ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50983

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 15, 7, 9, 11, 8, 2, 3, 2, 2, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.015, 0.046, 0.078, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.046 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.018, 0.062, 0.106, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.062 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.388, 0.583, 0.779, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.583 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.384, 0.610, 0.835, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.610 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.316, 0.582, 0.847, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.582 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.378, 0.644, 0.910, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.644 std_dev=0.266
N9 B 0, 0.425, 0.712, 1.000, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.712 std_dev=0.287
C4 B 0, 0.387, 0.678, 0.970, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.678 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.405, 0.710, 1.015, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.710 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.306, 0.631, 0.957, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.631 std_dev=0.325
C4' B 0, 0.447, 0.783, 1.118, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.783 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.410, 0.750, 1.090, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.750 std_dev=0.340
C2' A 0, -0.145, 0.201, 0.548, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.201 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.403, 0.750, 1.097, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.750 std_dev=0.347
C8 B 0, 0.511, 0.868, 1.225, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.868 std_dev=0.357
O4' A 0, -0.137, 0.235, 0.607, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.235 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.428, 0.811, 1.195, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.811 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.328, 0.742, 1.157, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.742 std_dev=0.414
N7 B 0, 0.507, 0.927, 1.347, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.927 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.545, 0.986, 1.427, 2.856 max_d=2.856 avg_d=0.986 std_dev=0.441
C5' B 0, 0.474, 0.919, 1.363, 2.947 max_d=2.947 avg_d=0.919 std_dev=0.445
C6 B 0, 0.379, 0.831, 1.283, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.831 std_dev=0.452
C4' A 0, -0.095, 0.376, 0.847, 3.024 max_d=3.024 avg_d=0.376 std_dev=0.471
P B 0, 0.665, 1.138, 1.611, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.138 std_dev=0.473
OP1 B 0, 0.720, 1.251, 1.781, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.251 std_dev=0.530
N6 B 0, 0.396, 0.970, 1.544, 2.530 max_d=2.530 avg_d=0.970 std_dev=0.574
OP2 B 0, 0.556, 1.198, 1.841, 4.541 max_d=4.541 avg_d=1.198 std_dev=0.643
C3' A 0, -0.148, 0.505, 1.158, 3.107 max_d=3.107 avg_d=0.505 std_dev=0.653
O2' A 0, -0.163, 0.497, 1.156, 3.156 max_d=3.156 avg_d=0.497 std_dev=0.660
C5' A 0, -0.168, 0.814, 1.797, 5.642 max_d=5.642 avg_d=0.814 std_dev=0.983
O3' A 0, -0.246, 0.871, 1.987, 3.862 max_d=3.862 avg_d=0.871 std_dev=1.117
O5' A 0, -0.284, 0.918, 2.119, 6.121 max_d=6.121 avg_d=0.918 std_dev=1.202
P A 0, -0.622, 1.486, 3.594, 9.113 max_d=9.113 avg_d=1.486 std_dev=2.108
OP1 A 0, -0.642, 1.572, 3.785, 10.958 max_d=10.958 avg_d=1.572 std_dev=2.213
OP2 A 0, -0.882, 1.740, 4.361, 10.239 max_d=10.239 avg_d=1.740 std_dev=2.621

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.29 0.00 0.24 0.20 0.48 0.29
C2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.06 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.17 0.11 0.42 0.49 0.54 0.54
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.23 0.11 0.02 0.11 0.06 0.20 0.00 0.04 0.01 0.46 0.47 1.02 0.69
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.25 0.00 0.33 0.02 0.32 0.17 0.16 0.27 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.57 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.05 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.13 0.03 0.30 0.42 0.20 0.30
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.10 0.26 0.03 0.00 0.02 0.05 0.35 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.07 0.13 0.22 0.53 0.12
C5' 0.11 0.24 0.23 0.02 0.23 0.01 0.18 0.00 0.15 0.17 0.26 0.25 0.26 0.06 0.22 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.32 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.10 0.12 0.16 0.38 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.01 0.27 0.28 0.28 0.29
N3 0.01 0.00 0.11 0.16 0.00 0.06 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.12 0.09 0.42 0.54 0.37 0.53
N4 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.05 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.16 0.03 0.30 0.47 0.28 0.30
O2 0.03 0.01 0.20 0.10 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.49 0.31 0.19 0.50 0.58 0.86 0.71
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.27 0.26 0.14 0.06 0.09 0.14 0.37 0.30 0.49 0.00 0.09 0.18 0.35 0.35 1.19 0.67
O3' 0.29 0.17 0.04 0.01 0.13 0.03 0.19 0.22 0.15 0.10 0.12 0.16 0.31 0.09 0.00 0.27 0.28 0.42 0.35 0.18
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.09 0.03 0.19 0.18 0.27 0.00 0.04 0.09 0.16 0.07
O5' 0.24 0.42 0.46 0.06 0.30 0.02 0.13 0.01 0.12 0.27 0.42 0.30 0.50 0.35 0.28 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.49 0.47 0.09 0.42 0.05 0.22 0.06 0.16 0.28 0.54 0.47 0.58 0.35 0.42 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.54 1.02 0.57 0.20 0.35 0.53 0.21 0.38 0.28 0.37 0.28 0.86 1.19 0.35 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.54 0.69 0.20 0.30 0.06 0.12 0.01 0.13 0.29 0.53 0.30 0.71 0.67 0.18 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.15 0.12 0.09 0.22 0.22 0.11
C2 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.12 0.13 0.10 0.21 0.16 0.09
C2' 0.24 0.14 0.16 0.14 0.14 0.26 0.12 0.25 0.11 0.17 0.13 0.15 0.11 0.14 0.18 0.22 0.15 0.30 0.24 0.33 0.19 0.23
C3' 0.17 0.25 0.13 0.14 0.19 0.15 0.21 0.15 0.25 0.17 0.27 0.21 0.27 0.19 0.16 0.13 0.18 0.20 0.13 0.20 0.24 0.13
C4 0.11 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.13 0.12 0.14 0.18 0.13 0.09
C4' 0.15 0.15 0.21 0.32 0.15 0.22 0.17 0.28 0.17 0.18 0.15 0.14 0.18 0.19 0.16 0.13 0.40 0.17 0.23 0.26 0.38 0.25
C5 0.11 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.14 0.12 0.13 0.17 0.13 0.08
C5' 0.35 0.33 0.36 0.48 0.34 0.42 0.34 0.48 0.32 0.36 0.31 0.34 0.32 0.35 0.35 0.30 0.56 0.38 0.39 0.35 0.49 0.41
C6 0.10 0.10 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.09 0.12 0.12 0.10 0.18 0.14 0.07
N1 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.08 0.11 0.12 0.09 0.20 0.16 0.08
N3 0.10 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.12 0.12 0.12 0.19 0.13 0.08
N4 0.13 0.12 0.12 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.14 0.15 0.14 0.18 0.18 0.16 0.12
O2 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.16 0.15 0.11 0.24 0.20 0.12
O2' 0.56 0.39 0.47 0.46 0.45 0.60 0.43 0.61 0.39 0.50 0.37 0.43 0.37 0.45 0.50 0.53 0.42 0.63 0.55 0.57 0.43 0.54
O3' 0.25 0.19 0.21 0.27 0.15 0.33 0.14 0.36 0.16 0.18 0.19 0.16 0.17 0.14 0.18 0.27 0.36 0.32 0.32 0.37 0.25 0.32
O4' 0.18 0.13 0.24 0.34 0.16 0.27 0.18 0.31 0.16 0.21 0.14 0.14 0.18 0.20 0.19 0.19 0.41 0.21 0.27 0.31 0.42 0.30
O5' 0.52 0.38 0.47 0.54 0.45 0.56 0.43 0.60 0.39 0.48 0.36 0.43 0.38 0.45 0.49 0.47 0.58 0.57 0.49 0.40 0.52 0.50
OP1 0.79 0.63 0.72 0.86 0.73 0.87 0.73 0.96 0.67 0.81 0.62 0.69 0.67 0.78 0.78 0.66 0.91 0.87 0.84 0.80 0.91 0.88
OP2 0.57 0.23 0.47 0.58 0.20 0.78 0.19 0.83 0.25 0.38 0.32 0.13 0.33 0.27 0.38 0.61 0.65 0.76 0.64 0.65 0.55 0.67
P 0.74 0.41 0.64 0.73 0.57 0.83 0.54 0.88 0.46 0.67 0.38 0.52 0.45 0.61 0.67 0.67 0.76 0.85 0.73 0.67 0.74 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.19 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.20 0.14 0.18 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.13 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.21 0.12 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.20 0.12 0.18 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.10 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.25 0.14 0.23 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.08 0.05 0.10 0.10 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.25 0.15 0.24 0.15
C8 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.04 0.25 0.12 0.24 0.13
N1 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.23 0.15 0.21 0.14
N3 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.18 0.13 0.16 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.09 0.03 0.27 0.16 0.28 0.18
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.27 0.14 0.27 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.19 0.11 0.18 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.14 0.15 0.03
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.11 0.28 0.21 0.15
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.05 0.26 0.11
O5' 0.08 0.20 0.11 0.14 0.20 0.01 0.25 0.01 0.25 0.25 0.23 0.18 0.27 0.27 0.19 0.05 0.11 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.14 0.16 0.21 0.12 0.10 0.14 0.09 0.15 0.12 0.15 0.13 0.16 0.14 0.11 0.14 0.28 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.18 0.13 0.12 0.18 0.17 0.23 0.16 0.24 0.24 0.21 0.16 0.28 0.27 0.18 0.15 0.21 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.06 0.11 0.10 0.04 0.14 0.01 0.15 0.13 0.14 0.09 0.18 0.16 0.08 0.03 0.15 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00