.14 0.22 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.13 0.27 0.26 0.10 0.31 0.11 0.47 0.14 0.15 0.10 0.17 0.39 0.33 0.12 0.27 0.58 0.71 1.14 0.64
C2 0.12 0.12 0.15 0.15 0.11 0.14 0.11 0.24 0.09 0.10 0.09 0.16 0.22 0.14 0.17 0.13 0.38 0.74 1.01 0.37
C2' 0.22 0.19 0.32 0.29 0.26 0.31 0.26 0.46 0.25 0.22 0.22 0.17 0.47 0.40 0.28 0.24 0.57 0.85 1.22 0.71
C3' 0.34 0.22 0.53 0.55 0.15 0.52 0.19 0.68 0.24 0.26 0.15 0.27 0.64 0.66 0.16 0.37 0.76 0.88 1.26 0.85
C4 0.16 0.14 0.20 0.16 0.09 0.22 0.08 0.35 0.10 0.13 0.09 0.19 0.29 0.17 0.14 0.21 0.46 0.69 1.08 0.48
C4' 0.38 0.31 0.54 0.58 0.28 0.56 0.33 0.73 0.36 0.35 0.27 0.30 0.61 0.69 0.26 0.45 0.81 0.80 1.20 0.85
C5 0.17 0.14 0.21 0.17 0.09 0.22 0.09 0.35 0.09 0.13 0.09 0.20 0.31 0.17 0.15 0.21 0.46 0.70 1.09 0.49
C5' 0.43 0.34 0.60 0.66 0.36 0.62 0.41 0.79 0.43 0.41 0.32 0.31 0.64 0.78 0.34 0.50 0.85 0.83 1.22 0.89
C6 0.15 0.13 0.18 0.15 0.10 0.18 0.10 0.30 0.09 0.11 0.09 0.19 0.28 0.14 0.17 0.17 0.42 0.72 1.05 0.44
C8 0.20 0.14 0.26 0.24 0.09 0.30 0.09 0.46 0.12 0.15 0.09 0.19 0.38 0.29 0.13 0.27 0.55 0.71 1.15 0.62
N1 0.12 0.12 0.16 0.15 0.12 0.15 0.12 0.25 0.09 0.10 0.09 0.17 0.24 0.14 0.18 0.14 0.40 0.75 1.01 0.40
N3 0.13 0.13 0.16 0.13 0.09 0.17 0.08 0.28 0.09 0.11 0.09 0.17 0.23 0.12 0.14 0.17 0.40 0.70 1.04 0.40
N6 0.15 0.13 0.19 0.15 0.11 0.18 0.11 0.30 0.09 0.11 0.09 0.20 0.29 0.14 0.18 0.17 0.43 0.74 1.05 0.46
N7 0.19 0.14 0.24 0.21 0.09 0.27 0.09 0.41 0.10 0.14 0.09 0.20 0.35 0.24 0.14 0.24 0.51 0.71 1.13 0.57
N9 0.18 0.14 0.24 0.22 0.09 0.28 0.09 0.43 0.12 0.15 0.09 0.19 0.35 0.26 0.13 0.25 0.53 0.70 1.13 0.58
O2' 0.45 0.39 0.47 0.44 0.40 0.47 0.45 0.53 0.47 0.44 0.37 0.34 0.60 0.53 0.37 0.46 0.60 0.98 1.28 0.78
O3' 0.57 0.44 0.76 0.79 0.31 0.73 0.37 0.86 0.44 0.48 0.34 0.51 0.85 0.89 0.26 0.57 0.93 1.06 1.35 1.03
O4' 0.32 0.28 0.39 0.42 0.29 0.46 0.32 0.63 0.32 0.31 0.28 0.27 0.46 0.49 0.29 0.41 0.71 0.68 1.15 0.74
O5' 0.52 0.37 0.70 0.77 0.35 0.71 0.44 0.87 0.49 0.47 0.31 0.34 0.73 0.88 0.31 0.57 0.92 0.91 1.32 0.98
OP1 0.51 0.38 0.71 0.82 0.41 0.72 0.50 0.89 0.52 0.48 0.35 0.33 0.73 0.97 0.39 0.57 0.96 1.01 1.30 1.02
OP2 0.63 0.51 0.82 0.92 0.56 0.84 0.66 0.99 0.67 0.61 0.48 0.44 0.82 1.04 0.54 0.69 1.07 1.01 1.55 1.14
P 0.57 0.43 0.77 0.86 0.45 0.78 0.55 0.94 0.59 0.54 0.39 0.36 0.79 1.00 0.42 0.63 1.00 0.96 1.43 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.02 0.01 0.09 0.36 0.74 0.18
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.07 0.25 0.54 0.93 0.26
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.13 0.05 0.14 0.03 0.05 0.20 0.01 0.02 0.07 0.01 0.15 0.25 0.55 0.22
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.20 0.00 0.28 0.02 0.27 0.12 0.11 0.16 0.02 0.01 0.21 0.01 0.12 0.19 0.28 0.13
C4 0.02 0.01 0.06 0.20 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.00 0.03 0.34 0.75 1.00 0.28
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.06 0.06 0.13 0.10 0.03 0.11 0.00 0.01 0.23 0.31 0.08
C5 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.31 0.01 0.07 0.43 0.82 1.01 0.36
C5' 0.02 0.13 0.05 0.02 0.18 0.01 0.25 0.00 0.24 0.09 0.14 0.23 0.05 0.07 0.20 0.01 0.01 0.26 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.27 0.01 0.08 0.38 0.69 0.97 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.01 0.20 0.51 0.88 0.19
N3 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.01 0.05 0.28 0.64 0.98 0.25
O2 0.03 0.00 0.20 0.16 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.21 0.02 0.11 0.34 0.53 0.95 0.40
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.12 0.10 0.14 0.05 0.13 0.07 0.12 0.23 0.00 0.07 0.13 0.07 0.09 0.29 0.47 0.20
O3' 0.09 0.08 0.02 0.01 0.22 0.03 0.31 0.07 0.27 0.10 0.10 0.21 0.07 0.00 0.24 0.06 0.13 0.26 0.18 0.12
O4 0.02 0.01 0.07 0.21 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.24 0.00 0.04 0.37 0.80 1.01 0.31
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.11 0.07 0.06 0.04 0.00 0.05 0.37 0.71 0.20
O5' 0.09 0.25 0.15 0.12 0.34 0.01 0.43 0.01 0.38 0.20 0.28 0.34 0.09 0.13 0.37 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.36 0.54 0.25 0.19 0.75 0.23 0.82 0.26 0.69 0.51 0.64 0.53 0.29 0.26 0.80 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.74 0.93 0.55 0.28 1.00 0.31 1.01 0.27 0.97 0.88 0.98 0.95 0.47 0.18 1.01 0.71 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.22 0.13 0.28 0.08 0.36 0.02 0.31 0.19 0.25 0.40 0.20 0.12 0.31 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00