ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50984

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 5, 4, 7, 17, 7, 6, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.033, 0.063, 0.092, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.063 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.035, 0.074, 0.113, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.074 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.059, 0.126, 0.194, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.126 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.047, 0.116, 0.185, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.116 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.078, 0.174, 0.271, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.174 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.107, 0.208, 0.308, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.208 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.089, 0.205, 0.322, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.205 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.218, 0.391, 0.564, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.391 std_dev=0.173
O3' A 0, 0.118, 0.311, 0.503, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.311 std_dev=0.192
O5' A 0, 0.295, 0.488, 0.681, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.488 std_dev=0.193
N9 B 0, 0.326, 0.561, 0.795, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.561 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.419, 0.674, 0.929, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.674 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.241, 0.498, 0.755, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.498 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.180, 0.451, 0.723, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.451 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.489, 0.783, 1.076, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.783 std_dev=0.293
N3 B 0, 0.430, 0.727, 1.024, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.727 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.316, 0.616, 0.916, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.616 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.106, 0.407, 0.708, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.407 std_dev=0.301
P A 0, 0.349, 0.655, 0.961, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.655 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.395, 0.717, 1.040, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.717 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.630, 0.973, 1.315, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.973 std_dev=0.343
OP2 A 0, 0.428, 0.791, 1.154, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.791 std_dev=0.363
N6 B 0, 0.718, 1.102, 1.486, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.102 std_dev=0.384
C2 B 0, 0.526, 0.915, 1.305, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.915 std_dev=0.389
OP1 A 0, 0.465, 0.856, 1.248, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.856 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.640, 1.045, 1.451, 1.648 max_d=1.648 avg_d=1.045 std_dev=0.405
O4' B 0, 0.218, 0.640, 1.062, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.640 std_dev=0.422
C3' B 0, 0.144, 0.607, 1.071, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.607 std_dev=0.463
O3' B 0, 0.179, 0.708, 1.238, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.708 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.100, 0.682, 1.264, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.682 std_dev=0.582
C5' B 0, 0.065, 0.874, 1.683, 3.690 max_d=3.690 avg_d=0.874 std_dev=0.809
O5' B 0, 0.170, 1.050, 1.931, 3.875 max_d=3.875 avg_d=1.050 std_dev=0.881
P B 0, 0.135, 1.244, 2.354, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.244 std_dev=1.109
OP1 B 0, 1.477, 2.809, 4.142, 5.031 max_d=5.031 avg_d=2.809 std_dev=1.333
OP2 B 0, 0.786, 2.341, 3.897, 7.126 max_d=7.126 avg_d=2.341 std_dev=1.556

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.13 0.15 0.26 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.14 0.09 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.08 0.10 0.09 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.10 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.19 0.25 0.36 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.04 0.20 0.26 0.36 0.25
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.14 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.04 0.17 0.19 0.28 0.20
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.12 0.13 0.22 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.16 0.20 0.32 0.21
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.13 0.03 0.20 0.30 0.40 0.28
O2 0.04 0.01 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.11 0.04 0.11 0.12 0.23 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.07 0.05 0.11 0.00 0.04 0.05 0.04 0.15 0.08 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.11 0.06 0.10 0.13 0.11 0.04 0.00 0.02 0.10 0.25 0.20 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.13 0.09
O5' 0.06 0.13 0.04 0.05 0.19 0.01 0.20 0.01 0.17 0.12 0.16 0.20 0.11 0.04 0.10 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.15 0.14 0.17 0.25 0.10 0.26 0.08 0.19 0.13 0.20 0.30 0.12 0.15 0.25 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.26 0.09 0.10 0.36 0.04 0.36 0.02 0.28 0.22 0.32 0.40 0.23 0.08 0.20 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.17 0.05 0.07 0.25 0.02 0.25 0.01 0.20 0.15 0.21 0.28 0.15 0.05 0.14 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.14 0.16 0.13 0.21 0.13 0.24 0.13 0.15 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.16 0.22 0.21 0.20 0.48 0.46 0.27
C2 0.17 0.14 0.14 0.16 0.13 0.17 0.13 0.18 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.22 0.18 0.17 0.34 0.34 0.20
C2' 0.21 0.15 0.17 0.19 0.16 0.27 0.15 0.32 0.15 0.18 0.15 0.15 0.15 0.16 0.18 0.18 0.26 0.26 0.27 0.58 0.59 0.37
C3' 0.19 0.15 0.15 0.18 0.14 0.26 0.14 0.31 0.14 0.16 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.16 0.25 0.26 0.26 0.54 0.60 0.36
C4 0.17 0.14 0.16 0.19 0.13 0.16 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.18 0.24 0.19 0.20 0.30 0.34 0.23
C4' 0.17 0.14 0.14 0.15 0.11 0.22 0.11 0.26 0.13 0.13 0.15 0.12 0.14 0.12 0.13 0.15 0.22 0.22 0.21 0.50 0.53 0.30
C5 0.18 0.15 0.16 0.18 0.13 0.18 0.13 0.16 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.18 0.25 0.21 0.19 0.31 0.36 0.23
C5' 0.16 0.18 0.15 0.17 0.13 0.20 0.14 0.22 0.17 0.14 0.19 0.14 0.19 0.13 0.13 0.15 0.24 0.21 0.19 0.43 0.52 0.28
C6 0.17 0.14 0.15 0.17 0.13 0.18 0.13 0.18 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.14 0.17 0.24 0.20 0.17 0.31 0.36 0.22
N1 0.17 0.14 0.14 0.16 0.12 0.18 0.12 0.19 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.23 0.19 0.17 0.36 0.38 0.22
N3 0.16 0.14 0.14 0.17 0.12 0.15 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.16 0.23 0.17 0.17 0.26 0.29 0.19
N4 0.19 0.15 0.18 0.21 0.14 0.18 0.14 0.18 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.14 0.16 0.20 0.24 0.21 0.27 0.40 0.44 0.31
O2 0.19 0.15 0.15 0.16 0.14 0.21 0.14 0.22 0.14 0.17 0.15 0.14 0.14 0.15 0.16 0.18 0.22 0.21 0.21 0.45 0.41 0.25
O2' 0.26 0.17 0.24 0.26 0.20 0.34 0.20 0.41 0.18 0.25 0.17 0.18 0.18 0.22 0.24 0.24 0.30 0.32 0.34 0.72 0.67 0.44
O3' 0.21 0.18 0.17 0.21 0.17 0.31 0.17 0.38 0.18 0.20 0.19 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.29 0.30 0.34 0.65 0.71 0.45
O4' 0.17 0.15 0.14 0.16 0.12 0.19 0.12 0.21 0.14 0.14 0.16 0.13 0.15 0.12 0.14 0.15 0.23 0.20 0.19 0.45 0.46 0.26
O5' 0.19 0.22 0.21 0.23 0.18 0.22 0.19 0.23 0.22 0.18 0.24 0.18 0.24 0.19 0.18 0.21 0.31 0.24 0.22 0.40 0.52 0.29
OP1 0.27 0.30 0.27 0.28 0.27 0.29 0.29 0.29 0.32 0.28 0.33 0.26 0.35 0.29 0.27 0.26 0.34 0.31 0.30 0.48 0.61 0.38
OP2 0.36 0.37 0.37 0.38 0.36 0.35 0.38 0.34 0.40 0.38 0.40 0.35 0.43 0.39 0.36 0.35 0.42 0.38 0.38 0.53 0.58 0.42
P 0.26 0.28 0.27 0.28 0.26 0.26 0.27 0.25 0.30 0.27 0.30 0.25 0.32 0.27 0.26 0.25 0.33 0.29 0.28 0.42 0.54 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.30 0.28 0.20
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.02 0.45 0.68 0.87 0.56
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.10 0.14 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.19 0.16
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.02 0.11 0.12 0.16 0.19 0.10 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.19 0.27 0.15 0.16
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.42 0.65 0.78 0.51
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.18 0.23 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.50 0.82 1.01 0.63
C5' 0.04 0.20 0.02 0.02 0.16 0.00 0.19 0.00 0.21 0.14 0.22 0.17 0.23 0.17 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.25 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.53 0.88 1.11 0.69
C8 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.46 0.75 0.81 0.52
N1 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.02 0.51 0.81 1.03 0.65
N3 0.02 0.00 0.14 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.20 0.02 0.39 0.57 0.71 0.47
N6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.03 0.57 0.99 1.25 0.76
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.51 0.90 1.05 0.64
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.37 0.55 0.61 0.41
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.10 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.21 0.18 0.10
O3' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.10 0.02 0.08 0.03 0.12 0.13 0.18 0.20 0.11 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.20 0.50 0.28 0.18
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.16 0.27 0.19 0.14
O5' 0.20 0.45 0.16 0.19 0.42 0.02 0.50 0.01 0.53 0.46 0.51 0.39 0.57 0.51 0.37 0.07 0.20 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.68 0.17 0.27 0.65 0.18 0.82 0.25 0.88 0.75 0.81 0.57 0.99 0.90 0.55 0.21 0.50 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.87 0.19 0.15 0.78 0.23 1.01 0.39 1.11 0.81 1.03 0.71 1.25 1.05 0.61 0.18 0.28 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.56 0.16 0.16 0.51 0.05 0.63 0.01 0.69 0.52 0.65 0.47 0.76 0.64 0.41 0.10 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00