ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50982

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 7, 13, 9, 17, 5, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 7, 8, 14,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.020, 0.044, 0.068, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.044 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.055, 0.188, 0.322, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.188 std_dev=0.133
C2' A 0, 0.087, 0.229, 0.372, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.229 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.147, 0.318, 0.489, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.318 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.080, 0.268, 0.456, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.268 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.352, 0.563, 0.773, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.563 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.348, 0.571, 0.794, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.571 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.105, 0.333, 0.561, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.333 std_dev=0.228
O4' B 0, 0.423, 0.732, 1.040, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.732 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.341, 0.657, 0.973, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.657 std_dev=0.316
C3' B 0, 0.418, 0.738, 1.057, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.738 std_dev=0.320
O3' A 0, 0.132, 0.470, 0.809, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.470 std_dev=0.338
C5' A 0, 0.155, 0.504, 0.853, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.504 std_dev=0.349
C4' B 0, 0.268, 0.631, 0.994, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.631 std_dev=0.363
O5' A 0, 0.175, 0.550, 0.925, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.550 std_dev=0.375
O2' B 0, 0.291, 0.677, 1.063, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.677 std_dev=0.386
C5' B 0, 0.356, 0.780, 1.203, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.780 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.535, 0.997, 1.459, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.997 std_dev=0.462
N9 B 0, 0.382, 0.846, 1.309, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.846 std_dev=0.463
C2 B 0, 0.335, 0.847, 1.358, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.847 std_dev=0.512
C4 B 0, 0.371, 0.903, 1.435, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.903 std_dev=0.532
P A 0, 0.233, 0.798, 1.363, 3.175 max_d=3.175 avg_d=0.798 std_dev=0.565
O3' B 0, 0.442, 1.026, 1.610, 2.891 max_d=2.891 avg_d=1.026 std_dev=0.584
P B 0, 0.586, 1.192, 1.798, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.192 std_dev=0.606
OP2 B 0, 0.532, 1.190, 1.848, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.190 std_dev=0.658
OP1 B 0, 0.655, 1.316, 1.976, 3.330 max_d=3.330 avg_d=1.316 std_dev=0.660
C8 B 0, 0.406, 1.193, 1.980, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.193 std_dev=0.787
OP1 A 0, 0.236, 1.086, 1.937, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.086 std_dev=0.851
N1 B 0, 0.355, 1.231, 2.107, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.231 std_dev=0.876
C5 B 0, 0.384, 1.299, 2.215, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.299 std_dev=0.916
OP2 A 0, 0.239, 1.254, 2.269, 3.940 max_d=3.940 avg_d=1.254 std_dev=1.015
N7 B 0, 0.402, 1.470, 2.538, 3.370 max_d=3.370 avg_d=1.470 std_dev=1.068
C6 B 0, 0.377, 1.473, 2.568, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.473 std_dev=1.095
N6 B 0, 0.394, 1.882, 3.369, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.882 std_dev=1.488

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.37 0.13 0.10
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.18 0.64 0.36 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.06 0.05 0.17 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.09 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.02 0.14 0.03 0.07 0.07 0.16 0.02 0.01 0.01 0.04 0.17 0.11 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.18 0.87 0.65 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.24 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.04 0.16 0.88 0.70 0.19
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.04 0.14 0.74 0.53 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.15 0.59 0.34 0.15
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.20 0.77 0.50 0.22
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.02 0.19 0.94 0.75 0.23
O2 0.02 0.01 0.17 0.16 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.05 0.19 0.55 0.25 0.19
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.04 0.15 0.00 0.04 0.03 0.04 0.10 0.13 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.02 0.16 0.03 0.16 0.04 0.07 0.10 0.19 0.04 0.00 0.02 0.10 0.48 0.24 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.10 0.36 0.09 0.09
O5' 0.11 0.18 0.05 0.04 0.18 0.02 0.16 0.01 0.14 0.15 0.20 0.19 0.19 0.04 0.10 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.37 0.64 0.09 0.17 0.87 0.08 0.88 0.16 0.74 0.59 0.77 0.94 0.55 0.10 0.48 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.36 0.09 0.11 0.65 0.24 0.70 0.41 0.53 0.34 0.50 0.75 0.25 0.13 0.24 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.06 0.04 0.22 0.02 0.19 0.01 0.15 0.15 0.22 0.23 0.19 0.04 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.13 0.11 0.16 0.19 0.14 0.21 0.15 0.17 0.31 0.14 0.13 0.19 0.28 0.26 0.15 0.42 0.39 0.18 0.13 0.24 0.17
C2 0.28 0.12 0.09 0.11 0.16 0.16 0.15 0.17 0.12 0.24 0.12 0.12 0.12 0.20 0.22 0.11 0.32 0.37 0.19 0.13 0.25 0.18
C2' 0.35 0.15 0.10 0.11 0.29 0.21 0.35 0.23 0.29 0.47 0.20 0.17 0.33 0.45 0.37 0.17 0.37 0.49 0.31 0.24 0.33 0.29
C3' 0.41 0.20 0.11 0.09 0.37 0.25 0.47 0.30 0.41 0.59 0.28 0.22 0.47 0.59 0.47 0.16 0.32 0.55 0.41 0.35 0.43 0.41
C4 0.20 0.13 0.10 0.10 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.19 0.13 0.12 0.13 0.17 0.18 0.10 0.14 0.23 0.22 0.15 0.31 0.23
C4' 0.36 0.17 0.09 0.11 0.31 0.20 0.37 0.22 0.32 0.48 0.22 0.19 0.36 0.47 0.39 0.15 0.39 0.49 0.30 0.21 0.33 0.29
C5 0.22 0.14 0.10 0.09 0.18 0.13 0.20 0.15 0.18 0.25 0.15 0.13 0.19 0.24 0.22 0.11 0.18 0.26 0.23 0.16 0.32 0.25
C5' 0.44 0.24 0.11 0.08 0.41 0.26 0.49 0.30 0.44 0.59 0.32 0.27 0.49 0.59 0.49 0.11 0.32 0.56 0.40 0.30 0.43 0.40
C6 0.25 0.14 0.09 0.10 0.19 0.13 0.22 0.15 0.19 0.28 0.15 0.14 0.21 0.27 0.25 0.13 0.26 0.31 0.22 0.14 0.30 0.23
N1 0.27 0.13 0.09 0.12 0.18 0.14 0.20 0.15 0.16 0.28 0.14 0.13 0.17 0.25 0.25 0.13 0.33 0.36 0.20 0.12 0.26 0.19
N3 0.24 0.13 0.09 0.09 0.13 0.15 0.12 0.16 0.11 0.19 0.13 0.11 0.11 0.15 0.19 0.09 0.20 0.30 0.20 0.14 0.27 0.20
N4 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.14 0.12 0.13 0.14 0.15 0.11 0.13 0.16 0.23 0.18 0.33 0.26
O2 0.31 0.13 0.11 0.15 0.16 0.22 0.15 0.21 0.12 0.25 0.12 0.12 0.12 0.20 0.23 0.12 0.41 0.45 0.20 0.16 0.24 0.18
O2' 0.31 0.14 0.13 0.17 0.24 0.18 0.29 0.19 0.24 0.40 0.17 0.15 0.28 0.38 0.32 0.19 0.45 0.45 0.23 0.19 0.26 0.21
O3' 0.42 0.20 0.12 0.10 0.40 0.27 0.52 0.33 0.46 0.66 0.30 0.22 0.54 0.67 0.50 0.19 0.33 0.57 0.46 0.42 0.47 0.46
O4' 0.29 0.14 0.10 0.16 0.21 0.14 0.24 0.16 0.20 0.33 0.16 0.14 0.21 0.31 0.28 0.14 0.42 0.40 0.20 0.13 0.24 0.18
O5' 0.55 0.36 0.23 0.18 0.55 0.36 0.64 0.41 0.59 0.73 0.46 0.39 0.66 0.75 0.62 0.11 0.15 0.65 0.55 0.46 0.60 0.57
OP1 1.01 1.12 0.76 0.67 1.17 0.73 1.27 0.74 1.30 1.23 1.23 1.08 1.38 1.31 1.14 0.59 0.41 0.99 0.95 0.79 1.05 0.95
OP2 0.25 0.59 0.47 0.45 0.32 0.27 0.25 0.22 0.32 0.22 0.48 0.51 0.27 0.22 0.24 0.57 0.65 0.22 0.22 0.19 0.31 0.24
P 0.61 0.45 0.29 0.25 0.64 0.42 0.75 0.48 0.71 0.83 0.56 0.47 0.79 0.86 0.70 0.16 0.12 0.70 0.64 0.55 0.70 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.11 0.20 0.13
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02 0.27 0.27 0.42 0.35
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.25 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.02 0.09 0.06 0.13 0.13 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.25 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.25 0.25 0.33 0.31
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.15 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.29 0.32 0.35 0.37
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.16 0.11 0.18 0.17 0.11 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.30 0.34 0.40 0.41
C8 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.24 0.27 0.23 0.29
N1 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.30 0.32 0.43 0.40
N3 0.03 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.24 0.23 0.37 0.30
N6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.31 0.38 0.40 0.44
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.28 0.34 0.29 0.37
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.21 0.25 0.24
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.23 0.07
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.07 0.15 0.15 0.10 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.09 0.16 0.29 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.12 0.15 0.08
O5' 0.12 0.27 0.07 0.06 0.25 0.02 0.29 0.01 0.30 0.24 0.30 0.24 0.31 0.28 0.21 0.05 0.09 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.27 0.07 0.09 0.25 0.06 0.32 0.08 0.34 0.27 0.32 0.23 0.38 0.34 0.21 0.07 0.16 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.42 0.25 0.25 0.33 0.15 0.35 0.10 0.40 0.23 0.43 0.37 0.40 0.29 0.25 0.23 0.29 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.35 0.10 0.08 0.31 0.03 0.37 0.01 0.41 0.29 0.40 0.30 0.44 0.37 0.24 0.07 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00